南明·永历十三年（清·顺治十六年，1659年）：
郑成功十七万大軍乘江南无备，並图牽制清兵之攻滇，再次大举北伐，此次一帆风顺，势如破竹。在三月廿五集训全軍于盘陀桥，四月再次北上。
五月初一，全军北进长江，由浙东沿海登舟山，攻崇明，泊船吴淞口；月底由崇明入长江，溯江而上，六月至丹徒，泊焦山祭天地后，又祭太祖暨崇禎、隆武二帝，恸哭誓师，三軍无不伤心流泪。
郑成功见清军在瓜洲筑炮台，江中设“木城”与“滚江龙”，布防严密，他命令先锋马信攻瓜洲，张煌言等人从上流合击；选派善潜水者斩断“滚江龙”，开通江道，发兵强攻，一举攻克瓜洲。
瓜洲既下，即命张煌言进军芜湖，亲自带兵攻夺镇江。陷镇江，留五日。
郑成功攻下镇江时，登岘山感慨赋诗云：
“黄叶古祠里，西风寒殿开。沉沉松柏老，暝暝飞鸟回。
碑碣空埋地，庭阶尽染苔。此地到人少，尘世转堪哀。”
〖苏菱搓《东宁百咏》有诗云：“舟师北伐下瓜州，黄叶西风片片愁。一例长城诗律壮，岘山名句足千秋。”其附注云：“己亥五月，成功誓师北伐，少司马张煌言以所率义兵从，未至仪征五十里，吏民迎降。六月二十八日，煌言抵观音门，成功己下镇江，大会文武，登舰山援笔赋诗。”〗
甘輝进言：“北取扬州，南据京口，断山东、江北、浙江之师，严扼咽喉，因绝南畿。”郑成功不听，命周全斌、黄昭守镇江；遣张煌言、袁起震招抚江南、江北，入芜湖吸引清军。
七月四日，郑成功亲自督师，直取江宁（南京）。
七月初七日，逼近南京，由南京凤仪门登岸，至观音门，遙祭明太祖陵，分兵围困南京。
時，张煌言自率所部先由芜湖取徽州，已得太平、宁国、池州与徽州等四府、三州、廿余县，余亦皆待时而为降计。江宁空虛，松江马提督阴通郑成功，拥兵观望。郑成功兵围南京，八十三营清之兵马株守待降，东南大震。清·福臨帝集仪亲征。
龟缩在南京城里的清·两江总督郎廷佐、管效忠等，佯使人通款，缓其攻，而以巡抚蒋国柱、崇明总兵梁化凤赴援。甘辉等将领对郑成功说，献城之说不可轻信，请速攻城，否则敌援军一到，必多费功夫。郑成功念王師北伐，应以攻心为上，决将仁爱待仇敌，各方能受感动，早日望风归順。何况自己兵强势盛，敌非降即走，援军来，正好“邀而杀之”。于是陈兵城下，等待郎廷佐、管效忠等献城投降。
郑成功信心自负，遥望钟山虎踞龙盘之雄伟气势，赋诗《出师讨满夷自瓜州至金陵》一首曰：
“缟素临江誓灭胡，雄师十万气吞吴。
试看天堑投鞭渡，不信中原不姓朱。”
［第二句后原注：“拟并复吴会州县”。］
【注】满夷：对清军的鄙称。满族位于我国东北部，而夷为对东部少数民族的贬称（后也为对外族的通称）。瓜州：在江苏邗江县南，大运河入长江处，与镇江市隔岸相对。金陵：今南京市。缟素：缟是一种白色的丝织品，缟素即丧服。胡：古代我国称北方的少数民族，这里指标题中的“满夷”，即清军。吴：周代诸侯国名；又三国之一，孙权建立，建都南京，辖江浙一带。天堑：堑为防御用的壕沟，天堑即天然防线，多喻长江。投鞭渡：即投鞭断流，喻军队之多。前秦符坚将攻晋，石越以为晋有长江之险，不宜勤师，坚曰：“以我之众旅，投鞭于江，足断其流。”
清·顺治帝以内大臣达素为安南将军，同索洪、赖塔等，增援江南；由云贵凯旋之梅勒章京噶褚哈部，由荆州（今湖北江陵）直抵江宁（今南京）；城内清军亦加紧备战。
郑成功既而自負，士兵意志亦松弛。
七月二十三日，南京城内清军突然向郑军进攻。
七月廿四日，郑军被梁化凤所败，大将甘輝被执杀，数十員大将战死，郑军力战不敌。张煌言也战败。郑成功不见大将甘輝、张万礼、林胜、陳魁、张英、兰衍、副将魏标、卜世用、洪复並戶官潘庚钟、仪衙吴赐等回，叹曰：“是吾欺敌之过。”
残軍在镇江停留五日。郑成功估计当时的军事政治形势，“扼守瓜镇，分掠维扬，”虽尚一时可行，但南京城防巩固，清廷在山东江右驻有重兵，远征西南的满洲精锐正在陆续东调，力量对比上清军占有绝对优势；而退守金厦，“观望待变”，在西南局面日非、永历政权朝不保夕的时刻也难以实行；惟一办法在于与清廷寻求妥协，集中力量去收复台湾。故于二十八日下令班师，弃瓜洲、镇江出海。
八月初四，师泊吴淞港，遣礼都事往见马进宝进京议和事，权宜俱授蔡政知之。
八月初八日，为“逼其和局速成”，郑成功率余部转攻崇明，不下，回师浙、闽。
九月初七日，郑成功北伐失败，不得不率师回思明，退保金、厦。出师无功，郑成功修表自请貶王爵，仍用招讨大将軍印，立忠臣庙，祀以甘輝为首的殉难将领十余人。
清兵克云南省城，洪承畴自貴阳赴滇，永历帝走缅甸居赭硜。吴三桂镇云南，尚可喜镇广东，耿精忠镇四川。清帝升梁化凤为江南提督。
为保存实力，更好地抗击入侵之敌，郑成功认真总结北伐失利的经验教训。他料定精兵会乘胜追袭，以图全歼。他一面调兵遣将，整编操练将士； 一面征集粮饷，修造船只，制造武器弹药等，严阵以待。
“十二月，遣蔡政同马提督中军再回吴淞，往京议和”。
南明·永历十四年（清·顺治十七年，1660年）：
三月，清·安南大将军达素率兵至泉州。
四月，清兵攻晋江围头被阻。
五月，清廷料定郑成功大败后，必无战斗力，想荡平金、厦根据地，集闽、粤、江、浙精兵，封洛托为安南将军，偕尚书车克、内大臣达素、都统索浑同往，与靖南王耿继茂合师，会李率泰夹攻金（门）、厦（门）。郑成功指挥若定，亲率水师诸镇坚守海门，并派户官郑泰出浯州（大金门），抵御广东之师；遣右虎卫陈鹏督诸部守高崎，抵遏同安之兵。由于布防严密，将士戮力同心，勇敢抗击，接连取得海门、高崎大捷，大败清兵於厦门港。清兵死一千六百余人，首领呂哈喇被俘杀。达素兵败逃回泉州，以损兵折将，在福州自杀。经此战后，清廷将领不敢妄想进攻金、厦兩島。
