独特的封建制度
历代开国之主，多子首推明太祖朱元璋。太祖早年孤寒，亲属仅一侄一甥，起事以后，多抚养子，计有二十余人；力战经营，光复汉土，颇得其力。而太祖的亲子，亦有二十六人之多，夭折的只有两个；此在历代宫闱中，是个很优异的记录，主要是因为马皇后贤德过人，妃嫔宫人被宠有子的，无不厚待，视庶子如己出，所以多能抚养成人。
明太祖的儿子，一律取木旁单名，长子标，次子樉，三子�，四子棣。朱棣在弟兄中最杰出，他有一半朝鲜血统，生母是元朝的宫人，为太祖所纳，以后被封为妃。此是终明之世的一大秘密，甚至主修《明史》的万斯同都可能不知道，为傅斯年先生所考证明白。以后将会谈到，暂且搁下。
《廿二史札记》的作者赵翼，指出明太祖行事多仿汉高。这话虽不错，但明太祖并非亦步亦趋，事事以汉高为法。汉高身后的伦常骨肉之变，尤须避免。马皇后不是吕后，“人彘”之惨、诸吕之祸是绝不会有的，但“吴楚七国之乱”则不能保其必无，因此，明太祖参酌汉、晋及元朝的成例，设计了一套独特的封建制度。
这套制度的精神，在于亲王能为帝室的屏藩，而不致谋反作乱，所以藩王只有虚荣，并无实权，但亦有例外，而就在这例外之中，把太祖的整个理想打破了。
明太祖的理想，跟秦始皇的打算有点相像，都是希望万世一系，永垂无疆。他有计划地训练一个贤德爱民的皇帝；而这位未来的贤君需要强藩保护，所以在洪武三年，封皇二子为秦王，镇关中；皇三子为晋王，镇河东；皇四子为燕王，镇燕京。这三个地方，不但为自古成王称霸的形胜之地，而且也是国防的第一线。
那时的燕王朱棣才十一岁。成年以后，太祖聘开国名将徐达的女儿，立为燕王妃。燕王相貌奇伟，智勇有大略，深得太祖的重视。
明太祖初立皇储
洪武十三年，燕王二十一岁，自南京“就国”燕京，当时亦称为北平。过了两年，马皇后崩逝，已就藩的秦、晋、燕、周、楚等五王，都入京奔丧。燕王在京遇到一个人，是个和尚；这个人改变了燕王的一生及明朝的历史。
这个和尚姓姚，以后赐名广孝。姚广孝是苏州人，父亲行医。十三岁时，姚广孝出家做了和尚，法名道衍，却又拜一个名叫席应真的道士为师，学习阴阳术数。当马皇后崩后，太祖选拔高僧分侍诸王，以便归藩之后，为马皇后做佛事荐福。道衍在与选之列，跟燕王一见投契，他说：“大王如果用我，我送一顶‘白帽’与大王戴。”王字加白成“皇”；燕王领会得其中的意思，便请以道衍随侍，偕回北平。
燕王在这时便有了争夺皇位的“雄心”，而太祖却正在“制造”皇帝。早在洪武初年，他就对太子标展开了有计划的教育，先选国子监的高材生为太子伴读，读书的地点名为“大本堂”，《明史》卷一百十五记：
建大本堂，取古今图籍充其中，征四方名儒，教太子诸王，分番夜直；选才俊之士充伴读。帝时时赐宴赋诗，商榷古今，评论文字无虚日。命诸儒作《钟山龙蟠赋》，置酒欢甚；自作《时雪赋》赐东宫官。
这样，到了洪武十年，太子已经二十三岁，学业已成，太祖进一步命他见习政事。
十年令：自今政事并启太子处分，然后奏闻。谕曰：自古创业之君，历涉勤劳，达人情，周物理，故处事咸当。守成之君，生长富贵，若非平昔练达，少有不谬者。故吾特命尔日临群臣，听断诸司启事，以练习国政。唯仁不失于疏暴；唯明不惑于邪佞；唯勤不溺于安逸；唯断不牵于文法，凡此皆心为权度。吾自有天下以来，未尝暇逸，于诸事务唯恐毫发失当，以负上天付托之意，戴星而朝，夜分而寝，尔所亲见。尔能体而行之，天下之福也。
在见习政务之暇，太子依然还要读书，儒臣常常进讲圣经贤传。可能因为这样“恶补”的缘故，太子的身体在年轻时便很孱弱。
太子标不幸病逝
洪武二十四年，秦王有过失，召还京师。又适逢有迁都之议，有人上书，认为宜迁都西安，太祖深以为然。于是派太子朱标巡视关中，一则勘察形势，作为迁都的参考；再则考查秦王在西安做了些什么。
金风送爽的八月天气，太子在文武百官恭送之下，出都渡长江，由徐州折而往西，经洛阳入潼关。此行前后历时三个月，十一月回京就病倒了。
在前一年，太子朱标就生过一场不算轻的病。他生的大概是一种因身体虚弱而起的慢性病，可能以关中之行，旅途劳顿，旧疾复发，缠绵病榻到第二年四月不治，谥为“懿文”。
这对明太祖的打击太大了，因为太子孝友仁慈，正是他父亲理想中的仁君——内有仁君，外有强藩，才能造成大明的一座铁桶江山。现在，理想破灭了，为国为家，他不能不对群臣痛哭。
这时便发生了储位的问题，照历来的传统，太子薨逝或被废，另择贤子为储；但明太祖坚持他立嫡立长的原则，因有一个起自田间、博通经史的宿儒——翰林学士刘三吾，建议立懿文太子的儿子允炆为“皇太孙”，太祖依议于九月间下诏，以允炆入居东宫。
懿文太子是开平王常遇春的女婿，元妃生子名照雄，幼殇。允炆是老二，为吕妃所出；生来仪表有缺陷，头盖骨偏歪，太祖摸着他的头，叹口气说：“半边儿月！”心里就不大高兴。以后发现允炆聪明，书读得很好，太祖才另眼相看。及至立为储君，太祖亲自监督上学，教导政事。太祖为政尚严，而允炆像他的父亲一样，秉性柔慈，所以每奉裁决，常济以宽大。这位皇太孙颇受臣民爱戴，唯有他的叔叔们是例外。
立允炆为皇太孙
太祖诸子，有九子封在东北到西北的边境，依地势自东往西数过来是：辽、宁、燕、谷、代、晋、秦、庆、肃九王，为了备边，九王都在练兵，每年做“军事演习”。太祖对允炆说：“我把御外侮的责任交给诸王，边尘不动，让你做太平天子。”
允炆答道：“敌国入侵，由诸王对付；诸王有异心，谁来对付？”
太祖默然，好久才问了句：“你的意思怎么样呢？”
允炆经过考虑后答道：“以德争取其心，以礼约制其行。如果无效，削他的属地；再无效，改封到别处。这样再不知改悔，就只好举兵讨伐了。”
“对了！”太祖十分欣慰，“没有比你所说的办法更好的了。”
于此可见，允炆要裁剪诸王的事权，早在他身居储位时，就因为感受到他那些叔叔们不逊的刺激而有了打算；同时不惜兵戎相见这一个原则，也是得到他祖父的同意的。可惜，说得头头是道，付之实行却嫌操切，此为允炆所犯的第一个错误，且留到后面再谈。
明太祖在位三十一年，闰五月驾崩，皇太孙即位，定明年改元“建文”。遗诏中特别嘱咐：诸王不必至京师奔丧，王国所设的官吏，听朝廷节制。这是太祖为身后打算，诸王来朝，不服幼主，必有人觊觎大位，起而谋逆。接下来诸王兄弟之间，争夺皇位，骨肉相残，为祸不可胜言。但命诸王不必奔丧，还可以找冠冕堂皇的理由来掩饰；要节制王国的官吏，则用意显然在利用此辈以防范诸王，当然会招致极大的反感。建文帝的第一着棋就犯了大错，而为齐泰和黄子澄所误。
齐、黄二人，是中国历史上一等一的忠臣，但才具实在有问题，充其量只是治世的良臣，绝不能担当“削藩” 的重任。齐泰原名齐德，洪武年间，太祖以谨身殿为雷所毁，祷庙谢过，选择九年无过失的臣子陪祀，齐德为其中之一，因而赐名为“泰”。齐泰当兵部左侍郎时，太祖问边将姓名，他历数无遗；又问各地形势，他从袖子里取出一本手册，进奉太祖，其中的记载异常扼要，太祖大为欣赏。但这是参谋长的本事，不见得能定大计、决大策。
