雍正帝整理财政的同时，对行政机构、管理制度也作了一些重大的改革。
首先，确定秘密立储制度。清代原无行之有效的立储法，清太宗、世祖继位都曾发生过争权的斗争，圣祖时储位几度反复，后致虚悬，别无良策。世宗对这个问题考虑颇深，即位不久，于雍正元年八月十七日在乾清宫召见总理事务王大臣、满汉文武大臣，宣布他的秘密立储法。他先讲了立储的原因：圣祖临终建储，完全成功，是因他神圣睿哲，自能主持，而本人不如先帝，今为宗社久安着想，故应早为之计。接着说明立储方法：把指定储君的诏书，藏于匣内，将匣子置于顺治帝书写的“正大光明”匾额之后。皇帝宴驾后始得启动，以便预定的新君继位。这储君是谁，本人不知，诸臣不晓，一概保密。宣布完后，得到诸王大臣拥护，秘密建储制度就这样确立了。这是中国历史上没有过的新的立储方法。
其次，完善与推行奏折制度。奏折是官文书制度，是清代皇权政治发展的产物。它始出现于康熙年间，但在奏者范围、传递方法、疏奏内容及朱批等方面，都还没有制度化，雍正帝对此作出了明确规定。
关于奏折的撰写人，他明确规定中央部院侍郎以上和翰林科道各官，地方督抚提镇及藩臬学政，中央派出的盐政、关差、织造等，有的道员、知府、同知、副将等中级官员，由帝特许，亦可撰写。这样既明确了奏报人的职责，又扩大了它的范围。
为了保证奏折的内容不致泄漏，雍正帝定立了一套保密制度。撰写人须亲自书写，一般不许他人代笔，写就不得外传，否则治罪。由宫中制作皮匣，配备锁钥，发给具奏官员，专门用作储藏和传递奏折。督抚以上大员的折子，派专人送到大内乾清门，交内奏事处，直达御前，而不像题本交通政司转呈。一般官员的折子，亦差专人送到雍正帝指定的亲信大臣处，由他们代呈，代交人当然无权知道折子的内容。雍正帝阅毕，作了朱批，折子由原渠道发回。
在奏折的内容上，较之以前，更为丰富了，最重要的是他们利用它商讨政务。雍正帝说：“本章所不能尽者，则奏折可以详陈；而朕谕旨所不能尽者，亦可于奏折中详悉批示，以定行止”。臣下可以将拿不准的问题提出来，请皇帝裁夺；皇帝对不了解的或不懂得的问题，可以询问臣下，以增长见识，作出决断。雍正朝的许多重大政事，如前述的摊丁入亩政策，就是在雍正帝与黄炳、李维钧等疆吏、中央九卿间通过奏折反复筹商而最后定下来的。奏折被用来讨论政事、决定政策，就使它有了新的生命力。这也是康熙朝所没有的。
自雍正帝把奏折制度化以后，地方官有机要事务都撰拟奏折，经过皇帝朱批，认可了，才写题本作正式报告。这样题本就成了官样文章，价值大大降低。奏折代替了原来题本的作用。官员上奏折的也越来越多，使它成为主要的官方文书。这一制度坚持到清末。
再次，设立军机处。雍正五年，准备对准噶尔部用兵，七年正式出兵。与此相配合，雍正帝设立军机处，协助他处理军务。军机处设有军机大臣，雍正帝从大学士、尚书、侍郎以及亲贵中指定充任，如怡亲王允祥、大学士张廷玉、户部尚书蒋廷锡、大学士鄂尔泰等，都是以亲重大臣兼任军机大臣。还有军机章京，由内阁、翰林院、六部、理藩院等衙门官员中选充。所有这些人都是兼职，他们的升转仍在原衙门进行。因此，军机处设立之初，“无专官”。军机处没有正式衙署，有值班房，在隆宗门内，靠近雍正帝寝宫养心殿，以便于军机大臣被召见议事。无专官，无衙署，就使军机处成为一种特殊的机构。
军机处的主要职责是，遵奉谕旨，写成文字，并予转发。雍正帝每天召见军机大臣，有时一天召见数次，像在西北用兵紧张之时，张廷玉“内直自朝至暮”，“间有待至一二鼓”，以备随时应召。召见时，雍正帝指示各项事件应如何办理，有时向军机大臣询问情况，听取他们的意见，以作出裁决。军机大臣根据旨意，草拟文书。上谕形成后，不经过内阁，由军机处直接发给有关官员。
军机处主要是作文字工作，雍正朝的军机大臣，不过是传旨办事，对制定政策起的作用不大，乾隆时当过军机章京的赵翼说，军机大臣“只供传述缮撰，而不能稍有赞画于其间”。这就是说，军机处不过是皇帝的秘书班子，它只能忠实执行皇帝的命令，不可能形成危害皇权的势力。
雍正帝创立军机处，把它和奏折制度相结合，即以朱批谕旨答复臣下奏折，召见军机大臣授以政事机宜，天下庶务总归他一人处理。明太祖朱元璋罢丞相升六部，使“天下庶务皆朝廷总之”，他一人处置不过来，就指定当时还是低级官员的大学士协助处理，但那时内阁制度还没有形成，大学士帮不了他的忙。雍正帝不同，设立军机处，就有了固定助手，可以及时处理政事了，所以他的权力比明太祖还要集中，他以前的其他帝王的权力更没法与他相比，他是真正集权力于一身，总理天下庶务了。