顺治七年十二月初九，多尔衮病逝于喀喇城。顺治八年正月初六（1651年1月26日）福临以多尔衮同母兄英亲王阿济格谋乱，将其“幽禁”，十二日御太和殿宣布亲政。此年他虽仅十四岁，但“坐殿上指挥诸将，旁若无人”。二月二十一日，福临颁谕追论多尔衮罪状昭示中外，“罢追封、撤庙享、停其恩赦”。
多尔衮虽遭身后之罚，但其势力仍在。消除其影响，收回被分散削弱的皇权，确实很费周折。福临亲政之初，为处理纷繁的日常政务，曾下令“复用诸王”于部院。其中被多尔衮严重打击的郑亲王济尔哈朗开始握有重权。但这时福临的注意力集中于如何翦除多尔衮的亲信余党上。闰二月他下令处死谄附多尔衮而握有实权的大学士刚林、祁充格，八月杀掉固山额真、吏部尚书谭泰，十月令阿济格自尽，这一系列的措施沉重打击并消除了多尔衮派的势力。在根本上稳定了政局之后，顺治九年正月，福临谕内三院说：“以后一应奏章悉进朕览，不必启和硕郑亲王。”三月又下令：“罢诸王贝勒贝子管理部务。”从而大权集于一身，他当上名副其实的大清皇帝。
福临是个刻苦学习，励精图治的帝王。他曾说：“朕极不幸，五岁时先太宗早已宴驾，皇太后生朕一身，又极娇养，无人教训，坐此失学。年至十四，九王（多尔衮）薨，方始亲政。阅读诸臣奏章茫然不解，由是发愤读书。每晨牌至午理军国大事外，即读书至晚，然顽心尚在，多不能记。逮五更起读，天宇空明始能背诵。计前后读书读了九年，曾经呕血。”这是实情。他曾在座右自书：“莫待老来方学道，孤坟尽是少年人”，以警策自励。他博闻强记，耽爰诗赋戏曲，每于绝妙辞章，赞赏不已。但他并未忘记君主的身份，对经书也下了不小的功夫。他尤善于思索，常以致用。大量的汉文典籍对他影响极深。在研读典籍中，他对孔子、朱元璋以及朱由检发生极大兴趣。从这几位人物的思想活动中，悟得了治国安民的道理，形成了他的治国思想。他很想有一番作为。
尊孔与思想统治
福临亲政之时社会很不安宁，各地抗清斗争连绵不断。其中南明永历政权得到大西农民军余部孙可望、李定国等的支持，在云、贵、两广一带活动，郑成功率部坚持在闽浙沿海一带斗争，这是两股最大的抗清势力，不断威胁着清朝的统治。清兵在战场上失利的警报不时飞向朝廷。福临亲政的第二年，定南王孔有德失守桂林自杀，敬谨亲王尼堪遇伏衡阳身死，震惊朝野，当时各种矛盾错综复杂，而民族矛盾尤为激烈。因而福临感到巩固统治的当务之急是收拢人心，安定社会。为此，他努力推行教化，以加强思想统治。
福临膺服孔子，他号召臣民尊孔读经，提倡忠孝节义。他亲政后的第二个月，即遣官赴孔子故乡阙里祀孔子。九年九月他亲率诸王大臣等到太学隆重释奠孔子，亲行两跪六叩礼。他谕学官、诸生说：“圣人之道如日中天，讲究服膺，用资治理。尔师生其勉之。”福临还命内院诸臣翻译五经，他赞美说：“天德王道备载于书，真万世不易之理也。”他认为“治平天下莫大乎教化之广宣，鼓动人心莫先于观摩之有象”。于是，他主持编修《资政要览》、《劝善要言》、《顺治大训》、《范行恒言》、《人臣儆心录》等，均亲自撰写序言。十二年（1655）春，他谕礼部说：“朕惟帝王敷治，文教是先，臣子致君，经术为本。”“今天下渐定，朕将兴文教、崇经术以开太平，尔部即传谕直省学臣训督士子，凡六经诸史有关于道德经济者，必务研求通贯，明体达用。”号召全国读经。他以“自古平治天下莫大乎孝”，特命大学士冯铨为总裁官编《孝经衍义》。