雍正帝把财政与民政联在一起考虑，进行了以下几项改革。
第一，清查亏空。雍正帝深知贪官污吏舞弊、钱粮短缺的严重情形，决心整饬吏治，清查钱粮。即位一个月就下达了命令。他首先讲了清理的必要性：各地亏空钱粮不是受上司勒索，就是自身侵渔，都是非法的。在先，大行皇帝宽仁，未对赃官明正法典，所谓勒限追捕，也不过虚应故事，亏欠依然如故。但由此而造成库藏空虚，一旦地方有事，急需开支，则关系非浅，因此必须清查。接着说了清理的政策，地方凡有亏空，限三年之内如数补足，如限满不完，从重治罪。
清理令下之后，从中央到地方都动了起来。在户部查明亏空二百五十万两，雍正帝责令该部历任堂官、司官和部吏赔偿一百五十万，另一百万由户部逐年弥补。内务府官员李英贵等人冒支正项钱粮百余万两，雍正帝抄他们的家产来抵偿。
地方上的清查，在雍正元年普遍开展起来，当年被革职查封家产的地方大员很多，其中有湖广布政使张圣弼、湖南按察使张安世、江苏巡抚吴存礼、布政使李世仁、江安粮道王舜。原山西巡抚苏克济被人告发贪赃四百五十万两，雍正帝抄没其家产外，责令其家人赵七帮助赔补二十万两。
严厉的清查，经过三年，取得相当效果，中央的清理基本结束，一些省区，如直隶、河南、山西等省弥补了亏空。有些省份虽也获得一些效果，但虎头蛇尾，企图草草了结。雍正帝对此极为不满，下令展限三年，务期彻底搞清，否则重治督抚之罪。
第二，实行耗羡归公及养廉银制度。雍正帝清理亏欠，赃官赔偿以外，就令官员以羡余来弥补，所以清理财政的同时，必须进行耗羡提解。
康熙末年有人提出整治滥收火耗和改变它的用途的建议，认为耗羡除允许州县官动用一部分外，其余的归省里，用作公共事务。康熙帝不赞成。他说，征收火耗原是地方官的私事，若允许他部分归公用，就是中央政府承认此项征收是合法的，他本人将落个实行加派的罪名。雍正帝同乃父态度不同。雍正元年，山西巡抚诺岷请求将该省各州县耗羡银全部上缴布政司，一部分用作抵补无着落的亏欠，一部分给官员作养廉银。这是全面实行耗羡提解的办法，雍正帝当即批准实行，并在全国推广山西的做法。
耗羡提解的目的之一，是要制止官吏乱征附加税，降低火耗率，以减轻税民负担。雍正帝对于耗羡率，只许减少，不许增多。他说，如地方官员“于应取之外，稍有加重者，朕必访闻，重治其罪”。耗羡归公后，各地火耗率与实行前发生变化，大多数地区耗羡率降低在正额钱粮的一至二成之间，比原来的高耗羡率有了一定程度的降低，扭转了地方官狂征滥派的严重情况。
耗羡提解以后，雍正规定，它的用途为三大项；一是给官员的养廉银，二是弥补地方亏空，三是留作地方公用。第二个用项在雍正初年清理财政中业已实行，待清补完毕，这部分银子就改用到其他两项上。
清朝实行低俸禄的制度，致使官员贪赃枉法，滥征火耗银。耗羡归公了，但从中提出一部分，作为他们办公和生活补助费，不再多贪占，以维持其“廉洁”，称为“养廉银”。在雍正朝，由于清查亏空和实行养廉银制度，官场确实较前清廉。
第三，实现摊丁入粮制度。清朝政府的徭役，无田的穷民不堪负荷，有田有势的又勾结官吏进行规避。康熙时就有官员看到贫富差役不均的情形，有人提出改革办法，没有被康熙帝批准。雍正帝即位后，就面临这个棘手问题。
