明代社会阶级结构的主体是农民，社会构成的主要体现是农村的阶级对立。
在明代，如同宝塔式的社会结构体当中，农民是社会的底层，同时也是支撑整个社会的主体。按照明代等级社会的观念，农民是指没有任何特权身份的农业生产者，其中包括了佃农、自耕农、富裕农民、中小地主乃至没有身份的大地主（包括部分商业地主）。但是他们实际属于完全不同的阶级。对此我们可以按照今天的习惯，将他们分为农民和地主。除去农民和地主外，明代的农村中还有相当数量的身份地主，即贵族及官僚地主，以及地位更低于一般农民的雇工和奴仆。我们一般所说的封建社会的社会结构主要便表现在当时农村的社会构成上。
明初的农村，由于战乱后的特殊环境及朱元璋为恢复和发展生产而制定的各项政策，为个体农民的生产提供了有利条件，当时的农村形成了以个体自耕农民、国家佃户和中小地主为主的社会结构。洪武元年（1368）的《大赦天下诏》中写道：“州郡人民因兵乱逃避他方，田产已归于有力之家，其耕垦成熟者，听为己业。若还乡复业者，有司于旁近荒田内如数给与耕种。其余荒田，亦许民垦为己业，免徭役三年。”从当时的史料记录来看，虽然后来出现了不期而税的现象，但是农民们开耕的荒田，则确实成为了己业。
以往的历史著作中都谈到了洪武时在农村始终推行了一种鼓励耕垦的政策，其目的当然是为了使人民与土地结合，以恢复生产，以保证国家的赋税收入。但是洪武时的鼓励耕垦的政策其实是曾经有所变化的。大约在洪武二十一年（1388）以前，所推行的是一种保证耕者有田的政策，而二十一年以后，则推行了一种组织农民耕种的政策。这两种政策所造成的不同后果，前者是造就了大批自己有田耕种的农民（或称自耕农），后者则造就了大批耕种官田地的国家佃户。
在洪武、永乐期间，由于民屯的发展，农民由社民，即土著农民和屯民，即民屯农户构成。社民是在明初复业的农民，即原有的乡土居民。屯民的成分要相对复杂一些，主要包括罪囚、“故元遗民”、公侯家人和仪从中的逾制多余之户、自愿为民屯种的州县属吏、洪武中内徙的边地州县民户和永乐中复置的边地州县民户、被迁徙的农户等。其中以迁徙屯田的农户最为主要。明初为了发展生产，将民户由地少人多地区迁往地多人少地区，当时出现了许多屯民多于社民的情况。随着时间的推移，社民与屯民渐相混合，明中叶以后，官田私有化更有所发展，社民与屯民的区别主要在于所耕田地赋役轻重而已。正德、嘉靖间桂萼在《成安政事记》中说道：“［成安县］十三社八屯，社即周司徒所谓各以其土所宜，木名社于野是也。屯者，以先世民尚稀，迁朔方关右民屯田焉。当时迁民多于郭西，亦民屯所谓西关厢屯是也。然无其实数，窜民因为奸。……盖社民狃此土故占地广，赋役倍输之屯，屯益繁，地不能给用，不常逃复，于是诡社避差。……”
不论是自耕农民，还是国家佃户，就阶级关系而言，他们都是直接承担国家赋役的民户，是封建皇权的阶级基础。由于大量无主田地可供这些农户们开耕，所以一般来说，他们并不存在丧失土地或者沦为地主佃户的问题，当时农民的流亡，大多是由于赋役过重，无力承担。刚刚处于恢复之中的小农经济，禁不起哪怕是稍加的压力，不期而税或者大户的靠损，都会造成小农的破产。但是在明初，即使是破产流亡的农民，他们的最终结果也只能是还乡复业（或者有少量被移民屯种）。这种特殊情形之下，明初的农村社会阶级结构中，便形成了以有田地农户为主体的结构特征。这种情形一直保持到了正统间土地兼并日趋严重以后。随着土地兼并的日趋严重，失去土地的农民逐渐沦为地主或者贵族们的私人佃户，明初那种以自耕农民为主体的社会阶级结构也就一去不复返了。
