（图：满洲鳄的化石）

因为所谓的「化石化作用」（Fossilization）都是涉及到将原始有机质的骨骼置换并取代成其他的物质形式。通常这种置换与取代作用，是在骨骼或牙齿于埋藏在地表之下而发生的。慢慢的，原始物质会被矿物（经常是硅质或钙质）所取代，且较柔软的生物或组织，可能在死亡之后就被细菌腐食了。骨头或硬壳则因为比较不易被腐食，所以我们看到的化石大部分都是骨头或硬壳。