康熙十六年（1677）三月，靳辅从安徽巡抚任上被提升为河道总督，官衔全称为“总督河道提督军务兵部尚书兼都察院右副都御史”。这年他已四十五岁，从此到六十岁病逝，一直致力于治河，其间曾被提名当刑部尚书，但没有成为事实。
滔滔黄河，是中华民族的摇篮，像伟大的母亲一样哺育了中华儿女，并以五千年的文明屹立于世界民族之林。但在生产水平低下，技术落后，特别是剥削阶级统治的社会里，黄河也像百兽之王的雄狮一样，在诸河中最难驯服。横行在中原大地，到处咆哮，给人民生命财产造成极大的灾难。从大禹开始，治河成了历代统治者的试金石和国家的一项重要公共职能。康熙帝任命靳辅主治黄河，也正是这位有作为的皇帝真想把国家治理好，让百姓不为河患所苦。康熙帝说他从十四岁亲政以后就留心治河的问题。后来发生了三藩之乱，他以三藩及河务、漕运为三大事，写在宫中柱子上，提醒自己。
靳辅出任河道总督之日，正是黄河、淮河泛滥极坏之时。尤其是关系清朝统治命脉的运河也受到严重影响，使江南的漕粮不能顺利地运到北京。黄河自安徽砀山直到下梢海口，南北两岸决口七八十处，沿岸人民受灾，到处流浪，无家可归。黄河倒灌洪泽湖，高家堰决口三十四处。盱眙县的翟家坝成河九道，高邮的清水潭久溃，下河七州县一片汪洋。清口运河变为陆地。康熙帝派工部尚书冀如锡亲自勘察河工，冀回来报告，不仅河道年久失修，而且缺乏得力的治河人才。现任河督王光裕计划修的几项工程，大部分以钱粮不足未动工，此人根本不具备治河才能，有人建议撤销他的职务。在黄河、淮河、运河都存在严重问题，许多人束手无策的情况下，康熙帝选择靳辅作为河道总督走马上任了。
在靳辅未履任之前，清廷九卿会议曾讨论过冀如锡等提出的治河任务。他们根据视察所见，认为急需修筑堤坝，其中有黄河南岸自白洋河至云梯关，北岸自清河县至云梯关及高家堰、周家桥、翟家坝、古沟等决口，其余溃坏和单薄之堤，也有必要修筑坚固。需要疏浚的有清口一带沙淤及运河受黄流淤淀之处。最迫切的是堵筑淮、扬两岸的堤坝、清水潭决口，还有归仁堤的未完部分工程。他们期待新的河道总督来完成这些任务。
靳辅没有辜负时人的希望。他上任伊始，有个“八疏同日上之”的佳话，足以表现新任河道总督靳辅胸有成竹，雷厉风行的作风。这件事出现在康熙十六年七月十九日（1677 年8月17日）。从时间上看，靳辅三月得到任命，四月六日到宿迁上任（当时河道总督驻地在山东济宁），然后他就开始了视察河道，历时两个月。能在一天之内连上八疏，完全是他亲自调查河道并认真进行研究的结果。他在这次调查中，广泛地听取了各方面的反映。他在给康熙帝的奏疏中说：“毋论绅士兵民以及工匠夫役人等，凡有一言可取，一事可行者，臣莫不虚心采择，以期得当。”而他一日上八疏那种迫切心情，与调查所受触动也有很大关系。他踏着泥泞的河岸，上下千里，观察河水形势，感叹说：“河之坏极矣！”这是他决心把黄河尽快治好的真正动力。
不仅如此，靳辅从这次实际调查和访问中，还确定了他治河的总方针，即“审其全局，将河道运道为一体，彻首尾而合治之”。靳辅认为，黄河河道坏到如此程度，不能“以尺寸治之”，只顾一点，不及其余，无济于事。他主张必须有个全局观念，从整体上采取措施，把河道、运道合起来共同治理。因为追本溯源，“盖运道之阻塞，率由于河道之变迁”。尤其强调治理黄河的重要性实际关系数省的安危，不能如过去只注意解决漕运的问题，而放纵黄河任意冲刷，如果还是那样，运道也不能保证畅通。他抱定目标是使“已淹之田可耕，见在之地可保，运道可通，额课可复”。在治法上，不全盘否定前人的经验，措施也不千篇一律，“有必当师古者，有必当酌今者；有须分别先后者，有须一时并举者”，总之，因势利导，随时制宜。后来事实证明，他主要用了明代治河专家潘季驯的“束水攻沙”方法，而如“寓浚于筑”等方法皆属创新。在他的总方针下，把具体措施分为八个问题，每题一疏，所以就成了八疏。
靳辅的八疏，皆冠以“经理河工”第几疏，从第一到第八。其中有四疏讲治黄治淮，一疏讲治运河，其余讲治河管理，如筹集钱粮，裁并河官，选贤任能及设兵守护等等。如第一疏讲挑清江浦至海口，就是疏浚黄河下流，从清江浦至云梯关，在河的两旁离水三丈，各挑引河一道，使黄、淮下注，新旧河合而为一。再以新挑之土筑两岸大堤，南自白洋河，北自清河县，两者皆东至云梯关。云梯关至海口还有百里，其中近海二十里，湖大土湿，不能施工；余下的八十里亦尽可能加以疏浚，筑堤束水。这项计划二百天内完成，每天出动十二万三千多民工。第二疏讲挑疏清口，这是关于修治上流淤淀的设想。洪泽湖下流自高家堰西至清口，是淮河与黄河相会之处。他认为下流虽治，而上流有淤淀之处不及早疏通，则淮水直下之时难免阻滞散漫之患，因此主张在小河两旁离水二十丈，各挑引河一道，分头冲洗。第三疏讲的是高堰坦坡，就是迫切帮修堤岸。他提出培修七里墩、武家墩、高家墩、高良涧至周桥闸靠近洪泽湖的残缺堤岸，下筑坦坡，使水来至此平漫而上，顺缩而下，不致怒激崩冲。堤一尺，坦坡五尺，夯杵坚实，其上种草。第四疏讲包土堵决。以前堵塞黄河、淮河各处决口，一律用埽，既费钱又不耐用。靳辅提出筑土御水的方法可改为密下排桩，多加板缆，用蒲包裹土，麻绳捆扎而填之，可省费用一半，而坚固又大大超过下埽。第五疏专讲挑运河。他主张应把运河的河身挑浚，决口堵塞，使运河畅通无阻，免去老百姓盲目加垫。自清口至清水潭二百三十里皆须大为挑浚，以所挑之土倾于东西两堤之外，西堤筑为坦坡，东堤加培坚厚。其余各疏讲治河管理上的几个问题。
这八疏集中地反映了靳辅治河的理想、气魄和可贵的革新精神。清廷列这些奏疏做了认真讨论，但以正值用兵平定三藩之乱，如再大举兴河工，每天动用民夫十二万余人，恐怕对人民骚扰过分，提出应分别主次，选择其中主要的几项先行动工。康熙帝则下令靳辅再做一番更切实际的考虑。靳辅再次上疏，提出一些修改，如把运土由民夫改为车运等等。其基本内容都被通过并成了他后来实践的指导原则。