清中叶的稽古之学，在乾嘉学风和“盛世”表象的笼罩下，学者们主要致力于校勘前史文句，订正或补充前史所载史料，以及编纂方志、谱牒诸方面，史地之学虽有发展但缺乏创造性开拓，倾向于“内”（在原有史著之内和中原之内）的“毛举细故”。鸦片战争之后，由于社会矛盾和民族矛盾加剧，经世致用的学风兴起，史地学家的视野逐步开扩，其思想观点、研究方向都发生了某些变化，一部分人首先从考校补正前史的范围内解放出来，研究与现实联系紧密的当代史地、边疆史地、乃至世界史地一时成为风气。若干与当代政权直接联系的课题，如明末清初史，也有人加以研究。
近代史学的发展可以分为两阶段。在直至维新运动时期的第一阶段内，虽然研究范围有所扩大，在史著的观点和体例上也有一些变化，但没有根本突破传统的形式，作为史学家灵魂的社会历史观，还没有达到完全崭新的高度，所以第一阶段的史学，只能说是传统史学的终结与改革，它孕育着资产阶级近代新史学的萌芽，但还不是新史学本身。
龚自珍、魏源的史学思想和史地著作
龚自珍和魏源都受到今文经学的巨大影响，因而都曾运用《公羊传》的“三世说”，表达他们变易的社会历史观。在他们看来，当时中国社会已是处于“衰世”或曰“末世”，只有改革才能自救。他们的史学就是为改革服务的史学。
龚自珍在史学理论上有一定建树。他提出，“欲知大道，必先为史”，即主张通过历史研究了解社会变化之道，这就是治史的最高目的。为此，他对治史的方法提出较高的要求，认为史学家不仅要记录史事和评判是非善恶，必须“善入”和“善出”。“善入”就是要深入到经济、政治、军事、文化、制度等各个领域的深层；“善出”即是“出乎史，入乎道”，了解其所以然，并把握社会变化的规律。他还认为学术与治理密切相关，“一代之治，即一代之学”，尤其强调史学有关于国家的盛衰存亡，因为它在培育人们的爱国心和民族自尊心以及造就人才方面，有着不可或缺的作用。他说：“灭人之国，必先去其史；隳人之枋，败人之纲纪，必先去其史；绝人之材，湮塞人之教，必先去其史”，以证明史学的巨大功用。为了发展史学，他提出了“史之才”的标准：“识其大掌故，主其记载，不吝其情。上不欺其所委贽，下不鄙夷其贵游，不自卑所闻，不自易所守，不自反所学”。认为那些媚于当道，求宠求禄，“徒乐厕于仆妾、俳优、狗马”的人，是无论如何算不上“史之才”、无法胜任史职的。
龚自珍的史学著作不多，代表作是《蒙古图志》，为图28、表18、志12，表、志之前都有序文。梁启超称之为“深通史裁之作品”。另有《北路安插议》、《西域置行省议》，注重西北边疆问题，是历史、地理与现实政治的结合之作。梁启超称其“言新疆事颇中窾要”，而且40余年后清政府在新疆的行政措施正如龚自珍当年所言。
魏源虽然也和龚自珍一样，没有完全摆脱“三世”循环论的束缚，但却强烈地反对复古。他说，“五帝不袭礼，三王不沿乐”，批判留恋古昔、食古不化的陈腐观念，认为新陈代谢是必然之势，所以“天有老物，人有老物，文有老物”，把社会历史看成一个自然发展的过程，因而“天地”、“祖宗”、“圣人”都“必当自变”。他高度重视史学家的修养，强调史学家必须树立历史客观性的观念，要尽力占有历史资料，并注意从中探寻出历史规律——“道”，不媚不诬，努力做到“于局中而具局外之识”，以使史学能更有效地作用于现实社会。
魏源的史学著作很多，主要有《明代食兵二政录》（道光七年，1837）、《圣武记》和《道光洋艘征抚记》（道光二十二年，1842成书）、《海国图志》（有五十卷本、六十卷本和百卷本，分别成于道光二十二、二十七年，咸丰二年，1842、1847、1852）和《元史新编》（咸丰二年，1853成书）。
《圣武记》和《道光洋艘征抚记》是魏源的当代史著作。前书采纪事本末体裁，叙述清朝历代武功，诸如清初建国，消灭明朝政权，平定三藩，征服蒙古、准噶尔、厄鲁特、回疆、西藏等处，清皇朝与俄国、朝鲜、缅甸、越南的关系，镇压苗民、白莲教、天理教等起义以及统一台湾等重大事件。意在总结历史经验，既以皇朝政权的赫赫武功激发举国上下的抵抗外来侵略的决心，也如实揭示清朝政权由盛转衰的历史过程。书中对“士大夫不讨掌故，道听途说，其究至于贻误于国家”；对于“吏饕民困”、“财用不足”、“人材不竞”、“令不行于境内”的社会危机；以及战争中战和不定、调度失宜、将骄兵悍、纪律败坏、赏罚不明等腐败现象，均有分析批评。后书则完整地记载了鸦片战争的全过程，总结了中国在战争中失败的经验教训，尤其对统治集团中的投降派加以揭露，锋芒直指道光帝、穆彰阿、琦善、奕山等人。对林则徐、邓廷桢等抵抗派和爱国官兵予以热情肯定，表现了强烈的爱国主义情怀。书中还提出了“师夷长技”的纲领，并具体建议采取开办造船厂“以整水师之武备”的措施。
《海国图志》是历史、天学、地学、科技和时政的综合著作，精华在第一部分《筹海篇》。这部书总结了鸦片战争的经验教训，提出了中国应采取的补救措施：如严禁鸦片、广开贸易、兴办工厂、加强海防和讲求养兵练兵之法，从而将“师夷长技以制夷”的纲领系统化。书中其他部分分别介绍了世界各国史地和政情，对英、法、美、俄介绍尤为详细。此外还选载了与鸦片战争有关的档案材料及林则徐组织编译的国外情报资料；收集了西方关于船炮、水雷、望远镜、测量器具的技术资料，附有图表和数据。最后是关于天学和地学等有关自然科学知识，可谓当时的百科全书。《海国图志》以“师夷长技以制夷”为写作目的，表现了作者在了解世界情况和更新观念上的巨大突破，开创了近代中国人向西方寻求真理的新风，对此后中国的洋务运动、维新运动和日本的明治维新都产生过深远的影响。
魏源在编撰《海国图志》的过程中，牵涉到元史，于是取《元朝秘史》、《蒙古源流》加以研究，参以邱处机《长春真人西游记》、刘郁《西使记》和历代西域传记，写成《元代西北疆域沿革图》、《元代征西域考》及《元代北方疆域考》，最后在此基础上写成《元史新编》。《元史新编》对明代官修《元史》作了正误补阙、删繁弥陋的工作，在体例上改变旧史一人一传的形式，而传以类从。这部书对后来的元史和西北史地研究，具有相当影响。
其他有关鸦片战争的史地著作
与魏源同时或稍后，还出现了其他一些有关鸦片战争的著作，其中较著名的有梁廷枬的《夷氛闻记》、夏燮的《中西纪事》和徐继畬的《瀛环志略》。
梁廷枬（1796 —1861），参加过广东的禁烟活动和人民群众抵抗英军侵略的斗争，他参考了《道光洋艘征抚记》的早期抄本《夷艘寇海记》，写成《夷氛闻记》。该书的主要价值在于保存着较多的广州三元里抗英活动和广州升平社学组织活动的第一手资料。但作者的识见显然不及魏源，他反对“师夷”，认为这有失国体之尊严。