黄子澄是严嵩的同乡先辈，以洪武十八年的会元，被选为东宫伴读；建文帝为皇太孙时，仍侍东宫。一天在东角门跟他谈起诸王难制，黄子澄认为不足为忧，诸王的护卫兵力单薄，倘有叛变，临之以中朝大军，其谁能敌？及至建文即位，以齐泰为兵部尚书，黄子澄兼翰林学士，同参国政——自洪武十三年罢相后，明朝永无名义上的宰相，所以有此“同参国政”四字，就等于宰相之任。
建文帝裁剪诸王
这时建文帝就问黄子澄：“先生！你还记得东角门所说的话吗？”
黄子澄肃容答道：“不敢忘！”
于是他与齐泰去密议削藩的步骤。齐泰主张先拿燕王来开刀，黄子澄以为不然，他说周、齐、湘、代、岷诸王，在太祖时就有不法的行为，削之有名。现在应该先问罪周王，这是剪除燕王的手足，因为燕、周一母所生。
事情就这样定局了。正好有人密告周王不法，于是派李景隆领兵出发，以“备边”为名，经过开封，突出不意，把周王抓到了京城。
这是建文帝即位那一个月的事，手段未免太辣了些，建文帝便想把他的这位五叔放掉；齐、黄力争，迁延到八月间，终于废周王为庶人，徙置云南，不久又召还，与因为同样的原因被废的齐王榑，一起禁锢在京城。以后被废的还有代王桂，关在大同；岷王楩，徙置漳州；更有个封在荆州的湘王柏，文武全才，好道家之言，自号“紫虚子”，徜徉胜地，流连自适，也被人“告变”，朝廷遣使讯问，湘王怕无以自明而被诛，学他八哥潭王梓牵连在洪武年间胡唯庸谋反案中畏惧自杀的样，“阖宫焚死”！
这一下，燕王自然大为不安。他早就受了“和尚军师”道衍的怂恿，决心谋反。燕王府是元朝故宫，也就是清故宫西面的那部分。招致奇才异能之士，秘密在府内后苑练兵；又造了一座极大的“地下室”，周围筑了很厚的围墙，在里面铸造兵器，并特意养了许多鸭和鹅，一天到晚叽叽呱呱乱叫，好遮没叮叮当当打铁的声音。在这样的情况之下，再不断加以刺激，便只有促使他提早举兵了。
不过，燕王有个顾虑：为了太祖崩逝周年，他派了他的三个儿子高炽、高煦、高燧进京行礼，一谋反则三子必先被杀。所以上书称病，请求遣还三子。这时齐、黄的意见又不同了，齐泰主张把高炽弟兄下在狱里，黄子澄则以为不如放还，使燕王不疑，然后派兵突袭，可以一鼓成擒。齐、黄二人都办不了大事，黄子澄以不能知己亦不能知彼的庸才而好用奇计，误事尤甚；而遇到齐、黄意见不协，建文帝总是听信黄子澄的话，放还燕王之子，便是致命的错误。
燕王在北平装疯
庸才而不自知其为庸，而又喜欢有表现的，每每把天下的人看得都不如自己聪明。削藩图燕，在当时朝廷的措施中，形迹已很明显，而犹以为可以瞒住燕王，真所谓掩耳盗铃，愚不可及！黄子澄就是这样一个人。
图燕的措施，开始于洪武三十一年十一月，主要是从政、军两方面来削弱燕王的力量。第一，派工部侍郎张昺为北平布政使，为该地的最高地方长官；又以谢贵、张信掌北平都指挥使司，负责北平地区的军政，作为对燕王的监视。第二，建文元年三月，派都督宋忠等率兵三万，开屯平、临清、山海关，并调燕王的一部分精锐的护卫协防，作为变相的收兵权。这些剑拔弩张的布置，燕王难道还不明白朝廷的用意？而黄子澄居然以为放还燕王之子，可以“示彼不疑”，岂不可笑？
等他们父子相聚，燕王喜出望外，说是“天赞我矣！”自此再无顾忌，谋反的举措越发积极。但是，燕王实在也很怕朝廷真个遣派大军，包围逮捕，所以在六月间有人上书告密、朝廷下诏责备时，他不能不设法遮掩行迹。
他的方法是装疯，装得很像：在闹市中大呼小叫，语无伦次，随便闯进人家，抢夺酒食，或者就睡在路旁，一睡一整天不醒。张昺和谢贵听说燕王得了疯病，自然要去探问；进了王府，只见他六月天气坐在火炉旁边发抖，不断喊冷。这样的装疯，实在也要些本事，燕王的 “忍”，于此可见。
当时王府的长史名叫葛诚，这年正月入京奏事，建文帝密问燕王的情况，葛诚据实以告，建文帝便派他“卧底”，此时悄悄为张、谢二人拆穿了装疯的内幕。报告到京，齐泰决定动手。但两个指挥使司之一的张信，背叛朝廷，将真情告诉了燕王。
于是燕王与道衍密议，秘密调遣护卫指挥张玉和朱能，选取劲卒八百人入府。七月底，朝廷有诏旨到，指名逮捕燕王的官属；而张昺、谢贵则全副披挂，领兵包围王府，如果不把所逮捕的人交出来，便不撤兵。
这时燕王的疯病，忽然好了，说是在东殿等候，亲自交人，召张昺、谢贵入府。等他们一进门，跟随的卫士便被阻断。两人进去一看，燕王拄着枝拐杖坐着，传谕赐宴。
靖难军待命讨逆
酒过一巡，燕王突然把桌子一拍，满面病容变成满面怒容：“寻常百姓家，哪怕是贫苦小民，兄弟宗族之间还有情分，患难相扶；我身为天子亲属，朝不保夕，不知道一条命什么时候送掉？你们这些地方官，这样子对待我，天下还有何事不可为？”
一顿骂完，掷杯为号，埋伏在东殿周围的护卫，在张玉和朱能指挥之下，一拥而出，除了抓住张昺、谢贵，还有长史葛诚以及其他暗通款曲于朝廷的人，牵到殿前，立即斩首。
府内已生巨变，府外还不知道，消息保守得极其严密，加以另一个都指挥使张信输诚燕王，早已取得默契，所以张昺、谢贵入府不出，大家虽有些怀疑，犹在观望等待，人心未乱。
到了夜里，张玉、朱能奉命出动了，一夜之间，占领九门——北平的九座城门，天亮出示安民，但仍有小规模的巷战，有的战死，有的逃走，有的降了燕王，三天工夫，城中大定。
其时都督宋忠，领兵三万屯开平，即今内蒙古多伦，外则备边，内则监视燕京。宋忠接得消息，星夜急驰，但到了居庸关，忽然胆怯，退保怀来。这一下，燕王就可以从容部署了。
燕王誓师以诛齐泰、黄子澄为名，把他的军队称为“靖难”军，废除建文的年号，改称“洪武三十二年”；并且上书朝廷，引用祖训说：“朝无正臣，内有奸恶，则亲王训兵待命，天子密诏诸王，统领镇兵讨平之。臣谨俯伏待命。”按：明祖训法律规定，“凡朝廷新天子正位，诸王遣使奉表称贺，谨守边藩，三年不朝”，只准属下官吏奏事。这是怕嗣君即位，朝局未定，亲王入朝，或有不测之变，不得不加以限制。但这一来，可能又有奸臣谋反，因而又课亲王以“勤王”的责任。
这个责任行使的条件和程序是“如朝廷循守祖宗成规，委任正臣，内无奸恶”，换句话说，这些正臣已委以保护新天子，如是则不怕亲王有异心，所以“三年之后，亲王仍依次来朝”。倘使“朝无正臣，内有奸恶，则亲王训兵待命”，准备锄奸，但仍不准擅自行动，须“天子密诏，诸王统领镇兵讨平之”。
建文帝出师不利
既平之后，即当“收兵入营，王朝天子而还。如王不至，而遣将讨平，其将亦收兵入营；将带数人入朝天子，在京不过五日而还。其功赏续后颁降”。这是明太祖的精心设计，既防亲王，又防奸恶；既防亲王本人，又防亲王所遣之将。顾虑不可谓不周密，但他没有想到，这些规定只能防君子不能防小人；而君子不必防，小人又非一纸宪法所能防。道衍这种倒黑为白的做法，为后世的野心家开了一个恶例，罪不可恕。