农户既然有田地耕种，并且承担官府赋役，因此他们与其对立的阶级——地主阶级的矛盾，也就处于了相对缓和的时期。这时候的封建国家为了保证国家的正常财政收入，对于地主阶级势力的发展采取了限制甚至打击的策略。在朱元璋亲撰的《御制大诰》中，除有关吏治的案例之外，也有相当多的关于惩治农村中豪强地主的案例。但是明政权毕竟是封建地主阶级的政权，它从根本上维护的最终只能是地主阶级的根本利益。所以到了建文以后，地主阶级的势力便得到了较快的发展。当燕王朱棣起兵夺位的时候，江南一带便已经出现了农民起而响应，攻杀地方大户的情形。当然，这只是阶级矛盾激化的一点苗头，真正阶级矛盾激化则是正统以后的事情了。正统十三年（1448）福建沙田的邓茂七起义便带有明显的阶级对立特征，而与明初那些带有明显宗教起义传统或者直接针对国家赋役的起义有所不同。茂七“尝佃人田，例于输租外，馈田主以薪米鸡鸭，茂七始倡其民革之。又以输租于远者，令田主自运而归，不许辄送其家。田主诉于县……县闻于上司……。至是惧讨，乃刑白马，歃血誓众，遂举兵反”。农村中田主即地主，与农民即佃户之间的矛盾开始走向激化。
明中期以后，虽然总的趋势是土地兼并日益加剧，但是南北不同地区农民的情况也有一些不同的变化。例如北方地区，由于一般情况下相对地广人稀，农民可以有田地耕种。明宣宗曾经在他的一篇名为《耕夫记》的谈话记录中写到宣德时北方农民的情况：
庚戌春暮，谒二陵归，道昌平之东郊，见道旁耕者跽而耕，不仰以视，不辍以休。召而问焉，曰：“何若是之勤哉？”跽曰：“勤，我职也。”曰：“亦有时而逸乎？”曰：“农之于田，春则耕，夏则耘，秋而熟则获，三者皆用勤也，有一弗勤，农弗成功，而寒馁及之，奈何敢怠？”曰：“冬其遂逸乎？”曰：“冬，然后执力役于县官，亦我之职，不敢怠也。”
这段谈话生动地勾画出了当时北方自耕农民的生活状况。但是宣宗所看到的其实并不能代表当时农民的普遍状况。这只能说明，在没有天灾人祸，没有发生土地兼并的情况下，农民尚可以勉强维持基本的生活。一旦发生天灾人祸，农民的生活便无法维持了。仁、宣时期是明朝从开国到守成的变化时期。当时所推行的一系列相对宽松的政策，对于改变农民生活状况起到了一定的作用。从有明一代的情况来看，下层农民即小农们的生活，一直是贫苦不堪的。从仁、宣之后，到正统间农民流亡的情况便已是日趋严重，成、弘以后，北方农民贫困化的情况并无丝毫改变，正德末年杨廷和所谈北方的情况与宣宗的《耕夫记》形成了鲜明的对照。
各地水旱相仍，灾异迭见。岁用钱粮，小民拖欠数多，各处军士月粮，经年无支，该镇奏讨，殆无虚日。欲征之于民而脂膏已竭，欲取之于官，而帑藏已空。闾阎之间，愁苦万状，饥寒所迫，啸聚为非者，在在有之。其畿内州县及山东、河南、陕西等处，盗贼百十成群，白昼公行劫掠。居民被害，商旅不通。
造成这种情况的原因显然不仅仅是水旱灾异。我们看到的永乐十九年迁都后北方各省饥民的情况，也曾经是“水旱相仍，民至剥树皮掘草根以食。老幼流移，颠踣疲乏路，卖妻鬻子以求苟活。……犹且徭役不息，征敛不休”。那时候虽然是永乐的盛世，与正德时农民的生活却又何其相似乃尔，在整整经历了一百年以后，北方的农民生活上几乎没有一点变化，这实在是一个令人感到震惊的事实。