夏燮（1800— 1875）的《中西纪事》，是根据当时流传的奏稿函札、条约章程、新闻报纸等资料整理而成的。该书所记，始于早期通商，迄于咸丰十年（1860）中英、中法签订的《北京条约》，对于两次鸦片战争的经过、不平等条约的签订交涉，均有详细记载。揭露了英、法、美、俄的侵略罪行，歌颂了中国人民的英勇斗争事迹。也保存了许多有价值的历史资料。
徐继畬（1795 —1873）与魏源编纂《海国图志》同时，开始编撰《瀛环志略》，于道光二十八年（1848）成书。由于他在鸦片战争前后正在广东、广西、福建任职，与外国人有所接触，学到了一些外国史地知识。《瀛环志略》载地图42幅，对世界五大洲近80个国家作了介绍，内容包括地理位置、历史变迁、政治经济、风土文化等等，而重点放在亚洲、欧洲和北美洲。书中地图绝大部分由西方地图册中采集，绘制精确。叙述则侧重于近世，兼及重大事件和重要人物，神异之说则摒弃不取。这部书后来对洋务运动、维新运动和日本的影响，仅次于《海国图志》。
边疆史地和元史研究的发展
鸦片战争使“天朝上国”的清帝国大损威严，不仅东南沿海门户被打开，西南、西北和东北边疆的危机也渐引起有识之士注意。加上明代官修《元史》潦草芜秽，尤其是元朝奠都燕京之前四朝（太祖、太宗、定宗、宪宗）事迹概付阙如，清代史学家一直有志于勘治元史。此外还由于一些被流戍西北的官吏、士人的实地见闻感受，增强了他们研究边疆史地和元史的兴趣，使得这方面的学术出现了长足的进展。
姚莹（1785— 1853）的《康輶纪行》是西南边疆研究的代表之作。这位爱国官吏在鸦片战争中任台湾兵备道，曾有效地抗击了英军，但事后却遭诬陷贬官，罚往四川和西藏。他饱含爱国热情，从事调查研究，“就藏人往西事”，写成记述我国西藏地区以及印度、尼泊尔以至美、俄等国有关情况的《康輶纪行》。在四川时，他就对英国侵略者在西南的贩烟活动路线作了调查，到西藏后又详细调查了印度、尼泊尔的进藏路线，并将西藏境外各国地形绘制成图。他尤其关注英、俄有关情况，认为英国有 “长驱入藏”的野心，主张利用二者的矛盾而采取“制驭”方略。书中不仅详载进藏路线、距离，也介绍了西藏的民俗、生活、宗教等问题。姚莹对西南边疆情形的调查和研究，在当时是首屈一指的。
这阶段的边疆史地和元史研究，除前述魏源的《元史新编》之外，首先是曾官湖南学政、后因事遣戍伊犁的徐松（1781— 1848），得以实地勘察西北边地，写出了《汉书西域传补注》、《西域水道记》和《新疆识略》。接着张穆（1805—1849）曾校订《永乐大典》中的《皇元圣武亲征录》和祁韵士的《西域稀地》、《藩部要略》，并研究俞正燮的《俄罗斯佐领考》，写出了《俄罗斯事补辑》、《北魏地形志》和代表作《蒙古游牧记》。
《蒙古游牧记》的写作，是因张穆有感于“内地各行省府厅州县皆有志乘，所以辨方纪事，考古镜今。……独内外蒙古……未有专书”，人们难以系统了解蒙古情形。该书在编纂上沿用了史志体裁，但根据蒙古族“以畜牧为主，不常厥居”的生活方式，以历史上各盟、旗为单位，“因其部落而分记之”。记叙各部情况时，首叙封爵功勋，继考古今舆地及山川城镇的沿革，终言会盟贡道。取得了“缀古通今，稽史籍，明边防，成一家之言”的效果。
此外，还有曾任刑部主事的何秋涛（1824 —1862），究心时务，对西北史地尤有兴趣。他又精于汉学，遂把汉学家的考据精神和方法，运用于边疆史地研究，将官私著述中有关北部边疆的史料加以分类、排比、考订，编辑为《北徼汇编》，于咸丰八年进呈书稿，被改名为《朔方备乘》，然未刊即毁残于英法联军之役，到光绪年间才经他人据残稿补缀刊行。
《朔方备乘》之作，意在歌颂清初武功之盛，希望清朝统治者总结经验，振作精神，抵御外来侵略。该书范围不限于蒙古、新疆和我国东北，对西伯利亚、中亚乃至东欧，亦俱有考证。其中最有价值的是关于中俄关系的史料考订和记载，既具体地叙述了清初俄国在我国东北边疆的扩张、两国交兵、会谈分界立碑的史实，也介绍了康熙年间两国关系正常化以后经济、文化上的友好往来。其另一进步之见，是强调各民族间要互相尊重对方的宗教信仰和生活习俗，以稳定人心，加强团结。该书还对土尔扈特蒙古跋涉万里、重返祖国的原因作了分析，对这一爱国行动及边疆各族人民不屈服于外力威胁的光荣传统加以热情赞扬。
此后直到清末，致力于元史研究并取得较大成就的，还有李文田（1834 —1895），代表作是《元秘史注》，取材宏富，于《元秘史》中涉及的地理、年代、史实均有详细参证和考订。洪钧（1839—1893）在使俄期间，接触到波斯人拉施特哀丁的《史集》和亚美尼亚人多桑的《蒙古史》以及其他西方史料，编成《元史译文补证》一书，不仅扩大了史料来源，而且开辟了中西比较、参互对勘的治史新途径。
到本世纪二十年代初，元史的研究仍在进展。屠寄（1856 —1921）著有《蒙兀儿史记》，偏重于记载忽必烈以前史事和各大汗国史迹，取材兼及中外，于西北地理沿革考证尤为详尽。曾廉编有《元书》。柯劭忞（1850—1933）著成《新元史》，注意吸收了前人对元史研究的成果，对旧《元史》多所补正，但体例和观点一仍其旧。
中俄边界一度是边疆史地的研究热点。曹廷杰（1850 —1926）在光绪十年至十三年（1884—1887），通过研究有关史料和实地勘察，写成《东北边防辑要》、《西伯利亚东偏纪要》、《东三省舆地图说》等书，详细记述了俄国侵占我国东北领土的情形。尤其是拓回永宁寺碑文，于研究明代东北边疆，意义重大。另外，屠寄著有《黑龙江舆地图说》，洪钧有《中俄交界全图》，二十世纪初邹代钧作有《中俄界记》。近代的史地研究，促进了历史沿革地理学的发展，造成了一批专家，其中以杨守敬（1839—1915）和丁谦（1843—1918）成果最多。杨守敬著有《汉书地理志补校》、《隋书地理志考证》、《水经注疏》、《水经图注》、《历代舆地图》，均被视为名作。丁谦则编有《蓬莱轩舆地丛书》等，为社会普及了地理学知识。
突破禁忌的明史研究
清初官修《明史》，对南明小朝廷和抗清的人物事迹记载极为简略，但当时一些具有民族气节的汉族士人曾遗留下大量野史笔记，在民间流传。鸦片战争和太平天国农民起义的冲击，使得清皇朝在思想文化上的控制相对削弱，撰写明史的著作渐渐问世，继前述魏源的《明代食兵二政录叙》之后，还有徐鼒和夏燮的有关史著。
