农具
农具方面，出现了“深耕犁”。《马首农言》称：“然也有特用深犁者，地力不齐也。”清代深耕到何程度，《知本提纲》中提到“有浅耕数寸者，有深耕尺余者，有甚深至二尺者。”又记：“用犁大小，因土之刚柔，刚土宜大，柔土宜小”；开垦荒地则用“坚重大犁，或二牛，或三牛以开之”。说明当时的犁有大犁、小犁和坚重犁之别。深耕犁的发展，反映了耕作技术的提高。小型农具在清代进一步完善，如稻田整地灭茬的农具辊轴，大约由■■发展而来，作用是把田间杂草和秧苗同时滚压入泥，过宿之后，秧苗长出，而草则不能起。《致富纪实》一书中谈到种植双季稻时使用的一种农具，在早稻收割后，“不再犁田，铺石灰一道，用匍蓘将禾兜打落，便可插秧”。道光年间（1821 —1850），贵州遵义一带出现一种名为“秧马”的农具，其形制和作用，与宋元时记述的“秧马”不同，而类似辊轴，用以掩杀绿肥和杂草。以上农具在双季稻地区作用尤为明显。塍铲、塍刀是清代南方丘陵地区水田作业的两种农具，用以整治田埂。这种农具灵巧轻便，能提高作业速度和质量，《梭山农谱》记有其形制。《梭山农谱》还记述了一种水稻除虫工具：“田家奋臂举梳行，累累就毙矣。虫当梳者，血肉俱糜梳齿上”。《农言著实》著录一种适应于北方旱作地区的中耕除草工具：“漏锄”。这种锄的特点是锄地不翻土，锄过之后土地平整，有利于保墒，而且使用轻便。漏锄至今在关中地区仍然普遍使用。
农田水利
太湖地区的水利工程，在明、清两代都是以水道疏浚为主。1570 年，经海瑞主持的一次水利工程后，吴淞江下游基本形成今天的流向。清时，黄浦江“夺溜代吴”，吴淞江等水道退居次要地位，为便于节制，又在黄浦江口建大闸一座。畿辅自元以后，工程时举时废。雍正三年（1725）近畿发生特大水灾，清政府曾用较大力量兴修水利，农田水利有较大发展，公私合计先后垦出稻田五十九万七千多亩，并分设京东、京西、京南和京津四局加以管理。到乾隆时即以南北自然条件不同，北方水少，且过去所办水利收效不大为借口而明令禁止以后再在京畿从事水利营田。
整个清代农田水利是向小型化方面发展。河北、河南、山西、陕西等地利用地下水凿井灌田，蔚然成风。河北井灌和植棉有关，方承观《棉花图》中介绍：“植棉必先凿井，一井可溉田四十亩”，因“凿井以水车灌田，故其收常倍”，“井利甲诸省”。康熙时，王丰著《井利说》，力主在陕西凿井防旱并指出应该注意的一些技术问题。山西省蒲州和陕西省富平、澄城等地由于地形、地质不同，井水量大小不同，每井灌溉田地数量也不同。水车大井和一般大井每井可灌田二十亩，桔橰井可灌六七亩，辘轳井可灌二三亩。南方井灌较少，但利用山泉灌溉种稻却较普遍，闽、浙、两广、云贵、四川等地，随处都有蓄储涌泉或壅积谷泉的塘堰。嘉庆《广西通志》记载：“全州以井名者，几全是泉潭，并多涌泉，深不见底，灌溉面积甚广。”山泉来自高处，便于引流灌溉，为了合理用水并减缓冲激，人们就在下流修筑塘堰加以蓄存，并用栅、闸以及瓦窦、阴沟等启闭宣泄，再随时引入田。当田面高于山泉，除了筑堰壅水外，还用筒车来提水灌田。在山泉为叠岭涧壑所限时，则用竹筒，架槽来渡越，使山泉能从上而下，由近及远地使用，大大提高了泉水灌溉效益。北方各省也有引用泉水灌溉的，但总的面积不大。