这一通书奏抵达京城，满朝震动，建文帝召集御前会议，商议声讨。齐泰提出主张：“明其为贼，敌乃可克！”这是针对燕王假借“靖难”的名义，以堂堂之阵，正正之旗，昭告天下，号召仁人义士共起勤王。想法是不错，无奈没有足智多谋的大将堪以当此戡乱的重任。
那时开国的宿将多已凋零，剩下的只有一个长兴侯耿炳文，年已六十五岁，拜命为大将军，率诸将渡江，分道北进迎敌。出师以前，建文帝告诫将士：“毋使朕有杀叔父名。”这句话说坏了——建文帝不明大义，当此时也，只有忠臣与叛逆之分，纵有不忍之心，只可存之于心，相机办理；公然作此表示，正好为燕王所利用，在以后每当燕师危急时，燕王便站出来成了个“挡箭牌”，建文帝太失策了。
耿炳文出师一个月，战于滹沱河北，大败。建文帝决定易将，这时愚而好自用的黄子澄保荐李景隆堪当重任。建文帝听了他的话，赐斧钺，专征伐，领兵五十万，去代替耿炳文。
李景隆的父亲叫李文忠，是明太祖的外甥，与燕王为姑表兄弟，李景隆算起来与建文帝同辈份，此人根本是个纨袴子弟，所以燕王听说他挂帅，且将兵五十万之众，大喜过望，对他的部下说：“此人膏粱孺子，谋寡而骄，色厉而馁。从前汉高祖自称只能将兵十万，他如何将得了五十万兵。看着，他一定会自己坑害了自己。”
果然，这年十一月，兵临燕京城下，李景隆大败，逃回德州。燕王用了个诱敌之计，假称出兵攻大同，引诱李景隆去救，等他出紫荆关，即由居庸关出塞。李景隆的部队都是南方人，不耐塞外隆冬苦寒，手指头都冻得掉落，何能打仗？
铁铉坚守济南
李景隆一败再败，建文二年五月，德州失守，这个水陆要冲的码头，在当时是伐燕大军的主要兵站，贮粮百余万石，兵器不知其数，竟尽为燕军所得。
为李景隆督运粮饷的是山东参政铁铉，齐鲁之士提起铁铉，无不肃然起敬，至今济南仍有“铁公祠”，庙食千秋，当之无愧。因为铁铉不仅仅是忠臣——忠臣跟奸臣一样，也有好多种，有有用的忠臣，有无用的忠臣，有无用而误事的忠臣，如铁铉与黄子澄就是一个强烈的对比，如果建文朝参国政的是铁铉与齐泰，此两人的合作，定可戡平大乱。
在李景隆溃败时，铁铉为他办善后，一路收集溃退下来的散兵游勇；及至燕师南追，李景隆在济南城外，又吃了个大败仗，单骑南奔，铁铉与李景隆手下的一个都指挥使盛庸便合力坚守济南城。燕王起兵以后，因为兵力单薄，深怕各路官军合围，“以大吃小”，把他的部队吃掉，所以攻城如果两三日不克，便即引兵走避。但自攻济南开始，他的战略改变了，因为李景隆大败，五十万大军剩下十万不到，而燕军则尽得德州的粮储，复多降卒，军力一消一长，在燕王认为可以硬拼一下了，所以决心攻占济南，截断南北水陆道路，准备划疆而守，这样先稳住了，再进一步设法窥伺金陵。
打算倒是不错，偏偏遇着铁铉与盛庸，不但守住了济南，而且常出奇兵突袭，相持达三月之久。燕王决水灌城，情势危急，铁铉将计就计，故意派出一千人诈降，燕王大喜，军中欢呼，哪知铁铉在城上埋伏壮士，城门上设下机关，是一块铁闸板，预备等燕王进城时，放下闸板，同时隔断护城河上的桥梁，活捉燕王，则大事可定。
到了献城的那一天，燕王得意洋洋地策马进城，不知是哪个冒失鬼把闸板放早了，落下来打在燕王的马头上，而桥梁又一时弄不断，以致燕王死里逃生，回营震怒，下令轰城。
那时已有大炮了，称为“红夷大炮”——红夷者葡萄牙等国的人——以其威力强大，常封为“大将军”；用红布作炮衣，所以亦称“红衣大将军”；又根据Frangi的音译，称为“佛郎机大炮”。
东昌之役燕王大败
一看燕王预备用红衣大炮轰城，铁铉想了一个绝妙的办法，做了许多大木牌，工楷大书“大明太祖高皇帝神牌”，悬挂在城墙四周。燕师名为“靖难”，用洪武的年号，如何敢炮击神牌，冒天下之大不韪？铁铉这一着想得很绝，所谓“谈笑退敌”，颇有玩弄燕王于股掌之上的味道。
又不仅是退敌而已，铁铉进一步募死士出城突袭。燕王看此情形，钉死在这个地方，坐待朝中调兵遣将，分道合击，大为可危，事实上，先锋平安已统兵二十万正要攻德州，断燕粮道，于是燕王撤围回北。盛庸乘机领兵追击，克复德州。
捷报传到京师，建文帝大为欣悦，遣官慰劳，赐金币，封其三世，擢升为山东布政使，不久又进位为兵部尚书，赞理大将军军事。盛庸则拜为平燕将军，代替李景隆而挂帅，并封为历城侯。
到了九月间，盛庸领兵北伐，燕王迎战，先袭沧州，由河北入山东，循运河南下，在东昌府（即今山东聊城一带）两军相遇，盛庸背城而阵，燕王亲自领兵，先冲左翼，盛军屹然不摇；再冲中军，盛庸下令开阵，等燕王一入袋形阵地，立刻收紧，围之数重。亏得燕将朱能来救，而盛军又奉有诏旨：“毋使朕有杀叔父名”，心存顾忌，因而燕王得以突围。
盛庸的后面还有炮兵，前军闪开，后军轰击，燕军大败。燕王手下第一悍将、以后被称为“靖难功臣第一”的张玉即在此役阵亡。燕王亲领百余骑殿后，退保馆陶。
这一役是战史上有名的“东昌大捷”，燕王精锐尽失，如果没有建文帝不得杀燕王的诫谕，则所谓“靖难”军已经完蛋，而平燕大功，亦近于告成。建文帝之“仁”，与楚霸王之“仁”，都是妇人之仁；而燕王的无赖，又甚于汉高，相形之下，自然建文帝更值得同情。此所以终明之世，明朝的老百姓念念不忘此君者，原因在此。
东昌一仗在十月间，而燕王到第二年正月才得回燕，因为盛庸飞檄他的副将吴杰、平安，自真定出兵，遮断燕师归路。不料深州接战失利，燕王才得了一条生路。于是三月间又出师南下。
燕师进驻大名府
建文三年三月，燕王再度引兵南下，在河北南部的夹河与盛庸相遇，一阵恶战，互有胜负，各自收兵。傍晚时分，燕王与少数随从策马敌前，视察形势，当夜露营野宿，第二天一早起来一看，已陷重围之中，“乃从容引马，鸣角穿营而去。诸将以天子有诏，‘无使负杀叔父名’，仓促相顾愕眙，不敢发一矢”。类此情形，不一而足。
夹河之战，盛庸初遭败绩，但亦非战之罪。那天忽然东北风起，尘埃满天，飞沙走石，燕师在北，盛军在南，处于下风，燕师利用天时追击，盛庸退保德州；吴杰和平安自真定出兵亦不利。于是建文帝在表面上解除齐、黄的职务，希望安抚燕王，但无效果，燕师已进驻河北、河南、山东交界之处的大名府。
其时铁铉在山东、盛庸在河北，此一线固然守得很好，使燕师南下不敢经山东；但后防空虚，所以燕王派降将李远率轻骑南下，换着南军服饰，以背插柳枝为号，竟无人识破，直达徐州沛县，纵火烧毁粮船上万艘。这一下京师震动，亏得河北、山西纷纷出兵，燕王怕北平根本之地不保，引师北还。三进三出，为时三年，而所能控制的地方，不过北平、保定、永平三郡，当今河北北部的半省而已。
