明代中后期在东南沿海地区某些手工业行业中出现的资本主义萌芽，遭到了明清之际战乱的严重破坏。清初，随着社会经济的复苏和发展，这种新的生产关系的萌芽又重新活跃起来。清代前期，无论是社会生产力还是商品经济的发展程度，都达到了中国封建社会前所未有的高度。在这样一种新的社会经济水平上，清代手工业的资本主义萌芽较之明代又有了进一步的增长。这主要表现为：作为商业资本代表的包买商空前活跃，商业资本日益侵入生产领域，控制小生产者；产生资本主义萌芽的手工业部门比明代增多，规模也有所扩大，特别是在地区分布上已由东南沿海地区扩展到了内地；手工业的雇佣劳动数量显著增加，手工业工人与作坊主、工场主的劳资对立更加尖锐，逐渐成为封建社会末期一个越来越不可忽视的社会矛盾。
包买商的空前活跃
乾隆、嘉庆时期，商品经济的发展水平已超过明代。棉布、绸缎、纸、糖、盐等手工业品以及棉花、蚕桑、甘蔗、烟草等经济作物的生产都比明代有较大增长，并且地区性分工更加明显，形成了一些比较集中的产区。如江苏是棉纺织业发达的省份之一，又以松江府的棉纺织业尤其著名，当地“纺织不止村落，虽城中亦然”。内地也有类似的棉布的集中产区，如四川的新津“男女多纺织，故布最多”。太湖地区则以蚕桑生产为主，“环太湖诸山，乡人比户蚕桑为务”。江西的抚州、建昌（今江西南城）、宁都等地麻织业非常兴盛，当地“缉麻织线，犹嘉湖之治丝”，宁都更是“俗无不缉麻之家”。四川的荣昌也是“南北一带多种麻，比户皆绩，机杼之声盈耳”。而制糖业主要集中在广东、福建以及四川的内江等地。在一些手工业品或经济作物的集中产地，小生产者生产的产品已主要不是为了自给，而是更多地作为商品在市场出售，并且也已主要不是为了满足当地市场的需要，而是为了遥远的市场。如新津家庭棉纺织业所产的棉布就“有贩至千里外者”。乾隆年间，江浙一带所产蚕丝除了销往各地，还有一部分销往国外市场。小生产者的分散、孤立状况与扩大了的市场之间产生的不可调合的矛盾，势必使小生产者日益依附于商业资本。这就为商业资本乘机插入小生产者与市场之间、控制小生产者、侵入生产领域提供了机会，于是包买商作为商业资本的代表也就空前地活跃起来。
乾隆年间，在江浙一带的蚕桑产区，每当蚕茧收成之时，有商人携带资金分赴各村，利用蚕家急于出售的心理，乘机贱价收购，垄断了市场。
商人还通过放款预购的方式，利用高利贷进一步控制小生产者。在广东制糖业中，商人往往预先向蔗农发放糖本，冬天则收取糖利。或预先向糖寮放帐，待榨出糖后收取产品。在江西赣州苎麻产区，福建商人于二月发放苎钱，到夏季收获时将苎麻运走。
无锡盛产棉布，但当地不产棉花，棉花仰给于外地。一些商人就开设棉花庄，专门以棉花向小生产者换取棉布。在湖州南浔镇，商人也屯积棉花，以花换布。广东的佛山镇也有类似情况，棉布业的老板向纺工提供棉花二斤，收回棉纱一斤。
在南京和苏州的丝织业中，一些资本雄厚的大商人开设“账房”，向小机户发放原料，收回成品。小机户一般在“家中置木机从事织造。”为账房加工，称为“代料”。小机户织丝之前，先要将原料送染房染色，并分散给织工络丝，织成绸缎后送回账房，账房评定产品质量，称为“仇货”，然后按产品质量和数量支付工资。“小机户无甚资本，往往恃账房为生”，只能完全依附于商业资本。尽管账房并未变革小机户分散生产的方式，但实际已经使小机户变成在家内为账房劳动的雇佣工人，从而形成了资本主义性质的家庭劳动。账房已经达到商业资本的最高形式，在这里，账房的商业资本变成了工业资本。
手工业部门的增多
清代前期，朝廷对于手工业的限制比明代有所放宽，民间手工业的发展条件比明代有所改善，这对于手工业资本主义萌芽的增长是比较有利的。
清代前期，在商品经济比较发达的东南沿海地区，手工业资本主义葫芽的发展程度超过了明代。