吴三桂以《三患二难疏》，请进兵缅甸追永历帝以绝根株。
荷兰殖民台湾问题
台湾自古以来就是中国领土。明朝末年，由于政治腐败，武备废弛，台湾、澎湖的防卫力量逐渐削弱，给外敌窥伺造成可乘之机。17世纪初，荷兰政府在其亚洲的殖民基地巴达维亚（今印尼雅加达）建立东印度公司，专门从事对东方各国的经济掠夺和武力侵略。
从明·万历二十九年（1601年）开始，荷兰殖民者以贸易、通商为名，对我国沿海各地进行袭扰。
明·天启二年（1622年）六月，荷兰殖民者侵入澎湖红木埕筑城之后，经过数度的拆冲与争夺，福建巡抚南居益终于1623年二月派战船200余艘载兵1万名直入澎湖镇海港，又分兵占据风柜、案山、莳上澳等要害，“绝其汲道，御其登陆，击其铳城夷舟”并扬言准备用船载石沉塞海港。在中国军队的压力下，荷兵总数不及千人，自揣众寡不敌，被迫于阴历七月十三日开始拆城，移往台湾。
《两朝从信录》就此记载说：“初三日，牛文来律随竖白旗，差通事同夷臣到娘妈宫哀禀：牛文来律奉咬吧王差，携公文赴投本院，并无作歹，乞缓进师，客运粮米上船，即拆城还城。孙海道恐攻急，彼必死斗，不如先复信地，后一网尽之为稳，姑许之。”《熹宗天启实录》所奏商周祚奏疏，亦有“但不系我汛守之地，听其择便抛泊”之语，可见当时福建官吏确曾同意荷方移往台湾。
甘为霖《荷兰侵占下的台湾》（Formosa Under the Dutch）也说：“我们认为，留在澎湖显然不是明智之举，宁愿携带一切货物离开澎湖前往台湾。在那边准备地方收购货物，和中国人进行贸易。”他们还保留有一封厦门都督（Torok of Amoy）8月20日的信件说：“现在巡抚大人已获悉荷兰人民远道而来，要求在赤道以南的巴达维亚及我方的福摩萨岛之间与我方贸易，因此我们决定前往福州报告巡抚及评议会以便以友好关系与他们相处。”不久，在因征税问题与日本人发生纠纷时，他们又说：“台湾土地不属于日本人，而是属于中国皇帝，中国皇帝将土地赐与东印度公司，作为我们从澎湖撤退的条件，……如果说有什么人有权利征收税款的话，那无疑应该是中国人。”
尽管所谓“中国皇帝将土地赐予东印度公司”云云，中国方面未见记载，但这证明当时台湾是在和平情况下允许荷兰人暂时使用的，其性质和葡萄牙占领下的澳门有点相近。
但荷兰殖民者却趁此机会大肆侵城略地。
明·天启四年（1624年）七月，福建巡抚南居益出兵收复被荷兰侵略者占据的澎湖。荷军拆毁城堡，撤出澎湖，侵入台湾西南的鹿耳门港，筑热兰遮城堡（又称台湾城，即今台湾安平）。
1625年又侵占新港社、蚊港，修建了赤嵌楼（今台湾台南）。
1626年，西班牙殖民者也侵占了鸡笼（今基隆）和淡水。
明·崇祯三年（1630年），荷兰殖民者又占据澎湖，不时进犯漳、泉、厦。
明·崇祯十五年（1642年），荷军在台湾北部击败西班牙殖民军，霸占整个台湾。
荷兰侵占台湾后，实行残酷的殖民统治，强征重税，进行搜刮，激起台湾人民的愤怒和反抗，汉族和高山族人民的反抗和斗争遍及全岛各地，绐终没有停止过。 明·永历六年（1652年），郭怀一欲驱荷兰人离台湾，不成。
攻台准备
南明·永历十三年（清·顺治十六年，1659年）：
十二月，郑成功召集诸将，研究收复台湾和留兵防守金门、厦门事宜。“议遣前提督黄廷、户官郑泰督率援剿前镇，仁武镇往平台湾，安顿将领官兵家眷。”在渡台以前的高级军事会议上听到复台的决定时，“时众俱不敢违，然颇有难色”。（《从征实录·永历十三年十二月》）
南明·永历十四年（清·顺治十七年，1660年）：
五月，郑成功在击退达素大军后，派遣商船貿易台湾，並积极从事整补，决定冒着两线作战的危险，抓住清帝“国丧”和清船靠岸的机会，亲率大军夺取台湾，作反攻基地。
何斌再次到厦门，向郑成功献入台海图，建议郑成功进取台湾。
明·永历十五年（順治十八年，1661年）：
正月，李定国联明抗清战败，大陆各省基本被清军占领。
郑成功感到形势紧迫，只有收复台湾，连接金门、厦门，然后进则可战而复中原，退则可守而无内顾之忧。于是拒绝部将及魯王旧臣、兵部尚书张煌言之劝阻，召集将领会议，作出了进军决策，决心收复台湾。
为了顺利收复台湾，郑成功进行了充分、周密的准备：不断侦察台湾情况，秘密搜集情报，勘测航路，了解荷军兵力配备、设防等情况。筹备粮饷，扩充军队，修造战船，加紧训练，使陆师达到72镇，每镇1000人；水师20镇；总兵力10余万人。
二月，郑成功基本完成战前准备工作后，遂从厦门移师金门，集船只将士于料罗湾，准备东征。令提督黄廷、五军总督王秀奇、总兵官洪旭、户官郑泰等人，辅助世子郑经留守金、厦两島，以防清军乘虚袭取。渡台前夕，“时官兵多以过洋为难思逃者多，随委英兵镇搜获捉解”。
进攻台湾的舰队分为两个梯队：郑成功亲率第一梯队先期出发，共有艨艟数百艘，将士二万五千名人；第二梯队由黄安等指挥，共有战舰20余艘，部队 6000人。台湾本岛地形东高西低，人口会聚西部，以“澎湖为门户，鹿角为咽喉”。郑成功根据敌情地形，确定如下作战方针：首先收复澎湖，以之为前进基地，然后乘涨潮之机，通过鹿耳门港，实施登陆，切断台湾城、赤嵌楼两地荷军联系，分别予以围歼，然后收复台湾全岛。
荷兰殖民者为了阻止郑成功收复台湾，也进行了一系列战争准备：
增加兵力。到战前，荷兰侵略军在台湾的总兵力约2800人，战舰“赫克托”、“斯·格拉弗兰”和“威因克”、“马利亚”等以及小艇多艘。
修城筑堡。在台南海岸修建了一些坚固的城堡和炮台。其中的台湾城和赤嵌楼（今台南市西北的镇北坊），是荷兰侵略军用主要力量防守的两个城堡。