徐鼒（1810— 1862）于道光三十年（1850）入清朝史馆，着手研究南明史。他参考前人有关史书60余种，兼及诸地方志和诗文集，于咸丰十一年（1861）写成《小腆纪年（附考）》。该书起自明崇祯十七年（清顺治元年1644）李自成农民军进入北京、福王朱由崧在南京登基，终于康熙二十一年（1683）台湾郑氏政权归顺，以编年体记载其间40年史事。他同时作有纪传体的《小腆纪传》，两书并行，使这段时期的重要事件和人物行动公之于世。
夏燮于同治十二年（1873）刊行了《明通鉴》，其中南明部分占6卷。该书注重鉴别史料、考订事实、兼及讨论治乱得失，寓评于编。徐鼒和夏燮两人在政治上都依附于曾国藩，是封建道统、秩序、伦常的维护者，因而其指导思想都未能摆脱春秋笔法和《御纂资治通鉴纲目三编》的影响。不过他们都注重“人事”，敢批评“苛政”，强调“直书其事而得失劝惩寓焉”。他们还站在汉族地主阶级的立场，歌颂因对抗农民起义而死的“忠节之士”，也记录并表彰了抗清的“忠臣”、“义士”的事迹，不过都巧妙地通过引用清朝皇帝谕旨的方法加以表达。
西方史学的输入和中国人走向世界
从洋务运动时期开始，西方史学随同外国其他文化已逐渐传入中国，到维新运动之前，在梁启超编的《西学书目表》中，“史志”类书籍有25 种，大部分为编译的外国史著。通史如日本冈本监辅的《万国史记》，美国谢卫楼著、赵如光译的《万国通鉴》，古代史如英国艾约瑟辑译的《欧洲史略》、《希腊志略》、《罗马志略》，近代史如英国马恳西著的《泰西新史揽要》（原名《泰西第十九周大事记》）、《列国变通兴盛记》，国别史如《俄史辑译》、《大英国志》，日本冈千仞著的《法兰西志》、《米利坚志》，人物传记如黎汝谦译的《华盛顿传》等。当时影响较大的是冈本监辅著的《万国史记》和英国在华传教士李提摩太口译、蔡尔康笔述的《泰西新史揽要》。《万国史记》反对以欧洲为世界中心，对受西方列强侵略的印度、土耳其、波兰表示同情，同时书中主张讲求新政新学，赞美欧洲的立宪制度。《泰西新史揽要》主要记叙十九世纪欧美资本主义发展的历史。李提摩太口译时盛赞基督教，为帝国主义侵略行为辩护，还攻击法国式的民主革命，宣扬温和的改良主义思想。但该书毕竟介绍了法国革命和英国的产业革命，传播了破除封建专制积弊、力主“变通”求新的观念。这几本书很适合刚从封建营垒中转化出来的改良派知识分子的需要，所以王韬曾赞扬《万国史记》、《法兰西志》和《米利坚志》，康有为于光绪二十三年（1897）第五次上书光绪帝时，曾推荐《泰西新史揽要》。
与此同时，由于官吏出洋考察、留学生出国求学和少数人因其他原因出国，各种游历外国的笔记、日记、闻见录渐渐出现。如张德彝的《航海述奇》、斌椿的《乘槎笔记》、志刚的《初使泰西日记》、郭嵩焘的《使西日记》、薛福成的《出使四国日记》、王韬的《扶桑游记》等等，记录了近代中国人对世界的直接闻见和观感。正是在这些基础上，出现了王韬和黄遵宪的外国史著作。
王韬和黄遵宪的外国史著作
王韬（1828— 1897），于同治元年（1862）到香港，同治六年冬开始游历欧洲，两度经过法国，通过参观访问以及与法国学者交往，对法国的历史、地理、风俗习惯和社会状况有所了解。他于同治九年（1870）回到香港，编辑了《法国志略》，次年又编撰了《普法战纪》。王韬赞成“君民共主”，希望中国学习西方，进行资产阶级性质的改革，因而主张“志欧洲地理必兼政事”，且剪裁时注意“略古而详今，舍远而志近”，在记载法国历代大事时，尤注重法国与邻国的关系，并专载有关通商、军政、物产、民俗、文化等方面的情形。
黄遵宪（1848 —1905）从光绪三年（1877）任驻日使馆参赞，在日本居留四年多，对日本的历史和现状作了系统深入的调查研究，于光绪十三年（1887）编撰成《日本国志》，这是到那时为止中国人所写的篇幅最大、内容最翔实的外国史著作。该书将日本数千年历史用国统、邻交、天文、地理、职官、食货、兵、刑法、学术、礼俗、物产、工艺等十二“志”胪列分叙，全书贯穿着“物穷则变，变则通”的历史进化观点，肯定了日本民族不断向外部世界学习的态度，重点记叙了明治维新的各种举措和发展过程，“详今略古，详近略远”，“凡涉西法，尤加详备”。对调查研究所得资料，如当时日本政府和各地方、各机关发布的公报，法令及统计数字，予以认真收录，从而成为当时中国人了解和研究日本的信史。梁启超称该书“在旧史中实为创作”，更有不少人惋惜此书迟迟于写成后的七八年才刊行，以致中国人不了解日本，在甲午战争中打了败仗。
王韬和黄遵宪都注意了“史”与“论”的结合，分别用“逸史氏曰”和“外史氏曰”的形式阐发自己的观点。同时，他们在叙述和议论的过程中，都有将中外情形加以比较的倾向，借以表达自己渴望向外国学习、实行改革的进步愿望。他们还抛弃了以“天朝上国”自居的妄自尊大态度，不再以“夷狄”看待他国；同时还感到中国旧史书“专叙历代治乱沿革”而对“国势民情”略而不书是重大缺陷，因而有意使用不少篇幅记载法国和日本社会的经济生活、发明创造、人才培养和风俗习尚。王韬和黄遵宪的史学著作，呈现出由传统史学向近代史学转化的态势。此外，王先谦在光绪二十七年（1901）曾据中日两国史料，写成《日本源流考》一书，该书记载自日本建国到明治二十六年的日本历史，对明治维新的经过和措施记述尤详。但他认为日本“万世一系”的“世王”制度，是日本得以长期保持独立和维新能够迅速成功的主要原因，体现出他拥护君主制度的落后观念。
清末的当代史料编次和有关历史研究
清代对于文献资料的保存和编次相当重视，晚清仍然保持了这一传统。于“实录”类有《宣宗实录》、《文宗实录》、《穆宗实录》、《德宗实录》和《宣统政纪》。于“东华录”一例，王先谦于光绪十年（1884）完成《九朝东华录》，属于晚清的有道光、咸丰、同治三朝；朱寿朋于宣统元年（1909）补辑了《光绪朝东华录》。属于“方略”类的，有奕�等编纂的《钦定剿平粤匪方略》、《钦定剿平捻匪方略》、《钦定平定陕甘新疆回匪方略》、《钦定平定云南回匪方略》、《钦定平定贵州苗匪方略》等。光绪朝续修《大清会典》，起自嘉庆十八年（1813），迄于光绪二十二年（1896）。刘锦藻编有《清朝续文献通考》，起自乾隆五十一年（1786），迄于宣统三年（1911），凡400卷。此外，李桓编纂有《国朝耆献类征》，李元度编纂有《国朝先正事略》。
