大清国开国皇帝皇太极及其儿子顺治帝的婚配，都是典型的近亲婚配或乱伦婚配。
建州女真的领头人努尔哈赤，为统一女真各部落，娶蒙古科尔沁贝勒明安的女儿为侧妃，开与蒙古部落联姻之先河。
后来蒙古科尔沁部首领莽古思将女儿(孝端文皇后)嫁给了皇太极，又将两个孙女(孝庄文皇后、宸妃)嫁给了皇太极，后又将两个孙女(静妃、淑惠妃)、一个曾孙女(孝惠章皇后)嫁给皇太极的儿子顺治帝福临。
满蒙皇族的政治联姻进一步加剧了婚配的乱伦性。
清人入关后，受中原伦理观念影响，对皇室的近亲婚配和乱伦婚配逐渐限制。
例如，康熙朝规定：阅选秀女时，秀女中属后族近支或母族属爱新觉罗之女的，应当予以声明。
规定归规定，实际上近亲婚配和乱伦婚配依然存在。
顺治帝娶一等侍卫佟国维的姐姐佟佳氏为妻，佟佳氏所生第三子即康熙帝玄烨，她后被尊为孝康章皇后。
后来，康熙帝娶佟国维的女儿为妻，她就是孝懿仁皇后;孝懿仁皇后的一个妹妹也嫁给了康熙帝，后被尊为惇怡皇贵妃。
这就是说，康熙帝娶了两个同父表妹为妻。佟国维对康熙帝来说，既是亲舅舅，又是岳父大人。
此类现象还有不少。
清朝皇帝生育力逐代下降
综观清代皇帝，总体上越到后来生育能力越差，所生子女早夭比例越高。
开国皇帝皇太极，享年51岁，可查的有名分的后妃15位，仅以此15位后妃为计算依据，她们和皇太极生了11个儿子、14个女儿。11个儿子中长到16虚岁以上的成人共7位，4个早夭;14个女儿中13位长到16岁以上，只有1位15岁死去，子女早夭的比例为20%。
第二位皇帝顺治帝，患天花而死，终年24周岁还差1个月，共8个儿子、6个女儿，子女早夭比例为43%。
第三位皇帝康熙帝，享年68周岁，共生了35个儿子、20个女儿，子女早夭的比例为51%。
接下来几位皇帝生育能力有所下降，但不算太弱。到了第六位皇帝颙琰(嘉庆帝)时，儿女的早夭比例高达57%。
到了第八位皇帝咸丰帝时，虽然他一生风流成性，有名分的后妃19人，却只生了2个儿子、1个女儿，大儿子出生后来不及取名就死了，女儿仅活到20虚岁，幸存的儿子就是后来的同治帝。
至于同治帝、光绪帝、宣统帝，竟然均未生育子女。
光绪自曝有遗精病
正是遗传因素与政治压力导致光绪患有遗精、痨症等多种疾病。
光绪三十三年(1907年)，也就是光绪帝死前一年，他曾亲自探究并写下自己的病原：“遗精之病将二十年，前数年每月必发十数次，近数年每月不过二三次，且有无梦不举即自遗泄之时，冬天较甚。近数年遗泄较少者，并非渐愈，乃系肾经亏损太甚，无力发泄之故。”
光绪帝生于同治十年六月(1871年8月)，写病原时三十六周岁，他从十五六岁青春发育期起就患了遗精之病，每月多达十几次。患有如此要命的疾病，无论怎样刻意播撒龙种也就成了徒劳。
同治帝、宣统帝未育子女，恐怕也有此类原因。