他为“考百代之是非”，特命大学士巴哈纳、刘正宗等为总裁官编《通鉴全书》。他大力提倡忠孝节义到了无以复加的地步。顺治九年敕封关羽为“忠义神武关圣大帝”，神化了关羽的忠义。他一再下令旌表各省的“忠孝节烈”之人，并注重实行满汉一致。九年（1652）十一月他谕“命诸王宗室内有孝友义顺及守节贞烈者，宗人府核实具奏，礼部照例旌表”。从此开始在八旗中旌表忠孝节烈。十年四月决定满洲部院各官与汉官一样实行“离任丁忧”制。他视尽忠尽节为人生最高的道德准则，表彰北京被李自成攻陷时故明朝臣之“殉君死难”者，赞扬其“幽忠难泯，大节可风”，下令礼部“详访确察死节职名并实迹具奏”，“给谥赐祭”。他还特为“身殉社稷”的崇祯帝朱由检立碑，赞扬他“励精图治”，追谥为“庄烈愍皇帝”。对“从君殉节”的明司礼监太监王承恩，更是赞扬备至，称道他“目击艰危，从容就义”，“即古之忠臣烈士何以加焉？”特为立碑致祭赐谥为“忠”，以“使尽忠者以为劝，不忠者以为戒”。通过全面倡导忠义，树立了清朝是传统道德捍卫者的形象，对消除广大汉族人民对清统治者心理上的隔阂，对缓和民族矛盾，特别对争取、安定汉族地主阶级的人心，产生了积极的作用。
重用汉官
在争取汉族地主阶级，提高汉官权力、重用汉官方面，福临进行大胆的尝试和努力。他已感觉到满汉和谐对维系统治的重要，决心改变“各衙门奏事，但有满臣未见汉臣”的现象，于十年（1653）正月谕内三院：“嗣后凡奏进本章”，要“满汉侍郎、卿以上参酌公同来奏”，以达到满汉的“一心一德”。尽管实际上难以完全做到，他对汉官的态度也总有反复，但他提高汉官权力的思想却有所发展。十六年十月，他谕吏部：“向来各衙门印务，俱系满官掌管，以后各部尚书、侍郎及院寺堂官受事在先者，即著掌印，不必分别满汉。尔部即传谕各衙门一体遵行。”这是破天荒的决定，不论实际执行情况如何，汉官权力地位有了明显提高。他还一再要求满汉官员和衷共事，“凡会议政事，原应满汉公同商榷，斟酌事理，归于至当”，“不拘满汉皆可具稿”，不许“满汉两议”的现象再出现。
他对汉族地主阶级的上层人物，也极力笼络。他以皇太极第十四女下嫁吴三桂之子吴应熊，以示优宠。大学士党崇雅告老还籍时，他两次破格召见，赐坐，赐衣帽、靴袜、茶饭，“温语慰劳良久”，并特命满大学士车克送行。顺治十五年（1658）状元、翰林院修撰孙承恩英年早逝，他“深悼惜之，赐白金三百两归其丧”。对洪承畴的重用，更突出地反映了福临争取汉人的勇气。洪承畴原是皇太极时降清的明朝著名将领，他在建议清军入关和招抚江南中立了大功，后遭满将猜疑被召回京，任大学士而无实权。福临为结束西南战事消灭永历政权，认为“必得夙望重臣，晓畅民情，练达事理者，相机剿抚，方可敉宁”，而“偏察廷臣无如大学士洪承畴”，因于十年五月，特升洪承畴为经略，“经略湖广、广东、广西、云南、贵州等处地方总理军务兼理粮饷”，破格授予“假以便宜”之权：“应巡历者随便巡历，镇抚以下听其节制，兵马钱粮听其调拨。一应剿抚事宜不从中制，事后报闻。满兵或留或撤，酌妥即行具奏。文武各官在京在外，应取用者择取任用。升转补调随宜奏请，吏兵二部不得掣肘；应用钱粮即与解给，户部不得稽迟。归顺官员酌量收录，投降兵民随宜安插。”这是极大的信任。福临又亲自对洪承畴说：“卿练达民情，晓畅兵事，特假便宜，往靖南服。一应调度事宜，悉以委托。距京虽远，眷注弥殷。务殚忠猷，副兹信任。凡有奏请，朕靡不曲体。”洪承畴就是在这种特殊的信任中坐镇西南的。