晚清外患连绵不断，故外交史料亦多。计有道光朝、咸丰朝、同治朝的《筹办夷务始末》，光绪朝、宣统朝的《清季外交史料》，系统记载了鸦片战争以来的中外交涉事件和有关条约。此外，魏源在鸦片战争之前的道光十七年（1837）编成的《皇朝经世文编》，不仅具有文献价值，而且有助于当时和此后经世学风的高扬，给士人提供了评议时政的先例和思想资料，因而踵继者不绝。从咸丰元年（1851）到1914年间，各种以“补编”、“续编”、“续集”、“二编”、“三编”、“四编”、“五编”、“新编”和“统编”等名目出现的经世文集，共达18种之多。
同史料编次的情况相比，晚清的当代史著作略显逊色。除前述与鸦片战争有关的著作外，此后关于太平天国和湘军的著作主要是夏燮的《粤氛记事》、张德坚的《贼情汇纂》、王闿运的《湘军志》和王定安的《湘军记》。有关戊戌变法的著作则有梁启超的《戊戌政变记》、胡思敬的《戊戌履霜录》和叶德辉的《觉迷要录》。除了梁启超的《戊戌政变记》之外，其他史著的体例和指导思想均属陈旧，除部分史料价值外，乏善可陈。记述时段较长、编纂自成体系的史著，还有王之春的《国朝柔远记》，但其曲意美化清皇朝，故识见远不能与魏源的《圣武记》同日而语。
对其他古史、古学的讨论和研究
此处所说的古史，包括自上古先秦经秦汉、魏晋到隋唐两宋的历史。从晚清到民国初年的学者，在田野考古发达之前，对于上古先秦乃至两汉的研究，主要根据是儒家经传注疏、先秦诸子、《史记》和《汉书》，经学和诸子学常成为研究重点。对于汉代以下的研究，根据则是历代正史、有关古籍和学者文集。研究成果则多为考、注、疏、解、辑补、订正之类。所谓古学，即指经学、诸子学和研究其他古史古籍的专门之学。
关于经学的研究，晚清今文学派的代表人物康有为、古文学派的重镇章太炎，在前面有关部分已多次论及，不宜多作重复，故只将其余研究成果有较大影响的学者，按“汉宋调和派”、“今文学派”、“汉学—古文学派”，略加区别和扼要评介。
首先，汉宋调和学派。
这一派在近代的开创者是阮元。阮元（1764—1849）曾任浙江、江西巡抚，两广总督，晚年为体仁阁大学士。他受戴震弟子王怀祖、任子田影响，承乾嘉学风余绪，持以古训求义理的治经态度，认为“古今义理之学，必自训诂始”，但也曾自称“为学自宋人始，由宋而求唐求晋魏求汉”，进而推至孔、孟，归结为《诗》《书》。阮元是以训诂求义理的专家，长于归纳，其治学方法是先罗列古训，宁繁勿漏，继之以统整条贯。他反对“以我之性灵思而求其通”，排斥陆王而接近朱熹，于调和汉宋之中又显尊汉抑宋。由于他主持编刻有《经籍纂诂》、《十三经注疏》和《皇清经解》，从而成为清代经学名臣的最后一个重镇。他在杭州创立诂经精舍，在广州创立学海堂，因而在此后数十年中形成为一股学术思潮。
受阮元影响最大的是陈澧。陈澧（1810—1882）曾任学海堂学长数十年，自称“泛滥群籍”，“无不研究”。他明确主张调和汉宋，称“汉儒善言义理，无异于宋儒，宋儒讥汉儒讲训诂而不及义理，非也；近儒尊崇汉儒，发明训诂而不讲义理，亦非也”。著有《汉儒通义》，于汉儒22人著作中，集录出说经之书，加以排比研究，求其相通，该书对研究汉代学术思想，具有一定参考价值。所著《声律通考》，是考释古代乐律的精善之作。代表作是晚年成书的《东塾读书记》，该书论及《孝经》、《论语》、《孟子》的义理，五经中重大问题的争论，还讨论了郑玄、朱熹的治学方法。陈澧反对门户之争，不取繁琐考订而求大义，对宋学、汉学、时文科举都有批评，强调学术“归本乎心术人才”。但他在两次鸦片战争和太平天国起义的动荡时代里，却始终不涉及经世，并公言反对“贵近而贱远”，主张“贵远而贱近”。
类似陈澧的有朱一新。朱一新（1846—1894）曾官陕西监察御史，因疏劾李莲英弃官后，任端溪、广雅两书院山长。朱一新指 责乾嘉学者“逐末忘本，曼衍支离，甚且恣肆无忌者，诚为经学之蠧”，但仍然主张兼采汉宋之学，“汉学必以宋学为归宿，斯无乾嘉诸儒支离琐碎之患；宋学必以汉学为始基，斯无明末诸儒放诞之弊”。朱一新还明显受到章学诚“六经皆史”说的影响，主张重视史学，以为“当多事之秋，则治经不如治史之尤要”，打算转换方向以治史。朱一新逝世前，康有为已在传播《新学伪经考》，他于是致书康有为，对康有为的考证方法逐一批驳，申言《左氏春秋》非刘歆伪作，《公羊春秋》改制只是一家之言，六经及《论语》、《王制》不能与《公羊》强通，因而不能说六经俱为托古改制之作，并认为分辨今古文家法无益于时用。朱一新在政治上是守旧派，然而从学术上看，所论足破康有为“新学伪经”、“孔子改制”的附会曲解。
其次，晚清今文学派。
继宋翔凤、龚自珍于传统旧学中宣扬今文经学之后，魏源亦由崇尚宋儒理学转向今文经学（当然魏源不仅仅是今文学者，其哲学、史学贡献已如前述），魏源在今文经学方面著有《诗古微》，考证《诗经毛传》及《诗序》为晚出伪作；有《书古微》，谓不仅东晋《古文尚书》为伪，连东汉马融、郑玄的古文说，亦非西汉孔安国之旧说；有《董子春秋发微》，肯定董仲舒的思想学说。魏源的这些著作把今古文的分歧从庄存与、刘逢禄所认为的在《春秋》经传，延及到了《诗》《书》方面，扩大了怀疑范围。魏源的这些书中同样包含着反对墨守、主张变易的可贵思想，但在理论根据上却以“复古”的形式出现。他说，“今日复古之要，由训诂声音以进于东京典章制度，此齐一变至鲁也；由典章制度以进于西汉微言大义，贯经术政事文章于一，此鲁一变至道也”。魏源治经主张摆脱传注而直求经文，并以微言大义为经术政事的理论张本，因而对乾嘉学风多所批评，称汉学“无用”，说戴震诋程朱是为“争名”，而对造成考据学风的政治环境缺乏分析批评。因而后来颇引起人们（尤其是章太炎）的反驳。
比魏源稍后的今文学家有邵懿辰和戴望。邵懿辰（1810 —1861）排斥考据学，以理学和今文学观点解释经典，主要著作有《尚书通论》和《礼经通论》，后书称《仪礼》为足本，《逸礼》39篇皆刘歆伪造，进而把今古文之争的范围延及《礼》。戴望（1837—1873）初研究颜元，著有《颜氏学记》，使颜元之学引起人们的重视。又受前辈今文学家刘逢禄、宋翔凤、陈奂的影响，以求微言大义为职志，作《论语注》，率先用公羊家法解释《论语》。邵懿辰官刑部员外郎，在家乡杭州对抗太平军失败自杀；戴望曾游于曾国藩之门，两人在政治上均属于保守派。
