争“国本”和明宫“三案”不但反映了皇帝和官僚集团的矛盾，而且，对争“国本”和“三案”的态度不同，使得官僚集团中的党派之争日趋严重。统治集团中的反对派东林党，正是在这样的历史背景下出现的。
东林党的领袖人物顾宪成，是南直隶无锡人，因推举阁臣违背帝意，万历二十二年罢归。无锡城内东林书院是宋儒杨时讲学处。顾宪成罢官后，得到常州知府欧阳东凤等人的支持，修葺东林书院，讲学其中。他的弟弟、进士顾允成及行人高攀龙（无锡人）、南京吏部主事安希范（无锡人）、南京礼部郎中刘元珍（无锡人）、南京工部主事叶茂才（无锡人）、御史钱一本（武进人）、国子助教薛敷教（武进人），或免官，或归省，同聚东林，被当时的人们称为“东林八君子”，形成了东林学派。
顾宪成等人在东林书院切磋学问，教授弟子，在学术上有一些成就。但东林学派基本上是一个政治团体，他们关心朝政，评议时局，与各地官僚学者联系密切。顾宪成说：“官辇毂，志不在君父，官封疆，志不在民生，居水边林下，志不在世道，君子无取焉。”他为书院写了一幅对联：
风声雨声读书声声声入耳，
家事国事天下事事事关心。
身在书院，心怀天下，以切磋学问求得修养的提高，以抨击时政求得政治的清明，这就是东林党的宗旨。在重大的政治问题上，顾宪成等人都明确表示过自己的立场。
明中叶以后，士大夫以不依附权臣、敢于批评内阁部院为清高。东林党基本上站在批评执政大臣的立场，以清流自命。顾宪成去官以前，与首辅王锡爵对话，王锡爵说：“当今所最怪者，庙堂之是非，天下必欲反之。”顾宪成针锋相对地回答说：“吾见天下之是非，庙堂必欲反之耳！”鲜明地表示出他的反对派立场。所谓反对派，当然不是针对某一个人，而是针对朝廷的政策。因此，东林党人的概念也扩大了，凡是批评朝廷的腐败，凡是为清流所承认的正派大臣辩护，凡是主张在官僚考察中去奸留贤，凡是在国本之争中批评万历皇帝和郑贵妃，凡是在三案中敢于力争的，都被视作东林党人。以东林书院为基地而形成的政治团体与其他地区反对朝廷政策的士大夫，在当时的政治斗争中浑然一体，形成一股社会力量。顾宪成和江西吉水人邹元标、北直隶高邑人赵南星被海内目为“三君”。
以清流自命的士大夫，都希望名列东林。那些行有劣迹，或被认为有劣迹，因而不为东林接受的官僚，因地域而分，各立党派，彼此为援，与东林党人相对抗。这些官僚主要形成三大党派：一是山东人组成的齐党，一是湖广人组成的楚党，一是浙党。三党成员交往甚密，一意攻击东林党，今日指其乱政，明日责其擅权。但后来，三党的关系中出现裂痕，力量削弱。
天启初年，一些东林党成员陆续被起用。赵南星任吏部尚书，邹元标、高攀龙先后任都御史，由在野派变成在朝派。天启三年（ 1623），赵南星等利用京察的机会，尽力罢免浙、齐、楚党成员和品行不好的官员，把东林党人及正派官员升至重要职位。有些官员，不见容于清流，便去投靠掌握大权的宦官魏忠贤，后来被人们称为“阉党”。此后，官僚集团内部的党争为东林党人与“阉党”之间的斗争所取代。