由于《天津条约》规定外国公使常驻北京，清廷同西方资本主义列强建立正式外交关系已无法避免。咸丰十年十二月（1861 年1月），清廷设立了总理各国事务衙门（简称总理衙门，别称总署或译署），任命恭亲王奕�、大学士桂良、户部左侍郎文祥为总理衙门大臣。总理衙门主管外交、通商、关税及建筑铁路、开矿、制造枪炮弹药等事务，总揽了全部洋务事宜。咸丰十一年二月（1861年3月）以后，英、法、俄等国分头在北京建立使馆。从此，它们在中国的官员就不断对奕�等施加影响。

与总理衙门关系密切的机构有总税务司和同文馆。总税务司成立于咸丰十一年，管理全部海关事务，这一职位长期由英国人担任。同文馆于同治元年（1862）在京师设立，是培养外国语言文字、科学技术人才的学校。此外，总理衙门对南洋通商事务大臣（两江总督兼）、北洋通商事务大臣（直隶总督兼）也有备顾问、代传达的关系。

咸丰十一年七月（1861 年8月），咸丰帝在热河病死，其子载淳继位。载淳年幼，遗诏任命怡亲王载垣、郑亲王端华、户部尚书肃顺等八人为“赞襄政务王大臣”，总摄朝政。载淳的生母那拉氏，被尊为慈禧皇太后。皇后钮祜禄氏，被尊为慈安皇太后。慈禧太后是一个有极强烈的权力欲望，力图取得最高统治权力的人物。但她的野心遭到载垣等人的阻挠。她与慈安太后密谋铲除载垣等赞襄政务王大臣，并与外国侵略者所支持的奕�相勾结，拉拢握有兵权的胜保等人。

咸丰十一年九月二十九日（1861 年11月1日），慈禧、慈安太后带着载淳由热河回到北京。次日，大学士贾祯、周祖培、户部尚书沈兆霖、刑部尚书赵光等在奕�的暗示下，上奏折“请皇太后亲操政权”。此前，御史董元醇、兵部侍郎胜保曾先后上折，奏请两太后“垂帘听政”，制造舆论。慈禧、慈安太后即以贾祯等人的奏请为由，接连发出四道上谕，解除赞襄政务王大臣任，派奕�等会议皇太后垂帘听政事宜，将载垣、端华、肃顺等革职拿问。十月初一日（11月3日），又接连发出上谕，授恭亲王奕�为议政王、在军机处行走、宗人府宗令，大学士桂良、户部尚书沈兆霖、户部右侍郎宝鋆、户部左侍郎文祥在军机大臣上行走，鸿胪寺少卿曹毓英在军机大臣上学习行走。随后，慈禧太后等迅速捕杀了载垣、端华、肃顺，其余五大臣革职治罪，将载垣等人拟定的皇帝年号“祺祥”改为“同治”。慈禧太后夺取了实际的最高统治权。这便是“辛酉政变”（咸丰十一年为辛酉年），或称“祺祥政变”、“北京政变”。

奕�和肃顺等人虽然在镇压太平天国等农民起义的问题上立场一致，但在对待外国侵略者的态度上却有所不同。奕�对外国侵略者是“待以优礼”，“以信义笼络”，而肃顺等人则要维持“天朝”的威风，对外国侵略者心存疑惧。因此，外国侵略者担心肃顺等人一旦返回北京，外交上很可能出现反复，不希望他们继续掌握实权，而支持能“尽心和议”的奕�。慈禧太后和奕�的上台，使外国侵略者感到非常满意，认为这完全是他们“几个月来私人交际所造成的”，也是奕�等人“对外国人维持友好关系使然”。英国驻华公使普鲁斯在致英外交大臣的信中说：“在过去十二个月中，造成了一个倾心于并相信（同外国）友好交往可能性的派别，有效地帮助这一派人掌权，这是一个非同小可的成就。（我们）在北京建立了令人满意的关系，在某种程度上已成了这个政府的顾问。”

从此，清廷与外国侵略者开始走上了彼此结合的道路。清廷决意求助于外国军队来镇压太平天国起义，公然宣布“借师助剿”。而英、法、俄、美等国为了全部实现《天津条约》、《北京条约》中规定的权利，也撕下了“中立”的伪装，公开向清廷提供武器军火，组织军队，共同镇压太平天国起义。

慈禧太后、奕�等清廷最高统治者，对外依靠西方资本主义侵略者，对内则注意调整同曾国藩集团的关系，以取得他们的支持。慈禧太后等人懂得，清廷所依赖的武装力量八旗、绿营已基本上被太平军摧毁，要巩固其统治地位，镇压太平天国起义，必须依靠掌握有能同太平军对抗的唯一军事力量的曾国藩集团，给他们以更大的权力。还在咸丰十年江南大营覆灭后，咸丰帝接受肃顺的建议，给曾国藩以地方实权，任命他为署两江总督，旋实授，并加钦差大臣衔，督办江南军务，节制大江南北水陆各军。咸丰十一年，慈禧太后上台的当月，又命令曾国藩统辖江苏、安徽、江西、浙江四省军务，节制四省巡抚、提督以下文武官员。两个月后，又加曾国藩太子少保衔，授为协办大学士。不仅用兵方略听从曾国藩，甚至任命大员也听他的意见。慈禧太后对曾国藩集团的放手使用，改变了过去既使用又限制的方针，调整了满族贵族和湘军集团的关系；而曾国藩集团也就得以发展成为地主阶级当权派中最大的实力派。到同治三年（1864）湘军攻陷天京，四年多的时间，曾国藩集团共有21人先后出任总督、巡抚。以同治二年（1863）为例，当时清廷共设8个总督（未含漕运总督、河道总督）、15个巡抚实缺，曾国藩集团竟占了5个总督、9个巡抚。曾国藩集团不仅拥有军事大权，而且掌握了地方政权和财权。

辛酉政变后，慈禧太后与奕�之间在权力上的矛盾、斗争日渐显露出来。随着太平天国的失败，清廷政局逐渐稳定下来，慈禧太后的统治地位也日趋巩固，于是就处心积虑地要削弱奕�的权力。同治四年（1865），她以奕�“目无君上”、“暗使离间”等罪名，下诏革除其一切差事。慈禧太后这一突然的重大政治举措，使许多王公大臣感到惊诧，纷纷上折请求收回成命。她见用权示威的目的已经达到，而且出于政治需要，也就采取先打后拉的手法，仍令奕�管理总理衙门，接着又恢复他的领班军机大臣职务，但取消了议政王的称号。从此，慈禧太后大权独揽。

清廷与外国侵略者的公开勾结，对曾国藩集团的加强依靠，这就使太平天国和各地人民的起义所面临的形势比以前更为复杂和险恶。