以后主今文经学的还有王闿运、廖平和皮锡瑞。王闿运（1832 —1916）曾游于曾国藩幕，清末官翰林院检讨，民初曾任清史馆馆长。不仅以散文、诗词和史著《湘军志》著称，还研究经学和诸子学。在经学方面著有《周易说》等九部书，影响最大的是《公羊笺》。廖平（1852—1932）为王闿运学生，历任教职，光绪十二年（1886）出版《今古学考》，主张“平分今古”，“以《王制》主今学”；接着转向“尊今抑古”，作《知圣篇》，说孔子受命改制、六经皆孔子为改制而作；作《辟刘篇》，称古文经学出于刘歆，成于东汉，因而多为伪作。廖平的这一学说对康有为思想影响最大。但廖平不参与时政，而且于经学研究屡改看法，一生中有混合今古、平分今古、尊今抑古、古大今小、天人之学等多次变化。皮锡瑞（1849—1908）曾参加湖南地方的维新运动，治经宗今文，景仰西汉今文大师伏生，但不象康有为那么武断，也没有廖平的怪诞，持论较为公允。著有《尚书大传疏证》、《五经通论》，多有心得，并示人以治经途径。还有一部《经学历史》，提纲挈领，将绵延2000多年的经学作一既有系统、又有阶段区分的综合介绍，具有门径清楚、善于归纳整理旧说之长，可说是第一部经学专门史著作。然而他所说的六经断始于孔子，《易》、《礼》均为孔子所作，以及“孔教救国”、相信纬候等态度都是不科学的。
以上简单论列近代今文诸家，可以说明康有为的今文经学，在很大程度上是庄存与、刘逢禄、宋翔凤、龚自珍、魏源、戴望、邵懿辰、王闿运、廖平诸人关于经学见解的发展和集大成，正是上述诸人逐步提出了《周官》、《左传》、《诗经毛传》、《逸礼》、《古文尚书》、《尔雅》等书的后起伪作问题，康有为才提出“新学伪经”，整个推翻古文经学的独尊地位。在康有为之前，大部分今文经学家虽有变易思想，但由于没有以外来学说作为借鉴（魏源了解一些外部史地知识和时事，但还未深入到“学说”），因而只能在传统学术中兜圈子，甚至以复古为变革。康有为高出于前述诸人，一在他综合并大步推进诸家之说，二在他融合了进步的西方学说，尤其是把“学术”与“政术”结合，掀起了轰轰烈烈的维新运动，因而造成了空前的影响。
今文学家以复古为变革，但与认为“凡汉必真、凡汉必好”的古文学家相比，确实多了一些疑古精神。清代学者本有疑古辨伪之风，如崔述（1740—1816）著《考信录》，对先秦诸书除《易》、《书》、《诗》之外，全都怀疑，对《春秋》、《论语》中某些部分也不相信。今文学家既受疑古思想的启发，其学术也更助成了疑古思潮，曾在北京大学任教的崔适（1852—1924），就引申康有为的《新学伪经考》，著《春秋复始》，疑《穀梁传》为古文；著《史记探源》，称《史记》曾被刘歆窜乱，其学说直接影响到20年代的疑古思潮和古史辨派。
再次，晚清汉学——古文学派。
晚清古文经学派略呈不振。能坚守段玉裁、王念孙王引之父子的朴学、并对当时和后来学术有较大影响的是黄以周、俞樾和孙诒让。
黄以周（1828 —1899）曾主讲南菁书院，不太拘守汉宋门户，但服膺段氏与二王的治学方法。精于治《礼》，著《礼书通故》，集清代学者治《礼》之大成，对于每项礼制都博征古说而下以审慎明晰的判断。俞樾（1821—1907）曾任翰林院编修、河南学政，晚年主讲杭州诂经精舍，学问渊博，于群经、诸子、语言文字以及小说、笔记撰述多种。名著有《古书疑义举例》，系在长期札记的基础上组织成书，对古书中出现的、而《说文》所没有的文字予以考证解说，并指出后人许多误读古书、妄改文句、或传抄失真的例子，是训诂学名书，于人读秦汉古书极有帮助。他的另一名书为《群经平议》，主要价值也在训诂和校勘。孙诒让（1848— 1908）于经学特长《周礼》，积20年之力写成《周礼正义》，该书以“注明即经明”为旨，收录释注、旧疏极多，声明来历而不强为牵合。梁启超称“仲容（即孙诒让）斯疏，当为清代新疏之冠”，“此书和黄儆季（即黄以周）的《礼书通故》，真算得清代经师殿后的两部名著了”。上述三位经师不仅受到梁启超的肯定，在古文经学方面尤其给章太炎巨大影响。
属于古文经学派的，除前已谈到的章太炎外，还有刘师培（1884 —1920）。他于光绪三十一年至三十二年（1905—1906）曾在《国粹学报》上连续刊载《读左札记》，以多种有力根据批驳了今文经学派以《左传》为刘歆伪作的观点，肯定《左传》为解释《春秋》而作，故政治和文化思想均与孔子一致。此外，刘师培对《周礼》亦有深入研究，在音韵、文法方面，这一时期有更可观的收获。陈澧著有《切韵考》和《广州音说》，研究古代音韵和方言。前述俞樾的《古书疑义举例》，不仅有训诂、校勘之功，而且总结了古人许多说话、行文、用字的习惯和规律，实际就是探讨了古代文法，因而大有助于阅读古籍。马建忠（1845—1900）利用精通多种外语的优势，参照拉丁语法、从经、史、子、集中选出例句，研究古代汉语的结构和运用规律，写成《马氏文通》，成为我国第一部较系统的语法著作。章太炎著有《文始》和《新方言》，不仅考察古今音变，且由发音探讨字义，研究精审，从而成为现代音韵学的奠基人。
先秦诸子研究的巨大进展。
先秦诸子的学说，在汉武帝罢黜百家之后，直至清代中叶，2000年来问津者寥寥，主要原因当然在政治忌讳和未脱思想牢笼。乾嘉考据学风兴起之后，一切唯古是尚，才有学者渐把目光扩大到六经之外。卢文弨的《群书拾补》、王念孙的《读书杂志》，已推勘及于诸子，毕沅、江中、孙星衍、洪颐煊诸人，也兼治荀、墨。进入近代，蒋光煦、戴望、王闿运、王先谦、王光慎都在研究诸子上花了不少精力。到俞樾和孙诒让，则基本上完成了第一阶段的工作。
俞樾在这一领域中著有《诸子平议》、《诸子平议补录》和《读书余录》，于先秦管、晏、老、墨、荀、列、庄、商、韩非诸子均有初步研究。孙诒让不仅博通诸子，尤精墨学，以10年之力著成《墨子间诂》，不仅据善本雠正，还探讨古训，刊正错漏，去伪存真。其《附录》和《后语》，辑佚钩沉，考订流别。“盖自此书出，然后《墨子》人人可读。现代墨学复活，全由此书导之”。《墨子》中的算学、光学、力学、逻辑学，由此渐引起人们的重视和研究。
但是此时对诸子的研究，总的说还处于整理、校勘、注释的阶段。直到康有为、梁启超、章太炎他们，才有对诸子学说思想意义的发掘、评价、利用和改造。
