1985年前后，在新的办学体制和教育财政体制下，义务教育的投入有了显著增长。但这种增长并没有维持很长时间就因为农民来自农业的收入陷入了长期的停滞状态而放慢了。东部地区的乡镇政府（如苏南地区）因乡镇企业的发展弥补了种植农业的收入下降，支撑了乡镇财政。然而，中国乡村经济的发展是很不平衡的，并不是所有的农村地区都可以从乡镇企业的发展中得到弥补。在比较贫困、资源又非常缺乏的地区，知识和技术储备较少、市场信息落后的农村，乡镇企业很难发展起来。在计划经济体制下，尽管因为历史的原因，东西部区域发展的不平衡是存在的，但是这种差距是得到了行政上的控制的；市场经济打破了人为控制的相对平衡，东西部之间的差距在加大。
在贫困地区，对地方的政府官员考核往往是用发展地区的标准，使得官员的兴趣集中在经济发展和投资环境的建设上，资金投入集中在见效快的“面子工程”上，如道路的修建、城市改造以及乡镇企业的创办上。教育在政府划分财政资源的时候往往是排在后面，资金得不到保证。在领导体制上，主管教育的领导往往在同级领导的排位上是靠后的，一般进不了核心领导成员中，在对同级财政的分割上很少有发言权。这样的状况就使得当地的教育很难得到足够的资金保证，甚至在地方政府的优先项目资金不够时，往往会减少教育上的资源。很多贫困地区，不但谈不上加大教育投资力度，即便是按照规定给予教育的费用也得不到保证，教育经费常常还被截留、挪用，以用于经济方面的建设。一些研究者在江苏、安徽等地的调查发现，政府给予教育的名义资金与学校实际得到的资金在数量上很不一致，这两者间的差额还相当大（郭建如，2002；李湘萍，2002）。更为严重的是，学校成了村组织用来完成收费任务的重要工具。在河北一些地方进行调查时发现（郭建如，1998），一些地方竟然要求没有完成村里三提五统任务的家庭，不允许其孩子上学，等到家长完成了这些上缴任务，才允许孩子返校。学校的不独立，特别是财政上的不独立，造成了从1980年代后期一直到1990年代，贫困地区在进行大规模建设时，也出现了教师工资大规模拖欠的现象。