储备物资，实行封禁。规定禁止任何中国人进入赤嵌楼要塞，禁止渔民下海捕鱼，不准商船与大陆贸易，禁止与大陆通信，以防走漏消息等等。
搜集情报。通过各种渠道，采取各种方式侦察郑军的动向。
调整兵力部署。将其兵力主要配置在两个方向上：一是台湾城及其附近的小岛和海面、江面，兵力约1800人，舰船多艘，由荷军头目揆一亲率；二是在赤嵌楼驻兵500多人，由描难实叮率领；其他港口和城堡约有四、五百人守卫。
在此之前，鹿耳门港已用沉船堵塞航道。此港水浅礁多，不便通行，没有派兵防守。
揆一的意图是，依恃台湾城炮台的火力，居高临下，封锁海面，另派甲板船防守大港海口，阻止郑军登陆。
复台
南明·永历十五年（清·顺治十八年，1661年）：
农历三月初一日，郑成功在金门举行隆重的祭海誓师仪式。
三月初十日，郑军侯风金门料罗湾。
农历三月二十三日（公历4月21日）中午，郑成功率领第一梯队25000人，乘战船400艘，浩浩荡荡开出金门料罗湾，向东南挺进。
农历三月二十四日清晨，舟师抵达澎湖，因荷军兵力薄弱，很快予以占领，分驻各島屿。郑成功率师入台，张煌言闻讯，派罗子木携亲笔函到澎湖军前劝阻，说：“军有寸进无尺退，今入台，则将来两岛恐并不可守，是孤天下之望也。”
农历三月二十七日后，郑军继续东征，进至柑桔屿海面时，遭风雨所阻，被迫折回。
农历三月三十日三更後，郑成功留下3000兵力驻守澎湖，率领舰队，冒着暴风雨横渡海峡，进攻台湾。
四月初一日拂晓（公历4月30日），郑军航抵台湾外沙线，辰时至鹿耳门港外。
由鹿耳门外海进港有两条航路：一条是南航道，口宽水深，但有敌舰防守，陆上台湾城又置重炮瞰制航道，不易通过。另一条是北航道即鹿耳门航道，门阔仅里许，水中沙石淤浅，舰船触之立碎，仅一线可容三舟并进，水路长数十里，横渡可至赤嵌楼。由于航道水浅，荷兰人事先又沉舟塞港口，大船无法通行，只有涨潮时才能通过。
郑成功决定由北航道突入，乃焚香祈祷而祝曰：“成功受先帝眷顾，敢不竭力，无如寸土未得，依然孤島危居。今天冒波涛前来收复台湾，苍天如保佑我，富假我潮水，助我行舟。”
四月初一中午，海潮大涨数尺。郑成功以手加额曰：“此是天哀怜孤家。”郑成功乘机率队进发，何斌导航，大小战舰鱼贯顺利通过鹿耳门，进入内海，将舰船分布在台江之中。 将士们利用涨潮的机会，强行登陆。郑成功身先士卒，冒着敌人的炮火，首先登岸踏勘营地。全体官兵深受鼓舞，纷纷跳下船只，冲上海岸。
台湾城上的荷军以为中国船队一定会从正面进攻，所以只在南航道岸上准备了大炮。郑成功偏偏从鹿耳门开进台江，避开了敌人的火力。荷兰军队对郑军这种出乎意料的行动惊慌失措，来不及调整大炮，只好仓促出动夹板船到海面阻击，郑军水师冲过荷军防线，先在赤嵌楼以北的禾寮港登陆。该地住民几千人群出相应，赶到岸边，带着货车和各种运输工具，帮助大军登陆。
郑军晚泊禾寮港，登岸紮营近街，水师防北浅尾。接着在鹿耳门方向登陆成功。
【《梅氏日记》（参见《泉南著述·梅氏日记》）记载：“去年（1661年）四月最后一天（30日），星期六，上午约十点钟……突然看到大员城堡（即热兰遮城）飘着旗子，我去普罗岷西亚市镇（即赤嵌镇区）。在那里大家说，国姓爷率数百艘戎克船来到鹿耳门港道……”，“那时敌人（指郑军）已将很多船只驶入内海（即现台南市西门路至安平之间），在我们的注视下，毫无遭遇抵抗地……他们的士兵在距离普罗岷西亚约五分钟路程（约1500米）的 Zantecang的砖窑旁登陆”，“敌军（指郑军）……经过哈根那森林，来到海边小森林，在普罗岷西亚北边，公司（荷兰东印度公司分机构）在公园小溪后面扎营，在那里搭起上千个白色帐篷，时间是下午一时半。”
可知，郑军是在1661年4月30日上午10时至12时登陆，登陆地点在“Zantecang”的砖窑旁。根据《梅氏日记》译注者江树生对 Zantecang这一地名的考察，认为Zantecang的译音应该是“柴头港”，即今台南市西门开元寺附近。南明·杨英《从征实录》则认为郑军登陆地点为“禾寮港”。到底是“柴头港”，还是“禾寮港”？哪一种说法可靠？1661年，梅氏已在台湾生活工作18个年头，其职业是土地测量师。自然，应以梅氏的说法比杨英为准确。】
郑军顺利登陆后，荷兰侵略者互为犄角的要塞赤嵌楼、台湾城两处城堡及仅有的几艘战舰，便暴露在郑军面前。郑军不到两小时就占据了有利地形，择地扎营，修起了防御工事，使赤嵌楼与台湾城处于分隔被围状态。
荷兰侵略军妄图凭借船坚炮利和城堡坚固，从水陆分兵，乘郑军立足未稳，实施反击。
海面上，荷兰殖民者首领揆一指挥四艘舰船阻击郑军，郑成功以60艘战船把荷舰包围起来，双方展开激烈炮战。郑军战舰装备虽不如荷军，但水兵们英勇顽强。结果，击沉其中最大的“海虎托号（又译“赫克托号”）”，重创战船两艘；另一艘见势不妙，逃往巴达维亚（今印尼雅加达）。
在陆上，赤嵌楼的守将猫难实丁，下令开炮轰击郑军营盘。荷兰舰长贝德尔率领240名士兵向郑军反击。北浅尾郑将陈泽率4000人，以大部兵力正面迎击，以七 、八百人迂回到敌军侧后，前后夹击。结果，贝德尔和180名殖民军当即被毙，只有少数人逃回台湾城。台湾城守将阿尔乡普又带着200名殖民军出击，也惨败逃窜。
荷兰侵略军海陆两战失败后，仍企图固守赤嵌楼、台湾城这两座孤立的城堡。郑成功一面派兵切断荷军水陆交通，一面乘胜进攻赤嵌楼。台湾人民也纷纷自动武装起来，协助郑军打击荷兰侵略者。