江南的丝织业在明代就相当发达，并产生了资本主义萌芽。清代江南的丝织业又有进一步的发展，城镇中集中了一大批与农业脱离的丝织业作坊。苏州东城一带以丝织为业的不下万户。杭州的丝织业也空前兴盛，“东北隅数万千家之男女，俱需此为衣食之谋”。南京的丝织业发展尤其迅速，仅缎机就有三万张，纱、绸、绒、绫织机还不在此数。已超过苏杭两州。广州的丝织业更是后来居上，雍正年间才开始兴起，到嘉庆、道光年间，已有织工四五万人了。从苏州城中“比户习织”的情况来看，这些城镇中的丝织业大多是家庭手工业作坊，生产规模比较狭小，有许多可能还是向账房领取原料代为加工的小机户。但苏州丝织业中使用雇佣劳动力的情况也比较普遍，“苏城机户，类多雇人工织，机户出（资）经营，机匠计工受值”。在苏州城内，每日清晨都有许多机工在桥头待雇，靠出卖劳动力谋生。不过，对于苏州丝织业机户雇佣工匠的情况还必须具体分析，不能一概而论。因为清代前期在苏州丝织业中的机户，一般是通指民间从事机业的人户而言，既包括丝织个体手工业者（小机户），也包括兼营纱缎庄（俗称账房）的铺户，是二者的一种混称。苏州的经营纱缎庄的铺户（账房）除了控制小机户，让他们在家内为自己工作，还“自行设机督织”，直接雇佣机匠从事生产，从而兼有包买商和作坊主的双重身分。他们雇佣机匠时，是采取“按件而计”的方式购买劳动力的。虽然对于长雇的机匠，除了发给正项工资外，经营纱缎庄的铺户还要按例定期另给酒资，使劳动力的买卖关系蒙上了一层封建色彩。但从纱缎庄铺户与机匠之间关系的基本方面来看，仍然具有资本主义雇佣剥削的性质。至于小机户雇佣机匠，往往是出于生产上的需要，临时补充家庭劳动力之不足。被雇请的短工只是作为一种辅助劳动性质的助手，他们与小机户之间属于帮工与作坊师傅的关系。在南京丝织业中，清廷取消对私人织机数量限制以后，由竞争引起的丝织业机户之间的分化已非常明显，道光时期，南京丝织业中已经出现拥有五六百张织机的大机户。而明代私人拥有织机最多不过二十到四十张，这表明清代丝织业中手工业者的分化程度已大大超过明代，生产资料以资本的形式日益集中在少数人手中。大机户生产规模的扩大，必然使雇佣劳动力的数量相应地大量增加。南京丝织业中大机户的作坊，已经具有处于萌芽状态的工场手工业的性质了。清代前期，苏州是重要的棉布市场，各省商贩大都在苏州采购青蓝布匹，于是苏州的染踹业也就随之兴盛起来，并逐渐脱离布店成为专门的手工业行业。当时苏州有踹坊四百五十余处，每个踹坊各有踹匠数十人不等。踹坊多由包头开设，包头置备平整布匹所需的菱角状巨石、木滚等生产工具以及房舍，招集踹匠，然后向布店领取布匹进行加工。踹匠来自江南江北各县，多是单身前往，由包头提供住房并垫支柴米银钱，显然是无任何生产资料的雇佣劳动者。踹匠每踹布一匹，得工价银一分一厘三毫，除偿还包头垫支的柴米银钱，每人每月须向包头缴纳银三钱六分，作为使用房舍及生产工具的费用。苏州染踹业中，包头虽然也是向布店领取原料进行加工，但性质与丝织业小机户为账房“代料”完全不同。因为小机户是以自己和家庭成员的劳动为主，并且“无甚资本”，只雇少数机匠作为辅助劳动性质的助手，属于在家内为账房工作的工资劳动者，而包头并不从事生产，从他能够招容数十名踹匠，并提供房舍、生产工具以及垫发柴米银钱来看，是拥有相当的资本的。包头凭借房舍及生产工具的所有权剥削踹匠，剥削率也是相当高的，据学者计算，包头每月对每名踹匠的剥削总值相当于踹三十三匹布的工价。此外，踹匠也受到布商的剥削。包头与布商分别占有生产资料中的劳动资料和劳动对象、共同参与瓜分踹匠创造的剩余价值，这种情况并不能改变资本剥削雇佣劳动的性质。
