其思想主要源于孔子创立的儒家和儒家所推崇的“六经”。
在自然观上，利用《周易》经传的阴阳观念，提出了宇宙演化论；又从《尚书·禹贡》的“九州划分”进而提出“大九州”说，认为中国为赤显神州，内有小九州，外则为“大九州”之一（胡适曾在其《中国中古思想史长编》中，大为赞叹阴阳家的这一地理观念）；在历史观上，则把《尚书·洪范》的五行观改造为“五德终始” （下面还会谈到）说，认为历代王朝的更替兴衰均由五行所主运；在政治伦理上，亦“止乎仁义节俭，君臣上下六亲之施”，赞成儒家仁义学说。同时强调“因阴阳之大顺”，包含若干天文、历法、气象和地理学的知识有一定的科学价值。
五德终始
又称“五德转移”。阴阳家代表邹衍运用阴阳五行理论来阐释宇宙演变和历史兴衰，创为“五德终始”之说，影响甚大。后来的挂名吕不韦的《吕氏春秋》、董仲舒的《春秋繁露》、刘向的《洪范五行传论》（梁任公在其《饮冰室文集·阴阳五行说之来历》中谈到阴阳学说之害时曾提到：宜负罪责者三人焉……曰邹衍，曰董仲舒，曰刘向。可见阴阳家其要）等，都是以阴阳五行为思想基干。
“五德”指五行的属性，即土德、木德、金德、水德、火德。按阴阳家的说法，宇宙万物与五行对应，各具其德，而天道的运行，人世的变迁，王朝的更替等，则是“五德转移”的结果。其目的在为当时的社会变革进行论证，但却陷入了历史循环论。
阴阳家著作
《汉书·艺文志》载：阴阳二十一家，三百六十九篇。《公檮生终始》十四篇。《公孙发》二十二篇。《邹子》四十九篇。《邹子终始》五十六篇。《乘丘子》五篇。六国时。《杜文公》五篇。《黄帝泰素》二十篇……等等，但现存少量残文外，均已亡佚。