“靖难之战”一役，建文帝是生是死，他的结局到底怎样？众说纷纭，莫衷一是，成为明史第一谜案。因为建文帝在太祖（朱元璋）严苛统治之后，力行宽政，所以他的遭遇引起了无数人的同情，他的下落就格外引人好奇，在各种野史、戏剧里可以看到人们无尽的猜测和演绎。下台后的建文帝下落，却又成了千古疑案，众说纷坛。
据《太宗实录》中记载，燕王进入金川门后，建文帝也想出来迎接燕王，然而又自叹道：“我何面目相见耶！”，不得已下令焚宫，顿时火光熊熊，建文帝携皇后马氏，跳入火中自焚，妃嫔侍从等，大都亦随其蹈火而死。燕王朱棣入宫后，清宫三日，搜查建文帝下落。宫内侍人都说建文帝已自焚，并从火堆里扒出一具烧焦的尸体证明之。燕王见到尸体，分不清男女，惨不忍睹，朱棣不胜悲戚，抚尸痛哭，说他只是前来帮助皇帝学善，你又何必自寻死路呢？其继位称帝后，只得以天子“礼葬建文皇帝”，事后，燕王朱棣遣官致祭，辍朝三日。《明史·成祖本纪》及《明史·方孝儒传》均持此说。近人孟森等学者也持建文帝自焚说。
《太宗实录》的可靠性为人们所质疑，因为朱棣就曾经三次修改《太宗实录》，目的就是要美化自己，为自己夺取皇位寻找冠冕堂皇的理由。《太宗实录》所记载建文帝自焚一事，就有很多人持怀疑态度。由于永乐朝的政治高压、文网严密，对建文帝出亡之事没有留下记载。天顺、正德朝之后，严峻的政治环境有所好转，关于建文帝出亡说的史料开始多起来。
我们发现，越是早的史料越是含糊，越是晚的史料越是具体。万历二年十月，13岁的神宗曾向张居正问及建文帝下落一事，张居正回答：“国史不载此事，但先朝故者相传，言建文皇帝当靖难师入城，即削发披缁，从间道走出，后云游四方，人无知者。”可见首辅张居正也倾向于建文帝出亡之说。值得注意的是，民间传闻已经入天子耳中，而且这时谈论建文帝出亡已经不再是禁忌话题。