清代由于对铁矿采铸的控制比较松弛，民间冶铁业有很大发展，广东的冶铁业的发展尤其显著。雍正后期，广东已有冶铁炉五六十座，用工不下数万人。乾隆时期，佛山镇已有“炒铁之炉数十，铸铁之炉百余，昼夜烹炼、火光烛天”。在广东民间冶铁业中，都是“富者出资本以图利，贫者赖佣工以度日”。投资者与雇工之间是很明显的雇佣剥削关系。清代冶铁业主要以木炭作为燃料，只有靠近山林的铁矿才可能开采鼓铸，铁场规模一般都比较大。一个铁场大约有司炉者二百余人，掘铁矿者三百余人，汲水者、烧炭者二百余人，并有驮牛二百余头，舟船五十艘。“计一铁场之费，不止万金，日得铁二十余版则利赢，八九版则缩，是有命焉”。这种铁场已经是具有资本主义性质的手工工场了。
陕西、云南、四川、湖南等地的冶铁业发展也很迅速。特别是陕西南部的秦岭和大巴山地区，铁矿靠近老林，便于就近烧炭冶铁，并且这些地区聚集了大量流民，劳动力资源也非常充足，所以冶铁业相当兴盛。在陕西的盩厔（今周至）、留坝、略阳、定远（今镇巴）、凤县等地，有铁厂数十处，仅凤县一地就有铁厂十七处，柴厢十三家。在陕西，冶铁炉一般高一丈七八尺，每炉可冶炼矿石几百斤。炉前由十几个人轮流拉动风箱，炉火昼夜不断，还要有专门辨火候、别铁色的技术工匠。通常一炉需要佣工十几个人。再加上运木装窑烧炭、开石挖矿以及运输矿炭，则“供给一炉所用人夫须百数十人，如有六七炉，则运作佣工不下千人”。一些大的铁厂有二三千人，小厂也有千人或数百人。投资铁厂的，大都是外来客民，他们“携带工本，雇募匠役”。他们与铁厂中的工匠之间显然是雇佣剥削关系。这些投资者的资本都比较雄厚，“凡开厂之商，必有资本足以养活厂内之人”。清代陕南地区的冶铁业中也已经出现了处于萌芽状态的手工工场。
清代陕南大巴山地区，还有大量的纸厂、木厂、耳厂等，各厂多者数百人，少者也有数十人。以纸厂为例，大巴山区竹林茂密，造纸原料极为丰富，而且成本低廉，非常适宜开设纸厂。在陕西西乡有纸厂二十余处，定远有纸厂一百多处，洋县有纸厂二百余处。厂主和工匠大都来自四川、湖北两省。厂主出资办厂，工匠以出卖劳动力为生。资本主义性质的雇佣剥削关系在这类纸厂中已经出现。
铜矿的采铸是在清代发展得很快的一种矿业。清代的铜矿主要集中在云南、广东、广西、四川、贵州、湖南等省，特别以云南的铜矿发展最快，也最著名。
据官方估计，云南铜矿盛时有大铜厂四十八处，每厂雇佣矿工七八万人，小厂也在万人以上，“合计通省厂丁，无虑数百十万”。
云南铜厂的矿工，“非独本省穷民，凡川湖两粤力作功苦之人，皆来此以求生活”，大都是一些靠劳力谋生的无产者。但是按照领取报酬的不同方式，他们又分为两种不同的类型：一类是“招募砂丁”，或叫做“月活”。这类矿工“无论有矿无矿，月得雇价”，按月领取货币工资。他们去留随其自便，往往视铜厂的兴衰变化，“来如潮涌，去如星散”，显然是可以自由出卖劳动力的雇佣劳动者。他们与矿主之间属于资本主义性质的雇佣剥削关系；另一类矿工叫做“亲身弟兄”。他们是“其初出力攻采，不受月钱，至得矿时，与硐主四六分财者”。他们虽然也是以劳力谋生，但他们的劳动力不是作为商品出卖，而是类似于作为股份投入，并且像股东一样要承担开采风险，只有在开采成功的情况下才能指望报酬，因此不可能去留自便，而是对于硐主有一定的人身依附关系。他们领取报酬的方式也类似分享红利，是与硐主按四六比例分割矿砂，而不是领取货币工资。所以 “亲身弟兄”的劳动不具有资本主义雇佣劳动的性质。在云南铜矿中，矿洞之外的杂事都是雇用“月活”，井下开采也有完全使用“招募砂丁”的，如香树皮铜厂“向无亲身弟兄，均系招募砂丁”。可见资本主义性质的雇佣剥削关系在云南铜矿中是主要的生产关系。
云南铜矿中有比较细致的分工。从采矿开始，矿井中有镶头负责技术指导，矿硐中又分数路开采，每路为一尖子，每尖有领班一人，负责督促矿工并协助镶头支设镶木。开采面上，一人持钎、一人持锤、随时互换，称为“双换手”。矿井中排水有龙手、换手，背荒有砂丁。在铜厂中，一座矿井就应该是一个最基本的经济实体，只能属于同一个投资人或投资集团所有，因为如果矿井分属于不同的企业主分别经营，则很难顺利地组织生产。所以，根据云南铜矿中井下开采的这种大规模的分工协作状况，可以认为已经具有手工工场的性质了。如果矿砂出土后的捶矿、洗矿、配矿以至冶炼的各道工序，都是在同一个企业主的指挥下进行，那么这种手工工场的规模就更大了。
