内阁 皇帝日理万机，总得有辅佐的人。因此，朱元璋废丞相后，便设置殿（华盖殿、武英殿等）、阁（文渊阁、东阁）大学士，皆为正五品，使侍左右，备顾问，并不参预机务，不过是皇帝的私人秘书，仅承旨办事而已。明成祖即位以后，则特简解缙、胡广、杨荣等七人入直文渊阁，得以参预机务，称为内阁学士，渐升为大学士。内阁之名及阁臣参预机务自此始。但这时内阁仍是皇帝的秘书处，入阁者官位并不高，仅是六、七品的小官，有的升至大学士，也不过是五品官，而且不设置属官，不得干预诸衙门职掌，诸衙门奏事也不通告他们。阁臣虽说参预机务，仅备顾问而已，凡事不能有所参决，皆由皇帝决定。以后仁宗、宣宗时，阁臣逐渐进官，进至尚书、侍郎等。从这之后，阁臣的官衔一般是六部尚书、侍郎兼殿阁大学士，这样他们的地位就高起来了。另外，内阁的职权也在发生变化。宣宗常到内阁，命阁臣票拟。特别到英宗时，小皇帝九岁即位，不能处理国事，凡章奏皆由阁臣票拟呈进，以后内阁票拟遂成为制度。所谓票拟，即是一切内外章奏送到内阁，由阁臣代替皇帝先看，提出处理意见，墨书在一张小票（纸条）上，附贴在章奏上，呈进皇帝。皇帝看过之后，把小票撕了，亲用红笔写批在章奏上，这叫作批红。内阁票拟经皇帝批红之后，就变成正式谕旨发下。内阁票拟必经皇帝批示才有效，决定权还是在皇帝那里，然而很能左右皇帝的决定，所以票拟极其重要，这是内阁最大的权力所在。自从内阁职在票拟之后，内阁之权日重，大学士虽无宰相之名，却有宰相之实。为避宰相之名，统称为辅臣，有首辅、次辅、群辅之分。票拟即由首辅执笔，其他辅臣不过参论而已。
五府、都察院、大理寺、通政司 中央还设有五府、都察院、大理寺、通政司等机构，以管理军事、监察、刑法等事。
五府是军事机关，即中、左、右、前、后五军都督府。明初原设大都督府，节制天下兵马，大都督成为全国最高的军事长官。后来朱元璋觉得大都督府的权力太大，即将大都督府分为五府，使之分别统领在京及在外的军队。设左、右都督（正一品）为各府的长官，以治理府事。五军都督府与兵部共掌兵权。兵部是任命将领、发布调遣命令的机构（调兵必须奉旨），但不直接统率军队。五军都督府则是主管军籍和军政的机构，虽然分领在京及在各地的军队，但不能自己调遣军队及任命将领。这二者互相钳制，又都不能指挥军队，以使最高统一指挥权操于皇帝手中。但是明成祖永乐以后，有关兵事大权尽归兵部，而五府不过徒拥虚名而已。