当太平军向东南进军时，曾国藩的湘军包围了安庆。安庆是太平军和皖北捻军进行联系的纽带，也是保障天京、保证粮食供应的战略要地。为解安庆之围，太平天国决定由陈玉成、李秀成分兵两路攻武昌，以牵制湘军回援。陈玉成率北路军从安徽入湖北，于咸丰十一年二月攻克黄州（今黄冈），逼近武昌。武昌城内一片混乱，湖广总督官文惊慌失措，官员纷纷逃遁。当时在汉口租界的英国参赞巴夏礼为阻止太平军进攻武汉，赶到黄州会见陈玉成，声明要保护武汉的商务，太平军“必须远离该埠”。由于外国侵略者的干涉，加上李秀成大军迟迟不来会师，安庆形势又日益吃紧，使陈玉成放弃进攻武昌，回师救援安庆。李秀成锐意经营苏南、浙江，对救援安庆抱消极态度。直到咸丰十年十月，因江西、湖北一带的大批起义群众要求参加太平军，他才以招兵西进为主要目的，留下主力部队防守苏州、常州，自己率领一部分太平军从皖南经浙江进入江西。咸丰十一年五月进兵湖北，前锋攻占武昌县。李秀成在兴国会见了英国驻汉口领事金执尔（W.R.Gingell），金执尔加以阻挠和恐吓。当对陈玉成已从湖北折返安庆，李秀成终于放弃了进攻武汉的计划，率军从湖北撤入江西。
太平军攻武汉、保安庆的战略决策未能实现，曾国藩认为已无后顾之忧，于是集中兵力围攻安庆。陈玉成屡次组织援军，在安庆外围与湘军展开激烈的争夺战，终于未能与城内守军汇合。咸丰十一年七月二十日（1861年9月5日），安庆失守。从此太平天国在上游的重镇尽失，天京已无屏蔽。同治元年（1862），陈玉成在庐州与清军激战三个月，突围至寿州，不幸被俘，五月初八日（6月4日）在河南延津英勇就义，年仅26岁。
当陈玉成等部太平军与湘军争夺安庆时，李秀成、李世贤的军队由江西入浙江，到咸丰十一年九月间，先后攻克金华、处州（今丽水县）、严州等城，控制了浙江中部。李秀成进兵攻克临安、余杭，围攻杭州。十一月，太平军攻破杭州城，巡抚王有龄自杀。李世贤部黄呈忠、范汝增也于同月攻克重要港口宁波。浙江和苏南成为太平天国最后两三年中的主要根据地。
苏浙地区，太平军和乡官的成分严重不纯。充任乡官的除劳动人民外，有流氓无产者，还有大批地主、士绅和依附地主阶级的人；新参加太平军的，有会党队伍，有土匪、地痞、流氓，还有大批清朝的败兵溃勇。太平军队伍被严重腐蚀，烧杀掳掠、虐待百姓、逃亡叛降的事件经常发生，一些将领也在蜕化变质。
苏、杭是地主阶级势力比较强大的地区，他们采取各种手段顽抗太平军。浙江诸暨的地主包立身纠集了一两万人的团练武装，盘踞包村半年多；湖州举人赵景贤率团练据城困守，历时近两年。在苏南地区，团练武装的重要首领有：苏州的徐佩瑷，常熟的庞钟璐，无锡的华翼纶、杨宗濂，江阴的王元昌等。太平军对这些地主武装往往满足于招抚，结果使地主武装得以保存下来。徐佩瑷等人表面上打着太平天国的旗号，暗中仍受清朝官员的接济和指挥，并拉拢太平军将领熊万荃、钱桂仁、骆国忠等，组成一个叛乱集团，策划在苏州一带发动叛乱。阴谋暴露后，徐佩瑷等被处死。
太平天国后期虽然开辟了苏浙根据地，但在这些地区内存在着复杂的矛盾斗争和严重的危机。