雍正朝摊丁入亩首先提出者是山东巡抚黄炳，他看到人丁逃亡日益严重，于雍正元年六月提出倡议。一个月后，直隶巡抚李维钧发出同样的呼声。雍正帝认为，“摊丁之议，关系甚重”，准备以后再办，因而始则责备黄炳“冒昧渎陈”，继而把李维钧奏折交户部讨论。户部同意李维钧的条陈，雍正帝仍不放心，又让九卿詹事科道共议，有人就摊丁提出疑议，因田亩有大小好坏之别，怕摊得不均。雍正帝遂命李维钧详细规划具体办法，要做到对国课无损，于穷黎有益。李维钧遵命筹划，准备把地亩分为三等，丁银按地亩等级摊入，不至于好坏地负担轻重不均。十一月，雍正帝认为他“筹度极当”，办法完善，就命他于下年开始实行，并命黄炳向直隶学习其具体办法，以便推行。这样，摊丁入粮的大事，经过半年的讨论，就定下来了，在全国次第实施。
第四，推行士民一体当差的政策。绅衿享有法定的豁免杂项差徭的权利，还谋求种种非法特权。雍正帝痛斥那些“荡检踰闲不顾名节”士人的种种不法罪行：他们“出入官署，包揽词讼”，勾结地方官，分享政府的司法权； “武断乡曲，欺压平民”，称霸乡里；“抗违钱粮，藐视国法”；“代民纳课，私润身家”，即揽纳钱粮，加以侵吞。绅衿合法和非法的权利，造成平民与绅衿的对立，他们的不法行为，同政府的法令和权力也发生冲突。他们腐蚀各级官员，是产生吏治败坏的一种社会因素。封建国家要保持它的机器的正常运转，它的统治的稳定，就必须与不法绅衿作斗争。雍正帝看到问题的症结，于雍正二年二月，下令革除标志绅衿特权的“儒户”、“宦户”名目，不许他们借此营私不法。为此，他颁行了一系列的具体政策。
士民一体当差。雍正元年河南巩县知县张可标发布告示，令“生员与百姓一体当差”，次年豫抚田文镜把这种办法推广到全省。
严禁绅衿包揽钱粮。雍正五年（1727）定出惩罚事例：凡贡监生员包揽钱粮而有拖欠的，不管多少，一律革去功名；拖欠至八十两的，以赃或枉法论处。
严禁绅衿欠粮。制定两条新法令，一是雍正六年规定，凡系绅衿拖欠钱粮，地方官要把他同平民欠粮分开，单独汇报，以便照绅衿抗粮例治罪。一是雍正八年定例，州县官要把生员应纳钱粮造册送学官，由学官协助督促完纳。
严禁绅衿驾词兴讼。河南进士王辙伙同伊伯武生王允彝、武生王甸极等包揽词讼，诈骗钱财，雍正帝革其进士，对他们严行审判。
加强对生监的管理。政府规定：每年年底，生监要五人互保没有抗粮包揽等事，生员完粮后，方准应试。
严禁生员罢考。政府一系列的政策，触动了绅衿特权，引起他们的不满和反抗，最严重的是雍正二年河南封邱罢考，生监声称“征收钱粮应分别儒户、宦户，如何将我等与民一例完粮，一例当差？”强烈要求维护他们的特权。雍正帝指示地方官对肇事者严行惩处，又派刑部侍郎赴豫审理，将为首者处斩。
第五，制定主佃关系法令。绅衿不法，虐待佃户尤甚。雍正帝在处理主佃关系上，也注意打击不法绅衿。雍正五年，田文镜上疏，请将苛虐佃户的乡绅按照违制例议处，衿监吏员则革去职衔。雍正帝提出，他只考虑绅衿欺凌佃户，却没有顾及佃农拖欠地租及欺慢田主的问题，命再议论。于是定出田主凌虐佃户及佃户欺慢田主之例，规定秀才监生“私置板棍，擅责佃户”，“革去衣顶职衔”，并“杖八十”。至雍正十二年加以改定，律文是：“凡不法绅衿，私置板棍，擅责佃户，勘实，乡绅照违制律议处，衿监吏员革去衣顶职衔，照律治罪。……如将佃户妇女占为婢妾，皆革去衣顶职衔，按律治罪。至于奸顽佃户，拖欠租课，欺慢田主者，照律治罪，所欠之租，照数追给田主。”清朝法律，凡人之间拷打监禁，罪止杖八十。雍正帝定律例，将绅衿擅责佃户以满刑论处，表现了严厉禁止绅衿凌虐佃农的态度。这种主佃关系的律例，既保护地主收租，又保障农民人身地位，但本质上它还是代表地主阶级利益的，不过它以法律的形式不允许地主非法虐待农民，对其特权有所抑制，给予农民的人身以某种保护，较前确是一个进步。