雅克萨，满语为河湾之意。中俄关系史上提到的雅克萨城，位于黑龙江上游与讷穆尔河会流的弯曲之处。这里北逾外兴安岭可通雅库次克，东向通黑龙江下游，西向越石勒喀河，近至尼布楚，远达贝加尔湖以南的色楞格斯克，南向一可通额尔古纳河，一可通嫩江，是四面八方必经之地，具有重要的战略地位。
中俄为争夺雅克萨而战有深刻的领土要求背景，这座名城最早是中国所属达呼尔人的故乡，“原非罗刹所有，亦非两界隙地”。1665 年，切尔尼戈夫强占之后，一面假意谈判，一面利用雅克萨深入侵略，建立结雅斯克堡（1678）、西林穆宾斯克和多伦斯克堡（1679）、额尔古纳堡（1681）。康熙帝深刻指出，沙俄侵略者“恃雅克萨城为巢穴，于其四近，耕种渔猎，数扰索伦、赫其、斐雅喀、奇勒尔居民，掠夺人口，俾不得宁外”。为使这种侵略合法和持久，沙俄公然于1680年将尼布楚变为西伯利亚一个单独督军区，三年以后又成立了雅克萨督军区，加固其工事，召募哥萨克为军，设立农庄，“耕田自给”。
清朝决心以武力驱逐占据雅克萨沙俄侵略者。康熙帝十三岁（1667）亲政时起就留心于此，研究边疆的山川形胜。康熙二十年平定吴三桂叛乱以后，内地大局稳定，便派理藩院侍郎明爱等向占据雅克萨的俄国军官提出退还所侵多伦禅等地，并调查雅克萨的俄军防务。翌年二月至五月，康熙帝进行第二次东巡，“巡视边疆，远览形胜”，直到宁古塔将军所在地大乌喇（今吉林永吉），泛舟松花江，检阅驻军。秋天下令派副都统郎谈、公彭春率兵往达呼尔地区，以捕鹿为名，“径迫雅克萨城下，勘其居址形势”，回程则详视黑龙江城至额苏里舟行水路及派人往视额苏里通宁古塔的陆路。郎谈等回京说，俄军在雅克萨仅恃木城，发兵三千即可攻取，康熙帝认为此议不妥，又继续调兵、运粮、设驿站等，尤为强调永戍黑龙江，建城驻扎。否则“我进则彼退，我退则彼进，用兵无已，边民不安”。
在康熙帝主持下，清军打响了雅克萨之战。先是清朝领兵大将都统公彭春向盘踞雅克萨的俄军宣布“谕旨”，提出：“今尔等若撤至雅库地方，以雅库为界，于该地捕貂纳税，不入我界，悉行送还我逃人，我亦将尔属降人送回。”继而警告：“若执迷不悟，仍行顽抗，则大军进剿，定将毁灭雅克萨城，尽除尔众，彼时追悔莫及矣。”康熙二十四年五月二十二日，彭春致书俄军，“罗刹恃巢穴坚固，不肯迁归”。于是三千名清军于二十三日分水陆两路夹营而立，二十四日将神威大将军炮等火器移入前沿阵地。二十五日黎明各路清军发起猛攻，城中俄军一片混乱。俄军头目额里克舍·托尔布津被迫出城投降。清军将其所部官兵及妇女儿童六百余人从雅克萨遣返俄国，把愿意留在中国的巴什里等并妻子及属于中国的逃人共百余人收回。这是第一次雅克萨之战，以清军胜利告终。康熙帝在出巡古北口途中闻讯，不胜欣喜。
清军将雅克萨城付之一炬，然后撤到黑龙江城（瑷珲）。第二年俄军又在托尔布津率领下返回到雅克萨，依旧址筑城，并获得足够两年用的粮食。萨布素正在墨尔根（嫩江）筑城，康熙帝命他停止筑城，统领乌喇宁古塔兵驰赴黑龙江。二月十三日，帝谕：“今罗刹复回雅克萨，筑城盘踞，若不速行捕剿，势必积粮固守，图之不易。”为了取得新的胜利，康熙帝除让萨布素带去二千四百余官兵外，又调熟悉地形的副都统郎谈、及班达尔善、马喇参赞军务。康熙要求郎谈如前晓谕俄军：“尔罗刹外国人，贪利弃命，扰我边疆，今大兵复至，当速降，如不降则尽诛之。”清军从黑龙江城出发，六月迫近雅克萨城，采取“凿壕筑垒，四面包围”的战略战术。城内八百余名俄军负隅顽抗，屡次突围，均被击退，伤亡惨重，布尔巴津本人也被击毙。经过五个月的包围，俄军只有一百多人生存，城旦夕可下。这时沙皇派尼基弗尔· 文纽科夫和伊万·法沃罗夫星驰来华，“乞撤雅克萨之围”，还说明将有后使来谈判边界问题。康熙帝传令前线萨布素等撤围雅克萨之兵，允许城内俄军任其出入。第二次雅克萨之战，以清军解围而结束。这次战争为中俄签订《尼布楚条约》创造了条件。