但洪承畴却有负委任，他坚持“以守为战”的方针，从未主动出击，致使坐镇数载，虚靡兵饷。因而引起朝臣不满，认为这是“坐而自困之道”。后来，洪承畴也感到不妙，而上疏说，几年来“一筹莫展，寸土未恢”，自知“罪状有如山积”。于是一再请求解任。福临一再“优旨慰留”，表示了对洪的不动摇的信任。后来，就在洪承畴难以为继，准备“回京调理”之时，大西军发生内讧，孙可望到洪承畴军前投降，终使洪收到了“以守为战”的招抚之功。这里福临对洪承畴的坚决一贯的信任，作用巨大。当时魏裔介就说：“若非经略用人吏兵二部不得掣肘，阁部洪承畴亦岂能有所作为？”
缓和社会矛盾的招抚政策
福临在政治上积极推行宽松和招抚政策以缓和矛盾，对各地出现的反抗斗争他不主张一概坚决镇压。他亲政的第二个月谕兵部说：“朕思各处土寇本皆吾民，或为饥寒所迫，或为贪酷官吏所驱，年来屡经扑剿，荡平无期。皆因管兵将领纵令所部杀良冒功”，“真贼未必剿杀，良民先受荼毒，朕甚痛之”。因而下令“不得轻动大兵，使玉石俱焚”。三月谕户部，允许原清兵入关时俘获而隶旗下为奴的汉人回乡探亲，“其父母兄弟妻子有愿投入旗下同归一处者，”“准其完聚。以示朕满汉一视之仁”。七月又谕户部：“数年以来投充汉人生事害民，民不能堪，甚至有为盗、窝盗者，朕闻之不胜痛恨。”他下令“今后各该地方官如遇投充之人犯罪，与属民一体从公究治”。这对当时造成社会极度恐慌混乱的逃人法、投充法来说，虽然不能根本改变，但多少起了一定的缓和作用。对各地的抗清势力和抗清活动他坚持剿抚并施的方针，并突出招抚一手。顺治十年四月，当偏沅巡抚奏报查获明福清王嫡子朱由杞并伪刘知府所遣文卷一箱，有故明宗族废绅往来书札一事时，福临下令：“朱由杞著即就彼正法，文书即行焚毁。若翻阅穷究必致扰害地方，所首文书内有干连者，即行释放。”他又颁敕江南等处，公开声明改变多尔衮在世时凡因抗拒后来降者多被诛戮的作法，而“大开生路，许其自新”。十五年八月下令：“即事急来降者亦皆当收养。纵有逃亡听其自去，始足彰我恩育之仁。”他还感慨地说：“夫以威服人，何如以德服人之为愈也！”这种思想在对待郑成功与孙可望的问题上表现得最为充分。
顺治九年十月，福临指示浙闽总督刘清泰招抚郑成功。他故意开脱郑成功的“罪过”，把郑所以抗清的原因归结为“必地方官不体朕意，行事乖张”和多尔衮对降清后的郑芝龙“看守防范”而使“成功等疑惧”所致。福临保证如郑成功听抚“归顺”，“许以赦罪授官，听驻扎原地方，不必赴京”。十年五月，福临又特颁敕谕对郑氏家族大加封爵，再次赞扬郑芝龙降清大功，指责多尔衮与地方官吏之咎，造成郑成功“前有功而不能自明，后有心而不能上达”的局面，并恳切地对郑成功说：“朕亲政以来，知百姓疮痍未起，不欲穷兵，尔等保众自全亦非悖逆，”对郑成功的抗清活动表示谅解。于是将“首倡归顺赏未酬功” 而软禁了七年之久的郑芝龙特封为同安侯，封郑成功为海澄公，郑氏家族中其他要人也有封爵，“各食禄俸如例”。这是破格厚封重赏。福临还特地差官专程往闽海 “赍赐郑成功海澄公印一颗、敕谕一道”。敕谕中同意郑成功归顺后仍驻泉漳惠潮四府之地，勉慰郑成功：“尔膺此宠嘉，受兹信任，务殚心竭力，以图报称。”他保证“山河带砺，垂于永久。”但郑成功并不剃发，且提出要管辖“全闽”、“屯扎舟山”等清廷难以接受的苛刻要求。对此，福临仍以极大的耐心说：“剃发归顺则已，如不归顺，尔其熟思审图，毋贻后悔。”仍对郑成功抱有希望。招抚郑成功的努力虽然失败了，但福临的招抚政策仍然坚定不移。
