太平天国领导集团分裂后，形势顿挫。洪秀全为扭转危局，曾作了努力，提拔了陈玉成、李秀成、李世贤等一批青年将领，担负军事重任。
咸丰八年（1858）六月，陈玉成、李秀成会集各路将领，在安徽枞阳镇（今桐城县东南）召开军事会议，决定采取联合作战方针，同心协力解除清军对天京的包围。七月，陈玉成等部太平军在皖北作战，击溃署安徽巡抚李孟群部湘军，攻占庐州。八月，陈玉成、李秀成两军在滁州境内会师东进，攻破浦口，再次击溃江北大营，并进占江浦。浦口一带战斗的胜利，打通了天京与江北的交通，解除了江北清军对天京的封锁。其时，湘军主力李续宾部在攻陷江西九江后，乘势侵入安徽，进逼庐州咽喉三河镇。十月，陈玉成、李秀成率军救援。太平军乘大雾发起猛攻，李续宾部乱成一团，拼死突围，终不得出。经过激战，太平军摧毁了湘军全部营垒，歼灭曾国藩之弟曾国华等湘军数千人，李续宾自杀。太平军乘胜追击，收复桐城，围困安庆的清军不战而逃，皖北复为太平天国所有。天京上游局势，至此暂时得到稳定。
咸丰九年三月（1859年4月），洪仁玕从香港来到天京。金田起义后，洪仁玕迫于清军缉捕，于咸丰二年避居香港。他在香港接触了西方资本主义国家的一些情况。到天京后，被封为干王，总理太平天国朝政。因为诸将的不满，不久洪秀全又先后封陈玉成为英王、李秀成为忠王，其他将领也陆续封王。
洪仁玕向洪秀全提出了《资政新编》。这是一个统筹全局的方案。在政治方面，洪仁玕认为立政的关键，“惟在乎设法用人之得其当”。所谓“设法”，就是制定法律、制度。他指出立法的重要性，英国之所以成为当时“最强之邦，由法善也”。他反对“结党联盟”，针对当时存在分散、离心的倾向，强调要“自大至小，由上而下，权归于一”。在经济方面，洪仁玕主张仿效西方兴办铁路、轮船、邮局、工厂、矿山、银行等，奖励发明创造者“自专其利”。在思想文化方面，他主张设学馆、医院，建跛盲聋哑院、鳏寡孤独院、育婴堂，禁庙宇寺观，革阴阳八煞，除九流堕民，禁溺婴、买卖人口及使用奴婢，严禁鸦片入口。他还批判那种“不务实学，专事浮文”的学风，在《戒浮文巧言谕》中，主张“文以纪实，言贵从心”，提倡“切实明透，使人一目了然”的浅明文体。洪仁玕的这些建议，具有鲜明的资本主义色彩，符合当时社会发展的客观要求。洪秀全对这些建议深为赞赏。但由于当时还缺少必要的条件，这些政策没有能够施行。
咸丰十年二月（1860 年3月），太平天国为打破江南大营对天京的围困，派李秀成等奇袭浙江杭州，以分散江南大营兵力，然后太平军迅速由杭州回军，会同陈玉成等部猛攻江南大营。闰三月（5月），击溃了江南大营，解除了对天京的包围。钦差大臣和春、帮办大臣张国梁率残部逃奔丹阳。太平军乘胜追击，连克丹阳、常州、无锡。清军节节溃败，张国梁在丹阳落水而死，和春在浒墅关自杀。四月，太平军又相继克苏州、浙江嘉兴等许多州县，开辟了苏南地区，建立了以苏州为首府的苏福省。
当太平军席卷江南、逼近上海的时候，上海的官僚、地主、买办大为恐慌。江苏巡抚薛焕派上海道吴煦向英、法领事请求派兵防守县城，得到了他们的同意，表示将协助清军“弥平一切不法叛乱，保卫上海”。美国流氓华尔（F.T.Ward）也在薛焕、吴煦的支持下，招募外国在华的一些亡命徒组成了洋枪队。咸丰十年六月，李秀成率太平军在江苏青浦大败洋枪队，重伤华尔。七月，太平军逼近上海城时，遭到协助清军防守的英军和停泊在黄浦江的英、法军舰炮火的攻击，李秀成还想与“洋兄弟”取得谅解，严禁还击，致使太平军遭受重大伤亡，只得从上海地区撤退。