明崇祯元年（1628）秋，黄宗羲护持父亲灵柩南归，办完丧事，到郡城绍兴，跟随名儒刘宗周（1578—1645）学习。刘宗周字起东，号念台，人称念台先生，先后讲学于无锡东林书院、北京首善书院、绍兴蕺山证人书院。其学以“慎独”为宗旨，上承王阳明而又多所修正。
此后两年间，黄宗羲四出交游，往来于南京、苏州、常熟、杭州、绍兴、余姚、宁波等地，结识了江南文社、诗社中许多名士，如张溥、杨廷枢、陈子龙、吴伟业、万寿祺、周镳、沈寿民、沈士柱、何乔远、林茂之、汪逸、钱谦益、陈贞慧、汪沨、陆符、万泰等，并于崇祯三年（1630）经周镳介绍加入复社，多次参加了复社、幾社、读书社的集会活动。还同时在南京参加了科举考试，结果落第还乡。于是，他重温父亲“学者不可不通知史事”的遗训，发愤攻读经史著作，从明十三朝实录到二十一史，“每日丹铅一本，迟明而起，鸡鸣方已，两年而毕”。此外，还广泛阅读了诸子百家之书，以及天文、地理、历法、数学、音乐、佛教、道教书籍。全祖望在《梨洲先生神道碑文》记载：
（公）愤科举之学锢人生平，思所以变之。既尽发家藏书读之不足，则抄之同里世学楼钮氏、澹生常祁氏，南中则千顷斋黄氏，吴中则绛云楼钱氏，穷年搜讨。游屐所至，遍历通衢委巷，搜鬻故书；薄暮，一童肩负而返，乘夜丹铅，次日复出，率以为常。
由此，黄宗羲名声大振，“一时老宿闻公名者，竞延致之相折衷”，其弟宗炎、宗会，皆受宗羲之教而大有声名，“于是，儒林有‘东浙三黄’之目”。
黄宗羲不仅参加了复社的文学集会，而且参与了复社声讨阉党余孽阮大铖之流的政治斗争。复社成立于崇祯初年，其领袖人物是张溥、张采，结社目的虽然主要是“以文会友”，“兴复古学”，但在政治上继承了东林党的遗风，反对阉党，主张改革，被称为“小东林”。阮大铖在崇祯初被列入“逆案”，削职为民，避居安徽怀宁老家，但野心不死，图谋复出。崇祯五年，李自成农民军占领安徽大部地区，他跑到南京避难，暗中招纳亡命之徒，又以金钱美女收买复社人士，大有死灰复燃之势。当时，复社人士担心阮大铖成为魏忠贤第二，决心将他赶出南京以消除隐患。崇祯十一年（1638），复社成员一百四十余人在周镳、陈贞慧主持下，共推吴应箕起草、顾杲、黄宗羲带头签名，发布了著名的《留都防乱公揭》。这是一篇声讨阮大铖罪状的檄文，文中揭露阮大铖“献策魏珰，倾残善类”、“阴险叵测，猖狂无忌”，表达了复社志士“但知为国除奸，不惜以身贾祸”的凛然正气。并指出如果阮大铖得志，“杲亦请以一身当之，以存此一段公论，以寒天下乱臣贼子之胆”。公揭张贴后，阮大铖吓得“杜门咋舌欲死”，不得不到南京城外牛首山寺庙中躲避了几年。而黄宗羲与一班复社文士又举行了桃叶渡大会，结“国门广业社”，几乎“无日不连舆接席，酒酣耳热，多咀嚼大铖以为笑乐”。这期间，黄宗羲结识了方以智、梅朗中等人。
崇祯十五年，黄宗羲与周延祚同赴北京应考，未能登第，大学士周延儒想推荐黄宗羲为中书舍人，宗羲力辞不就。他看到京都形势紧张，即整装南归。
崇祯十七年（1644）春，李自成率领大顺军进北京，推翻了明朝。接着，清兵入关，民族矛盾急剧上升。四月，黄宗羲跟随刘宗周至杭州，召募义军，以谋复明之计。五月，明凤阳总督马士英在南京拥立福王称帝，建立南明弘光政权，随即起用刘宗周任左都御史，宗羲随之到南京。但马士英借拥戴之功，把持军政大权，排挤抗清派，并任阮大铖为兵部侍郎。阮大铖修怨报复，编造《蝗蝻录》，诬指东林党人为蝗，复社人士为蝻，并根据《留都防乱公揭》的名单捕杀复社志士，企图一网打尽。黄宗羲与顾杲一起被捕入狱。幸而刑部掌院邹虎臣与顾杲是姻亲，故意拖延审讯。次年五月，清军攻下南京，弘光政权瓦解，黄、顾得以乘乱脱身。宗羲晚年回忆此事时说：“弘光南渡，止结得《留都防乱揭》一案也。”但此案虽然了结，而黄宗羲“半生滨十死”的艰险岁月，却仅仅是个开头。