顺治十四年末，大西军将领孙可望同李定国争权斗争失败，在丧失了十几万军队之后，走投无路，仅携数百人仓皇降清。福临接报后“深为忻悦”，称赞孙可望是“识时俊杰”。他说“凡悔罪投诚纳土归命者，不特赦其既往，抑且优加封爵，俾享尊荣”。于是特封孙可望为义王，“以示优眷”。他更把孙可望的投降视为他招抚政策成功的模式，感到“殊可嘉悦”。因此特命学士麻勒吉赍封王敕书专程前往迎接。当孙可望到京后，他命令隆重接待并予以白银万两等丰厚赏赐。但满汉朝臣对孙可望的势穷来降却“意怀轻忽”，甚至纠他“悖谬之罪”。对此孙可望心虚胆战，“汗流浃背，寝食不安”，请求“处分”，并“疏辞封爵册印”。福临虽然看出了问题，说：“王以孤踪疑畏，控辞册印，理亦宜然。但封爵出自朕裁，孰敢陵侮；虽系孤踪，不必疑畏”，但仍加留养，以表示招抚的坚定意志与许诺必践的信义。
对联系蒙、藏族的重视
福临极为重视与蒙古、西藏等边疆少数民族的联系。他深悉蒙古西藏笃信喇嘛教，“惟喇嘛之言是听”，因而奉行自皇太极以来宠幸喇嘛的政策。顺治初年多尔衮摄政时曾遣官往请五世达赖喇嘛赴京，达赖应允辰年即顺治九年（1652）前来。福临亲政后遣官再请，同时特于北京建西黄寺一座，预为达赖到京下榻之用。五世达赖奉召即率三千喇嘛浩荡前来。福临准备亲自离京赴边外迎接，以示优隆，由于大学士陈之遴、洪承畴等谏阻，才改派大臣往迎。十二月达赖到京“进献马匹方物”，福临特于南苑接见，“赐坐，赐宴”。十年正月又宴赏于太和殿，同时命诸王“依次设宴”达赖一行。二月，达赖因水土不服辞行，福临再次宴赏于太和殿，命郑亲王济尔哈朗等于清河饯行，命和硕承泽亲王硕塞等率八旗官兵护送返藏。四月遣官赍金册金印赐五世达赖喇嘛为“西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤喇怛喇达赖喇嘛”。
澄清吏治
吸取明朝灭亡教训，澄清吏治，是福临亲政期间考虑最多、也最伤脑筋的问题。他有惩于崇祯帝的不幸遭遇，他认为朱由检“励精图治，宵旰焦心”，“孜孜以康阜兆民为念”，是很想有一番作为的帝王，但因“有君无臣，孤立于上，将帅拥兵而不战，文吏噂沓而营私”，终于造成“国势莫支”，国破身亡的悲剧。他为稳坐天下，亟力寻求长治久安之策，一再向臣下求言。顺治十年正月特召大学士陈名夏“问天下何以治，何以乱，且何以使国祚长久？”以及“得人如何？”十二年正月谕吏部，令在京七品以上满汉文武官员，“凡职掌所属，向来积弊之处，见今整顿之方，详切敷陈”。并令地方官员亦“直陈无隐”。同时又谕吏部、都察院及科道官员“各据所见极言无隐”。尽管他一直未能找到良策，但确实进行了不懈努力，采取了不少的措施。
他推行甄别之法，擢优汰劣，要求各地督抚对所属官员“严加甄别，有德有才兼通文义者著保奏”，“不堪为民牧者立行参劾，不得姑留地方害民……不行纠参即为溺职，事发一并治罪”。他认为“知府乃吏民之本，若尽得其人，天下何患不治”，并认为全国百余府中有三十府最为重要。为选好知府，他于十二年正月下令“在京各衙门满汉堂官三品以上及在外督抚，各举才行兼优堪任知府者一人，详开履历事迹具奏，吏部再加察议，奏请定夺，以备前三十处知府之用”。为得到真才，福临亲自动手选拔官员。十年三月，他谕内三院：翰林院官员“必品行端方、文章卓越方为称职”。为此他要“亲加考试，先阅其文，后观其品，再考其存心持己之实据，务求真才”。显见，他把才放在第一位。次月，他便将经过考试的各官“御笔亲定去留”。有时他将随时发现的人才越级提升。一日他微行入翰林院，见庶常胡兆龙独自学习清书（满文），他当即传旨“超升学士三级为侍读”。