郑军包围赤嵌城。揆一见势不妙，派人表示愿“年年照例纳贡”，要求郑成功退兵。郑成功严正声明：台湾“一向属于中国，……自应当把它归还原主”，勒令他们“立即离开全岛”。
四月初四，赤嵌楼的水源被郑军切断。郑成功遣通事吴迈等人往谕赤嵌荷兰城防司令描难实叮投降。描难实叮见大势已去，挂起白旗献城投降。
【海内外许多专家学者认为，赤嵌城长官猫实叮投降郑成功大军的时间是1661年5月4日（农历四月初六）。而《梅氏日记》则认为是5月8日。
查阅《梅氏日记》中有关5月4日和5月6日的日记中，没有荷兰人投降和献城的记载。《梅氏日记》记载：2日，郑军断赤嵌城的水源，活捉两个荷兰人，“脱光他们的衣服，要他们送信给Valentijn（猫实叮）”；3日，猫实叮向住在热兰遮城的长官揆一请示是否投降？
《梅氏日记》中记载，5月4日，由于“长官揆一担心负责任”，在信中告诉猫实叮可以自作主张，这封信后来被郑军缴获，赤嵌城的荷兰人还在准备抵抗。有的荷兰人说猫实叮拟献城。“国姓爷对想抵抗几天的人，是一点儿也不宽容的”。4日下午郑军又来攻城。猫实叮要梅氏到郑军送信议降。当时，郑成功提出两个条件：荷兰人一定要离开赤嵌城区；“不能往大员（即热兰遮城）去”。
5日，荷兰人还扬言“我们不能向中国人的命令低头，不能相信他们，所以拒绝了”；
6日，猫实叮接受郑成功提出的条件，“交出钥匙，收拾行李”，“把步枪交出去之后，就从国姓（爷）处得到80袋米，10只活猪，10只绵羊和山羊……”；
8日，“荷兰人两个两个分别上戎克船”离开赤嵌城；
11日，“国姓爷带三四十个骑兵，个个武装，每人都在枪矛上插一支小旗，还佩戴弓箭，骑过赤嵌”。
由此可见，1661年5月4日投降献城的记载有误。准确的时间应该是：1661年5月6日，猫实叮签订投降书；5月8日，荷兰人投降，离开赤嵌城区。】
郑成功占领赤嵌楼后，当日即组织进攻台湾城。他采取正面进攻和翼侧迂回、水陆配合的战法，派兵一部从左翼侧逼近台湾城，击败迎击的荷军。
四月初七，郑成功除留一部兵力扫清其他地方的残敌外，亲自督师，又指挥将士渡海从南端进攻台湾城，从水陆两路围攻台湾城。
台湾城城高墙厚，守备完善，城四隅向外突出，置炮20尊；南北各置巨炮10尊。荷军火炮密集，射程远，封锁了周围每条道路，所以无论从哪一方面接近，都会受到堡上炮火的轰击。这时，困守在城内的侵略军只有870人，退据堡垒继续顽抗。
郑成功一面积极准备攻城，一面写信谕令揆一投降，揆一反而提出以每年送给郑成功几万两饷银和土产为条件，并送给劳师银十万两，要求郑成功退兵。郑成功断然拒绝，他说：“台湾一向属于中国，现在我亲自前来索取，来自远方的荷兰人，自然应该把台湾归还给主人。如果进行顽抗，我将被迫用最大的力量来实现收复台湾的主张，到时荷兰的东印度公司必须承担这次战争的全部费用。”
郑成功即下令攻城，调集28门大炮，向台湾城猛轰了４个小时，摧毁台湾城大部胸墙，击伤许多荷军。揆一负隅顽抗，不顾一切列炮于城上，集中轰击，迫使郑军后撤。
郑成功召集部将商讨，鉴于台湾城池坚固，强攻一时难以奏效，为减少伤亡，进一步作好准备，决定改取长围久困、且耕且战、俟敌自溃的方针。
农历四月初八日，登陆安平，进攻荷兰驻兵，占领台湾南部，荷兰人退据安平热兰遮城。荷兰国派遣克宁克代揆一守台，值交战中，克宁克率淡水、基隆之荷兰人逃往日本。
五月初二，郑军第二梯队抵达台湾，从台湾城南面逼近该城城堡。郑军兵力得到加强，供给得到补充，遂从五月初五开始，在所有通向城堡的街道都筑起防栅，并挖了一条很宽的壕沟，围困荷军。同时准备了攻城器械和炮具。
在围困台湾城的同时，郑成功抽出力量，把部队分派到各汛地屯垦，深入台湾各地，争取群众，发展生产，为彻底打败荷兰殖民者奠定基础。郑成功亲自带领户官（随从侍卫官）杨英和许多将士到各高山族聚居地巡行，“男妇壶浆迎者塞道”。高山族各社首领纷纷纷纷诣军营谒见，郑成功设宴招待，并赐给他们每人一件浅色的丝袍、一顶有金色顶球的帽子和一双靴子。传说高山族几个村社的首领向郑成功献上金、银、草、土四样礼品。郑成功十分诚挚地对他们说：“我进兵台湾，是为收复台湾的土地，不是为了要钱财。”说罢，他收下土块和一束草，把金银退了回去。
五月，郑成功攻台湾東都，改赤崁城为承天府，置天兴（嘉义）、万年（凤山）二县，施兵农合一之屯田制。全体官兵“有警则荷戈（武器）以战，无警则负耒（农具）以耕”，自己动手生产，解决军粮供应，以减轻人民负担。
农历五月二十八日，巴达维亚当局得知荷军在台湾战败的消息，即调集700名士兵，10艘战舰，派雅科布·考乌任援军司令，赶赴台湾增援。
七月初五，来自巴达维亚荷兰援军到达台湾海面，从海上向郑成功军队发动进攻。郑成功侦知这一情况，抓紧进行围城和打援部署。
荷兰侵略者得到增援之后，力求迅速改变被围的不利处境，决定用新到的舰船和士兵把郑军逐出台湾城市区，并击毁停泊在赤嵌楼附近航道上的郑军船只。其部署是：以两艘战船迂回到市区后海面摧毁郑军炮位，出动三、四百名步兵进攻市区，另派大小20艘舰艇袭击郑军战船。
闰七月二十三日，双方在海上接战。郑成功亲统战舰在海上迎击，将敌舰包围，经一小时激战，击毁、烧毁荷舰两艘、俘小艇三艘，毙敌100多名。其余荷舰逃往远海，再也不敢靠近台湾。荷兰援军也狼狈逃回巴达维亚。
因海上失败，荷军在陆上未敢发起进攻即草草收兵。从此揆一再也不敢走出台湾城来了。
台湾城被困足有８个月，荷兰士兵死伤1600人，只剩不到700人。被围荷军弹尽粮绝，不少士兵吃了发霉的食物而中毒，战死饿死者众多，士气低落，陷入绝境。郑军则进行休整，不断加筑工事，架设巨炮，准备继续攻城，民众还协助郑军断绝了荷军的水源。
