大礼议的风波
武宗死后无子，皇太后张氏（孝宗后）命太监张永、谷大用与内阁大臣商议后，以宪宗之孙、孝宗亲弟兴献王长子朱厚熜继位。四月二十二日，朱厚熜在奉天殿登上皇帝的宝座，是为明世宗，诏改翌年为嘉靖元年（1522）。
朱厚熜以藩王入继大统，史称其“多谋”而“刚愎”。确实，年仅十五岁的明世宗，绝非是不谙世事、任人摆布的少年天子，从踏入京城之日起，他便显示出君临天下的威势。四月二十二日，当明世宗来到京城外的行殿时，在即位礼仪上便与内廷和内阁发生了争执。礼部官员具议请世宗依皇太子即位礼，由东安门入居文华殿，择日登极。世宗则认为自己是来继承皇位的，应从大明门入宫在奉天殿即位，拒绝行皇太子即位礼。内阁首辅杨廷和“固请如礼部所具状，帝不许”。最后，内廷与内阁只得让步。第一次较量，世宗便以皇帝的权威压倒了内廷与内阁。
内阁首辅杨廷和在武宗去世至世宗即位的三十七天内总揽了朝政。在这段时间内，杨廷和做了几件为世人所称道的事：（1）颁布武宗遗诏，罢威武营团练诸军，革皇店，遣还豹房番僧、少林僧、教坊乐人等，放遣四方进献女子，停止京师不急工务等。（2）收捕江彬。武宗死后，平虏伯江彬拥重兵在肘腋间，他自知“天下恶之”，在反与不反之间正自犹豫。杨廷和适时提醒皇太后发布懿旨，谋划捕捉江彬，为天下除去一大祸患。（3）草拟世宗登极诏书。登极诏书长达八千多言，对时事多有兴革，如诏复武宗朝因忠直敢谏而去任降调的官员，裁汰锦衣诸卫、内监局旗校工役十四万多人，减漕粮一百五十三万余石，斥去恩幸得官者，查禁各地镇守官科敛财物等。登极诏书的颁布，不仅使“中外称新天子圣人，且颂廷和功”。无疑，杨廷和所做的这几件事都是顺应民心、有利于巩固明皇朝统治的，因此，杨廷和在朝廷内外获得了极大的声望。声望加上权位资历，使杨廷和在朝中的势力陡增，亦使他能藉此与羽翼未丰的少年天子世宗相抗衡。
世宗与杨廷和的矛盾在即位礼仪上已显现出来，以后在议定世宗生父兴献王主祀称号的问题上进一步激化。
世宗即位五天后，令礼官集议兴献王主祀称号。礼部尚书毛澄请示杨廷和以后，会同公卿台谏六十余名官员上疏：以世宗为入继之君，应效汉定陶王、宋濮王故事，“以孝宗为考，兴献王及妃为皇叔父母”。世宗阅疏，恼火地说：“父母可移易乎？其再议。”②毛澄等仍坚持前议，杨廷和也亲自上言要皇帝服从礼部之议。明世宗坚决不从。此时，观政进士张璁上《大礼疏》，提出与杨廷和不同的“继统不继嗣”的论说，明世宗得到支持很高兴，即将杨廷和召来，宣布要“尊父为兴献皇帝，母为兴献皇后”。杨廷和也不肯让步，“先后封还御批者四，执奏几三十疏”，并公开声称：在这个问题上，“异议者即奸谀当诛”。到了十月间，杨廷和见势不得已，乃草敕下礼部，称奉慈圣皇太后懿旨，“本生父兴献王宜称兴献帝，母宜称兴献后”。明世宗暂时接受了这个妥协的结果。
嘉靖二年（1523）十一月，南京刑部主事桂萼上疏，提出应“循名考实，称孝宗为皇伯考，兴献帝曰皇考，而别立庙于大内”。这项提议当然是符合皇帝心意的，但此时的明世宗还是有所顾忌地说：“此关系天理纲常，仍令文武群臣集议可否？”群官议论的结果，有二百五十余名官员不同意改称名号，认为“必以孝宗为考，而后大宗为不绝”。只有少数几个人附和桂萼的提议。三年春正月，屡与世宗意见不合的杨廷和再次提出辞官，世宗终于不再表示挽留，并斥责他“因辞归咎，非大臣道”。与此同时，世宗下令调张璁、桂萼等赴京集议。二百多名朝官仍坚持原议，不肯退让。明世宗非常恼怒，曾当面指斥内阁大学士毛纪说：“此礼当速改，尔辈无君，欲使朕亦无父乎！”毛纪等听后惶惧而退。
