台湾位于我国东南海中，与福建一衣带水。三国时代称“夷州”，隋唐宋元称“流求”。明清之际，台湾的土著居民约有十万，散布生活在全岛三万六千平方里的土地上，过着原始部落生活。从很古的时候起，就不断有大陆渔民移居台湾。随着海上贸易的发展，以及南宋遣兵屯戍澎湖，元代设立澎湖巡检司，移民日益增多。明代实行海禁，这里成了一些武装走私集团如林道乾、李旦、郑芝龙等人的活动基地。
十六世纪中叶，西方殖民主义者东来，也发现了台湾这个美丽的岛屿。明嘉靖二十二年（1543）葡萄牙人到达日本，他们经过台湾海峡，见岛上风光美丽，称之为“福摩萨”，意为“美丽之岛”。荷兰继葡萄牙西班牙之后称霸海上。在巴达维亚城设立“东印度公司”，专门经营东方的殖民事业，天启四年（1624）侵入台湾，筑热兰遮堡（中国记载称台湾城，在今安平），次年又在热兰遮堡对面赤嵌山上筑普罗文查堡（中国记载称赤嵌城，在今台南），开始在台湾建立殖民统治。
荷兰占据台湾，纵横于东方海上，直接与中国东南海上霸王的郑氏发生了严重的利害冲突。郑芝龙降清后，这种冲突就由郑成功承受下来。清顺治九年（1652）台湾发生郭怀一起义，荷兰殖民者怀疑为郑成功所策动，即对郑到台的船只严加检查，并在海上截捕郑的商舶。郑成功大怒，“遂刻示传令各港澳并东西夷国、州、府，不准到台湾通商。由是禁绝两年，船只不通”。顺治十四年六月，荷兰驻台长官揆一遣通事何斌（一作何廷斌）到厦门见郑成功，表示愿意“年输银五千两，箭柸十万枝，硫磺千担”，请求恢复通商。郑成功当时忙于北伐，遂答应恢复通商。并暗地委托何斌替他在台湾向一切进口船只货物征收商税，允许何斌从中提取一定数量作佣金。后来何斌每年向郑成功缴纳税银一万八千两。顺治十六年，何斌的行为被荷兰人发觉，他在东印度公司的职务被解除，并被判处缴纳二十万元罚金。何斌遂与小通事郭平密谋，由郭平密驾小船，将鹿耳门至赤嵌城的水道探测清楚，连同荷兰人在台湾的布防情形，绘成一图，飞舟至厦门献与郑成功，并极称台湾的富庶和可取之处。郑成功正值南京大败之后，观其图，闻其言，满心豁然。只因蔡政入京和谈尚无回音，同时清朝大兵压境，也难以实行重大转移。
顺治十八年正月，郑成功抓紧清朝国丧停兵不举的大好时机，大修船只，召集诸将会议，作出了进兵台湾的重大决策。并决定由郑泰、洪旭、黄廷等辅佐世子郑经留守金、厦及闽粤沿海诸岛。
三月二十三日中午，郑成功带领马信、周全斌、萧振宸、刘国轩、吴豪并四弟郑袭，统率大军二万五千人，分乘战舰二百余艘，从金门料罗湾出发。二十四日军抵澎湖。七日后，留兵三千就地驻守，大队又于四月初一日晚一更继续前进。
那时船只从澎湖到台湾在台南一带登陆，只有南、北两条航道。荷兰人在一鲲身沙洲上筑起热兰遮城，设重炮守卫严密封锁了南航道。在北航道则将损坏的甲板沉塞水底，加以长期泥沙淤塞，通常大船难以进出，所以荷兰人也就放松了防范。郑成功由何斌向导，就选择了北航道。
四月初二日（1661年4月30日）清晨，船队达到鹿耳门，正逢潮水猛涨五、六尺，大队船只浩浩荡荡开进，在北线尾岛和赤嵌城西北部附近的禾寮港顺利登陆。
台湾城（热兰遮堡）中约有荷军两千余人，由荷兰驻台长官揆一驻守。赤嵌城（普罗文查堡）有荷军司令描难实汀官兵六百余人据守。揆一首先命令赫克托号和斯格拉弗兰号两艘战船以及白鹭号小帆船和马利亚号快艇向郑军船队冲来。郑军以猛烈的攻势炸沉赫克托号，接着又击溃了其他三艘。快艇马利亚号逃往巴达维亚报信，斯格拉弗兰号和白鹭号躲到日本，再也不敢和郑军较量。
第二天，陆路荷军二百四十名由贝德尔上尉率领进攻北线尾岛。他们以为中国人都是胆小而不耐久战的，“只要放一阵排枪，打中其中几个人，他们便会吓得四散逃跑，全部瓦解”。但这次大出他们意料，郑军四千人由陈泽率领，两面包抄，箭如骤雨，贝德尔上尉及其部下一百一十八人当场丧命。如不是附近一只领航船接应，荷军“必将全军复没，没有一个人回来报告战斗经过”。
击溃荷军水陆两路进攻，郑成功挥军四面包围了赤嵌城，切断了赤嵌城与台湾城的联系，断绝了海陆交通。随后派人进入台湾城劝降。荷兰殖民者决定与郑成功和谈，愿以送纳劳师银十万两并年输商税若干万、“年年照例纳贡”为条件，让郑成功撤出台湾。