十月初三，郑芝龙及其子孙家眷11人被清廷杀于北京柴市。
年底，清廷在大陆沿海厉行迁界，人民流离失所，汹汹思动，张煌言认为这是反清复明的绝好时机，再派罗子木携信入台，力挽成功回师大陆。信上说： “夫思明者，根柢也。台湾者，枝叶也。无思明，是无根柢矣，能有枝叶乎。”他批评成功出师复台是一种“退步”，是“人和乖而地利失宜”；“生既非智，死亦非忠”，“进退失据，噬脐何及！”
与此相呼应，明朝宗室如鲁王以海，宁靖王术桂皆留居金门，遗老卢若腾留居澎湖，徐孚远则单独跑往广东，王忠孝也批评郑成功在“乘此时一呼而集、事半功倍”的时候，而“僻处海滨，不图根本，真不知其解也。”张煌言等人极其尖锐地提出了忠与不忠的问题，对成功施加压力。成功作何反应，未见记载，但从其严令各岛军眷入台看，可以肯定他是不为所动的。
在外援断绝的情况下，岛上荷兰军心动摇，有些士兵出城投诚，黑人士兵则携带武器倒戈反荷。郑成功见时机成熟，于十二月初六（1662年1月25 日）清晨下令发起总攻。先攻占城外重要据点乌特利支堡，然后居高临下，向台湾城猛烈轰击。28门大炮同时开火，两小时发射了二千五百发炮弹，打得荷兰殖民军无处藏身。郑军士兵呼叫着冲上去，搭起云梯，攀上城墙。
十二月十三日（1662年1月31日），揆一见大势已去，率部投降。
郑成功以中国军司令的身份，而不是以起义领袖的身份，对荷兰评议会派来的两名谈判代表说：“该岛一向是属于中国的。在中国人不需要它的时候，可以允许荷兰人暂时借居；现在中国人需要这块土地，来自远方的荷兰客人，自应当把它归还原主，这是理所当然的事。”接着又说：“为了愿意同公司友好，如果公司愿意依照上述办法退出福摩萨（该岛实际上是属于他的，而不是属于公司的），他将宽恕这些敌对行为。但如果荷兰人玩忽他的宽大为怀，拒绝交还他的财产，企图继续霸占下去，他只好用自己所拥有的一切力量来求其实现。”
郑成功没有受过荷兰的殖民压迫，也没有痛恨殖民主义的情绪，所以极力表示没有损害荷兰人利益的意思。他说：“尽管他的人民屡次受到荷兰人的虐待，但此来的目的并非同公司作战，只是为了收回自己的产业。为了证明他无意夺取公司的财产以自肥，他愿意允许荷兰人用他的船只来装运动产和货物，就是拆毁城堡，把枪炮及其他物资全部运回巴达维亚去，也无不可。”
在投降条约中，郑成功本着宽大的精神，尽量给荷兰人以良好的待遇。比如荷兰政府的档案文件可以运往巴达维亚，荷兰士兵得以在长官指挥下扬旗、鸣炮、荷枪、击鼓、列队上船，国姓将捕获之四艘小艇及其财物发还公司，国姓负责拨出需要的船只运载公司人员及其财产上船等等。
十二月十三日（1662年2月1日），荷兰总督揆一在赤嵌城正式向39岁的郑成功呈上投降书，从而结束了荷兰侵略者在台湾38年的殖民统治。
中荷战争结束后，荷兰人于1662年3月16日到3月27日，分搭八艘船离开台湾。
南明·永历十六年（清·康熙元年，1662年）：
永历帝及太子被吴三桂绞杀于昆明。
藤牌兵
1644年清朝入关以后，铁骑横扫大江南北。郑成功坚守东南一隅，誓与清廷不共戴天，军中设有藤牌兵，专门训练用作冲锋陷阵的主力，以对付清军的骑兵。藤牌兵是郑成功的子弟兵，多为泉州、漳州人，使用的武器是一面藤牌、一把长刀。藤牌用于防御，长刀锋利可削铁甲，可谓是一守一攻，配合默契。藤牌是用藤编浸油制成的，形状像一顶大圆帽，所以又叫团牌或滚牌。
明末计六奇《明季南略》载：藤牌兵作战编制的基本单位是“伍”，三人一伍，一兵执藤牌，以遮蔽掩护其他两名士兵，而这两名士兵，一人砍敌人战马，一人则砍杀敌人。或说藤牌兵作战时，左手持牌，跳舞滚动，迅猛向前，滚至敌人面前时，抡起右手所持大刀，砍杀敌人。当遇到敌人大队步骑兵时，则使用密集队伍把藤牌擎起作为掩蔽，起到限制敌人弓马的作用；如果发现敌人散开，立即变为小队，每兵活动范围为前进八尺、后退一丈，进退灵活，尤适宜在田塍或泥泞的地区作战。1659年，郑成功率军北征，挺进长江，势如破竹，攻打瓜州、银山时，就凭藤牌奇兵取胜。可惜后来因坐失良机，功亏一篑，郑成功只好退兵。
郑成功藤牌兵发挥最大的威力，还是在于驱逐荷兰殖民者、收复宝岛台湾的战役中。清初刘献廷的《广阳杂记》记载：“赐姓公（郑成功）未得台湾也，积蓄皆贮海澄。铁甲十万副，谷可支三十年。藤牌、滚被、铳、炮、火药，皆以数万计。”可见郑成功东征，藤牌是重要的装备。
1661年4月30日，郑成功率领船队，出其不意，乘涨潮驶进鹿耳门，在赤嵌城西北附近的禾寮港登陆。驻台的荷兰总督揆一大惊，命令汤马斯·贝德尔上尉率240名士兵荷枪实弹，进攻扎营北线尾的郑军。郑军集中3000人从正面迎战，又拨出七八百人从后面绕过小山进行抄袭。荷军见势不妙，争相逃命。郑军由杨祥率领藤牌兵，乘势猛攻，敌军118人被歼，狂妄的贝德尔上尉也命丧当场。
揆一离开台湾后著有《被忽视的福摩萨》一书（福摩萨即台湾），书中说：郑成功的盾牌兵（即藤牌兵）是用来代替骑兵的，每十人中有队长一人，负责指挥，并督促士兵冲锋，士兵则低头弯腰，躲在藤牌后面，不顾死活地冲陷敌阵，十分英猛，荷军见此阵势，都吓破了胆。
容貌形象
《梅氏日记》载：
1661年5月4日，作为荷兰使者，测量师菲力普·梅第一次见到郑成功：
“他坐在帷幕正中央的一张铺有刺绣桌巾的桌子后面，身穿一件漂白的麻纱长袍，头戴一顶褐色尖角帽，式样像便帽，帽沿约有一个拇指宽，上头饰有一个小金片，在那小金片上挂着一根白色的羽毛”。