与云南铜矿相比，清廷对采煤业的控制要宽松得多。
清代北方用煤比较普遍，北京更是“炊爨惟煤是赖”。在北方的直隶、盛京、山东、山西、陕西等地采煤业都比较发达，尤其是在北京郊区更是兴盛。乾隆中期，北京郊区已有在采煤窑二百七十多座。
在北京西山门头沟的煤窑，多为投资者集资，向地主承租土地进行开采，采取分股合伙的制度。如嘉庆元年（1796），一座叫戏台窑的煤窑，就是由投资人焦士琮等十人集资开采。合同规定，其窑分为九百四十日个“日分”，地主得一百四十日，作为地租，剩下的八百日，由集资人按股份多少分别占有若干日分。
门头沟煤矿所雇用的矿工，多系无籍流民，他们以出卖劳动力为生。每年七月以后，窑主“按公平时价，雇人工作”。到次年五月，估计京城内外各煤厂煤铺俱已储存足供五、六、七月所需的煤炭，煤窑就暂时停工，“以避盛暑煤毒”，矿工“即行散工”。可见这些矿工是具有人身自由的雇佣劳动者，他们与窑主之间是资本主义性质的雇佣剥削关系。在门头沟，还有少数矿工属于“关门锅伙”，即被窑主诓骗入窑、勒逼工作、丧失人身自由的奴隶劳动力。不过这种情况在当时也属于非法，遭到官方查禁，因此并不妨碍门头沟煤窑中资本主义性质的雇佣剥削关系的存在。
清代在内地的手工业中出现的资本主义萌芽，以四川的井盐业最为显著，以下设专节论述，此处不赘。
资本主义萌芽发展缓慢的原因
清代手工业资本主义萌芽较之明代虽然有进一步的增长，但资本主义萌芽的发展仍然是十分缓慢的，其程度也是非常有限的。
从广度来看，农业与家庭手工业相结合的自然经济仍然牢固地占据统治地位，手工业还没有一个个地从农业中分离出来，成为用自己的产品与农业进行交换的独立的手工业部门。特别是在手工业中居首要地位的棉纺织业，虽然在少数地区开始出现了脱离或半脱离农业的趋势，但从总体看还没有从农业中独立出来，耕与织仍然紧密地结合在一起。就是在已经脱离农业的手工业中，普遍还是规模狭小的铺户作坊，以手工业者及其家庭成员的劳动力为主，极少雇工，分工也主要限于家庭内部，只是属于小商品生产。资本主义萌芽只是在少数生产规模较大的手工业部门中出现。在地区分布上，虽然手工业资本主义萌芽已从东南沿海地区扩展到了内地，但在全国范围内，资本主义萌芽还是寥若晨星、忽明忽暗，虽然预示了一个新的社会发展阶段，但此时仍然被自然经济的漫漫长夜所笼罩，距资本主义时代的到来还相当遥远。
再从深度来看，由于资本主义萌芽刚从封建社会的经济结构中产生，因此不可避免地带有母体的若干痕迹。
在一些手工业部门中虽然出现了资本主义性质的雇佣剥削关系，但劳动力的出卖还没有达到完全自由的程度。如在苏州丝织业的劳动力市场上，机工待雇，要由行头分遣，说明劳动力的出卖还要受到行会的干扰。在四川的富荣盐场，烧盐工的“炎帝会”规定盐工必须入会才能烧盐，非会众不得烧盐，会首时常到灶上巡视，若发现非会众烧盐，即用烟竹片痛打、赶走。劳动力的出卖甚至受到劳动者自己的行帮组织的限制。清政府对手工业工人集中的场所总是严加防范和控制。在苏州踹坊。清政府设有坊总甲长，稽查、弹压踹匠。在云南铜矿，官府派驻铜厂的长员设有枷杖等刑具，对违反厂规的矿工实行枷责或插耳箭游行示众。说明手工业工人还受到一定程度的超经济强制。并且由于官府禁止手工业工人为提高劳动力价格、要求增加工资而采取罢工，这就使劳动力的买卖上劳资双方形式上平等的商品所有者关系也遭到破坏。可见在清代的一些产生了资本主义萌芽的手工业部门中，其生产关系与严格意义上的资本主义雇佣剥削关系还有一定的差距。
清代手工业资本主义萌芽发展十分缓慢，发展程度也非常有限，是由多方面的因素造成的。
