中国医学的发展，时有不同理论认识之间的学术争鸣和研讨，但以起于金而盛于元和影响明代医学发展的医学争鸣最富有代表性，且对促进临床医疗理论和技术的丰富最为明显。
医学争鸣与学派形成
宋代医学发展在一段时间内十分强调儒学，特别将其《惠民和剂局方》置于至高无上的地位。医界甚至形成按证索方，不求辨证的通弊，这种情况越演越为普遍。故在金代的医学家不为宋代信条所惑，结合临床实际提出：“古今异轨”，“古方新病，不相能也”的论点，对古方特别是局方提出质疑，认为要发展医学必须结合现实提高治病效果。在这样的情势下，出现了著名的四大医家。刘完素（1120—1200）提倡运气学说，强调：“不知运气而求医，无失者鲜矣”，认为传染病、流行病多由火热之毒而得，故主张多用寒凉药物予以治疗，并创造了许多行之有效的方剂，在治疗上取得了良好的效果，他被尊之为寒凉派代表。张子和（1156—1228），提出：“古方不能尽治今病”的论点，批评了《惠民和剂局方》滥用温燥药物的弊端，认为疾病多因实邪所致，提倡：“邪去而元气自复”理论，故于疾病治疗多用汗法、吐法和下法，后世称之为攻下派之代表。他的学说源于刘完素而又有不同，使医学上的汗、吐、下三法内容得到了极大的丰富。李东垣（1180— 1251），提倡“人以胃气为本”，强调“内伤脾胃，百病由生”，在疾病的诊断和治疗上十分重视人体消化功能的保护和恢复。他的学术思想的形成，虽与其师张元素重视脏腑辨证有关，更由于当时战乱频繁，群众颠沛流离、食饮无常的生活环境和消化性疾病十分多见密切相关。由于他治疗多用温补脾胃之法，故后世尊之为补土派之代表。朱丹溪（1281—1358），他在中医理论上提倡：“阳常有余，阴常不足”，认为用“古方治今病焉能吻合”，对滥用温燥药的《惠民和剂局方》提出了尖锐的批评，更撰《局方发挥》以纠其偏，故在临床治疗上强调“滋阴降火”之法，后世医家尊之为滋阴派。朱丹溪的学术思想和医疗技术对日本也有着很大的影响，他们于十五世纪成立“丹溪学社”，继承和发扬其学术成就。
以上四大医家，各成门户。著名于世的还有张元素、麻九畴、罗知悌、项昕、王好古、罗天益以及明代葛乾孙、倪维德、吕复、王履、戴思恭等。
临床外科与骨伤科
在临床外科与骨伤科方面，元代也取得了明显的进步，其代表人物有齐德之、李仲南、范亦林等。齐德之曾任太医院太医、医学博士，以精于外科而闻名于时。编撰有《外科精义》（1335 年）3卷，总论外科医理等35篇，选录外科疾病常用方药145方，并各予以简要的叙述。其理论简明，其方药实用，对中医外科学的普及发挥了重要的推动作用。李仲南，初尚养亲寿老，建道院于栖碧山中，因悟丹药之道远而尽心医学研究，汇集前人医疗经验和自己心得，尤以骨折、脱臼的诊断、整复和治疗更多特色，1331年编撰成《永类钤方》22卷。该书中所述多种骨折、脱臼之整复和夹板固定治疗方法，以及医疗器械、方药等，均达到蒙古正骨术和中医正骨术的先进水平。就其时代而言，或可视为军阵外科骨伤科一次比较系统的经验总结。约与李仲南同时的范亦林（1277—1347），出身世医，曾任南丰医学教授，家藏历代医书甚多，经十余年整理研究，撰成《世医得效方》19卷，经江西医学提举司呈太医院，至正五年（1345）刊行全国。该书于正骨科论述尤精，所述正骨麻醉、正骨手法以及一些复杂骨折、脊柱骨折的复位和固定方法，多有创新。
元代骨伤科发展所以先进，还在于运用了骨关节解剖观察以提高治疗效果。例如武将赵匣剌左肩中矢镞不得出。钦察取死囚二人，解剖其肩，视骨节浅深，知可出，即为凿其创，拔镞出之。又如创救战伤休克每用杀骆驼急以休克病人入驼腹、牛腹以急救之，都是比较科学的方法。以上两书均系大型综合性医著，以擅长外科、骨伤科而著名。