于此可见朝廷与燕军的强弱之势，如果齐、黄能办大事，调遣有方，号令明确，则备边诸将入关合围，盛庸北上迎堵，一举剪除逆藩并非难事。无奈一误再误而至无数错误，硬生生自毁金汤，这实在是天意了。
此时燕王的信心，似乎也动摇了。建文三年十二月第四次出师，慨然而言：“频年用兵，何时已乎？要当临江一决，不复返顾矣！”所谓“临江一决”，就是直逼长江。三次南下的经验，尤其是李远轻骑奇袭的启示，使燕王得到一个新的战略观念：争城争地而战，吃力而不易收功，不如绕道山东，逼近徐、淮，直扑京师。这个决定，“和尚军师”道衍力赞其成，于是建文四年正月，燕师由馆陶渡河，直薄徐州。这一次全军深入，抱着有去无还的决心，所以平安和铁铉从燕师的后路进攻，燕师拼死力战，得以获胜。三月间，平安领军四万追击，燕王在淝河设伏，平安大败；于是而有小河一战，为燕王成败的关键所在。
建文帝派员征兵
小河之战，燕军虽败，但燕王在诸将饥疲之余，都愿渡河而北、暂且休兵的压力下，坚持不退，于是乃有灵璧一场大胜仗，生擒平安等三十七将，使燕师的处境大为开展。
五月间下泗州，这是回到老家来了，谒祖陵、慰父老、赐牛酒；在“政治战”中，燕王初次获得一个有利的据点。歇兵数日，召集诸将会议，有的说宜取凤阳，有的说应先取淮安。燕王仍旧依照他原定的战略指导原则，以进逼京师为先，他说：“凤阳武备完好，淮安为军粮贮积之地，有重兵保护，这两个地方都不是轻易攻得下来的，不如乘胜直趋扬州和仪征，则凤阳、淮安，自然震动。我军临江布阵，京师孤危，必有内变。”
于是撇开东面的淮安、西南的凤阳，居中穿过，渡淮直扑扬州。
果然，京师大震，而燕王这几年所秘密收买的太监，纷纷到江北来，夤夜相投，燕王对京师的虚实、百官的动态，得以了如指掌。
这时的建文帝，自然彷徨苦闷，无所适从，一面诏天下勤王，派出大批他信得过的官员，分道征兵，同时把齐泰、黄子澄召还京师，以备顾问；一面派庆成郡主为“专使”，到燕王军中去议和。
庆成郡主原封庆阳公主，为太祖的侄女，也就是燕王的从姊，奉命议和，许以割地。燕王千辛万苦才走到这一步，自然不肯。但兄弟姊妹必须笼络，所以写了一封信，让庆成公主带回京师，这封信大概是燕王的亲笔，开头是这样写的：
兄致书众兄弟亲王、众姊妹公主：相别数载，天伦之情，梦寐不忘。五月二十五日，有老姊姊公主到，说众兄弟姊妹公主每请老姊姊公主来相劝我，说：“这三四年，动军马运粮的百姓、厮杀的军，死的多了！都是一家的事，军马不要过江。回去！天下太平了却不好说？”
由此可见，庆成郡主受命议和的措辞，是假托亲王、公主的代表，劝以百姓为重。而燕王的答复是：“我之兴兵，别无他事，为报父皇之仇。”以下历数齐、黄“奸恶”，申明“靖难”的宗旨，最后提出的要求，则是要当摄政王：“如朝廷知我忠孝之心，能行成王故事，我当如周公辅佐，以安天下苍生。”
两度议和均未成
最后一段话，是一个很郑重的警告：“如其不然，尔众兄弟亲王、众姊妹公主，当速挈眷移居守孝陵，城破之日，庶免惊恐。唯众兄弟亲王、众姊妹公主，审之详之。”在这个警告中，很明显地暗示，不但要屠城，而且连宫廷亦不免喋血；唯一不动刀兵的地方是太祖埋骨的孝陵。
及至将抵京师时，建文帝一面饬诸王分守都城，一面遣李景隆、兵部尚书茹瑺、都督王佐再次求和，“伏地乞怜”，一无效果；再遣谷王橞、安王楹去见燕王，只不过徒然给他们“兄弟连襟”一个联络的机会而已。
按：中山王徐达，为太祖的布衣昆季之交，太祖称之为兄。徐达有四子三女，长女配燕王，次女配代王桂，幼女配安王楹；四子名辉祖、添福、膺绪、增寿。辉祖曾统兵山东，与燕师战于齐眉山下，他的效忠帝室，是无可置疑的；但老四增寿则与他的大姊夫有勾结，《明史》一百二十五卷《徐达传》记：
增寿以父任仕至左都督。建文帝疑燕王反，尝以问增寿。增寿顿首曰：“燕王先帝同气，富贵已极，何故反？”及燕师起，数以京师虚实输于燕。帝觉之，未及问。比燕兵渡江，帝召增寿诘之，不对，手剑斩之殿庑下。
此与崇祯帝当李闯破城之时，手刃长平公主和昭仁公主，同为匹夫之勇，只令人徒增叹息而已。
建文四年六月乙丑，也就是最后请和决绝以后的第四天，燕王师抵京师城下。南京城在当时是第一大城，东尽钟山之麓，西阻石头之固，北控湖山，南临长干，而秦淮贯穿其中。京城周围九十六里，共十三门，南面为正阳、通济、聚宝三门；西南为石城、三山两门（三山门就是水西门）；北面为太平、神策、金川、钟阜四门；东面一门，称为朝阳；西面三门：清凉、定淮、仪凤。相传南京城在明初由沈万三捐献建造，此非虚语，《明史·后妃传》说：“吴兴富民沈秀，助筑都城三之一，又请犒军；帝怒曰：‘匹夫犒天子军，乱民也。宜诛！’后谏曰：‘妾闻法者诛不法也，非以诛不祥。民富敌国，民自不祥，不祥之民，天将灾之，陛下何诛焉？’乃释秀，戍云南。”此一帝一后就是明太祖、马皇后，沈秀则是沈万三。
金川门开城投降
南京城兴工于洪武二年，历时四载方始告成，除了沈万三负责三分之一的工程以外，并遣发重囚服役。南京城的坚固是出名的，以花岗石为基，巨砖为墙，并煮糯米为浆，加入石灰，涂敷墙外，所以随便找一处敲击，所呈现的颜色都为纯白。这样坚固的城池，只要粮食不缺，守个三年五载都不成问题。
但是，只要有了奸细，金汤之固亦如片纸之薄。奸细有二：一是谷王橞，二是兵败还京、建文帝不忍加诛的李景隆。这两个人守南京北面靠西首的那个金川门，望见燕师沿长江迤逦西来，开城投降，京师沦陷。
建文帝之谜，即从此一刻开始。先要从燕王说起，照《明史·成祖纪》载：“是日王分命诸将守城及皇城，还驻龙江，下令安抚军民。”按：龙江有二：一为龙江关，在仪凤门外，那是在南京西门；一为龙江驿，在离金川门十五里的江边。照燕王进兵的路线看，此龙江自是龙江驿。
问题在这里，燕王既入金川门，何以不进皇城而退处龙江？这是给时间让建文帝有以自处。在燕王的想法，结果不外乎逊位让国或者自裁。照明朝的官史记载，建文帝是走了第二条路，如仁宗御制“长陵功德碑”：
皇考虑惊乘舆，驻金川门，遣人奉章，言所不得已来朝之故。奸臣苍黄，知罪不宥，闭皇城门不内，而胁建文君自焚。皇考闻之大惊，发众驰救，至已不及。皇考仰天恸哭曰：“臣之来也，固将清君侧之恶，用宁邦家，何不寤耶？”遂备天子礼殓葬。
按：燕王即位，是为成祖，崩后葬长陵。仁宗以子述父，应该是最正确的；可是到了仁宗之子宣宗修《成祖实录》，说法又不一样了：
时诸王及文武群臣父老人等皆来朝，建文帝欲出迎，左右悉散，唯内侍数人而已，乃叹曰：“我何面目相见耶？”遂阖宫自焚。上望见宫中烟起，遣中使往救，至已不及，中使出其尸于火中，还白上，上哭曰：“果然若是痴耶？吾来为扶翼尔为善，尔竟不谅，而遽至此乎？”
建文帝引火自焚（？）