顺治十年三月，他采纳吏科给事中魏象枢的建议，实行京察“大计”，即对各地官员普遍进行考核。这次大计中共有九百六十九名官员受到了革职、降调、致仕的处理。从此三年一大计，定为制度。这年四月，他谕吏部：“京官殿最亦当察核”。这是考核在京官员的京察，从此也按期举行，成为制度。
他加强对内外官员的监督，尤为重视都察院和御史的作用。他以“都察院为朝廷耳目官”，一再申饬：“上自诸王下至诸臣，孰为忠勤，孰为不忠勤，及内外官员之勤惰，各衙门政事之修废，皆令尽言”，“分别参奏”。与此同时，还向各地派出大量御史，作为皇帝的“耳目”以“简任巡方”，“察吏安民”。他还下令满汉官员互参，即互相监督，“如汉官玩误，满官据实奏闻；如满官执延，汉官亦据实奏闻”。
福临加强对官员的控制，不许结党结社，不许太监预政。他有惩于明末士人结党、太监干政的祸国，多次严令“内外大小官员，各宜恪守职掌，不许投拜门生。如有犯者即以悖旨论罪”。他认为投拜师生即为结党，后竟定为不赦之罪。他严厉惩处“贿买关节，紊乱科场”的考试作弊行为，屡兴科场狱案。他严禁私交、私宴，他认为如此行事便可以“永绝朋党之根”。顺治十年六月下令禁太监预政，设十三衙门专为“宫禁役使”，“不许（太监）干涉一事，不许招引外人，不许交结外官”。“如有内外勾结”，“审实一并正法”。十二年六月命立十三衙门铁牌，上刻敕谕严申不许中官干政之条，如有“窃权纳贿，嘱讬内外衙门，交结满汉官员”等事“即行凌迟处死”。
为了锻炼官员，他还实行官员内升外转的办法。十年四月他谕吏部说：“国家官员内外互用。在内者习知纪纲法度，则内可外；在外者谙练土俗民情，则外亦可内。内外敭历，方见真才。”
福临认为“治国安民首先严惩贪官”。他对贪官深恶痛绝，惩处贪官成了他清澄吏治的重要一环。他严惩了一些贪官，如首先迎降的恭顺侯、漕运总督吴维华，以贪一万余两，虽因有功免死，却“革职，永不叙用，赃追入官”。他三令五申告诫大小官不可贪赃身败，但收效甚微，贪赃枉法者仍然接连不断。福临寄予最大希望的耳目官巡方御史也接连以身试法。如顺天巡按顾仁出巡前，福临两次召见，谕其“洁己率属，奠安民生。若不法受贿负朕委任，则不拘常律，虽赃数无多定行正法”。可他到任之后即悖旨贪婪，索取贿赂，陷害无辜，造成受害人冤抑难申刎颈叩阍这一轰动一时的大事件来。此事对福临震动很大，他除了杀掉顾仁并处罚一应干连人等外，还下令：“贪官蠹国害民，最为可恨”。“嗣后内外大小官员凡受赃至十两以上者，俱籍其家产入官。”立法不为不苛刻，但仍然止不住贪官恣肆。十四年七月福临很赏识的原巡按御史刘嗣美也因“监守自盗”被流放。十五年十一月江南按察使卢慎言“贪赃数万”被处极刑。面对“贪习犹未尽改”的现实，福临愈加恼火，他下令：“今后贪官赃至十两者，免其籍没，责四十板流徙席北地方。”“衙役犯赃一两以上者流徙”。于是有的大臣上奏认为此法“过重”，致使“人犯抵死不招”。刑部等衙门也会议奏请“今后衙役亦照官律拟罪”。福临仍然不以为然，他说：“与其畏法不招，何若使其畏法不贪！”“朕明知立法既严，于贪官蠹吏有所不便，必怀怨心，但轸念民生，即为贪蠹所怨，亦不遑恤。若不如此，贪风何由止息！”所奏与所议“俱属不合，著严饬行！”福临非常欣赏与佩服朱元璋诛戮大臣，以重法治世的经验。他惩贪决心坚定，无奈事与愿违，惩贪与澄清吏治的其他问题一样，终顺治一朝，也未能解决好。
