活动课和学科课有本质上的区别，但又有紧密的联系。这种联系首先是在教学目标上虽各有侧重，但培养目标是一致的，即从不同侧面，运用不同方式使学生在教学活动中得到全面的发展。
其次是课程内容相辅相成。例如，数学学科课就为数学活动课提供了必要的数学知识、技能基础和一定的内容来源；反过来，数学活动课的内容又会受到学科课内容和教学进程的制约。
第三是在育人功能上相互补充，使学生个性在全面发展的同时，又有特色发展。
因此，学科课程虽然是主要部分，活动课程是辅助部分，但活动课程可以弥补学科课程的诸多不足，具有学科课程不可替代的功能。我们在活动课教学中要注意处理好学科课与活动课两者之间的关系，发挥各自的优势，互相紧密配合，相辅相成，相得益彰。
二、数学活动课与数学课外活动
从表面上看，数学活动课的教学内容和以往学校中组织的数学课外活动有许多相似之处，但二者有质的区别。以往学校中的数学课外活动，往往被看作是学生的课余生活，学生可以自愿参加。其主要功能是数学学科课的延伸和补充；其主要目的是娱乐、休息、调节学生的学校生活。虽然客观上也可以增长知识，开阔视野，在培养和教育学生方面有许多优点并发挥了积极的作用，但由于不是作为正式课程出现的，没有固定的时间表，缺乏稳定的课程目标，更无体系化的课程内容，是一种弹性极大，开放性极强的学科课程的辅助形式。因此，它在学校教育中的地位得不到保证，不少学校的数学课外活动时间常常被教师用来补课或安排作业，更多的学校由于受应试教育为主的思想的影响，则始终未把它当作一个重要的教育途径而放任自流，课外活动可有可无。有些学校既使用来开展一些有益的活动，一般来说也难以始终如一，时紧时松，甚至处于杂乱无序的状态。
数学活动课作为课程计划的一个重要组成部分，不再是可有可无的，而是每个全日制小学都必须开设，每个学生都要参加的一种指令性课程。它具有一定的结构，相应的活动纲要和活动指导书，是一种有组织，有计划，有活动内容，有时间和教学进程的新型课程。活动课是贯彻教育方针和落实培养目标的必要途径，我们在观念上不能将数学活动课和数学课外活动混为一谈，决不能简单地把课程表中的课外活动更名为“活动课”来替代新课程计划中所要求的活动课程。
三、数学活动课与其它数学活动
由于近年来教学改革的不断深入，学科教学中的活动、竞赛辅导及其它一些活动亦有所加强和发展。如实验、演示、操作、技能训练等，呈现了前所未有的势头。这些活动也有理论联系实际，手脑并用，学生自主，发展特长等因素，并有助于对学生能力和创造性思维的培养。但和活动课中的活动不可相提并论。学科课中的活动，从本质上讲是完全服从于和服务于本学科课堂教学需要的，它是学科课教学的重要组成部分。而课程计划中的活动课则是一种独立的新型课程。活动课的活动有别于一般课堂教学的活动，有以下几层意思：以活动为主；以学生的自我活动为主；以学生的自己设计、组织、开展活动为主；以学生的会员活动为主。活动课程通过学生自主活动，可以掌握学科课程难以包容的信息和技能。