动物分类学是一门古老的学科，是动物学中一个重要的分支。单由于动物种类繁多，由于某一些类群还缺乏深入的研究和了解，因此，直到现在对全世界动物的分类都还没有一个比较完善的分类系统。造成差异的原因，在于有的学者将若干有差异的纲都已提升为门，如原假体腔动物中的轮虫、腹毛、动吻、线形、线虫等纲动物，一些学者均将其提升为门.
另外有一些新的类群被发现，放在原有的各门中均觉不合适，索性新建立为单独的一门，如栉水母动物门，即由于发现了栉水母动物等。对于药用动物的研究来说，早期如《药材学》1960，将其划分为10门，后来《中药鉴定学》1977年等也都采用，仍将动物界划分为10门。
根据的特征仍然是：细胞的分化，胚层的形成，体腔的有无，对称的形式，体节的划分，骨骼的性质，附肢的特点，以及其他器官系统的发生和发展，并参照了地质学上关于地层的划分等资料。
另外，动物分类还有其它方法。
1、原生动物门全都是单细胞动物，是最原始的动物，如眼虫、草履虫等；
2、菱形虫门结构简单的内寄生动物，有记录的种类不多；
3、直泳虫门与菱形虫类似的动物；
4、多孔动物门又称海绵动物门，海绵是原始的多细胞动物；
5、扁盘动物门到目前为止，此门被丝盘虫一种动物独占；
6、古杯动物门顾名思义，“古”意思是此类动物已灭绝了，“杯”就是说它们长得像杯子；
7、腔肠动物门包括水螅、水母、海葵和珊瑚等；
8、栉水母动物门也有人把这个门归入腔肠动物门，作为栉水母纲；
9、扁形动物门有涡虫、吸虫、绦虫等寄生虫；
10、螠虫动物门海洋底栖动物，身体呈柱形或长囊形；
11、舌形动物门全都是“吸血不眨眼”的寄生虫，分类地位尚难确定；
12、微颚动物门在1994年新发现的一类动物，人类对它们所知甚少；
13、纽形动物门比扁形动物略高等的类似动物；
14、颚胃动物门体形很小，生活在浅海的细沙中，人们了解得不多；
15、线虫动物门一个庞大的家族，包含蛔虫等；
16、腹毛动物门身体腹面长有纤毛的一类动物；
17、轮虫动物门很小，与原生动物类似；
18、线形动物门与线虫动物类似的一类动物；
19、鳃曳动物门生活在靠近两极的冷水中的海洋底栖动物，有记载的种类极少；
20、动吻动物门和鳃曳动物类似；
21、棘头虫动物门身体前端有吻的一类动物；
22、铠甲动物门1983年才发现的一个新门，没有准确分类；
23、内肛动物门苔藓状的小动物；
24、环节动物门包括蚯蚓、蚂蟥、沙蚕等；
25、环口动物门新发现的一类动物；
26、星虫动物门与螠虫动物相似；
27、软体动物门包含有大量常见动物，详见后文；
28、软舌螺动物门已灭绝；
29、叶足动物门包括寒武纪的奇虾等；
30、缓步动物门很强的一类动物，能忍受高温、绝对零度、高辐射真空和高压；
31、有爪动物门身体呈蠕虫状，足呈圆柱形，末端有爪，近乎灭绝；
32、节肢动物门动物界中种类占三分之二以上的动物， 留到下面介绍这个庞大的家族；
33、腕足动物门有时你会在街头地摊上看见一些像贝壳的化石就是这类动物留下的；
34、外肛动物门曾经与内肛动物为同一门合称苔藓动物，现已分开；
35、帚虫动物门一个只有10几种动物的很小的门，都是海洋底栖动物；
36、古虫动物门在5.3亿年前的生命大爆发中早就灭绝了，在近几年才发现；
37、棘皮动物门包括海星、海胆、海参和海百合等；
38、须腕动物门没有嘴和消化管的非寄生动物，生活在深海中，分类地位有争议；
39、异涡动物门仅2种，在波罗的海附近分布，曾先后被认为扁形动物和软体动物；
40、毛颚动物门只有50种左右，还是海洋动物；
41、半索动物门身体呈蠕虫形，有人将它们归入脊索动物门；
42、脊索动物门，包括尾索动物，头索动物，脊椎动物三个亚门，人就是该门。