“我猜他年约40岁，皮肤略白，面目端正，眼睛又黑又大，那对眼睛很少有静止的时候，不断到处闪视。嘴巴常常张开，嘴里有四、五颗很长，磨得圆圆、间隔大大的牙齿。胡子不多，长及胸部。”
“他说话的声音非常严厉，咆哮又激昂，说话时动作古怪，好像双手和双脚飞起来。中等身材，有一条腿略为笨重，右手拇指戴着一个大的骨制指环，用以拉弓。”
垦台
明·永历十六年（清·康熙元年，1662年），郑成功收复台湾后，有组织地大规模开拓台湾。
荷兰人踞台时，搬用西方议会制度，将台领地分为四个行政区，在大员（台湾城）设置行政长官和评议会，下设地方长老会议，任命各蕃社、各汉人村归顺的头人为长老，作为殖民统治的代理人。郑成功复台后，铲除荷兰人的殖民统治，按照中国封建体制的机构设置，设府县，定职官，编户籍，兴办学校，将儒家王道文化传播台湾。郑成功坚持奉永历正朔，以台湾为东都，设承天府，下设两县：天兴县管北路，万年县管南路。官制仍因其旧，设吏、户、礼、兵、刑、工六官，并置六科都事及察言、承宣、宾客诸司。又制定法律，严惩奸宄，斩貪污官吏吴豪、杨朝栋、祝敬等；举贤任能，察举孝悌异能，使台湾社会逐步走上稳定、有序的封建统治轨道。
郑成功一向重视对人才的使用和培养。郑成功赴台时，“当时士大夫东渡者，盖八百余人。延平礼待诸缙绅之避乱而至者，军国大事，时来询焉。”这八百士大夫中，较著名的有沈光文、卢若腾、王忠孝、沈佺期、张煌言、曹从龙等。郑成功还建池館，招待遺老。又设储贤馆、育胄馆以纳贤士，于是“岛上衣冠济济，犹有升平气象。”
明郑以前，台湾尚无很大影响力的宗教派别，民间信仰诸神较早有关圣帝君、妈祖、玄天大帝、广泽尊王等。复台后，郑成功在台南学甲镇仿建慈济宫一座，供奉保生大帝，这是台湾慈济宫的开基祖庙。又在台南鹿耳门大兴土木，建造圣母庙及天后宫。
1661年郑成功亲率大军渡海东征时，首批十三镇，有官兵25000名和眷属数千。继而六镇官兵第二批抵台，约有12000人，眷属也搬到台湾。郑成功复台当月（1662年2月），即令诸水陆提镇搬迁家眷入台；翌年正月重申前令，严格执行。郑成功在围困荷兰殖民者时，就着手部署军队屯田。复台后，清廷为在经济上困死郑氏，下令在大陆沿海禁海、迁界。郑成功提出“寓兵于农”，振兴军屯，颁布《开垦条例》，将水陆官兵按镇分地，插竹为社，斩茅构屋，鼓励文武官员招佃围地屯垦；为了维护台湾农民利益，他严令官兵垦辟荒土，不许混圈田地，违者重罚；还派員赴大陆招募漳、泉、惠、潮的沿海失业、失地之民到台湾垦荒，人数应有数万。
为了制定出一套切合实际，有益台湾政治、经济、文化等方面的治理政策 ，在荷夷投降后，郑成功立即走访各社。当他了解台湾百姓耕种收割等技术落后 ，即派“农师”指导，并分配熟牛、犁耙、锄等给各社，授于犁耕镰割等技术，赏勤 者，罚怠玩。郑成功携同马信等人到高山族目加溜 等处巡视，还以烟、布等物品馈赠高山族同胞。高山族人热烈欢迎郑成功一行。
为繁荣台湾经济，他鼓励文武官员从事渔业、经商，建造大船，通贩日本与南洋各国；又令金、厦、铜山、达濠诸镇，冲破清朝海禁，同内地商民通贩，购运各地货物，转贩海外各国。在郑成功的领导下，岛上经济和文化得到迅速发展。
这一切，为台湾农业生产、社会经济和文化技术的发展作出了不可磨灭的贡献。从此，台湾面貌焕然一新，百姓感恩不已。
郑成功又谋取呂宋，该地华侨多响应，但不果。
垦台困难重重。发生宣毅左镇万义、右冲镇万禄和忠勇侯陈豹等叛逃异动事件。为开发沿海荒地，成功严令各岛迁眷入台。可是，由于疾疫流行，“病者十之七八，死者甚多”，留居金、厦的郑军，有的害怕渡海风浪危险，有的担心“水土不服”，有的不愿到台湾去过艰苦的生活，有的贪恋金厦两岛的通洋巨利，采取种种手段，迁延不行。
但郑成功对建设和发展台湾充满信心，赋《复台——即东都》诗一首，抒发抱负 ，表达他为收复台湾而奔波的艰辛历程。诗曰：
“开辟荆榛逐荷夷，十年始克复先基 。
田横尚有三千客，茹苦间关不忍离。”
[第二句后原注]：“太师会兵积粮于此，出仕后为红毛荷兰夷揆一窃据。”
【注】即东都：副标题。即，靠近；东都，指台南。荆榛：荆与榛都是落叶灌木，泛指丛生的草木，喻荒芜之地。克：战胜而取得据点。田横：战国时齐国贵族。秦末，从兄田儋起兵，重建齐国，横为相；楚汉战争中自立为齐王，不久为汉军所破，投奔彭越。汉朝建立后，率党徒五百余人逃亡海岛；汉高祖命他到洛阳，被迫前往，因不愿称臣于汉，途中自杀。留居海岛者闻田横死，也全部自杀。茹苦：吃苦。间关：形容道路崎岖、艰险。太师：疑指郑芝龙。
郑成功与华侨
郑成功时期，海上贸易的范围从其父郑芝龙主要以日本为基地的中日贸易，扩大到东南亚各地的柬埔寨、暹罗（今泰国）、印尼、越南、马来亚、菲律宾，并自称为“巴达维亚、台湾和马六甲等地”这个广阔市场的“主人”，不准任何殖民者“侵犯我的地位”。郑成功就是通过这个海上商贸网络和一支庞大的武装船队，与东西洋各个国家和这些国家的华侨开展贸易往来。郑氏在频繁对外贸易活动中，内外商品交换的进行，很大程度上是依靠各地华侨的大量需求吸纳，并通过他们在市场上转手销售与当地居民，同时也为郑氏的商船采购一部分各种有利可图的物产。
郑成功船舶在海上的往来和贸易的不断发展，促使沿海居民一批批地移居国外，其中不少人乘坐了郑氏提供的船只移民东南亚各地，成为今天华侨的先辈。1644年清兵入关，1647年郑成功起兵勤王，在转战于东南各地期间，他还派出船只帮助躲避战乱出走海外的沿海人民到明室宗族提供方便，使他们安全南渡定居海外各地。
