动物分类学是一门古老的学科，是动物学中一个重要的分支。单由于动物种类繁多，由于某一些类群还缺乏深入的研究和了解，因此，直到现在对全世界动物的分类都还没有一个比较完善的分类系统。造成差异的原因，在于有的学者将若干有差异的纲都已提升为门，如原假体腔动物中的轮虫、腹毛、动吻、线形、线虫等纲动物，一些学者均将其提升为门.
另外有一些新的类群被发现，放在原有的各门中均觉不合适，索性新建立为单独的一门，如栉水母动物门，即由于发现了栉水母动物等。对于药用动物的研究来说，早期如《药材学》1960，将其划分为10门，后来《中药鉴定学》1977年等也都采用，仍将动物界划分为10门。
根据的特征仍然是：细胞的分化，胚层的形成，体腔的有无，对称的形式，体节的划分，骨骼的性质，附肢的特点，以及其他器官系统的发生和发展，并参照了地质学上关于地层的划分等资料。
另外，动物分类还有其它方法。
1、原生动物门全都是单细胞动物，是最原始的动物，如眼虫、草履虫等；
2、菱形虫门结构简单的内寄生动物，有记录的种类不多；
3、直泳虫门与菱形虫类似的动物；
4、多孔动物门又称海绵动物门，海绵是原始的多细胞动物；
5、扁盘动物门到目前为止，此门被丝盘虫一种动物独占；
6、古杯动物门顾名思义，“古”意思是此类动物已灭绝了，“杯”就是说它们长得像杯子；
7、腔肠动物门包括水螅、水母、海葵和珊瑚等；
8、栉水母动物门也有人把这个门归入腔肠动物门，作为栉水母纲；
9、扁形动物门有涡虫、吸虫、绦虫等寄生虫；
10、螠虫动物门海洋底栖动物，身体呈柱形或长囊形；
11、舌形动物门全都是“吸血不眨眼”的寄生虫，分类地位尚难确定；
12、微颚动物门在1994年新发现的一类动物，人类对它们所知甚少；
13、纽形动物门比扁形动物略高等的类似动物；
14、颚胃动物门体形很小，生活在浅海的细沙中，人们了解得不多；