1981年的克朗奎斯特分类法单独分出一个莲科，根据其外观放入睡莲目，1998年根据基因亲缘关系分类的APG 分类法认为本科应放入山龙眼目。莲属，是莲科（Nelumbonaceae）唯一的一个属，曾被划入睡莲科。

睡莲和荷花的区别

睡莲和荷花二者很像，主要的区别是在叶子的生长位置和叶子的形状。

睡莲：叶子贴水面，叶有深裂缝。

荷花：叶子伸出水面，叶圆形，也裂缝。