江南地区与北方有所不同，由于自然条件富庶，使得农民生活要明显好于北方，但是从明初以来江南一直都是朝廷赋税重地，尤其是大量重赋的官田地，给耕种者以极重的负担。这种情况完全是由于历史原因人为造成的。《明史·食货志》中说：“初，太祖定天下官、民田赋，……惟苏、松、嘉、湖，怒其为张士诚守，乃籍诸豪族及富民田以为官田，按私租簿为税额。而司农卿杨宪又以浙西地膏腴，增其赋，亩税有二、三石者。大抵苏最重，松、嘉、湖次之，常、杭又次之。”这是明初政治报复与严猛政治的产物。到成祖以后，还依然继续着这种政策。例如建文遗臣高翔在成祖夺位后被族诛，诸给高氏产者皆加税，目的是为了“令世世骂翔也”。不过高翔不是苏松人，而是陕西人，这只是一个极为典型的例子。成祖以后江南的重赋问题开始表现了出来，其中最为突出的问题便是无法完赋。
苏、常诸府税粮，自洪、永以来，逋多待免。大户及巾靴游谈之士，例不纳粮，纳粮无增耗。椎髻秉耒小民，被迫累年拖扰不定。
也就是说，真正受到重赋之扰的主要还是下层农民。到宣德初年，仅苏州一府拖欠的税粮就多达八百万石，相当于全国正常岁入的三分之一。这实际上已经造成财政上的困难，发展下去必将是国民两竭。洪熙元年（1425）广西右布政周幹自苏、常、嘉、湖等府巡视还京，曾经上言苏州等处农民逃亡的情况。称：“询之耆老，皆云由官府弊政困民所致。”这时仁宗已经去世，宣宗即位，于是从宣德初年起，明朝廷开始议减官田租额，“宣德五年二月诏：‘旧额官田租，亩一斗至四斗者各减十之二，四斗一升至一石以上者减十之三，著为令。’”这在当时对农民的生活来说应该是有一定作用的。一年以后，江南巡抚周忱又进而提出官田依民田起科，但是这一次由于多人的反对没有能够实施。次年便是著名的宣德七年江南大丰收。为防止粮价暴跌国家以官钞平籴，并由此而建立起济农仓。这对于江南农民的生活情况有着相当大的关系，甚至一直影响到了明朝中期以后。但是这次减少的官田租赋额度甚小，对于真正减轻农民负担的作用并不太大。
江南官田租的再次减额是在正统元年（1436）：“正统元年，令苏、松、浙江等处官田，准民田起科，秋粮四斗一升至二石以上者减作三斗，二斗一升以上至四斗者减作二斗，一斗一升至二斗者减作一斗。”这虽然还不是真正的按照民田起科，但是对于税收产生了明显的影响，国家岁入由宣德间的三千零一十八万二千二百三十三石，锐减为正统间的二千六百八十七万一千一百五十二石，明朝自正统后的岁入，基本上在这个数字上下浮动。
当然，这只是官方公布的数字，与实际的情况相去还是甚远的。何良俊就曾经记述了松江农村农民的不同情况。
盖各处之田虽有肥瘠不同，然未有如松江之高下悬绝者。夫东西两乡，不但土有肥瘠，西乡田低水平，易于车戽，夫妻二人，可种二十五亩，稍勤者可至三十亩。且土肥获多，每亩收三石者不论，只说收三石五斗，每岁可得米七八十石矣。故取租有一石六七斗者。东乡田高岸陡，车皆直竖，无异于汲水。稍不到，苗尽槁死。每遇旱岁，车声彻夜不休。夫妻二人极力耕种，止可五亩。若年岁丰熟，每亩收一石五斗。故取租多者八斗，少者只黄豆四五斗耳。农夫终岁勤动，还租之后，不彀二三月饭米。即望来岁麦熟，以为种田资本。至夏中只吃粗麦粥。日夜车水，足底皆穿。其与西乡吃鱼干白米饭种田者，天渊不同矣。
不过，一般来说，江南地区自然条件要好于北方，农民的状况也较北方为好。明朝人说：“闽田两收，北人诧以为异，至岭南则三收矣。斗米十余钱，鱼虾盈市，随意取给，不甚论值。单夹之衣，可过隆冬。”北方则田地虽多，“然硗确寡入，视之江南，十不能及一也。……每见贫皂村氓，问其家，动曰有地十余顷，计其所入，尚不足以完官租也”。