明世宗将二百多名朝官的反对看作是无君的举动，而迂腐守。至武宗时，镇守太监的权力大肆扩张，与巡抚、都御史相侔，有权干预刑名政事了。镇守太监，多有贪污纳贿、克扣兵饷、延误军机、交结内宦等不法行状。张璁任首辅期间，裁撤镇守中官二十七人，又革去锦衣卫官五百人，并以京师亲军改属兵部。以后，又陆续裁革了浙江、两广、湖广、福建的镇守太监及一些地区的分守太监。这些大刀阔斧的裁革，极大地打击了宦官势力。史称：世宗“尽撤天下镇守内臣及典京营仓场者，终四十年不复设。故内臣之势，惟嘉靖朝少杀云”。
新政的另一重要内容是清查勋戚强占的庄田，归田于民。自宪宗成化以来，诸王勋戚依仗权势侵占民田之事，屡见史载。即使政治较为清明的弘治时期，孝宗张皇后的父兄也一再强占河间民田千余顷，甚至连宫廷内宦也强占了大量民田。勋戚豪族的大肆兼并田地，势必导致国家所掌握的额田大量减少和赋税的相应减少。嘉靖时，天下额田已减少一大半，国家的税收财政已无以为继。嘉靖八年（1529），世宗敕谕户部清查庄田，对强占民田者，俱还原主。嘉靖十年，世宗听取了户部的建议，下令查革王府以山场湖陂荒地为名强占的民田。此后，又进一步下令，只准许王府留用封国之初所请庄田，此外，不得议留。这些清查庄田、还田于民的措施虽不能从根本上抑制土地兼并的趋势，但在一定程度上缓和了已很紧张的社会矛盾和阶级矛盾。
嘉靖时期，在一些地区不同程度地实行了赋役制度改革。嘉靖九年（1530），桂萼在入参机务期间，曾上疏建策清查新增田地及编审徭役。世宗批准施行。这次改革，因次年桂萼因病乞休归里而未能进一步展开。而桂萼所开创的将税粮与徭役各审定交银若干，统一征收，以求均平的“一条编法”的改革效果是显著的，为后世的赋役制度改革提供了借鉴。
明世宗对外戚世袭封爵的制度作了变革，并成为永制。嘉靖八年（1529），吏部方献夫奏称：洪熙以来，始封外戚，其后一门数贵，传袭不已。建议自现在始，已封爵的令终其身，不得再承袭。今后皇亲驸马，亦不得夤缘请封。这项制度经世宗裁定后成为永制，即便是世宗之母蒋太后及陈皇后家亦不准承袭世爵。
明世宗所采取的这些改革新政，在抑制宦官和外戚勋贵势力的发展上颇有成效，起了一些积极的作用。清查庄田，还田于民，对赋役制度的改革，都旨在抑制土地兼并的发展，增加国家赋税收入，均平人民的负担，是利国利民的措施，然而，这些改革仅是在局部范围内，且“数行数止”，未能全面而持久地展开，因而它的成效也很有限。及至世宗中年“边供费繁，加以土木、祷祀，月无虚日，帑藏匮竭。司农百计生财，甚至变卖寺田，收赎军罪，犹不能给”。财政经济已经到了崩溃的边缘。
世宗崇道与严嵩揽权
明世宗即位之初，曾一度下令拆毁京师诸淫祠，并没收了在正德年间赏赉无算的大能仁寺僧齐瑞竹的资财，毁损了玄明宫的佛像。然而，自嘉靖二年始，世宗在太监崔文等人的诱导下，开始崇信道教方术，在宫中到处建醮，日事斋醮。世宗崇道修玄，愈到后期愈益崇信，几乎到了执迷不悟的程度。
嘉靖三年（1524），龙虎山上清宫道士邵元节被征入京。他在宫中祷雪应验，世宗因之宠信不疑，封其为“致一真人”，在京城西建真人府，并遣缇骑四十人供洒扫，赐田三十顷，免其赋役。嘉靖十五年，加授其为礼部尚书。十八年，邵元节死，恤典同伯爵例。邵元节死后，方士陶仲文得到世宗宠信。世宗先封其为“神霄保国宣教高士”，后世宗得病，既而痊愈，世宗认为这是陶仲文祈祷之功，故授其为少保、礼部尚书，后又加授太傅，食一品俸。数年之内，陶仲文官至三孤，可见道人术士在世宗心目中的地位。
然而，与之截然不同的是谏官的命运。嘉靖十八年九月，明世宗竟欲令太子监国，以便自己去静修炼道。太仆卿杨最上疏反对，“帝览之大怒，逮系镇抚司考讯，久之死狱中”。二十年正月，御史杨爵上疏请禁除邪佞之术，“帝大怒，命镇抚司长系之”。自此以后，延臣再也不敢谏阻，神仙祷祀之风愈演愈烈。
世宗中年以后，“专事焚修，词臣率供奉青词，工者立超擢，卒至入阁”。当时阁臣袁炜、严讷、李春芳、郭朴俱以善撰青词而入阁，时人讥之为“青词宰相”。其实，“青词宰相”远不止这几位，他如顾鼎臣、夏言、严嵩、徐阶也都以善撰青词而得到世宗的青睐。
