康熙帝崇尚理学，用以改变满族贵族缺少文化素养的武夫形象，并作为统治汉人的思想武器。在皇帝周围聚集了如熊赐履、汤斌、李光地等理学名臣。明珠作为新一代的满族贵族，注意与理学名臣建立良好的关系，不失时机地显示自己“好书画，凡其居处，无不锦卷牙签，充满庭宇，时人有比邺架者，亦一时之盛也”。其子性德为清代著名文学家，在徐乾学帮助下编印《通志堂经释》，俨然以宿儒自居。

当时，理学名臣之间，门户之见甚深，互相攻击。明珠“则务谦和，轻财好施，以招徕新进，异己者以阴谋陷之”。徐乾学原先请李光地引见明珠，认为明珠是“可与为善之人，还有心胸”，因此想要请明珠帮助，重新起用熊赐履。明珠对徐乾学说，你报老师之恩很好，但熊赐履对你未必好。他对皇上说你学问好，其他都不好。于是，徐乾学怀恨而别。后来徐乾学与索额图联合，索额图与熊赐履抛弃前嫌，重归于好。明珠、余国柱很是惧怕，阴谋诬陷熊赐履。徐乾学与明珠的关系更加紧张了。

康熙二十四年，江宁巡抚余国柱告诉继任巡抚汤斌，朝廷蠲免江南赋税，乃明珠尽力促成，意欲勒索，遭到汤斌拒绝。考核官员时，外任官员向明珠馈送金银者络绎不绝。二十五年按察使于成龙与靳辅争论治河方案，朝臣均仰承明珠鼻息，支持靳辅，汤斌则陈诉勘查结果，赞成于成龙主张。凡明珠集团行事，汤斌多加梗阻。明珠、余国柱怀恨在心，曾经奏陈：汤斌有诽谤皇帝之语。建议罢免汤斌，未获批准。时人认为：“明珠、国柱辈嫉斌甚，微上厚斌，前途难料”。汤斌病死后，徐乾学又激其门生郭琇弹劾明珠、余国柱。在原先依附明珠的徐乾学、高士奇的密谋策划下，明珠降职。明珠本为广植党羽，招徕新进，联络理学名臣，但由于理学名臣间的学派纠纷，明珠、索额图集团之间的矛盾，却使他自己失去了左右朝政的地位。