稳定社会经济的努力
福临在稳定社会经济方面进行了一系列的努力。清入关之初，虽然公布以明朝会计录征收赋税，但战乱之后，地荒丁逃，赋无所出。再由于连年用兵，国库耗支巨大，已入不敷出。福临亲政时各直省钱粮缺额已至四百余万两，“赋亏饷诎”，出现了严重的财政困难。福临认识到“兵饥则叛，民穷则盗”的道理。为稳定好社会经济，他采取了一些措施，比较突出的有鼓励垦荒等政策。
福临接受大学士范文程等人建议，于顺治十年以后推行屯田垦荒。重点地区是受战争破坏严重的四川及北方各省，由政府发给牛犋籽种，招民开垦，实行三年起科。在辽东一带更实行招民垦荒授官令，鼓励人们赴辽东开发。顺治十三年秋下令鼓励富人垦荒：“如有殷实人户，能开至二千亩以上者，照辽阳招民事例，量为录用。”十四年夏公布督垦荒地劝惩则例。则例中规定督抚按及道府、州县、卫所等各级官员在一年内，按垦荒数量给以记录或加升一级的奖励，同时还规定了文武乡绅及贡监生民人等垦荒的奖励办法。并规定“若开垦不实及开过复荒，新旧官员俱分别治罪”。十五年冬，又实行捐资开垦法：“州县士民暨见任文武各官并闲废缙绅有能捐资开垦者请敕部，分别授职升用。”垦荒政策的推行取得了一些成效，对困弊不堪的社会经济起了一些复苏的作用，但因当时全国战火未熄，社会仍在动荡之中，总的说来收效不大。
当时由于战乱，不仅出现地荒丁逃的现象，还有隐匿土地及占垦明代藩王勋戚地产不报的情形，以致官府所掌握控制土地的数量很少，严重影响了国家赋税收入。福临亲政后对隐匿土地者实行了宽大政策：“直省报荒地方有隐漏田粮以熟作荒者，许自行出首，尽行免罪。其出首地亩，即以当年起科，以前隐漏钱粮概不追究。”这一政策的公布，出首报垦者开始大量增加。对“为豪强侵占，以熟作荒”散在各地的原明代王田，福临令地方官彻底清查后，实行“房屋应行变价，地土照旧招佃”的办法，因而做到“粮租兼收”。
福临注意了减轻人民负担过重的问题。他亲政伊始就曾宣布多尔衮为于边筑城避暑搞的九省加派“著即停止”，以苏民困。但人民其他的负担有增无已。福临看到了“比年以来军兴未息，催征烦急”，“民间充解物料，款项烦多，以致佥点解户，赔累难堪”的赋役繁重的情形。这是制度不健全所致。他认为明代的一条鞭法，“总收分解，责成有司，小民便于输纳，不受扰害，国家亦收实课不致缺用，立法良善”。因此命令户部“详议具奏，以便永远通行”。以后由政府向税户颁发“易知田单”，作为纳税凭证，它起到了防止地方官吏加征私派的弊病的作用。为使国家向民间征赋役制度化，顺治时制定了《赋役全书》。早在顺治三年，清政府已命户部郎中王弘祚主持修订《赋役全书》，但迄未完成。福临亲政之后十分重视此项工作，十四年十月命已升为户部左侍郎的王弘祚再次重修，将明末的剿饷练饷等尽行蠲免，赋税征收以万历年间原额为准，书成之后颁行天下。
此外，福临为不“苦累小民”，多次免除一些省份的土特产贡品，并一再蠲免受灾地区的钱粮，以休养生息。但同时为解决燃眉之急，他还准许富绅捐官，甚至一再批准在某些地区征收练饷、辽饷。这类互相矛盾的现象，曾不断出现。