元代时的中外医学交流，在中国医学史上占有重要的一页。元代大量吸取阿拉伯医学，并设立六个专门机构予以推广应用和研究，这在中国医学史上是绝无仅有的。在中国传统医疗保健机构中，也有外籍医生工作，回回医生在民间行医卖药者更为普遍，并得到人们的赞誉。有一首诗写道：“西域贾胡年八十，一生技能人不及。神农百草旧知名，久居江南是乡邑。朝来街北暮街东，闻掷铜铃竟来集。居人相见眼终青，不似当时答木丁。师心已解工名术，疗病何烦说《难经》。”这位耄耋之年的回回老医生，居中国江南多年，以高明的医术和优质膏药治愈了无数中国人的疾病与伤折。此外，元代时中国同高丽、日本、南海诸国及印度次大陆也有着较多的医学交往。与日本交流多属民间性质，多由僧侣和医学者往来。与南海诸国和印度次大陆的交流，则多以药材贸易的形式进行。
中外药材贸易，在元代也有较重要的地位。元代的中外药材交流有三个主要途径：一为元统治者所辖地跨亚、欧、非诸汗国的“进贡”。诸王贡药甚多，有的一年五次贡药，有一次贡回回太医药“打里牙”价值十五万贯之巨。二为派专人出使采买，如1273 年诏遣札术呵押失寒崔杓持金十万两，命诸王阿不合市药狮子国。1287年遣畏兀儿人亦里迷失使马八儿国，次年归，得其良医善药；又如1290年遣使桑吉剌失等人“诣马八儿国访求方使士”。第三种交流即商贾贸易。元代外商至中国作药材贸易者逐渐扩大，特别是统一中国后，海陆交通繁盛，来中国之商贾云集，药材贸易在其买卖中占有相当大的比重。当时，对药材贸易也已有了较严格的管理，不但有一定的市药城市，且多配备辨别药材真伪的专门人员和论质议价的官员。如 1275年，元世祖曾命阿合马与姚枢徒、单公履、张文谦、陈汉归、杨诚等议行……及贸易药材事。元代在广泛吸收外来医学和经验，促进中外医药卫生交流等方面，在中国医学史上有着重要的影响。