四月初五日，清晨，荷兰代表一行来到郑成功大营。在一个四面敞开的蓝色大帐幕中，郑成功坐在一张方桌后面的太师椅上接见了荷兰使者。荷兰使者请求郑成功明确答复对东印度公司不满的理由和动机，以及要求满足事项。郑成功立即答复道，他完全没有义务说明自己行动的理由，但也没有必要隐瞒如下的事实，为了顺利地同鞑靼人（指满洲人）作战，他认为应该占领台湾。“该岛一向是属于中国的。在中国人不需要时，可以允许荷兰人暂时借居；现在中国人需要这块土地，来自远方的荷兰客人自应把它归还原主，这是理所当然的事。”他表示，“此来的目的并非同公司作战，只是为了收回自己的产业”。只要公司愿意立即退出台湾，即可以“允许荷兰人用自己的船只装载动产和货物，拆毁城堡，把枪炮及其他物资全部运回巴达维亚”，并且他同公司的友谊也可维持下去。如果无视他的宽大为怀，他只好用自己所拥有的一切力量来求其实现。他限他们在第二天上午八时以前作出决定：如果决定离开，就挂起王子旗；否则就挂起血旗，准备作战。
四月初六日，赤嵌城荷军司令官描难实汀献出了要塞和城中一切物资，他和他的六百名士兵全部成了郑军的俘虏。而台湾城则挂起了大血旗，表示要和郑军对抗到底。初七日郑成功指挥攻城，但因城堡坚固，炮火凶猛，十余日连攻不下，部伍伤亡很大。同时郑军两万多官兵眷属离开金厦根据地以后，粮饷一开始就是一个严重的问题。在澎湖时连地瓜都吃不上。到台湾后，一部分靠大陆运输接济，一部分靠夺取荷兰人的粮仓储积。后来大陆的粮船不至，“官兵一日只两餐，多有病殁，兵心嗷嗷”。郑成功只好一面派马信统领所部长期围城，一面派遣各镇耕屯自养。
五月，郑成功改赤嵌地方为东都明京，设有一府二县：府为承天府，北路为天兴县，以纪念邓氏发迹之地——福建全州安平镇。颁发屯垦令，号召文武各官及各镇大小将领官兵家属，“择地起盖房屋，开辟田地，尽其力量，永为世业”。六月，遣发各镇分赴北路新港仔（今台南市新市乡）、竹堑（今新竹市）一带和南路风山（今高雄县风山镇）、观音山（今高雄县仁武乡附近）一带屯垦，文武各官均照原额发给六个月俸银，作为开垦基金。
郑成功对台湾城的包围一直持续了九个多月。其间，荷兰东印度公司曾经凑集了七百名士兵，分乘十艘战船，进行了一次救援，但很快遭到失败。救援的失败使台湾荷军更加恐惧，不少人投降了郑军。有个叫汉斯的军曹，在欧洲打过几次仗，很有作战经验。他在12 月16日出降后，向郑成功提供了城内的详细情况：荷军已经失去了坚持下去的信心。由于长期的围困，守军精疲力尽，已经找不到四百名强壮的士兵，而且由于疾病还在日益减少。城堡经不起大炮猛轰两个整天。他建议郑成功充分利用围城内普遍存在的惊慌情绪和疲弱状态，不仅要用封锁，而且还要用连续攻击，来彻底疲惫敌人，使其完全绝望。他指引郑成功注意荷军工事网和乌特利支圆堡，说工事网远远低于乌特利支圆堡，如果占领圆堡，没有一个人能够在工事内保护自己。郑成功得到汉斯的献策，心中有了把握，决定结束消极封锁转入积极进攻。
1662年1月，郑成功将大部兵力集中到台湾城的沙洲上，建起三座炮台，配了二十八门巨炮。25日，摧毁了乌特利支圆堡。当晚又在紧逼台湾城的小山上筑起战壕，建造一座大型炮垒。城内荷军彻夜用大炮、步枪、手榴弹轰击，以阻止郑军前进，台湾城已成为一片火海。
1月27日，面临没顶之灾的荷兰东印度公司台湾评议会召开了一次重要秘密会议。长官揆一同意评议会几乎一致的意见，决定与郑成功谈判。
经过几天的协商，1662 年2月1日（康熙元年十二月十三日）双方正式订立条约并举行签字仪式。条约共十八条，其中规定：荷兰人交出城堡和所有武器、物资，包括大炮一百五十尊，小铳四千支，足够五个月食用的粮食和价值471500荷兰盾的金、珠、琥珀与现金；荷兰人可以携带返回巴达维亚途中所需要的米、面、酒、醋、绳索、帆布、火药、枪弹等物，以及他们私人动产、荷兰政府档案文件。此外，二十八名评议员每人准予随身携带二百银元，另二十名特别公民准予一共携带一千银元；郑方释还俘虏并捕获的四艘小艇及其附属物品；检查以后，荷兰士兵在长官的指挥下，扬旗、鸣炮、荷枪、击鼓，列队登船。
几天以后，荷兰驻台湾的最后一任长官揆一搬其辎重货物上船，率余部五百余众，驾舟远去。从此，台湾结束了荷兰殖民者三十八年的统治，回到了祖国的怀抱。