在郑芝龙与郑成功发展海外贸易和称雄海上这个期间内，荷兰殖民者以其强盗武装船只，经常出没海面，袭击郑氏船队和华侨商船。殖民者的骚扰和劫掠，给郑氏和侨商的海上贸易，带来了极大损失，造成严重威胁。为此，郑氏武装船队以牙还牙，一再打击荷兰的船舰，迫使其在海上的劫掠活动有所收敛，既为自己的船队扫除了通达大洋的障碍，也保护了华侨商人的海外贸易活动。同时，郑成功还对荷兰殖民者施加压力，于1656年到1660年曾两次表示今后不与荷兰商人通商，除非他们停止海上劫掠和改变对海外华商的劫夺。此外，郑成功为确保华侨商船海上航行安全，允许他们领取郑府令牌和“国姓爷”旗号，当时不少侨商即采取此法，得以驾船出海，通贩各国。
郑成功保护海外华侨，最突出表现为严厉谴责和准备征讨菲律宾的西班牙统治者。
侨居菲律宾的中国商民在1603年和1639年遭到西班牙殖民者两次疯狂大屠杀，死难侨胞竟有五万余人。郑成功于1657年致函巴城一位华侨巴必丹，要求他停止与菲律宾的西班牙殖民者贸易往来，以便采取共同的抵制行动。随后，郑成功对菲律宾华侨危难处境，曾多次表示关切，也提出要率师出征西班牙殖民者，“以雪我中国人之耻”。菲律宾侨胞在他的关心和激励下，“勃勃欲动”，“以报夙怨”。
郑成功驱荷复台后不久，决心以武力拯救孤立无援的菲律宾华侨，于1662年遣使前往菲律宾向西班牙总督递交国书，谴责其杀戮掠夺的罪行，严令其改邪归正，俯首纳贡，然而马尼拉殖民统治当局对华侨进行第三次血腥大屠杀。郑成功获闻大怒，决意挥师征讨，惩治凶顽，为同胞报仇。他一面要妥善抚恤和安置从菲律宾逃到台湾的难侨，一方面组织战士舰队，并暗中派人与菲律宾侨众联络，一旦出兵即可里应外合。
不幸的是郑成功于1662年6月23日逝世，未能实现。但他的儿子郑经和部属继承了其事业，1670年和1671年郑经曾两次准备派舰队征讨马尼拉。
郑成功之死
正当郑成功呕心沥血，描绘宝岛蓝图之际，不幸英年早逝。
明·永历十六年（清·康熙元年，1662年）五月初八日（公历6月23日）未時，郑成功带病登将台，肃坐胡床，照例冠带读太祖祖训。至第三帙，長叹曰：“自国家飘零以来，枕戈泣血十有六年。今日屏迹遐荒，遽捐人世，忠孝两亏，死不瞑目。天乎！天乎！何使孤臣至于此极也？”临终又叹曰：“吾有何面目见先帝于地下！”頓足拊膺，“以两手抓其面而逝”，享年三十有九。子郑经嗣延平王位。
“积劳成疾，一病不起”说
郑成功长期征战驰骋，精殚积虑，复台后又百废待兴，政务繁杂，致“积劳成疾，一病不起”。
持此说者大多根据与郑成功同时代的李光地《榕村语录续集》、夏琳《闽海纪闻》、林时对《荷闸丛谈》。如《榕村语录续集》载：“马信（清将，后降郑，成功之亲信）荐一医生以为中暑，投以凉剂，是晚而殂”。《荷闸丛谈》道：“（成功）骤发颠狂，咬尽手指死”；《闽海纪闻》说：“（成功）顿足抚膺，大呼而殂”。
“中毒谋杀”说
清庭为翦除郑成功，重金收买郑成功的亲信，“用一种慢性毒药投放到郑成功的饮食中去”，最后毒性发作，“郑成功中毒身亡”。
首先根据的是郑成功临终前情状。夏琳《闽海纪闻》说，郑成功弥留之际，都督洪秉诚调药以进，为郑成功投掷于地，由此推断，郑成功对有人谋害自己，已有觉察，但为时已晚。
其次，马信神秘死去也是一大疑点。郑成功临死前一天，马信推荐一医师投药一帖，当晚郑成功便死去。郑成功死后五天，马信也无病而终。认为这很可能是马信为人收买投毒，事成后遭灭口。
“家族不睦，其子乱伦”说
清·江日升《台湾外志》认为“积劳成疾，一病不起”说与当时情况不合。郑成功在复台过程中，虽战事频仍，但其自幼身健，临终前五天还“登将台，持千里镜”，巡视海域，得疾而终似不可能。近代学者王芸生在《台湾史话》记载了郑成功于1661年初率军攻台时，盘踞在台湾的荷兰侵略者拒降，郑成功“率部围城七日”，仍“面无倦色，指挥如常”，台湾收复后，郑成功立即着手台湾的建设和开发，短短一年中，台湾“军民足食，台湾从此日益兴旺”，“众皆信服”。倘若没有健康的体魄，过人的精力，是不可能有这样的建树的。
“中毒谋杀”事出有因，但无实证。江日升《台湾外志》记述说，当时清政府确有一军官，奉上司密令，携带一枝孔雀胆入郑军，用重金买通专为郑成功做饭的厨师，要他乘郑成功会诸将议事用点心时毒死郑成功和他的将领。厨师虽贪财，但慑于郑成功之威，权衡再三，不敢下手。随即把此事转托其弟办理。其弟允诺。但到了真正下毒时，他又“每欲下药，则浑身寒战”，恐怖之余，便把这件事告诉其父。其父“闻言大惊”，怒斥其子曰：“事主而害之，不忠也；受托而背之，不信也。宁可背信，不可不忠。覆宗灭嗣岂可为之？宜速首无罪。”立即带其到郑成功住处自首，郑成功非但没有降罪，而且重赏，十分自信地说道：“吾乃天生，岂人能害？”此后，众将领、幕宾采取了种种保卫措施，虽有汉奸“欲施毒，奈何不得其近（指郑成功）身也”。
江日升《台湾外志》认为郑成功的死因，缘出于“家族不睦，其子乱伦”，“成功气绝而亡”。
江日升说，郑成功的父亲郑芝龙原是“流民”、“海寇”，明·崇祯元年（1628年）受明王朝招抚，官至都督同知。1644年清军入关，1645 年明·唐王朱聿键在福州称帝，改元隆武，封郑芝龙为建安伯，赐郑成功国姓“朱”。 如此浩荡皇恩，郑成功镂骨铭心，永志不忘。1646年，清军擒朱聿键，郑芝龙叛明降清。郑成功反对郑芝龙做法，坚不投降，在南澳募兵反攻，并取得厦门为根据地，继续奉明正朔，从此与郑芝龙分道扬镳。父子间政治上的分裂，并不等于郑成功摆脱了“父为子纲”封建礼教桎梏，其内心痛苦与矛盾相交炽。郑成功收复台湾后，郑氏兄弟辈出现裂痕，尤以郑泰、郑鸣骏为最。父亲反叛，兄弟间貌合神离，郑成功痛心疾首。