江南农民占有的土地虽然明显少于北方，但是在明朝建国之初大都是曾经占有一定量土地的。对于明初授田的具体情况目前尚缺乏深入研究，从明初对于农民垦荒及田主不准抛荒的种种政策来看，当时无论南北，农民大都有田，而且有些数字还相当惊人。例如著名的狭乡徽州就曾有过明初各授田三十六亩的记录。这种情况到明中叶以后便不复存在了。随着土地兼并的日趋严重，大批农民变成了地主的佃户。所以尽管南北各地有着由于自然条件所造成的农民生活差异，但是从农民在社会经济生活中的地位来看，都有一个明显的共同之处，便是终年劳作，而所得甚少。即使是素称富庶的江南，其实也是“有田者什一，为人佃作者什九”。 “至有今日完租而明日乞贷者”。
明朝中叶以后，随着社会经济的发展，农村的贫富差别也日益扩大，地主，尤其是身份地主兼并大量土地，租佃关系矛盾也就日渐激化。阶级对立激化的表现是那些反抗田主或者反抗官府征敛的民变和农民起义明显增多。如万历间黄梅的刘汝国即起于入富户蔡氏家中“抢掠”。又有太湖应采者，亦起于以饥民为主体专门抢劫富室之民变。崇祯间苏州一带“田主有乡居者，征租于佃户，各佃聚焚其居，抢掠其资”，南洋方怀忠率数乡农民，蜂拥至城下，声称：“田主取租不公。自古收租，只秤加一，今加二、加三不止。”也是租佃矛盾的集中体现。
当然，当时土地兼并一方面是出于势豪之家的侵夺，而就明代的特殊情况，其中更有相当多是出于下层农民的投献。农民因为不堪徭赋，将自己田产献于当地势豪大户，这些献田的农民也因此而成为了大户的家奴，在当时也称作家人或者世仆。如明人所记：
吾娄风俗，极重主仆。男子入富室为奴，即立身契，终身不敢雁行立，有役呼之，不敢失尺寸，而子孙累世不得脱籍。间有富厚者，以多金赎之，即名赎而终不得与等肩，此制驭人奴之律令也。然其人任事，即得因缘上下，累累起家为富翁。最下者，亦足免饥寒，更借托声势，外人不得轻相呵。即有犯者，主人必极力卫捍，此其食主恩之大略也。④
使用家奴在当时南北各地都有。当时的北方一般是主人家出资雇募，而南方则多为小民自动投充。
明季缙绅，多收投靠，而世隶之邑几无王民矣。然主势一衰，跋扈而去，甚有反占主田产、坑主赀财，转献新贵有势，因而投牒兴讼者，有司亦惟力是视而已。
这大约应该是有明万历、天启间达到了高峰。农民将自己的田地与自己本人一起“投献”到缙绅之家，目的本是为了求得保护，既摆脱国家徭赋的征索，又取得主人的声势。其中当然确有一些因此而发达起来的例子，甚至有些世仆子弟读书有成，取得功名，但却无法摆脱奴仆的身份。如《复社纪略》中所述延陵世睿家僮张嶤的事件：“延陵世睿有家僮张嶤者能文章，少受业于越自新，两张（张采、张溥）收之为弟子，主人不之许，使之供隶役，职抄誊。嶤耻之，避之南张（张采）所。延陵拘其父母，南张为请甚力，事虽解，而使供役如初故。嶤不能堪，举家徙之武陵。吴来之处之客席。未几，两张使之入泮，吴江延陵控之当事，求正叛之罪，卒不胜。久之，两张嘱州守周仲涟携来之手书，造延陵进赎金，为嶤削隶籍。”其后便引发了陆文声以此为由对复社的讦奏之事。主人对于奴仆的压迫必然激化主奴之间的矛盾，因此到崇祯以后不断发生“奴变”，也就是势在难免了。晚明因奴仆而引发的事变最著名者当是“民抄董宦”的事件。不过“民抄董宦”并不是真正意义上的“奴变”，真正意义上的“奴变”应当是指那些奴仆的反抗斗争。如崇祯十四年（1641）松江府奴仆陈丑的暴乱，以及十七年浦东等地奴仆起事焚杀主人的事变等。其中除去为生活所迫入主人家中抢夺财物者外，更多的则是奴仆们的索契斗争，即所谓：“逆奴群聚，向主人索鬻身文契。……有不与者，即焚其庐。”同年，嘉定华氏拷掠家奴，激起奴变，“各大姓奴同时起，缚主杖之。踞坐索身券，或杀或辱，所至数万人，百里内如沸”。待到张献忠破麻城时，大批奴仆起而响应，则更将这场阶级斗争融入了波澜壮阔的明末农民起义之中。