拿这两段文章来作一比较，似乎“长陵功德碑”述成祖当时的态度，假仁假义，不甚可信；而《成祖实录》较为“亲切真实”。其实不然，我认为仁宗述父比宣宗述祖较为接近真实。除却假冒为善的态度不论，在“长陵功德碑”中，至少让后世知道了四件事：
第一，成祖入驻金川门后，曾有文件致建文帝。
第二，“大圈圈中的小圈圈”的皇城已闭，不纳成祖，如果他一定要入宫，就非用武力不可，而成祖不愿这样做，因为怕激起忠臣义民更深的反感。
第三，宫内火起，成祖曾派兵驰救。
第四，在仁宗即位之初，天下尚对成祖的篡夺不满，所以仁宗御制长陵碑文，不能不以谦卑的语气，婉转解释。
到了宣宗朝，大家对成祖的恶感比较淡了，而碑文中的语气，显得有些低声下气、做贼心虚，并且有些事实亦显然不符，如所谓“奸臣苍黄”这句话就已证明不实，原来“靖难”师起所指的“奸臣”只不过齐泰、黄子澄等人，连方孝孺都不在内；而齐、黄二人，城陷之日不独不在御前，且不在京城，然则“闭皇城门不内”虽为事实，而“奸臣苍黄”、“胁建文帝自焚”这两句话，却无着落。因此宣宗要在“实录”中“改正”。
历朝凡先帝有失德，子孙要瞒天下人耳目，辄以在“实录”中动手脚为主要手段，但作伪者心劳力绌，真相是无论如何湮没不干净的。且不说有许多私人笔记可作旁证，即以前后修改痕迹来看，亦足资为事实的判断，加以“长陵功德碑”和《成祖实录》对勘，诚所谓“越描越黑”。试作简单分析如下：
第一，宣宗要表示建文帝亦有投降之心，所以有“欲出迎”之语。
第二，宣宗要表示群臣离心，多以为天命有归，纷纷投诚，所以说“左右悉散，唯内侍数人而已”。
第三，因为无人为他引见成祖，所以自焚；“我何面目相见”之叹，是要表示建文帝自觉所谓“忠臣”，急难之时，各奔前程，弃而不顾，可见自己知人不明，还有什么面目见人？
第四，“长陵碑”中有个大漏洞，即对建文帝的“尸首”没有交代，因而宣宗补上一笔。此“中使”是成祖的太监，自然不会欺主，则所出建文帝之“尸”，可见绝不会假。
明成祖大索“奸臣”
为了眉目醒豁起见，成祖内犯陷京师的经过，我再撮要提示一遍：六月初燕师以都督陈瑄投降，得以渡江，取道镇江、龙潭，直薄京师；大约在六月十三，谷王及李景隆开京城西北的金川门迎燕，燕王入城，分遣诸将守城，致书建文帝；其时皇城已闭，燕王不愿以武力破宫，还驻龙江驿。约在午后不久，皇宫火起，成祖派兵驰救，火息搜索，由成祖的太监，找出一具尸首，说是建文帝已自焚。其实不是。那么建文帝到哪里去了呢？ 这个谜，留待以后再研究，先谈成祖入承大位之初的残忍暴虐。
成祖的本意，希望建文帝逊位让国，及至皇宫火起，才知如意算盘落空，于是一面拷问宫嫔太监，追问建文帝的下落；一面大事搜索，捉拿所谓“奸臣”。
这两件事，前者无结果，不得已肯定建文帝自焚，而在破城后的第八天将那具尸首下葬；建文马皇后亦无下落，相传被指为帝尸者，实为后尸。
搜杀“奸臣”则成祖可谓如愿以偿。他的第一个目标是齐泰、黄子澄，此两公以后不太为建文帝所信任，在进退失据的困境下，每每以此两人的名位作牺牲：与燕谋和时，他们被解职；对燕强硬时，则又召还。成祖陷京时，齐、黄都在外面募兵勤王，黄子澄在嘉兴为人所密告被捕，成祖亲自审问，不屈“磔死”，族人无论少长皆斩，姻亲一律充军。但留下一个儿子，改名田经，移居湖北，子孙中后来有人中了进士。
齐泰在燕师渡江时奉旨回京，走到半路上听说京师沦陷，走外郡想号召义士反攻。其时成祖已悬赏捉拿齐泰，他的那匹白马大概像关公的赤兔马那样，十分出名，成了一个很显著的目标，齐泰异想天开，用墨把白马涂黑，走不多远，马一出汗，墨汁淋漓，依旧褪成白色，有人诧异：“哟！那不是齐尚书的马？”因而被识破行藏，捉到京里。书生不经世务如此！而建文帝用他参国政，岂不是自找倒霉？不过话说回来，齐泰虽似书呆子，也讲原则，而且亦不算刚愎，比黄子澄要略胜一筹。
齐泰亦是不屈而死。成祖对他比对黄子澄要客气些，给他留下一个六岁的儿子。至于遭遇最惨的则是方孝孺。
方孝孺临危不屈
方孝孺是明太祖开国文臣第一位的宋濂的得意弟子，两蒙召见，太祖看出他是乱世忠臣的气质，认为一时用不着他，派为陕西汉中的学官。蜀王慕名聘为他的世子——嫡长子的老师，以礼相待，题其书斋名为“正学”，后世尊称他为“正学先生”的出典在此。
建文帝即位，方孝孺奉召入京为翰林院侍讲，这个官衔，顾名思义是侍奉皇帝讲读，实际上就等于建文帝的老师之一，第二年升为侍讲学士，权责也加重了，成为建文帝的最高顾问，凡有大政事裁决，往往先征询他的意见。不久，又成了建文帝的副手或代表：临朝奏事，当面决定了可否，建文帝往往就命方孝孺代为批答章折。一有空，君臣二人便商量如何臻于三代之治，甚至想复行经王莽试验失败了的井田制。建文帝对他的尊敬和信任，已驾乎齐、黄以上。
燕兵内犯，朝廷讨伐，一切诏旨檄令，都出于方孝孺之手，自然也参赞军事。他出的那些计策，道衍一望即知，不会上当。譬如说，仁宗为燕世子时留守北平，方孝孺知道他的弟弟高煦狡诈，曾想夺嫡，于是定了条反间计，在成祖兵次徐、淮时，特遣一名锦衣卫千户携带诏书赐燕世子，想为高煦制造口实，引起燕府的内乱，哪知燕世子不拆诏书，连同那名千户一起送至军前，轻易破了方孝孺的计策。但是那些义正辞严的讨伐诏檄，却引起了道衍惺惺相惜之心，所以成祖最后一次出兵时，道衍特以方孝孺为托。
道衍是这样对燕王说的：“到了京城，方孝孺一定不肯投降，请不要杀他。杀了方孝孺，天下读书种子绝了！”
成祖当时答应了他的要求，等方孝孺被捕下狱，成祖记起道衍的话，同时想借重他的名望及文笔，于是派人把他召入宫内，草拟即位诏书。
方孝孺一进宫就放声大哭，响彻殿庭，成祖亲自从御榻上走下来劝他说：“方先生不必如此悲苦，我不过想效法周公辅成王的故事而已。”成王是指建文帝。
“那么成王呢？”方孝孺问。
“他自己自焚而死了。”
“何不立成王之子？”
“国赖长君。”成祖有些窘了。
成祖灭方氏十族
所谓“成王之子”，是指建文帝的两子，长子名文奎，年方七岁，陷城后不知所终，大概是焚宫之时，烧得尸骨无存也。次子则尚只两岁，名文圭，禁锢禁中五十五年，号为“建庶人”，从小没有接触过高墙以外的人世，所以释放以后，形同白痴，连猪犬都不认得，此真人间惨不可言之事，“不幸生在帝王家”，正此之谓。
“主少则国疑”，所以“国赖长君”这句话，还勉强可以辩解，但“长君”应另有人——建文帝行二，他下面还有三个弟弟：吴王允熥、衡王允、徐王允，因而方孝孺反驳：“何不立成王之弟？”
驳得成祖哑口无言，只好这样说了：“这是我的家事。”叫左右拿笔墨来，坚决地说：“诏告天下，非先生来写不可！”
方孝孺一下子反了，把笔札掷在地上，且哭且骂：“死就死！诏书绝不写。”
成祖勃然变色，提出警告：“你难道不怕灭九族？”
“灭十族又如何？”
“好！”成祖接口，“我就灭你的十族。”
