张献忠的余部孙可望于顺治八年（1651年）迎挂王至贵州之安隆所，改名安龙府。次年，孙可望等发动了大规模的东征北伐。刘文秀、白文选进攻四川，大败吴三桂军，收复了四川大部分地区。李定国、冯双礼进攻广西，又接连收复湖南、广东等省。在这次征伐战斗中，农民军先后收复了西南数省。但是孙可望嫉妒李定国之军功，阴谋削他的兵权，以致挑起内战，最后失败，投降了清朝。顺治十六年（1659年），清兵三路入滇，李定国作战失败，桂王逃入缅甸。顺治十八年，吴三桂兵临缅甸，收执桂王。康熙元年（1662年），吴三桂绞杀桂王于昆明，李定国病死于猛腊。
李自成余部在湖南抗清失败后，先后转移到川、鄂地区，即夔州府（今四川奉节）以东地区，由农民领袖刘体纯、李来亨等与明将王光兴等联合抗清，称为夔东十三家军。康熙元年，清兵大举进攻十三家军。康熙三年（1664年），十三家军抗清失败。至此，明末农民战争结束。
郑成功抗清及收复台湾 郑成功，福建泉州南安人，父芝龙，母日本女翁氏，出生于日本，七岁返国读书，十五岁为南安县学生员。原名森，字大木，唐王甚器重，赐国姓（朱姓），改名成功，自是人称“国姓爷”。郑成功不肯随父降清，在郑芝龙降清北去后，他入海抗清，以金门、厦门为海上抗清基地。郑成功善于治军，精练士卒，军纪严明，势力日益强大。经常派军出没于浙江、福建、广东沿海一带，攻城略地，屡败清军。其中规模最大的一次，是顺治十六年（1659年）夏秋的北伐。当时，郑成功率大兵十七万，分为八十三营，扬帆北上，直抵南京城下，收复南京附近及安徽部分地区。但郑成功犯了胜利轻敌的错误，对南京围而不攻，以待其降，并开宴纵酒，放松警惕，致遭清之骑兵突袭，郑军大乱而退，伤亡惨重，退回厦门。
郑成功为谋取抗清复明的根据地，决计进兵台湾。顺治十八年（1661年）三月二十三日，郑成功率军二万五千人，由金门科罗湾出发，二十四日抵达澎湖。在澎湖阻风乏粮数日，又冒风雨开船行进。四月一日，大队船只齐进台湾鹿耳门，顺利登岸扎营。郑军迅即攻克赤嵌城（今台南），荷兰侵略者退守台湾城（今安平）。四月二十六日，郑成功致书荷兰总督揆一招降；“台湾者，中国之土地也，久为贵国所踞，今余既来索，则地当归我，珍瑶不急之物，悉听而归。”揆一不降，郑军急攻不下，乃筑长围以困之。郑军又在海上屡败荷兰由巴达维亚派来的援军。又得知台湾城内无井，欲塞城外水源。揆一穷蹙无计，于十二月三日出降。从此郑成功驱逐了荷兰殖民者，为祖国收复了台湾，在台湾督兵大兴屯田，招集福建、广东人民前来开荒，设官府，兴学校，进一步开发了台湾，康熙元年（1662年）五月，郑成功病死于台湾，年三十九岁。