首先是由于封建的自然经济结构极其坚固，难以分解。农民家内分工的发达和农业与手工业以及手工业内部各生产环节的牢固结合，阻碍了社会分工的发展，也使商品经济和国内市场的发展受到极大限制。而封建剥削的不断加重，又使这种“男耕女织”的自然经济结构不断被强化，成为资本主义萌芽发展的严重障碍。此外，在自然经济结构相当稳定的情况下，地方性小市场的发展，不但难以起到瓦解自然经济的作用，反而更多地起到增强自给性、阻碍地区性分工和国内市场扩大的消极作用。
封建专制政权对资本主义萌芽的阻碍作用也是十分明显的。清朝廷基本承袭了历代封建皇朝“重农抑商”的政策，这种政策对资本主义萌芽的阻碍作用表现为两个方面。
清代前期，清廷采取了鼓励垦荒，对灾区实行赈恤、蠲免以及治理水患等措施，这就使清政府在加紧压榨农民的同时，又避免了小农经济的崩溃。清廷的“重农”政策实质上就是利用封建上层建筑的力量来维护封建经济基础，结果是使耕织结合的小农经济结构得以不断地延续，造成资本主义萌芽发展难以逾越的障碍。
另一方面，清廷的“抑商”政策则直接压制了资本主义萌芽的发展。清朝统治者认为：“市肆之中，多一工作之人，即田亩之中少一耕稼之人”，“虽不必使为工者尽归于农”，但要避免“为农者相率而趋于工矣”。因此对民间手工业的控制虽然比明代有所松弛，但对工商业的总方针仍然是抑制而不是鼓励。清政府对工商业实行重税政策，全国各地税关税卡林立，“关津有过路之税，镇集有落地之税”，商人有时“且贩自东市，既已纳课，货于西市，又复重征”，再加上官吏勒索舞弊，“以致商人裹足不前”。这对商品流通造成了极大的障碍。清政府对手工业产品实行违反价值规律的限价收购的做法，不仅见于云南铜矿，在四川、广西、湖南等省的铜矿中、在贵州的水银矿、铅矿中都有类似的情况存在。封建政权以超经济强制的手段对民间手工业进行直接掠夺，窒息了这些手工业部门的生机，商人宁愿求田问舍，将资金转向土地而不愿投入产业。造成这些手工业部门生产萎缩，使资本主义萌芽难以产生，即使产生了也难以茁壮成长。
清廷实行的闭关自守的政策，是自给自足的自然经济的产物，这种政策的推行，又更加强化了自然经济的自给性和封闭性，使中国手工业难以开拓国际市场，也使资本主义萌芽缺乏外来因素的刺激。
封建行会对手工业资本主义萌芽的限制作用也不可忽视。清代手工业行会严格限制铺户的生产规模，规定招收学徒一般只能“三年一出一进”，即学徒期为三年，每次只能招收一名，“违者议罚”。行会抑制手工业的一切竞争，对帮工的工资水平，同业内有统一规定，如嘉庆年间长沙制香业议定，帮工每月工资为一串八百文，每日酒烟钱十文。手工业原料的采购也要受到行会的制约，如道光年间长沙明瓦业规定，原料必须“公分派买，毋得隐瞒独买，如有隐瞒独买者，公议罚钱二串文入公，货仍归公派买”。对手工业产品的价格同样也有严格规定，同业之内的手工业产品必须按统一价格出售，不得“私行减价”，违者受罚。行会特别排斥新来的竞争者。新来者要开铺户，要花费重资才能入行会，按长沙戥秤业规定，新开店者要交入会银二十两，演戏一台，并备酒席请同行，然后才能开张。新开铺户的地点也有限制，戥秤业的新开店者，要隔同行十家之外，方许开设。京刀业的新开店者，必须“上隔七家，下隔八家”。清代的行会往往还与同乡组织纠缠在一起，如“京师瓦木工，多京东之深蓟州人，……凡属工徒，皆有会馆”。其封建的色彩更为浓厚。尽管清代商品经济的发展已经使行会受到很大冲击，像南京丝织业中私人拥有五六百张织机的事例，就表明在一些手工业行业中竞争已突破了行会的约束，但就整个手工业的情况来看，行会的消极作用仍不能低估。行会滞缓了手工业者分化的速度，使手工业普遍停留在铺户作坊的水平上。清代手工业资本主义萌芽一直局限于少数地区的少数手工业部门，都与行会的消极作用直接有关。