按：“九族”有两个说法：一说是高祖、曾祖、祖、父、本身、子、孙、曾孙、玄孙为九族；再一说是外祖父、外祖母、姨表兄弟、岳父、岳母、姑表兄弟、外甥、外孙，以及本身的族人，自然包括直系亲属在内。前一说为“九代”不是“九族”，应以后一说为是。但自古极刑无过于灭九族，现在再要加一族，倒霉了方孝孺的门生。被灭“十族”的人数不可考，只知方孝孺“外亲戍边”，于万历年间赦还的，共有一千三百余人之多。
方孝孺当然“磔死”，临终以前有首绝命词，不如《正气歌》出名，介绍在此：
天降乱离兮孰知其由？
奸臣得计兮谋国用犹；
忠臣发愤兮血泪交流！
以此殉君兮抑又何求？
呜呼哀哉兮庶不我尤！
死时年四十六岁，绝后。方孝孺有此决绝的表示，是因为他相信建文帝已殉社稷——这也是他的主张；如果他知道了建文帝生死成谜，或许会忍死须臾，以谋匡复。
卓敬被诛五族
方孝孺既死，即位诏书还得有人来拟，成祖找到另一个宋濂的学生，侍读楼琏。他当面不敢辞谢，回到家对他妻子说：“我甘于学方孝孺那样而死，但怕连累了你们。”当夜自缢，不负本心。
成祖破京之初，类似的忠烈孤臣，比比皆是，其中有个卓敬，需要特加介绍。卓敬字唯恭，浙江瑞安人，洪武二十一年中进士后，除户科给事中。给事中与御史同为言官，御史以省分道，如“浙江道”、“山东道”等，而给事中配合六部分科，所以合称“科道”。卓敬为言官时，耿直无所避忌。建文初他上一道密疏，说燕王智虑绝伦，雄才大略，酷类先帝；北平形胜之地，士马精强，金、元由此而兴，所以不宜让燕王镇北平，建议徙封南昌，就近监视，万一有变，亦易于控制。这确是曲突徙薪、防患未然的救时良方，可惜建文帝不听。
卓敬被捕，成祖虽责以离间骨肉，但颇有怜才之意，把他下在狱中，劝他投降。卓敬不屈，成祖亦不杀。哪知道衍与卓敬有仇隙，便在成祖面前进谗：“如果卓敬的建议见诸实行，皇上哪里会有今天？”成祖因而斩卓敬、诛五族。
至于铁铉，本来一直守山东，燕军南侵，建文帝命东辽总兵杨文领兵十万会合铁铉，绝燕归路。杨文无用，所部入关，为燕将拦截，无一能至济南。建文四年四月，铁铉与盛庸战燕军于淮、徐之西，时有斩获，不幸平安一军垮了下来，盛庸亦遭败绩，铁铉不得已屯兵淮上。京师沦陷，所部溃散，铁铉被擒，解至京师，成祖亲自审问，铁铉背对殿上，丑诋成祖不仁不义，死时年三十七岁。
明太祖最受人批评的一事，是侮辱衣冠，至成祖又变本加厉，清朝章学诚曾指出：“前朝虐政，凡缙绅籍没，波及妻孥，以致诗礼之家，多沦北里。”在明太祖时，于南京乾道桥设“富乐院”，罪人眷属，发此为官妓。成祖处置建文孤忠的妻孥，实在与流寇的作风无甚分别。如《国朝掌故》所记：“铁铉妻杨氏年二十五，送教坊司。劳大妻张氏，年五十六，送教坊司。张氏旋故，教坊司安政于奉天门奏，奉圣旨：‘吩咐上元县，抬出门去着狗吃了。钦此！’”请想，这是什么皇帝！
成祖天性好杀
这种暴虐不仁的情形，甚至在成祖得位十年以后还存在，如《南京司法记》：
永乐十一年正月十一日教坊司于右顺门口奏：“齐泰妇及外甥媳妇，又黄子澄妹四个妇人，每一日夜二十余条汉子看守着，年少的都有身孕，除生子令作小龟子，又有三岁女子，奏请圣旨。”奉钦批：“由他。不的到长大便是个淫贼材儿。”又奏：“黄子澄妻生一小厮，如今十岁。”也奉钦批：“都由他。”
成祖对建文死难诸臣，余憾不释，一至于此，在历史上，实所罕见。《明史》号称良史第一，于此多所隐晦，不是略而不提，就是说她们自杀，如方孝孺的女儿，本传不详，而《剑气珠光集》有记：
方正学家在雨花台下，以枝梅树为记，其女发流教坊，遂隶籍焉。
成祖的严苛好杀，出自天性，在他晚年，宫中还掀起了一件杀人盈千、株连极广的大狱。事起于一名来自朝鲜的妃子，因争宠，谋害了另一名来自朝鲜的权妃。成祖因为有朝鲜血统，饮食非权妃照料不能适意，所以对权妃被害震怒不息，穷治其事。《明史》中对此只字不载，傅斯年先生曾根据朝鲜《李朝实录》考证其始末。此是另一个宫闱故事，这里从略。
仁宗即位后，立即赦免“靖难之变”中的死难诸臣的家属，遣戍者大都放还，并有“御札”，凡“建文中‘奸臣’家属初发教坊、锦衣卫、浣衣面习匠、功臣家奴，今有存在，并宥为民，给还田土”。善于为父补过，不愧为“仁”。
我们现在要谈燕师入金川门时，建文帝的动态及下落。当时情形，数百年来始终是一个谜，因为没有确实可靠的记载，只能根据各种迹象来判断。首先所能确定的是，当时并没有重要的大臣在建文帝身边，只有少数的文学侍从之臣与他一起绕殿彷徨；建文帝可能有自杀的举动，但绝没有死——他是出亡了。这一点绝对是事实，而除此一点事实以外，其他就只有像猜谜一样去猜了。
传建文帝出家遁走
建文帝是如何出亡的呢？他是“化装”成和尚混出京城的。这一点已成定案。但其间过程，说法不同：一说系近臣为帝祝发，相偕出“鬼门”逸去，这个传说，时日分明，行迹清楚，有头有尾，枝叶俱全，似乎不能令人不信；另一个说法是一位高僧名溥洽者，为帝剃度，此说见于正史，《明史·姚广孝传》：
道衍定策起兵，及帝（按：指成祖）转战山东、河北，在军三年，或旋或否，战守机事皆决于道衍。道衍未曾临战阵，然帝用兵有天下，道衍力为多，论功以为第一。永乐二年四月，拜资善大夫、太子少师，复其姓（姚），赐名广孝，赠祖父如其官。帝与语，呼“少师”而不名。命蓄发，不肯；赐第及两宫人，皆不受。……（永乐）十六年三月入觐，年八十有四矣，病甚，不能朝，仍居庆寿寺，车驾临视者再，语甚欢，赐以金唾壶，问所欲言。广孝曰：“僧溥洽系久，愿赦之。”溥洽者，建文帝主录僧也。初，帝入南京，有言建文帝为僧遁去，溥洽知状，或言匿溥洽所。帝乃以他事禁溥洽；而命给事中胡等遍物色建文帝，久之不可得。溥洽坐系十余年，至是，帝以广孝言，即命出之。
这是建文帝出家遁去，最有力的一个证据。成祖为绝天下人怀念故主之心，明知建文帝未死，而故意说他阖宫自焚；这样就不能承认建文帝做了和尚，自然也不能课溥洽以私助建文帝出亡的罪名，因而“以他事”收捕溥洽下狱。同时，在暗中大搜建文帝的行踪，受命担任此任务的，至少有两个人，一个是给事中胡，还有一个就是大家耳熟能详的“三宝太监”郑和。
胡是常州人，他与成祖并没有特殊的关系，而能被选中担负此极端秘密艰难的任务，可能因为他的“节俭宽厚，喜怒不形于色，能以身下人”的性格，最宜于做私访的工作。《明史本传》：
五年，遣颁御制诸书，并访仙人张邋遢，遍行天下州郡乡邑，隐察建文帝安在。以故在外最久，到十四年乃还，所至亦间以民隐闻。母丧乞归，不许，擢礼部左侍郎。十七年复出巡江浙湖湘诸府。
郑和赴海外查访
胡这一次远行，目标在两湖江浙一带，显然是因为得到情报，建文帝遁迹在这一带的佛寺之故。他化装成一个性好寻幽探胜的书生，每遇名刹古寺、大小庙宇，总要做整日的盘桓，与僧众闲谈论佛法，借以查访踪迹，这样又是好几年。