与此同时，郑成功家中也出了件丑事。其子郑经狎其四弟之乳母生子，郑成功初不知，于四月经人告发：“令郎狎而生子，不闻饬责，反加贲赏，此治家不正，安能治国乎？”郑成功知之怒极，“顿时气塞胸膛。”随即特令往厦门杀郑经及陳媼並董夫人。郑经得知，与其幕宾相商，不但此事被以“侍妾所生”掩饰搪塞，金、厦诸将还联名上启曰：“报恩有日，侯阙无期。”胁迫郑成功说，若要一意孤行，准备与清军妥协。遭此打击，性格刚毅、崇尚礼教的郑成功终于在 1662年五月初八日（旧历）一呼而绝。
《台湾外志》作者江日升自称，编纂此书，仍据其父对郑氏“始末靡不周之，口传耳授，不敢一字影捏”。
身后
郑成功死後，子郑经（参见《泉州人名录·郑经》）嗣位，继志抗清不屈。
至郑经子郑克塽（参见《泉州人名录·郑克塽》）主政，于永历三十七年（1683年），方被清将施琅引兵攻破侵入。八月十八日，郑克塽缴出郑成功所受之明延平郡王、招讨大将軍金印各一以降，郑氏奉明正朔至此而亡。施琅收复台湾当年，即将郑成功的尸骸从坟墓中挖了出来，运回京城。
清·康熙三十九年（1700年），清帝下诏：“朱成功系明室遗臣，非朕之乱臣賊子，特勒遗官，往送郑成功及子经两柩归葬南安，署守塚，建祠祀之。”墓葬位于南安县水头镇康店村覆船山，1982年列为全国重点文物保护单位（参见《泉州史迹·郑成功墓》）。
清·同治十三年（1874年），清·福建将軍文煜、总督李鶴年、巡抚王凱泰、船政大臣沈葆禎等合疏题奏，请准在台湾建郑成功祠供万民膜拜，藉揚忠烈。
复于清·光緒元年（1875年），追谥郑成功忠节，建祠台郡，於是台湾始有延平郡王祠，至今祭祀不绝。
郑成功墓葬四说
郑成功的陵墓到底在何处？300多年后，疑问依然存在：一说郑成功的陵墓在台湾；一说郑成功的陵墓在福建省金门岛；一说郑成功的陵墓在河南省。但研究学者和郑氏后人推崇的说法，仍是泉州南安石井（参见《泉州史迹·郑成功墓》）。
南安石井说
在郑克塽《郑氏附葬祖父墓志》中记载，清·康熙三十八年（1699年），帝赐郑成功迁葬归故里石井郑氏祖坟。在迁葬过程中，康熙皇帝赐御笔挽联：“四镇多贰心，两岛屯师，敢向东南争半壁；诸王无寸土，一隅抗志，方知海外有孤忠”，于五月廿二日卯时入土归葬石井附近复船山郑氏祖坟乐齐公墓内，且举行了隆重迁葬仪式，御林军于周围护灵，故今郑陵周围山地仍被称作“御踏青”。
1929年，郑陵被盗，即时抢救出石质墓志铭两块，一为郑经1674年回乡修祖坟时所立的《橄榄山墓志》。另一是迁葬时郑克塽之《郑氏归墓祖文墓志》。郑成功灵柩用棺廓两层，里面一层油漆朱红鲜泽，棺内布满水银，骨骼完好，取出将盔一项，龙袍一件，腰围玉带镶玉十七块，靴鞋各一双，还有头发等珍贵一级文物，由南安石井郑成功纪念馆收藏。
台南州仔尾说
郑成功逝后，安葬在台湾省台南市州仔尾。这就是有人认为郑陵在台湾的依据。
金门说
有人认为郑陵在福建省金门岛，此说亦事出有因。郑成功以金门、厦门两岛为根据地，整顿军务，训练水师，东渡收复台湾，300多艘战船就是从金门料罗湾出发的。因此，郑成功逝世后，在金门岛建立了郑成功的衣冠坟，供后人缅怀祭奠。
河南固始说
廿世纪70年代，河南固始汪棚乡邓庙村一个叫“莽牛地”的地方，在农业学大寨时挖出了“郑成功墓”。
据说，过去这个坟墓很气派，占地60多平方米，六七尺高。坟墓还有神道，石人、石马等则分立两旁。代代相传的说法，这是老郑家的祖坟，埋葬的是个反朝人物。每年，郑氏后人都得来上坟。
1970年正月初一，固始县下发通知，要求各乡镇平整坟地，扩大增种面积。邓庙大队就选了这个古墓。开挖中发现，最外层是一层用石灰、糯米和瓷粉混合在一起建造的石灰壳，20多厘米厚，非常坚硬。
外层用炸药炸开后，第二层是青石板。四四方方的石板镶在坟墓上，中间的缝隙连接得很细致，每块石板都有10多厘米厚。第三层是用1米多长、15 厘米宽、15厘米厚的木板铺就的木板层，再下去才见到棺材。棺材由红木做成，棺材两边各有一对与棺材差不多齐高的木制龙虎牌。
棺中的尸体用白绫裹着。尸体面目还可辨清，戴着金属头盔，穿着黄色丝绸衣袍，胸口有一块白色圆形的护心镜。在护心镜的位置，还有一块四方形的布写着“土部丰府郑成功”字样。见了空气，本来完整的尸体的面目立刻就变了形，衣服也开始成碎片掉落下来。尸体已经从头部、腰部被分成三段，手腕的地方则用白布做成的手套连在一起，以保证尸体的完整。尸体的下面铺着一床丝棉褥子，还压着许多带有血迹的棉被、衣服。棺底的木板上，则呈北斗状雕刻着七颗星。
当时参与掘墓的人没人知道郑成功是谁，就草草将尸骨重新安葬了。据称，当时还出土了一块刻有“郑成功之墓”的青石碑，但已经不知去向。那块护心镜则被村里人拿到附近的地方换了粉条。
现在的“郑成功墓”是个普通的土堆，有一人多高，除了坟前三个墓碑上刻着“郑成功”的字样外，与其他乡间土坟并无特殊之处。三个墓碑有一个是固始县人民政府2004年立的，书面直接认定了它是郑成功的坟墓；另外两个墓碑，则是2004年清明时，郑氏后人立上的。
固始研究学者认为，施琅攻占台湾后，郑成功的灵柩曾被作为战利品俘献北京。后郑克塽为能使郑成功安眠地下，一面偷运到祖籍河南固始安葬，一面派其弟郑克举到郑成功出生地———福建南安石井乡建了衣冠冢，并对外声称，郑成功已归葬在南安。但因为当时出土的文物至今已难找到，这段历史只是从参与挖掘的老人口中讲出，因此无法定论。