俄国传教士的活动，对中俄关系有一定影响。这些活动，首先是教士来华和创造传教条件。俄国人信奉东正教，该教是基督教的一个派别。《尼布楚条约》签订前已有从雅克萨俘获来华的东正教徒，他们被编为镶黄旗佐领。那时清朝康熙帝尊重他们的宗教信仰，在俄人住区赐建一座庙宇供其作礼拜之用。后来住北京的东正教徒把庙宇改为“圣尼古拉教堂”，也称“北馆”，由主教米拉提主持。俄国彼得一世很重视其教士的在华活动，1700年特谕选有名望的教士充任托博尔斯克区的主教，使其在中国和西伯利亚发展教徒，特别是争取中国上自皇帝下至居民对传教事业的支持。1712年来华的俄国商队专员向中国提出派青年传教士来华，接替年老的米拉提主教。后来还是康熙帝主动提出俄国可派教士来华，于是在图理琛出使俄国返回途中，从托博尔斯克带来主教伊拉利昂·列扎伊斯基及教徒七人。从这时起，北京就正式驻有俄国传教士了。1719年伊兹玛依洛夫来华，经过请求为俄国商人开办教堂，清朝答应给予一块地基修建教堂。 1727年中俄《恰克图界约》明文规定，俄国传教士可由一人，再补充三人，即不但教士团常驻北京合法化，且人数也有所增加。1732年，在俄罗斯馆旁又建立供来华商人们用的教堂，称为“南馆”。后来在南馆内建“奉献节教堂”，俄传教士团来华就住在此馆，由清政府支给部分生活费。自1715至1840年鸦片战争，俄国共有十二届传教士团来北京。
在华的俄国传教士活动，积极方面的是加强了彼此的宗教和文化交流。中国最先允许俄国派学生随教士团来华学习汉语和满语，个别也有学痘医的。从十八世纪三十年代到鸦片战争前，俄国先后来华的学生共有三十七人，这是当时其他和中国有关系的国家望尘莫及的。同时清廷为培养俄语翻译人才，在理藩院既设俄罗斯馆，又选八旗官学生二十四人入馆学习。课程主要是俄语，其外也设蒙、藏、拉丁语等课程。五年考试一次，考中一、二等者予八、九品官。有一些在华的俄国传教士和留学生成了著名的学者。图理琛所著《异域录》曾为主教、学者伊拉利昂译为俄文，传入俄国。伊拉利昂回俄后在彼得堡科学院教授汉语和蒙语。教士毕楚林对中国及蒙古、西藏的历史有很高的造诣，写了不少这方面的著作行世。曾任第九届使团团长的修士大司祭雅金夫·比丘林曾把《西藏志》、《蒙古最初四汗史》、《西藏和青海史》、《北京志》、《中国及其居民风俗习惯》、《三字经》等译成俄文。比丘林回国后，成为俄国科学院的通讯院士，奠定了俄国汉学的基础。他是著名诗人普希金的朋友，普希金从他那里得知很多有关中国的科学知识和情况。第十一届传教使团的一名学员帕维尔·库尔良德采夫， 1832年因病回国，带去三十五册《石头记》手抄本，或许是从中国最早传到俄国去的一部《红楼梦》。同届的学员科瓦尼科在《祖国纪事》杂志上发表所著十篇《中国纪行》，其中第九篇介绍了《石头记》的片断等，引起了文学家别林斯基的注意并给予评述。
俄国传教士在华活动也有不好的一面，那就是有的披着宗教的外衣，为沙俄的侵略扩张效劳。他们在中国搜集军事和政治情报，或作为俄国官方的代表，从事与教士不相称的勾当。沙皇政府给传教士的经费不断增加，他们的地位日益显得重要，传教士团的大司祭往往由和俄国政关系密切的要人担任。俄国政府还利用他们的留学生在理藩院充当翻译的机会，盗窃中国情报。1738 年俄国留学生布里亚特人罗索兴因盗去一份详细的中国全图，而获得准尉军衔和每年一百五十卢布的赏金。俄国的一些传教士还和在华的西方耶稣会士取得联系，利用耶稣会士到中国早，知道的中国情况多，从他们那里刺探有关中国的情况。东正教士的这些政治性活动引起清朝的警觉和怀疑，监督俄罗斯馆御史赫庆奏称： “（俄国）在京读书子弟亦不可任其出入，使知内地情形，舆图违禁等物，禁勿售与。”当然清朝的限制并未完全收到预想的效果。在中国走向近代半殖民地半封建的社会过程中，这些传教士更多的扮演了为沙俄帝国主义侵略服务的角色。