另外往海外寻访的三宝太监郑和，在海外还要久。郑和的事迹，昭著于国史，艳传于人口。明朝太监有好的一面，当然也有坏的一面。明朝亡于宦官阉党，于此，附带谈一谈明初的太监。
明太祖定天下以后，开国规模，尽惩前代之失。宦官之祸，自汉十常侍以来，史不绝书。太祖对此特持戒心，最初在宫内供奔走的，不到一百人；到末年颁祖训，定为“十二监”，计为司礼监、内官监、御用监、司设监、御马监、神宫监、尚膳监、尚宝监、印绶监、直殿监、尚衣监、都知监，而以司礼监地位最高，司礼监的秉笔太监，则等于皇帝个人的“特别助理”，后世僭窃政柄的大珰，都以此职衔与内阁抗衡、交结，乃至指挥。而在太祖年间，定制宦官不得兼文武衔，不得御外臣冠服；官无过四品，每月给米一石，衣食都取给于内廷。太祖还镌刻了一块铁牌，置于宫门：“内臣不得干预政事，预者斩！”
到了建文朝，秉承先帝遗意，对宦官的裁抑，尤为严厉，曾有诏旨，太监奉旨赴各地公差，如有不法情事，准许地方官锁拿解送至京。
宦官的用事，起于成祖。最初，成祖利用京里的太监刺探消息，尤其在将渡江时，许多太监逃入燕军，对宫中情形、朝廷虚实，全部泄露，成祖颇为得力，因而一改前朝法度，开了重用太监的恶例。
在永乐初年，成祖即用太监办“外交”，遣内官监李兴奉敕宣慰暹罗国王；永乐三年命郑和通使西洋。郑和是云南人，很早就在成祖身边，即使精明强干，但通使外国，又何致遣派阉人？可知通使其名，另有目的。
当时的传说，建文帝做了和尚，遁往西南，可能由云南出境，转往南洋，郑和的使命，即是到海外去查访建文帝的踪迹。
许多神秘传说
郑和前后出使七次，历时三十年，所经南洋三十余国。但是，他的任务到后来显然变质了，由访建文帝的行踪转变为外交工作。因此关于“建文帝之谜”，郑和这部分的情形，可以不谈。
建文帝做了和尚，或者说扮做和尚出亡，事无可疑。所成为谜者，是他离京时的情况，以及此后数十年的行踪。有明一代，不断有人想探索这个谜，甚至强作解人来解答这个谜。到了清初修《明史》时，因为“朱三太子”一案，于“靖难”史实有所顾忌，湮灭了若干真相，使得本来就不甚易解的谜，越发难解。但以史学的眼光来看，由这个谜带来的两个问题才是最值得去探索的：第一，成祖取得皇位以后，大局很快地就稳定了，何以对做了和尚的建文帝耿耿于怀至二十年之久？第二，建文帝生来颅骨偏歪，此是极易辨认的一个特征，何以成祖暗中搜索至二十年之久，未得确实结果？这两个问题，似乎历来研究明史的专家，都未曾并在一起研究过，值得重新加以体认。
建文帝之谜难解，原因之一是不仅为建文一个人的问题。当燕师入京之日，朝官不愿投降的，多在当天夜里从城上用绳子吊到城外，一夕之间遁去者四十余人，其中有的列名于成祖的“奸臣榜”中，被抓了回去，有的从此不知所终。而随建文帝出亡的，据说亦有二十余人之多，这些人的下落无人知道。怀念忠义，兼以好奇，于是有许多神秘的传说自明初流行到明末。这些传说，有一部分被收入《明史》，如“河西佣”、“补锅匠”、 “云门僧”、“若耶溪僧”、“玉山樵者”等等。细察传说的内容，实为寓言，如：
河西佣，不知何许人。建文四年冬，披葛衣行乞金城市中。已，至河西为佣于庄浪鲁氏，取直买羊裘，而以故葛衣覆其上，破缕缕不肯弃。力作倦，辄自吟哦，或夜闻其哭声。久之，有京朝官至，识佣，欲与语，走南山避之，或问京朝官：“佣何人？”官亦不答。在庄浪数年，病且死，呼主人属曰：“我死勿殓，西北风起，火我。勿埋我骨。”鲁家从其言。（《明史》一百四十三）
“补锅匠”的故事
“葛衣”是夏服，燕师入京在六月十三，这表示他是从京城里逃出来的；“破缕缕不肯弃”，正以此葛衣为一极惨痛的纪念品，终身不可忘。“问京朝官：‘佣何人？’官亦不答”，表示建文旧臣虽成新贵，但对故人仍加维护，显得并不如何效忠于成祖。“西北风起，火我”，是希望魂归东南，而“勿埋我骨”，则信有骸骨还乡之日。这则寓言中，很清楚地表达了当时的“民意”。
“补锅匠”的故事是如此：
补锅匠者，常往来夔州、重庆间，业补锅，凡数年，川中人多识之。一日，于夔州市遇一人，相顾愕然。已，相持哭，共入山岩中，坐语竟日，复相持哭，别去。其人即冯翁也。翁在夔以章句授童子，给衣食；能为古诗，诗后题“马二子”，或“马公”，或“塞马先生”。后二人皆不知所终。
此当有其事，但并看不出与出亡后的建文帝有何关系。此外，有隐于佛寺的、有隐于江湖为医卜星相的、亦有入山唯恐不深的。这些建文孤忠，为他的后辈建立了一个先例，清兵入关，朱明遗臣耻事新朝的，大多亦如此归隐。
其时在民间对于建文帝及出亡诸臣，有许多神秘的传说，好事者辑写成书，最早的一部名为《忠贤奇秘录》，所记还大致与传说相符。到了万历以后，有两本书先后出现，那更是在“制造”传说了。这两本书，一本叫做《从亡随笔》，一本叫做《致身录》，内容大同小异，多记建文帝在城破之日出亡的经过。
在谈这两本书之前，先要介绍一位“传奇人物”，这个人叫程济，《明史》有传：
程济，朝邑人，有道术。洪武末官岳池教谕。惠帝即位，济上书言，某月日北方兵起。帝谓非所宜言，逮至，将杀之。济大呼曰：“陛下幸囚臣，臣言不验，死未晚。”乃下之狱，已而燕兵起。释之，改官编修，参北征军，淮上败，召还。或曰，徐州之捷，诸将树碑纪功，济一夜往祭，人莫测。后燕王过徐，见碑大怒，趣左右椎之。再椎，遽曰：“止！为我录文来。”已，按碑行诛，无得免者，而济名适在椎脱处。
《致身录》如斯云云
这个故事的后半段，已证明为虚构，因为“考其实，徐州未尝有捷也”。“靖难”师起，朝廷打得最漂亮的一仗是“东昌大捷”。既无所谓“徐州之捷”，则又何来所谓“树碑纪功”？但这个传说能够被采入正史，可知流传甚广，照它的内容来研究，编造此神乎其神的故事的人，虽昧于史事，却知乎“道术”，看上去是个相信“先天数”的人。
相信“先天数”的人，照现代的术语来讲，即是个“宿命论者”，他们相信凡事皆由天定，一物之微，成毁亦早经注定，非人力所可抗衡，能预知后果，则知所趋避。而照传记所述，程济应亦为此道中人，他能预知燕王必得天下，必定要“按碑行诛”以为报复，所以“一夜往祭”。而他本人则适以“椎碑”椎去了名字，得以幸免。
于是好事之徒，或者说“有心人”，编造建文帝出亡的故事，即以程济为主要配角，说他是为建文帝祝发之人，并托名撰写《从亡随笔》。程济有无此随笔，固为疑问，但后出而与《从亡随笔》大同小异的《致身录》，则已可证明其为伪书。《明史》一百四十三：
万历时，江南又有《致身录》，云得之茅山道书中。建文时，侍书吴王史仲彬所述，记帝出亡后事甚具……然考仲彬实未尝为侍书。“录”盖晚出，附会不足信。
“具”者具体，伪书为欲求信于读者，常写得特别详细，两书都说当建文帝得报金川门失守时，长叹想自杀，编修程济建议：“不如出亡。”又有个太监王钺说：“高祖驾崩时，留下一个箱子，说是‘遇到大难时才可打开’。这箱子收藏在奉先殿。”