嘉靖二十一年（1542），皇宫内发生了一起宫婢造反之事，明世宗差点被勒死。此后，世宗便“移居西内，日求长生，郊庙不亲，朝讲尽废，君臣不相接，独仲文得时见”。
世宗对道士方术长期宠信不衰，但对内阁首辅却时时防范，权势稍盛，便加抑制。嘉靖朝的内阁首辅，就如走马灯似地不断更换，即使宠信如张璁、夏言，也“罢相者屡矣”。阁臣方献夫“见帝恩威不测，居职二岁，三疏引疾”。嘉靖朝任首辅时间最长的是严嵩，这与严嵩“一意媚上”，善于见风使舵，善于揣摩世宗的心理有很大关系。严嵩也是两度为首辅。第一次是在嘉靖二十三年（1544），当时严嵩勾结给事中王交、王尧弹劾首辅翟銮，翟銮被削职为民，而严嵩得以继任首辅。但严嵩任首辅后，“事取独断，不相关白”，“吏部尚书许赞、礼部尚书张璧同入阁，皆不预票拟事，政事一归嵩”。严嵩任首辅仅一年，“帝微觉嵩横”，于是又复用夏言。夏言复任首辅，盛气陵嵩，颇斥逐其党，嵩不能救。严嵩暗中勾结被夏言处罚的官吏，并收买宫中太监，而夏言则视太监为奴仆。如此，夏言在世宗面前屡屡失意，而严嵩则能及时得到情报，了解世宗的喜怒心态，讨得世宗的欢心。嘉靖二十七年（1548），夏言在计划收复河套一事上违忤了世宗旨意，严嵩终于抓住机会，设计诬陷夏言，夏言被杀。严嵩第二次任首辅长达十四年之久。这十四年中，住在西苑的明世宗，“不入大内，大臣希得谒见，惟嵩独承顾问，御札一日或数下，虽同列不获闻，以故嵩得逞志”。明世宗为防止大权旁落，也偶尔“间一取独断，或故示异同，欲以杀离其势”，但严嵩往往能揣摩世宗心理，“移帝喜怒”而不失。严嵩柄政时间久了，植党营私，排斥异己，对弹劾自己的官员必欲置之死地，制造了不少冤狱；而其贪污纳贿、卖官鬻爵、广市良田等危害朝政的恶行，更令天下人“罔不怨恨”。
嘉靖四十一年（1562），方士蓝道行“以扶鸾术得幸”，世宗向他问道：“今天下何以不治？”蓝道仙“假乩仙言嵩奸罪”。御史邹应龙在阁臣徐阶的支持下，上疏极论严嵩父子不法之事。对严嵩久握权柄、遍植党羽早已心怀不满的世宗，遂藉此令严嵩致仕。严嵩致仕后，世宗还一度“追念其赞玄功”，要徐阶等效法严嵩，助其崇道“同辅立修”。
嘉靖四十五年（1566）十二月，明世宗病死，其子朱载堉继位，是为明穆宗，改翌年为隆庆元年（1567）。明穆宗在位六年，醉心于玩乐挥霍，使嘉靖以来“帑藏匮竭”的财政危机进一步恶化，尖锐的社会阶级矛盾进一步激化，明皇朝的社会政治经济已到了不改革则无以为继的地步。
张居正改革
穆宗于隆庆六年（1572）五月去世，其子朱翊钧即位，是为明神宗，诏改翌年为万历元年（1573）。
登上皇位的明神宗只是一个十岁的孩子，政务由穆宗陈皇后及神宗生母李贵妃主持。穆宗去世后，阁臣张居正与司礼监秉笔太监冯保相结纳，冯保素与首辅高拱有郄，在太后面前诉说高拱擅权不可容，于是太后下旨，将高拱逐出朝堂，由张居正接任首辅。陈皇后与李贵妃“内任冯保，而大柄悉以委居正”。
张居正是明皇朝最有权势的首辅，当时阁臣吕调阳、张四维皆“恂恂若属吏，不敢以僚自处”。李贵妃在训责神宗时，则往往说：“使张先生闻，奈何！”神宗听了很害怕。当张居正父丧归乡时，朝廷大事专门派人“驰驿之江陵，听张先生处分”。张居正还朝，一路上，守臣率长跪，抚按大吏越界迎送，身为前驱。道经襄阳、南阳，藩王襄王、唐王俱抵郊外迎候，设宴款待。史称：“帝虚己委居正，居正亦慨然以天下为己任，中外想望丰采。”张居正在万历初柄政的十年中，可以说是权侔帝王了。正是凭借着这样的权势，张居正雷厉风行地推行了一系列的改革政策，对明皇朝的旧政积弊进行了大刀阔斧的革新。