康有为对先秦诸子，如同他认为孔子是“创教”、“改制”一样，提出了“诸子并起创教”、“诸子创教改制”、“诸子改制托古”、“诸子争教互攻”等基本看法，从“政术”的角度，以创教说附会于诸子，为其尊孔子、倡儒教的主张作陪衬。梁启超不同，他不从“创教”、“改制”的角度看待诸子，而是以是否尊君、崇古，能否用世的标准来衡量他们。他说，先秦诸子不是讲“平等”（如墨子）就是“主放任”（如老庄），都“不利于专制”；“惟孔学则严等差，贵秩序，而措而施之者，归结于君权”，因此“于帝王驭民，最为合适”。又说，先秦“诸家道术，大率皆得一察焉以自好，承于前者既希，其传于后亦自不广”；而“孔学则祖述尧舜，宪章文武”，便于后学“自附”，意即保守崇古才能使学说流传广播。他还认为，先秦诸子“未尝有借助于君之心”，因而脱离了现实的可行性，孔学则主张“以用世为目的，以格君为手段”，后代儒者对君主“恭顺有加，强聒不舍”，故能“捷足先得”。总之，要能“用世”，就一须崇古，二须尊君，否则这种学问就不能流传，不能有用，也就不值得肯定。梁启超的这种出发点是和他当时既要改良时政，又要忠于光绪帝的立场是一致的。
章太炎把诸子研究推进了一大步。在十九世纪末，他就力图发掘先秦诸子丰富的思想意义，作为挽救社会危机的借鉴。他首先把荀学提高到与孔学同样的地位，阐发荀子认识上朴素的反映论，“法后王”的进化观念以及政治上主张“合群明分”，经济上主张“损有余、益不足”，道德上主张“欲不可绝，欲当为理”等学说。同时肯定管仲、申不害、商鞅等前期法家的富强之术和墨家的勤俭刻苦。到光绪三十二年（1906），章太炎更写下了于后世影响极大的《论诸子学》，以深刻的批判精神系统地讨论评判先秦诸子。他指出儒家虽“以致用为功”，但“湛心荣利”，因而极易与现实妥协，进而缺乏坚定的政治信念。中庸之道、矫言伪行、投机取巧、竞奔名利，给后代留下了极坏的先例。又指出老子“胆怯”，“事事以卑弱自持”；批评墨家为宗教家，“墨子之说，其不应者甚多”；对韩非力主思想专制的学说也作了抨击，只肯定了庄子放言无忌的“抨弹前哲”和遗世绝俗的独立人格理想，以及墨家“所独胜”的“非命说”。此后，章太炎在《国故论衡》中，也曾多方面尝试用新方法（如西方的逻辑学、心理学），从新角度探讨诸子思想。在《齐物论释》中运用佛学阐发老庄“道法自然”、不强求齐一的主张。
章太炎对先秦诸子的研究，当然没有达到唯物史观的高度，而且前后也多有曲折变化，但他彻底打破了前一阶段停留于名物训释、考校补正的研究格局，抛弃了康有为、梁启超实用主义的附会方法和尊君崇古的价值标准，运用近代社会科学的研究方法，不仅从纵向上考其渊源，察其流变，而且从横向上联系对比，逐层深入分析诸子学说，为人们再现出五光十色的古代思维宝库，举凡诸子在哲学、政治、宗教、伦理、逻辑、语言等各方面的建树，均能初识其大处，评判其长短得失，并将这些理论观点为当时反帝反封建的民主革命服务，在一定程度上做到了“求是”与“致用”的统一。所以章太炎的先秦诸子研究，明显地起到了承前启后的作用，在当时产生巨大震动自不必说，就是在后来也一直被人们重视， “五四”时期出现的“新墨学”、胡适的《中国哲学史大纲》（上卷）、再往后郭沫若的《十批判书》，直至新中国成立后关于先秦诸子的讨论和研究，都能或隐或显地看到章太炎的影子。
刘师培光绪三十一年（1905）在《国粹学报》上发表了《周末学术史序》，对先秦诸子的学说思想，分别划归伦理学、政法学、理科学、计学、宗教学、逻辑学等加以衡量和讨论，评述诸子各自的优长和不足，对此前研究不够的管子，所论尤有见地。刘师培的“诸子出自王官”说，与章太炎相同，但在分析时，章太炎主要关注各家学说的社会效果，刘师培则侧重于各家的学说体系，不过他用近代学科的概念和体系来衡量诸子，仍然显得有些牵强。
最后是清末民初学者们对两汉至两宋史书和古籍的研究情况。
此类研究相对薄弱，但有些成果仍值得注意。在两汉史领域中，汪文台有辑佚成果《七家后汉书》，汤球有辑佚成果《东观汉纪》，刘文淇有考释订补成果《楚汉诸侯疆域志》，汪士铎有《汉志释地略》，陈澧有《汉书地理志水道图说》，丁谦有《汉书西域传考证》。王先谦的《汉书补注》和《后汉书集解》，是当时影响较大的著作。田野考古兴起之后，王国维利用《流沙坠简》等资料所作的《汉郡考》，更是两汉史研究的重大成果。
在魏晋南北朝史领域中，文廷式有《补晋书艺文志》，汪士铎有《南北史补志》，罗振玉有《魏书宗室传注》，缪荃孙有后凉、北燕等六国的《百官表》。辑佚成果最著名者为严可均的《全六朝文》，敦煌古籍出现之后，罗振玉编有《敦煌石室遗书》和《鸣沙石室秘录》，为敦煌学的兴起开了先河。
在隋唐五代至两宋史领域中，杨守敬有《隋书地理志考证》，缪荃孙有《唐书艺文志注》、《辽文存》、《辽艺文志》和《辽金石存目》，陆心源有《宋史翼》。辑佚之作有严可均的《全隋文》，陆心源的《唐文拾遗》和《唐文续拾》，弥补了嘉庆时所编之《全唐文》的遗漏。另外，徐松在唐代专题史的研究方面颇有建树，撰有《登科考》，研究唐代科举制度；有《唐两京城坊考》，研究唐代东西两部的街市；有《唐折冲府考》，研究府兵制度。
此外，对史书，如《史记》、《汉书》、《三国志》，古籍如《山海经》、《逸周书》、《国语》、《战国策》、《竹书纪年》、《穆天子传》、《淮南子》、《春秋繁露》、《盐铁论》、《法言》、《太玄》、《潜夫论》、《论衡》、《新语》、《中论》、《水经注》、《大唐西域记》等著作，清末民初时每本书都有一人至数人为之校勘考释，为此后的进一步研究打下了较好的基础。
梁启超、夏曾佑、章太炎等与近代新史学
维新运动时期及其以后，严复的西学介绍和康有为政治变革学说的影响，加速了中国近代新史学的诞生。严复的翻译作品，直接影响于史学的当推赫胥黎的《天演论》、甄克斯的《社会通诠》以及宣传“天赋人权”思想的作品。这些学说的进化史观、社会发展阶段论、批判封建“君史”、主张重视“民史”的思想，成为资产阶级新史学的核心。康有为对历史学虽无切实的科学研究，但他宣扬的“三世说”、历史进化观和大同思想，尤其是运用史学作为社会变革理论张本的做法，在当时的思想学术界产生了极大的影响。
梁启超最先揭出“史界革命”和“新史学”的旗帜。他在光绪二十七年至二十八年（1901 —1902）写出了《中国史叙论》和《新史学》等史论专著。在这两部史论和其他有关论述中，梁启超抨击了中国封建旧史学“知有朝廷而不知有国家”、“知有个人而不知有群体”、“知有陈迹而不知有今务”、“知有事实不知有理想”、“能铺叙而不能别裁”、“能因袭而不能创造”的重大弊病；把封建的旧史书称为 “君史”、“帝王将相家谱”、“相斫书”、“墓志铭”和“蜡人院”；批评旧史学只能“煽后人之奴隶根性”、“耗民智”，而不能让人掌握群体进化的规律以作为“经世之用”。所以“虽尽读全史，而曾无有足以激励其爱国心，团结其合群之力，以应今日之时势而立于万国者”。梁启超对旧史学的批判虽然还存在着形式主义，并有些言过其实，但确实反映了资产阶级在文化思想上的革命朝气。