群臣一听这话，都说快把箱子取来。等抬来一看，是一个红色的箱子，“四围俱固以铁，二锁亦灌铁”，程济一脚把它踩破，里面有“和尚的身份证”度牒三张，上面的名字是：应文、应能、应贤；袈裟、僧帽、僧鞋、剃刀，一应俱全，另外还有白金十锭。箱子里面用朱笔写着：“应文从鬼门出，余从水关御沟而行，薄暮会于神乐观之西房。”
当箱子刚抬来时，“帝见而大恸，急命举火，皇后马氏赴火死”。等箱子打开，建文帝才知道他祖父要他做和尚，便说：“数也。”就在这最初的一段叙述中，便有两个漏洞。
建文帝出亡传闻
第一，既然这个箱子“四围俱固以铁，二锁亦灌铁”，异常坚固，何以程济一脚便能踩碎？第二，太祖既有这样的遗命，自然也有妥当的安排，当箱子抬来后，理应先打开看个究竟再作定夺，何以箱子未开，建文帝即命举火，而马皇后亦遽尔自焚？凡此都是情理不通的地方。
以下所叙述的还有漏洞。照书中所记，当时由程济为建文帝祝发，吴王教授杨应能愿意随亡，这样，“应文”、“应能”都有了，另有一个监察御史叶希贤说：“臣名希贤，应贤无疑。”于是相继改装。其时殿中有五六十人之多，多愿保护天子出亡。建文帝认为人多反而引人注目，易生不测。大家一听这话也不错，纷纷痛哭而去。
随建文帝出亡的，一说九人，一说八十人，依照朱笔遗命，从“鬼门”而出；门外河边停着一条船，船上有个神乐观的道士王升在接驾。见了建文帝，伏地叩头，口称“万岁”，说是太祖托梦，命他在此等候，一起上了船到太平门登岸，在神乐观暂住。不久“应能”、“应贤”他们也都到了，出亡的一共是二十二个人。
上述的说法，如“托梦”云云，一望而知是胡说。但建文帝做过和尚，在西南一带有其行迹，实无可疑；同时我们也可以相信，最后胡也见到了建文帝，《明史·胡传》说他在永乐十七年复出巡江、浙、湖、湘，二十一年还朝，其时成祖亲征在外，于是“驰谒帝于宣府。帝已就寐，闻至，急起召入。悉以所闻对，漏下四鼓乃出。先未至，传言建文帝蹈海去，帝分遣内臣郑和数辈，至是疑始释”。孟心史先生就此下断语：“还朝必驰赴宣府行在，为有确讯可报也。帝已寐而急起召入，为知此来必有所报，而不能复稍延也。所云‘至是疑始释’，必已得建文之确实表示，不与争国，而后心乃安也。……观入对至漏下四鼓乃出，则其语必甚曲折，非得建文帝有若何死亡之讯一言而讫者可比；殆必曲传建文甘心让国之意，能使猜忌之文皇亦听而自安。”
老和尚突然自首
孟心史先生的话是非常正确的论断。于此我们看出，明初百姓的故主之思是如何强烈，以及这一份民心对成祖的威胁是如何严重。因为有那么强烈的故主之思，才会有那么多神秘的传说，同时我们也可以想像得到，事实上胡虽是秘密查访，而各省地方大吏，必已奉到密旨，对于胡的任务应予以全力支持，这样就等于动员了全国性的官方力量，大搜在外形上有特征、易于辨识的建文帝，亘二十年之久，始得一面，其间随处得到百姓的掩护的情形，可想而知。受传统伦理观念支配的百姓，特别是农民，内心深处都有单纯而强烈的正义感，厌恶以诡谲手段篡窃政权的任何人，如果不是一方面建文帝出亡以后无所作为，一方面成祖的施政粲然可观，则明朝的帝系，是否能由燕府一系保持，大成疑问。
关于胡的任务以及宣府复命以后成祖始“听而自安”，这要后世方始明了，在当时是不可能为民间所知的。以后还有这样一个故事：在英宗正统六年，有个老和尚突然去见广西思恩州知州，大声说道：“我就是建文帝。”州官大惊，面报藩司，飞章入奏，把这个自称为建文帝的老和尚以及跟他在一起的十二个人，解送到京，命御史审问。
这位“建文帝”自称年已九十余，死后想归葬在孝陵旁边，所以自首。御史问他，建文帝生在洪武十年，应该只有六十四岁，怎么说是九十余？于是审出实情，这个和尚名叫杨应祥，自然论死下狱。而另有一说，当时曾由服侍过建文帝的老太监吴亮去辨认真相。“建文帝” 问道：“你不是吴亮吗？”吴亮不承认，于是“建文帝”又说：“我记得有一次御便殿进膳，是你‘尚食’，我正吃子鹅，丢了一片在地上，说赏你吃；你手上拿着酒壶，跪在地上，学狗的样子，把那片子鹅舐了吃掉了。你难道不记得这件事？”吴亮一听这话，伏地大哭；建文帝左脚趾上有黑痣，吴亮求证以后，捧着“建文帝”的脚又哭。但复旨既不能说真，又不忍说假，左右为难，只好上吊自杀。而“建文帝”则终被“迎入西内”。
这个说法，被谷应泰收入《明史纪事本末》，描写相当生动，而实为不经之谈。
清修《明史》的争议
终明之世，对于建文帝未死而出亡，殆成定论，而钱牧斋于此在官史中显有牾的一大事，更煞费苦心，于不悖事实的原则下，为成祖开脱。他替山东赵士喆的《建文年谱》作序，说“唯是文皇帝之心事，与让皇帝之至德，三百年臣子，未有能揄扬万一者”，因而他表而出之。“让皇帝”为南明对建文所上的尊号，肯定其“逊国”，他的“至德”不需赘述。所谓“文皇帝之心事”，照钱牧斋的说法：“明知孺子之不焚也，明知亡人之在外也，明知其朝于黔而夕于楚也。胡之访张邋遢，舍人而求诸仙，迂其词以宽之也；郑和之下西洋，舍近而求诸远，广其途以安之也。”这就是说建文帝的行踪在成祖掌握之中，特意放他一条生路，而又唯恐建文帝不明他的“心事”，徒事仓皇，未能安居，所以特派胡和郑和“舍人求仙”、“舍近就远”，作为暗示。成祖有那么仁厚吗？当然不！不过钱牧斋是明朝的臣子，不如此调停其间，又如何说法？其人虽晚节有亏，在这些上面，不失史实之真，不暴君父之恶，立言得体，应该要佩服他。
谁知这已有定论的一重公案，到清修《明史》时，忽起争论。因为康熙初年有“朱三太子”一案，以清朝的立场而言，“朱三太子”真也是假、假也是假，才可以绝明朝的遗民志士之望，而安定人心，用意与成祖之对建文相同，所以在修《明史》时，主张建文焚死之说。其时明史馆曾为此事集议辩论，大部分迫于现实，主张“存疑”，作为对新朝的让步，小部分坚持出亡之说，而认定“焚死”者，大概绝无仅有只一个王鸿绪。王是江苏松江人，康熙进士，官至户部尚书，曾进呈《明史稿》，即为今《明史》的蓝本；《明史稿》原为一代大史笔万季野的原作，但在王鸿绪进呈时，为阿附清廷的意旨，改动原稿，成为建文焚死，并自撰《史例议》，力辟出亡之说为妄。钱大昕撰《万先生传》，不知其中有此一番偷天换日的伎俩，误以为万季野主焚死之说，而《清史稿·儒林传》，又采钱说入传，于是而成为对万的厚诬。
到了乾隆年间，“朱三太子”一案早成陈迹，既无顾忌，遂复其真，乾隆四十二年诏改《明史》“本纪”，建文的“书法”，重定为“棣（按：成祖名棣）遣中使出后尸于火，诡云帝尸”，数百年之谜，至此始正式揭出谜底。但修改过的《明史》未有通行本，目前听见，仍为乾隆四十二年的殿本。此亦是研究明史所不能不知的一番曲折。