太平天国建都天京后，农民阶级的一些弱点在起义队伍中逐渐显露出来。起义初期的反封建的朴素平等思想，逐渐被封建等级观念所侵蚀。太平天国颁布了一套“贵贱宜分上下，制度必判尊卑”的礼制，从天王到普通士兵之间，等级非常森严。天王及诸王、侯都是世袭的。一些领导人滋长了享乐腐化的倾向，起义初期那种“敝衣草履，徒步相从”的质朴思想作风多被抛弃，代之而起的则是对权利名位和豪奢生活的追求。太平军进入南京后，立即大兴土木，把两江总督衙门扩建为天王府，拆毁了大批民房，动用了成千上万的男女劳动力，“半载方成，穷极壮丽”，旋被大火烧毁。咸丰四年又在原址复建，方圆十余里，宫殿林苑，“金碧辉煌”，“侈丽无匹”。东王府的修建也是“穷极工巧，聘心悦目”。至冠履服饰、仪卫舆马等，都备极奢华。领导人之间的关系也逐渐疏远，原来“寝食必俱，情同骨肉”，变为“彼此睽隔，猜忌日生”，宗派色彩日益明显。
随着战争形势的发展和起义队伍的壮大，成分日益复杂，有不少地主、士绅、胥吏、商人以及游民、溃勇等进入太平军。其中有些是暗藏的敌对分子，有些是投机分子。他们或在太平军中进行挑拨离间，煽动逃亡、叛变，甚至与清军暗通消息，企图从内部进行破坏，或以剥削阶级的思想意识和作风来腐蚀太平军。
咸丰六年（1856）八月，正当太平天国在军事上达到全盛的时候，领导集团内部发生了公开的分裂。
杨秀清是太平天国的领导人之一，曾经为太平天国建立不少功勋。但是，随着革命事业的发展，他日益居功自傲，“威风张扬，不知自忌”。咸丰六年七月，清江南大营被打垮，天京被包围的形势暂时解除，杨秀清乘机扩大个人权势，遇洪秀全封他为“万岁”。洪秀全密召在江西督师的韦昌辉、在湖北督师的石达开迅速返回天京。韦昌辉对杨秀清长期怀有不满情绪，在接到洪秀全的密令后，立即率领心腹部队于八月初三日（9月1日）深夜赶到天京，包围了东王府，次日晨将杨秀清及其眷属杀害。接着天京城内发生混战，太平天国优秀将领和战士两万多人死亡。经过这场屠杀，韦昌辉控制了天京，独揽军政大权，在天京造成恐怖局面。
八月中旬，石达开从湖北回到天京，责备韦昌辉不该滥杀。韦昌辉又企图杀石达开。石达开闻讯后逃往安徽安庆，起兵讨伐韦昌辉。韦昌辉的屠杀和专擅横暴，激起了天京广大将士的愤怒。洪秀全接受将士的要求，于十月初杀死了韦昌辉，结束了韦昌辉对天京历时约两个月的恐怖统治。
十月下旬，石达开回到天京。洪秀全命他提理政务，“合朝欢悦”。但是，洪秀全经杨、韦事件之后，对石达开也心存疑忌，又封其兄洪仁发为安王、洪仁达为福王，同理政事，以牵制石达开。咸丰七年五月（1857 年6月），石达开因为洪秀全对他不信任，离开天京，率大批精锐部队单独作战。他的这一行动，使太平军的兵力大大分散和削弱。石达开的军队起初在江西、浙江、福建等省活动，屡战不利。从咸丰九年起，转战于湖南、广西、湖北、四川、云南、贵州等省，多次击败清军，对这些地区的群众起义有一定的推动作用。但是，他脱离天京后，毕竟是孤军作战，没有建立根据地，粮食、武器补给困难，部队的战斗力日益削弱，分离叛降的情况不断出现。同治二年四月（1863年5 月），石达开在四川大渡河紫打地（今石棉县安顺场）被清军包围，全军覆没。
太平天国领导集团的分裂，带来了极其严重的后果。它破坏了内部的团结，削弱了军队的战斗力，损伤了元气，丧失了乘胜歼灭敌人的有利时机。清廷趁机纠集军队，于咸丰六年底，攻陷武昌、汉阳，随后占领江西大部分地区，并重建江北、江南大营，围困天京。