另外，明朝的沈玄华在《敬礼南都奉先殿纪事十四韵》写道：“高后配在天，御幄神所栖。众妃位东序，一妃独在西。成祖重所生，嫔德莫敢齐。”意思是说妃的灵位之所以单独放在西面，是因为她是明成祖的亲生母亲，因而明成祖独独突出她的位置，不与别的妃嫔放在一起。这种观点得到了后世很多学者的支持，傅斯年、吴晗等历史学家经过认真研究和考证，都认为成祖的亲生母亲就是妃李氏。
三说是元顺帝的妃子洪吉喇氏。据说当年朱元璋攻陷大都，元顺帝仓皇北逃。朱元璋来到元顺帝的后宫，发现有一个姿容娇美的美女，眉目含情、引人怜爱，朱元璋心下大喜，于是收她为妃子。而这个美女就是元顺帝的妃子洪吉喇氏，太师洪吉喇特托克托的女儿，这时候洪吉喇氏已经怀孕，被朱元璋收留后生下一个男孩，即明成祖朱棣。这样说来，明成祖朱棣不仅不是皇后所生，而且还不是朱元璋的亲儿子，竟是元顺帝的遗腹子！
但根据史书记戴，元大都失守时是至正二十八年，即公元1368年，而明成祖朱棣生于至正二十年，即公元1360年，中间相差七八年之久。因此，这种说法存在太大的漏洞，很可能是民间流传的谣言。
四是说蒙古女人瓮氏。清代《广阳杂记》中有一段这样的记载：“明成祖，非马后子也。其母瓮氏，蒙古人。以其为元顺帝之妃，故隐其事。宫中别有庙，藏神主，世世祀之，不关宗伯，有司礼大监为彭恭庵言之。余少，每闻燕之故老为此说，今始信焉。”意思是说明成祖朱棣不是马皇后生的儿子，而是蒙古女人翁氏的儿子，翁氏是元顺帝的妃子，史书为了避讳这一点，所以都没有记载。然而《广阳杂记》本来就是一部记叙佚闻趣事的书，作者刘献廷也说这是他听到的古老传说，没有指出确实的根据，它很可能是洪吉喇氏之说的另一个版本，因而也是不足为信的。
这样，明成祖朱棣的亲生母亲就集中在马皇后和妃李氏身上，这也是目前争议的焦点。那么到底哪一个才是真的呢？虽然第一种说法来源于《太祖实录》、《太宗实录》、《明史》等正史，但是大多数学者却认为并不可靠，因为朱棣曾经下令修改过国史。
这是因为明成祖朱棣的天下是从侄子建文帝朱允炆那里抢过来的。当年朱棣因为建文帝削去了他的藩王，于是打着“清君侧”的旗号，起兵北平，讨伐建文帝，四年后终于攻陷南京，登上皇位，史称靖难之役。登上皇位后，朱棣为了让自己显得名正言顺，便再三宣称自己是马皇后所生，是朱元璋的第四个儿子，同时下令两次修改了《太祖实录》，而《靖难事迹》、《玉牒》等更是在朱棣的授意下编写的，清代的《明史》则是沿用了这些记载，称明成祖的亲生母亲为马皇后。
然而明成祖的命令虽然强大，却限制不了外国的记载。洪武二十二年，朝鲜使臣权近曾在北京拜见了燕王朱棣，后来权氏著有《奉使录》记载了这件事，其中写到了成祖生母的忌日是七月十五日，而马皇后的忌日却是八月初十，以此论断，朱棣的母亲显然不是马皇后。另外，朱棣继位后，曾在南京修建了大报恩寺，声称是报答马皇后的养育之恩，然而寺中正殿的大门经常紧闭，外人无法看见里面，据说里面供奉的其实是妃李氏。
这样看来，明成祖朱棣的生母为朝鲜人妃李氏还是很有可能的，大多数学者都倾向此说。