梁启超希望通过“史界革命”以建立“新史学”，他的新史学，就是以进化论为指导，探讨人群进化和历史事件的内在关系，揭示人类社会的发展规律，“叙述人群进化之现象而求得公理公例”，“求得前此进化之公理公例，而使后人循其理率其例以增幸福于无疆”。这与封建旧史学的寻求治乱鉴戒、发挥人伦“义理”，以求皇朝的长治久安的价值标准，显然不可同日而语。梁启超还以历史进化的观点，取代旧史学“一治一乱，治乱相循”的看法。此外，他在“英雄”和“无名英雄”创造历史的观点上采取折衷主义；把种族优生论、地理环境决定论、文化决定论等引进史学领域；在编纂方法上要求打破旧史学的纪传体和表志体，采用西方史书的章节体，都是开创性和局限性兼而有之的表现。
夏曾佑（1863 —1924）是实践梁启超的“新史学”理论、编写中国通史的资产阶级史学家。他从光绪二十八年（1902）开始着手，到光绪三十二年（1906）写成并出版了《中国古代史》（三册，原名《最新中学中国历史教科书》，从太古时代写到隋朝）。夏曾佑在该书的《序》中，明确表示研究古代史是为了“知来”，“以供社会之需”，为此他以“文简于古人而理富于往籍”以自勉。书中表明他信仰达尔文的进化论，也采用了甄克斯《社会通诠》中的观点，划分由图腾而宗法、由宗法而国家的社会进化阶段，并认为私有制和专制制度取代古代的公有制和公选制是历史的巨大进步，这些显然比传统史学中美化古代、视上古为黄金时代的复古观念高明得多。
夏曾佑还提出，史书的纲领有三条：“一为关乎皇室者，……为一代兴亡之所及者”，“二为中国境内周边各族”，“三为关乎社会者，如宗教风俗之类”。在体例上，《中国古代史》最先采用篇、章、节的结构，以时间为经，以重大事件为纬，在描述历史递嬗时，采用“一代兴亡所系者加详”、“一人一家之事无不从略”的处理方法，把中国几千年的古代史，明晰完整、详略得当地一气贯通。
但作者的意图并未完全实现，《中国古代史》内容的重点，一在帝王将相，多写“宫廷之变，群雄之战”；二在宗教和文化，夸大了精神对历史的决定作用，因为作者认为“古今人群进化之大例，必学说先开，而政治乃从其后”，因而过分地强调了周代文教创制和孔子学说的意义，对于生产和经济状况则讨论不足。《中国古代史》的重大缺陷证明，以进化论和文化史观指导写作的通史，仍然难以说明历史变迁的本质，也无法科学地揭示社会发展的根本规律。
章太炎很早就重视史学在政治斗争中的作用，注意从历史中寻找反帝反封建的思想资料，强调利用史籍增进人们的民族主义和爱国主义精神。光绪二十八年（1902），他在《致梁启超书》、《致吴君遂书八》以及重印本《訄书》的一些篇章中，提出写中国史须“熔冶哲理，以祛逐末之陋；钩汲眢沉，以振墨守之惑”；他也以进化论为指导，认为通史之所贵，“一方以发明社会政治进化衰微之原理为主”，“一方以鼓舞民气、启导方来为主”，属于进步和革命的史学目的论。稍后，他对于史学的内容曾概括为“第一是制度的变迁，第二是形势的变迁，第三是生计的变迁，第四是礼俗的变迁，第五是学术的变迁，第六是文化的变迁”。他与维新派人士不同的见解有两点：一是强调“治史尽于有征”，反对康有为的“妄意其事”；二是赞同历史发展可以突变，充分肯定中国历史上出现的各种革命。
章太炎在史学领域中的主要成就是初步总结了中国学术思想史。重印本《訄书》从《原学》到《学隐》十三篇文章，以及其后的《诸子学略说》和《国故论衡》，体现了他对中国数千年学术思想的探讨。他对先秦各家各派和后来的汉学、玄学、理学、心学、清代诸家，均有中肯的分析和许多创见。但是章太炎受古文经学派观点束缚，对史料信古少疑，批判精神不及梁启超，“夷夏之防”的种族色彩浓厚，中年以后回归孔学，其学术史研究再未有更大的进展。
刘师培亦在光绪三十一年至三十二年（1905 —1906）出版了《中国历史教科书》，书中指出中国“上古之史多荒渺，而纪事互相歧；后世之史咸浩繁，而纪事多相袭。……欲治中史，非编一繁简适当之中国历史莫由”。他强调要以关系国民的重大历史事实为中心，又要有一种系统的哲学思想为之连贯，还应参考西方史学的有关成果，内容应兼及宗教、社会等多方面，“庶人群进化之理可以稍明”。该书对上古母系氏族社会向父系氏族社会的转变作了探讨，对中古、近古社会的种族分合、政体异同、制度改变、学术进退均有论析，而以历史进化论贯穿全书。
近代新史学的首次低落和传统史学的回潮
辛亥革命前后，无论是持改良派观点还是革命派队伍中的学者，都更热心于政治活动，真正专心致志于史学者甚少。前述诸人，除夏曾佑有实际为半部的《中国古代史》外，梁启超、章太炎的史学，均呈现为有理论观点，但未成为思想体系；有单篇史著，但未产生专门史书的状况。因而资产阶级新史学不足以真正占领史坛。辛亥革命后，由于封建余孽和北洋军阀政治上的复辟活动，康有为等人在思想上的倒退变古宣传，以及首批资产阶级学者的颓唐落伍，旧史学一度回潮。于是有王先谦、叶德辉继续用史学来宣扬封建宗法思想，并仍然把史学当作经学的附庸。还有缪荃荪的《续碑传集》、闵尔昌的《碑传集补》、尚秉和的《辛壬春秋》、徐世昌的《清儒学案》、《大清畿辅列女传》等宗旨在“崇圣道”，方法上“仍先秦、两汉治经之家法”的著作一一产生，而属于新史学的理论和著作却处于不振。
尤其是在袁世凯支持下设立的清史馆，以前清东三省总督赵尔巽为总裁（后改称馆长），延清柯劭忞、缪荃荪、王树枬、吴廷燮等百余人参加，内中除极个别人之外，全是清朝遗老和旧史学家。这些人多以遗臣自命，欲“用修史以报故君”，因而在修史之初就确定体例“不妨依据旧史”，在内容上采用于式枚、缪荃荪等在《谨拟开馆办法九条》中所说的“我大清定鼎二百余年，厚泽深仁，休养生息。上无失德之君，下无抗命之臣，固属前代稀有，而武功赫奕、拓土开疆、文教昌明，轶唐绍汉”的观点为宗旨，在1927 年北伐军进入北京前匆匆编印成《清史稿》。《清史稿》采摭资料丰富，史实较为赅备，有些资料也经过了一定辨别整理，具有重要参考价值；在体例上创立了“交通”、“邦交”二志，“畴人”、“藩部”、“属国”三传，“诸臣封爵”、“大学士”、“军机大臣”、“部院大臣”、“疆臣”、“藩部”等六表，反映清代社会生活和制度的新现象，为旧史所没有。但是《清史稿》极力赞颂清皇朝的统治，称其“顺天应人，得天下之正，古未有也”，对清代历朝皇帝无不美化为可与尧舜禹汤相媲美；而对于有损清皇朝尊严的历史事实、暴政和对外战争失败，则曲意隐讳，诸如清主之祖原为明朝属臣、顺治初年的圈地、平定东南时的屠城、残酷的文字狱、慈禧与光绪的矛盾等，都运以煞费苦心的“曲笔”，甚至“削而不录”。该书尤其仇视各族人民的抗清斗争和反清起义，甚至诋毁推翻了清皇朝的辛亥革命，藐视和反对民国。如称辛亥起义为“谋乱于武昌”，视辛亥革命中被革命军击毙的端方、赵尔丰、松寿为“慷慨捐躯”、“从容就义”，纪年时凡民国以后之事，均用干支或曰“越若干年”，以表示不奉民国正朔。《辛壬春秋》更明确地表示怀念清皇朝，偏袒立宪派，拥护袁世凯，仇视资产阶级民主革命。
