关于建文帝的下落，在明史上是一个大迷团。新君主本人的忌讳加上士大夫因怀念而添油加醋的各种笔记，使本来就扑朔迷离的当天（李景隆和谷王开金川门纳燕王的那天）的情形更加难以分辩真伪。顺治二年开的明史馆里荟萃了当时的明史精英，黄宗羲虽然不肯仕清，但在修明史的事情上还是颇合作的将手头搜集的明史资料让他的徒弟带去了北京。明史的本纪、列传、志这三大板块基本上是同时开工，但篇幅最少的本纪部分最后完成，本纪事关本朝对前朝皇帝的评价，审慎是可以理解的。不过，建文帝的下落之迷也是部分使众编修们大废脑筋的原因。历来的各种版本的建文帝的下落无外乎两种类型：殉国说和逊国说。当时明史馆里就分成激烈的两派，《恭闵帝本纪》的执笔人徐嘉炎为首的一派认同逊国说，即未死于宫火中，而是“逊国”外逃，朱彝尊等则持反对意见。双方自然都是明史大家，对史料、笔记的掌握程度也不在话下，却都无法说服对方，最后只好用“宫中火起，帝不知所终”来折衷。不过，《明史》的编修有个很大的特点，即事存大体，另一说则隐在其他的传中，在姚广孝、胡滢、叶希贤等人的传还是有一点蛛丝马迹可寻的。当然，明史的另外几部正史也是参考的对象，象明实录（我手头是没有的，一般的图书馆也没有，不过，《太祖实录》基本没必要看，因为被成祖改了三次，找不到一点对他不利的证词；《太宗实录》是宣德年间编的，那时即便建文帝还活着，也对朱棣一系的人没什么威胁了，因此有一点点建文帝失踪的说法。饶有趣味的是，传言身负寻找建文帝下落的郑和的最后一次下西洋也是在宣德年间）、明通鉴（作者夏燮对几中版本的建文下落作了考证）、明史纪事本末（里面有“建文逊国”一篇，可以说是明中叶以后对各种民间流传的建文帝的近乎传说的故事的大集合）。
关于殉国说，历来的说法是这样的，在燕王进金川门的那天，建文帝“乃叹曰‘我何面目相间耶！’遂阖宫自焚。”八天以后，朱棣“备礼葬建文君，遣官致祭，辍朝三日。”关于朱棣用天子礼厚葬此“建文君”一事是可以理解的，他打的旗号是“清君侧”，不是清君（虽然他心里是这么想的），建文不死，建文是合法的皇帝，建文死，则他依礼安葬建文，天下也无可指责（其实，依法理上说，朱棣实无即位依据，在方孝儒和朱棣的对质词中，朱棣表示他象辅佐成王的周公一般，方则问：“成王安在？”朱答：“彼自焚死。”方问：“何不立成王之子？”朱答：“彼年幼。”方问：“何不立成王之弟？”朱无奈答：“此朕家事。”即便朱标（建文之父）的子孙死绝了，按顺序也是秦王（太祖第二子）、晋王（太祖第三子）的子孙入继大统，轮不到朱棣这个四叔）。可是，殉国说的一个有力的诘难是，朱棣用天子礼安葬的那个人并不是建文帝，从各种证据显示那个人是建文的皇后马氏，（宫火中人被烧的不可辨认，朱棣可以很方便地指马皇后为建文帝，然后痛哭流涕一番，再接受臣下的劝进）。另外，还有几个问题。明末的谈迁在《国榷》中提到了建文帝在南京的墓无人能认出来，南京太常寺不按时祭扫的问题，建文帝的次子失踪问题，都给建文帝非殉国而是逊国加重了砝码。从当时的天下形势分析来看，建文出逃是很合理的一条路，因为朱棣虽然控制了南京，但不消说整个江南还是建文的地盘，江北朱棣的地盘也是不稳固的，孙岳在风阳、铁眩在山东、驸马都尉梅殷在两淮，整个辽东还在朝廷控制下，建文可调用的兵力还有很多，他可以出逃后再图复兴，完全没必要自焚。因此，就现在的眼光来看，建文帝出逃的可能性还是很大的，倒不是因为厌恶朱棣的暴虐而给建文帝寄托美好的想象。
逊国说的标准版本是：金川门失守后，建文帝打算自杀，有太监说太祖驾崩时留下一个铁盒，说有大难时打开。拿出来打开，里面是三张度牒、一点白银、和出逃的路线。三张度牒上的法名分别是应文、应能、应贤，应文当然就是建文帝了（他的名字是朱允文嘛），应能是杨应能、应贤是监察御史叶希贤，于是，他们几个加上几个随从一起出逃，建文帝身边只留了几个人做侍卫，其余的人遥为应援，忽南忽北，浪迹江湖流下了关于他们的传说。问题是，一开始，一些留下的故事和建文帝的诗文还较似可信，到了正统年间（明英宗在位），有个老僧诡称建文帝，到了北京的皇宫，问题是老僧因年龄明显被看出不合建文帝而被识破，但这个故事激发了后来对建文帝报有同情的文人的浪漫想象，加以附会渲染，后来又有几个人冒充建文帝，越发弄得真假难辩。
最后，说一下殉国说与逊国说在各个政治时期的地位，在永乐年间，没人敢提建文出逃一事，自然是殉国说占主流；明中叶以后，因为已无须担心建文子孙复辟，因此士大夫中逊国说抬头；到了清初，因为建文出逃的事情与朱三太子案（有人以崇祯太子的身份组织反清）颇有相似，文人畏祸，又不提建文出逃；一直到了清中叶以后，加上近现代的考证，基本上还是两存其说，其中殉国说因疑点多而渐不采信，而逊国虽大致可断定，但关于逊国后的建文帝的记载又有许多是附会、伪作，如是。