明代的民间宗教中最主要的是白莲教。朱元璋投身元末明教为主体的农民起义而取天下建立了明朝。但是当时的明教实际上已经不是由摩尼教发展而成的明教，而是“已合于佛，已混于道，又与出自佛教之大乘教、三阶教合”。“又与出自佛教净土宗之白莲社合，与出自佛教净土宗之弥勒教合。至元末遂有红巾军之全面起义。”所以许多材料中可以看到当时的起义教众所宣传的还是白莲教的教义。但这时的白莲教所宣扬的弥勒下生及明王出世的说法，实际上是融合了弥勒教和明教的教义，成为一种混合型的民间宗教。
民间宗教一般是由佛、道两教分化而成，它的一个主要特征是教义的简明，并且由于其在民间传布，极易发生各种民间宗教的互融，而且在传布过程中往往产生许多的分支，所以有时候不大容易加以区别，而习惯于统称之为白莲教。
明朝建立后，明廷对于明教、白莲教等民间宗教采取了严禁政策。这主要是为了防止白莲教之类的民间宗教在组织民众反抗政府方面的潜在作用，但是白莲教的活动却始终没有停止。在明初，白莲教在全国的活动相当活跃，如洪武初年陕西的王金刚奴起义，继承元末韩林儿龙凤年号，前后坚持四十余年：
陕西妖贼王金刚奴，于洪武初，聚众于沔县西黑山寺等处，以佛法惑众。后又与沔县邵福等作乱。其党田九成者，自号汉明皇帝，改元龙凤。高福兴称弥勒佛，金刚奴称四天王。
王金刚奴直到永乐七年（1409）才被官府捕杀。而同年湖广湘潭又爆发了李法良领导的弥勒教起义。永乐十六年（1418）北直隶附近有刘化自称弥勒佛下世，在新城、真定、容城和山西洪洞等地传教，受戒者甚众，相约起事，事泄被捕杀。两年后便又有山东唐赛儿起义，成为明初最具影响的白莲教起义。
唐赛儿者，蒲台民林三妻也。儿时能刻纸为人马使战斗。自号佛母，预言成败事颇验，往来益都、安丘、即墨、寿光诸县，相煽诱。
永乐中，山东民妇唐赛儿夫死，唐墓祭回，经山麓，见石罅露出石匣角，唐发视之，中藏宝剑妖书，唐取书究习，遂通晓诸术。…因削发为尼，以其教施于村里，悉验，民翕然从之。……初亦无大志，画冗浩阔，妖徒转盛至数万，官捕之，唐遂称反，官军不能支。
当时山东是白莲教活跃的地区，所以唐赛儿能够一呼百应，至其起义被镇压失败后，官府仍无法得到唐赛儿的踪迹。
这些史料中记述的唐赛儿所得的“妖书”，便是白莲教所称的宝卷，也就是教义的经典。白莲教教义在明代还在不断发展，到正德以后，白莲教吸收了罗教教义中的“真空家乡，无生父母”的说法，奉“无生老母”为创世主，而弥勒下世，则是由“无生老母”派来领导教众前往“真空家乡”的。这对于当时处于水深火热中的百姓们无疑是最富吸引力的。
到明朝后期，随着政治的腐败，社会矛盾激化，白莲教等民间宗教的传播也更加活跃，并且由白莲教众为主体的农民起义不断发生。主要有：
嘉靖二十五年（1546）汶上连氏与白莲僧惠金、杨惠通起义；
嘉靖三十六年（1557）乌镇道人李松起义；
嘉靖中重庆大足蔡伯贯起义；
万历二十七年（1599）徐州赵一平、孟化鲸起义；
万历三十二年（1604）福建瓯宁吴建、吴昌起义；
万历三十四年（1606）临淮刘天绪起义；
万历四十二年（1614）王森起义；
天启二年（1622）王森弟子徐鸿儒起义。
明代的白莲教在发展过程中产生出许多分支，明末著名的白莲教经卷《古佛天真考证华宝经》中确认为白莲教支派的就有：红阳、净空、无为、西大乘、黄天、龙天、南无、悟明、金山、顿悟、金禅、还源、圆顿、收圆等等。而当时的涅槃教、三一教、长生教、老子教、龙华会、忠勇会等，也都是白莲教的分支，应州的罗廷玺、湖州的马师祖、单县的唐云峰、重庆的蔡伯贯等则都是当时较为著名的白莲教首领。可以说终明之世，白莲教始终活跃于全国各地的民间，贯穿于整个的下层社会，甚至宫中宦官也多有信奉白莲教者，因此民间宗教的传播成为明朝统治者深感不安之事。
明代的民间宗教虽然大多属于白莲教的支派，但是其中也有较为特殊的情况，如罗清创立的无为教，高阳、韩太湖创立的弘阳教，即曾有不同于白莲教的特点，只是在其发展过程中逐渐与白莲教融合了。
无为教即罗教，创始人为明朝成化年间的山东人罗清，他初奉佛教禅宗，在其基础上吸收道教及各种民间宗教的教义，创立无为教。后为得到正德时当权太监张永等人支持，写成《罗祖五部经》（《苦功悟道卷》、《叹世无为卷》、《破邪显正钥匙卷》、《正信除疑无修证自在卷》、《巍巍不动泰山深根结果宝卷》），因其崇奉无为，诋毁白莲教，所以得到了正德皇帝的支持，罗清被封为“无为经师”，其《罗祖五部经》由官方刊行，成为明代官方支持的唯一的一个民间宗教。但是因为无为教提出了“真空家乡，无生父母”的劫变及改造现实的观点，其后逐渐与白莲教相接近，到万历四十四年（1616）遂为朝廷所查禁。
弘阳教的创始人为万历间山西洪洞高阳，他主要活动于当时的京城北京，并且在宫中宦官们的支持下刊印弘阳教的经卷，宣传“红阳劫尽，白阳当生”的劫变口号，认为世界分青阳、红阳、白阳三个阶段，每一劫变时便生大乱，到白阳的阶段，即成为最光明的世界。
高阳死后，道士韩太湖继续传播弘阳教，但是他奉罗教创始人罗清为祖师，吸收罗教的教义，而且仿罗清撰写了《混元弘阳飘高祖临凡经》、《弘阳苦功悟道经》、《弘阳叹世经》、《混元弘阳显性结果经》、《弘阳显性结果深根宝卷》，也称五部经，后又将经咒等编成五部经，称小五部经。韩太湖也长期在北京传教，多与宫中宦官交结，但是他与高阳不同之处在于高阳时的弘阳教入教者多为中上层人士，韩太湖时的教众则多为下层社会的劳苦大众。
明代的民间宗教名目虽多，但多数是由白莲教、罗教发展而成的，其后各支派互相融合，教义也互相渗透，其创立之初在教义等方面的区别到后来也就愈加不明显了。