考古学的巨大进展
考古学受到重视，始于清代的乾隆朝，从乾隆十四年到五十七年（1749—1792），廷臣受命编成《西清古鉴》、《宁寿鉴古》、《西清续鉴甲编》、《西清续鉴乙编》共 96卷，记载北京内廷和盛京（沈阳）所藏古物80种、4074器，其中有文字者1290件。自此实物考古之风渐起，到鸦片战争前夕，阮元作《积古斋钟鼎彝器款识》，更引起官吏和学者个人考古之风。阮元以后，曹载奎、吴荣光、刘喜海、吴云、吴式芬、徐同柏、吴大澂、陆心源等人，于考金（铜器）、考石刻、考陶器、考印玺，均有专门的研究成果。其中如吴荣光的《筠清馆金石录》，吴大澂的《说文古籀补》、《愙斋集古录》，孙诒让的《古籀拾遗》、《古籀余论》，陆心源的《奇觚室吉金文述》等，在考古学界颇具影响。
光绪末年，河南安阳和西北地区地下古物的出土，既造成了我国珍贵古物的遗失，也促进了考古学的巨大发展。光绪二十四年（1898），在安阳小屯村殷墟发现殷人求卜用的大量甲骨，这些甲骨出土后归于王懿荣，王死于庚子之役后归于刘鹗。刘鹗于光绪二十八年（1902）名以《铁云藏龟》出版。刘鹗发配新疆后收藏散失，加上河南商贾时以出土甲骨求售，日本考古学家乘机攫得一部分。同时的中国学者最先有孙诒让、罗振玉、王国维，其后有叶玉森、董作宾、郭沫若、商承祚、金祖同等人从事甲骨文研究，孙诒让的《契文举例》是运用《铁云藏龟》考释甲骨文的最早著作。
甘肃敦煌东南三十里鸣沙山有莫高窟（俗称千佛洞），不仅多石刻、绘画，而且藏有六朝隋唐的经文写本。自宋初寺僧将藏经石室密封，不为人知将近千年。光绪二十六年（1900）修理石室，壁破书出，轰动学界。光绪三十二年（1906）英国人斯坦因（Mo Aural Stein）到新疆，次年五月到千佛洞，盗走写经24箱，艺术品5箱。后来第二次又盗走写经570卷。与此同时，法国人伯希和（Paul Pelliot）亦到千佛洞盗去写经六七千卷。同一时期在新疆地区发现的古代木简（称为“流沙坠简”）也被斯坦因、伯希和盗去不少。此外，德国人格路维德（Albert Grumwedel）从光绪二十八年至三十三年（1902—1907）在新疆、蒙古境内运走古物46箱，勒柯克（Albert Von lecog）从光绪二十年（1894）至1914年运走古物397箱。俄国人柯兹洛夫（P.Ko Kozloff）、鄂登堡（S.Oidenburg）于1907到1925年在张掖、吐鲁番等地掘去大批古物。美国人安竹斯（Hapman Andrews）于二十世纪初5次到内外蒙古搜集化石运走，第六次在张家口被扣时，化石有80多箱。还有日本人小牧实繁曾在张家口，驹井和爱在山东，均曾发掘古物而去。中国古物严重散失。
敦煌石窟遗书3万余卷，其中佛经占95％，此外为古书抄本，其中有宋代以后已佚之书。如《古文尚书·孔氏传》、《尚书释文》、《春秋榖梁传解释》、《论语郑氏注》、陆法言的《切韵》、孔衍的《春秋后语》，以及《唐西州沙州诸图经》、《老子化胡经》、《摩尼教经》，唐文词曲及通俗小说若干种，并有古梵文、古波斯文、突厥、回鹘文字等。
殷墟甲骨、敦煌石窟写经和流沙坠简的发现，以及故宫古书古物的逐步开放，为考古学提供了丰富的资料，促进了考古学的迅速发展。除前述诸人的考古成就之外，清末民初以罗振玉、王国维的影响最大。
罗振玉（1866 —1940）有《殷商贞卜文字考》、《殷墟书契考释》、《殷文存》、《三代吉金文存》、《贞松堂集古遗文三编》、《流沙坠简》等书，其《殷墟书契考释》多正东汉郑玄笺注之误。其他书文也极大地丰富了古史资料。王国维（1877—1927）更具有多方面的才能，在甲骨文研究和古史考证方面有重要著作《殷卜辞中所见先公先王考》、《续考》、《古史新证》、《殷周制度论》、《殷礼征文》、《两周金石文韵读》、《观堂古金文考释》等多种。他的《殷周制度论》是公认的以新途径新材料研究古史的代表作。罗振玉、王国维是我国应用甲骨文和金文考释研究中国古史的奠基人。
甲骨、金文的研究，于经、史、文字的影响甚大。首先是开拓了研究对象的范围。使得以前的“以经治经”、以书本治史，扩大到以古器物治史，以史治经。从前研究古文字，不出许慎的《说文》，认为籀文（又称大篆）为书体之一种，其出现在古文之后、篆文之前。对此2000 年无异说。而王国维证明籀文非书体之名，它就是古文。还有不少学者据甲骨、金文中考出的文字，对《说文》予以商榷和驳正，孙诒让的《古籀拾遗》即是一例。从甲骨、金文的文字中，发现了六经所载之外的史迹，增添了一些新的史料。而且古器物上的花纹雕镂及其本身的制作，也具有美术史、工艺史的研究价值。
其次，甲骨文和金文的研究结果，雄辩地证明了《史记》中《殷本纪》、《三代世表》中所载商代帝王世系的正确可靠，证明了殷周史的信而有征，从而把中国的可信历史上溯到4000年前。此外，这些研究结果也证明了《书经》中的一些篇章以及《山海经》、《竹书纪年》、《楚辞·天问》、《吕氏春秋》等古书古文中记载的史实，具有很大程度的可靠性。对于清中叶以来的疑古思潮，是一种否定之否定的发展。
最后，这些考古学家，尤其是王国维的思想方法，可以说是乾嘉学派由字通辞、由辞通道的考据方法和西方十九世纪末兴起的实证方法相结合的产物。王国维取地下实物与书中文字互相释证，取他族故书与我国旧籍互相补证，取外来观点、方法与固有材料参互考证，认为古文字学、古器物之学，与经史之学实相为表里，创造出了“二重证据法”。这与囿于经书、稽古钩沉的乾嘉考据法相比，显然是一大进步。因而王国维以甲骨文治殷史、以金文治周史，所取得的成就，是旧史学家所不可企及的。
当然，王国维“反经信古”、“以事实决事实”的客观主义治史方法，还停留于形式逻辑阶段，严格地说仍是“考史”而非“论史”，这使得他的考古和古史研究虽然为后之史学研究奠定了相当坚实的基础，但其本身仍未能真正揭示中国古代社会的本质特征和发展情形。有关研究依然有待后之研究者继续开拓前进。