原生动物门
都是单细胞动物，少数聚合形成群体，自由生活于水中或湿土内，一部分并营寄生生活，具无性或有性**。本门无药用动物种类，但在进化上为原始类群，与人类生活关系也十分密切，某些寄生种类对人类的健康和经济动物的养殖，可造成极大的危害。
海绵动物门
又称多孔动物门（Porifera），是生活在水中的最原始的多细胞动物，细胞虽有分化，但不构成组织。细胞可排列为2层，但不分化为内外2个胚层，体内有管道系统，由水中获得食物，还有骨针以支持和保护身体。如脆针海绵Sp0ngiLLa Fragilis，可供药用。
腔肠动物门
腔肠动物大约有1万种，有几种生活在淡水中，但多数生活在海洋中。腔肠动物的触手十分敏感，上面生有成组的被称为刺丝囊的刺细胞。这类动物主要包括水母、水螅、海葵、珊瑚等。
软体动物门
软体动物为动物界的第二大类群，约有5万多种。绝大多数的软体动物在柔软的身体外覆有1个、2个或多个形状不同的壳，常见的有头足纲、腹足纲和双壳纲。棘皮动物门棘皮动物包括海星、海胆、海参、蛇尾以及海百合等5纲，共6000多种。
扁形动物门
两侧对称，身体分化为外、中、内三个胚层，即开始出现了中胚层，身体柔软无体腔，大都雌雄同体，排泄系统有焰细胞，自由生活于水中、陆地，某些种为寄生。
线形动物门
身体一般呈长线状或圆筒状，三胚层有原体腔，不分节，体表被一层半透明的弹性角质膜，消化管末端具有肛门，大都为雌雄异体，自由生活于海水、淡水及土壤中，并有很多是寄生的。如蛔虫Ascaris lumnbricoides，据本草记载可供药用。
环节动物门
身体圆筒形，分成若干同形的环节，内部各系统分化趋于完善，有真体腔，体表具刚毛或疣足，雌雄异体或同体，直接发育或有变态，产生担轮幼虫，大部分自由生活于海水、淡水及土壤中，少数并可奇生。如蚯蚓Pheretima aspergillum，可供药用。
节肢动物门
身体两侧对称，具有异型体节（如头、胸、腹）和分节的附肢，体表有几丁质、石灰质构成的外骨骼，体腔不发达，肌肉分离为肌束，循环系为开管型，已知约有92 万3千种，为动物界中第一大门。如蜈蚣Scolopendra subspinipes mutilans，可供药用。
脊索动物门
具有脊索（或被分节的脊椎所代替）、背神经管和腮裂（或为腮囊），有后口的动物。己知约有4万1千2百余种，为动物界中第三大门。本门动物又可分为尾索动物亚门（Urochordata）、头索动物亚门（cephalochordata）、脊椎动物亚门（Vertebrata）等3个亚门。其中脊椎动物亚门，种类多，经济价值大，在进化中是最高等的类型，现今很多物学家已将其独立成为一门。如海马Hipp0campus japonicus Kaup，可供药用。