在保证学校运行方面，安徽省制定了农村中小学公用经费标准定额核定的原则和方法，规定学校公用经费安排以学校杂费为主，财政预算安排为辅；农村中小学杂费收入应全部用于公用经费开支，不足部分由县乡两级财政预算核定，并予以分解落实；保证实际支出水平在税费改革前实际水平基础上得到逐步提高（鲍劲翔，2002）。为了防止中小学杂费被挪用挤占，安徽省在2001年8月取消了“零户管理”的办法，实行中小学杂费专项管理。
一些研究者比较了安徽省1999年、2000年、2001年农村义务教育经费收入的总收入以及预算内拨款的数量之后认为，从大数上来看，2000年的农村义务教育投入与税费改革前持平并略有增长，2001年则有较大幅度增长，并认为“农村税费改革后义务教育经费的收入总量并没有减少。改革只是改变了部分教育经费收入的来源。改革后，教育支出总量大幅增加，增加量之大，增速之快，前所未有”（鲍劲翔，2002）。
3、税费改革中义务教育经费紧张问题的凸现与制度博弈过程
安徽省的税费改革被称为是继土地改革、联产承包制度之后农村发生的又一次重大变化（鲍劲翔，2002），引起了广泛的关注。在评论安徽省税费改革成败时，较多的关注者关心的是改革造成的农村义务教育经费的紧张问题。
一些研究者指出，农村义务教育经费紧张的问题在税费改革之前就存在，与税费改革没有必然的关系。在税费改革之前，教育经费紧张的问题被资金错位使用所掩盖，即学校使用教育附加费和学杂费以及用各种名目得来的乱收费收入发放教师的工资、津贴等，这些费用维持了学校的正常运行。当这些收费渠道被卡住之后，学校就显得资金紧张（鲍劲翔，2002；魏秦歌，2002）。
这个解释有一定道理，但如果仔细剖析安徽省的税费改革过程，就会发现这个解释并不很全面。税费改革过程中出现的教育经费紧张问题集中于2000年，但鲍及魏的文章没有对这一现象做出明确的解释。实际上，分析这个时间差以及在这个过程中出现的制度设计的变化是有意义的，因为这个时间差和制度的变化过程体现的恰恰是一个制度博弈的过程。
安徽省税费改革是从2000年3月正式启动，但是关于确保义务教育正常运行的重要措施却都是在2001年出台的。如教师工资统一上收到县里的政策是在2001年9月实行的，中小学零户管理的取消、专用帐户的设立是在2001年8月，中小学公用经费定额和保证办法也是在2001年7月之后进行的。而在此之前，在税费改革开始时，对于教师工资的发放以及义务教育经费的保障是由乡镇进行的，最开始税费改革是把取消的教育附加和集资安排在乡镇的财政预算中（鲍劲翔，2002）。在税费改革过程中，乡镇来自农民的收入大幅减少，在这时，还要求乡镇预算保证教师工资以及正常运行费用以及管理学杂费，这必然使本来就存在的乡镇挤占、挪用教育经费的现象更加严重。在2001年，把这些费用的保障和管理责任上移到县里，使得教育经费紧张的问题就得到缓解。安徽省税费改革的这个教训和经验显示，税费改革中如果不建立教育资金相对独立的运行制度，就无法保证教育的正常运行。这就是为什么出现义务教育经费在安徽省的税费初期显得非常紧张的原因。