1.整顿吏治。为了改变“贪官为害”、“驱民为盗”、吏治腐败的局面，改变因循敷衍、没有实效的官场恶习，张居正创立了“考成法”，用以考核官吏的政绩。“考成法”规定评判官吏政绩好坏的标准以“安静宜民者” 为上，“沿袭旧套虚心矫饰者”列下考。其方法是逐级考核，抚按以上述标准考核属吏，吏部以之考核抚按一级，朝廷以之考核吏部。如抚按不能悉心甄别、如实考核，则抚按为不称职，吏部应秉公汰黜之；如吏部未能精心核实处理，则吏部为不称职，朝廷宜秉公处置。逐级考核之外，还有随事考成的制度，即规定六部都察院及各衙门之间来往公文、传达处理均根据“道里远近，事情缓急，立定程期，置立文簿存照”。如有延误者，各级官吏都有责举报。如此月考、岁考，建立了严密的考核制度，使得“纪纲法度莫不修明”。张居正据考成法裁革了一大批庸懒无能的官吏，奖励提拔了廉能有才干的官吏。考成法的实施也在组织制度上保证了其他各项改革措施的顺利推行。
2.经济方面的改革。（1）清理逋欠田赋。为了增加田赋收入，缓解财政危机，张居正不得不接二连三地下令清理积欠的租赋。万历元年，诏令“自隆庆改元以前逋租，悉赐蠲除，四年以前免三征七”，第二年又规定，拖欠七分之中，每年带征三分。次年又规定“输不及额者，按抚听纠，郡县听调”。张居正将之列为官吏考成的一项内容，令“朝下而夕奉行”，迅速扭转了明皇朝财政窘迫的困境。至万历四年，“太仓粟充盈，可支十年”，“太仆寺亦积金四百余万”。（2）清丈田地。为了解决长期遗留的“豪民有田不赋，贫民曲输为累，民穷逃亡，故额顿减”的社会矛盾，张居正于万历六年（1578）下令在全国清丈田地，并严令强宗豪民不得挠法，否则严惩不贷。万历九年丈量完竣，计田地的总额比弘治时期多三百万顷。这个数字中虽有个别官吏为邀功而改用小弓丈量以求田多的情况，但清查出来的田地大部分是强宗豪民的田地则是毫无疑问的。史称清丈以后“豪猾不得欺隐，里甲免赔累，而小民无虚报”。（3）赋役制度的改革。一条鞭法的赋役改革，嘉靖年间，在张璁的主持下，曾在一些地区推行过，但“数行数止，至万历九年乃尽行之”。万历九年，张居正在全国范围内推行了一条鞭法的赋役制度改革。一条鞭法的内容为：将赋役以及土贡方物等杂征皆合并为一项，一律征银，按人丁和田亩分摊；赋役额数以州县为单位，原有赋役额不准减少；赋役额由地方官直接征收。一条鞭法统一了赋役，简化了征收项目和手续，减少了中间环节，便于管理，在一定程度上抑制了豪强漏税和官吏贪污的弊病，减轻了贫穷小民的负担，保证了朝廷的田赋收入。史称：“赖行一条鞭法，无他科扰，民力不大绌”。
3.整饬边防。鉴于明中期以来“虏患日深，边事久废”， “守备单弱”的状况，张居正竭力整饬边防，擢用了一批有才干的将领守御边疆。如用名将李成梁镇辽，小王子部众十余万数次入寇辽左，均被李成梁力战击败。戚继光镇蓟门十六年，边备修饬，蓟门晏然。而在他之前十七年间，“易大将十人，率以罪去”。史称，由于张居正知人善任，努力整饬边防，故使这一时期“边境晏然”。
此外，张居正在整理驿递、裁汰冗官、整理学校方面多所改革。
张居正是一个务实的改革家，他的许多改革政策都是针对明皇朝历代积弊而制定的，他的改革也取得了很大的成效：由于吏治有了很大改变，号令一下，“虽万里外，朝下而夕奉行”；财政亏空变得绰有剩余；从“边事久废”基本达到“边境晏然”。然而在张居正去世后，由于改革触及了一些权贵的利益，遭致他们的怨恨和非议，也由于其生前“威柄之操，几于震主，卒致祸发身后”。万历十一年（1583）三月，张居正去世后九个月，明神宗下诏追夸张居正的官秩，并抄了他的家。张居正的改革成果也大多付之东流。直到崇祯年间，后人又重新给了张居正及其改革以公正的评价：“故辅居正，受遗辅政，事皇祖者十年。肩劳任怨，举废饬弛，弼成万历初年之治。其时中外乂安，海内殷阜，纪纲法度莫不修明。功在社稷，日久论定，人益追思。”