康熙皇帝急于和俄国签订和约，的确是为了腾出手来对付蒙古族准噶尔部落头目噶尔丹发动的叛乱。
早在元朝灭亡以后，成吉思汗的子孙退回塞外，驻扎在大沙漠南北，逐渐形迈出漠北蒙古、漠南蒙古、漠西蒙古三大部。这些蒙古部族之间相互攻打，还经常南下骚扰内地。后来，努尔哈赤和皇太极用征伐、联姻和结盟的办法，把漠南蒙古征服了。清朝设立了蒙古衙门（后改为理藩院）管理蒙古各部，把漠南蒙古分为六盟，二十四部，四十九旗。这样，漠南蒙古各部成了清朝当权者最可靠的盟友。漠北蒙古又叫喀尔喀蒙古，继漠南蒙古之后，也跟清朝建立了朝贡关系，每年向清朝进献一头白骆驼，八匹白马，称为“九白之贡”。
清朝入关以后，只依靠几十万满族人，是维持不了对全中国的统治的。为了弥补力量不足，多尔衮、顺治、康熙都把联合蒙古各部做为一项重要的国策。
可是这时候，还有居住在阿尔泰山以西的漠西蒙古不肯合作。漠西蒙古又称厄鲁特蒙古，分为杜尔伯特、土尔扈特、和硕特、准噶尔四部。其中准噶尔部力量最强大，它兼并了和硕特部和杜尔伯特部，把土尔扈特部排挤到俄国伏尔加河流域一带，又把和硕特部的人赶到了青海、西藏。
准噶尔部控制了阿尔泰山周围地区，又继续向东进兵，想占领漠北广大地区。喀尔喀各部挡不住准噶尔骑兵，只好奔向漠南并请求康熙皇帝加以保护。康熙皇帝把科尔沁草原借给喀尔喀各部驻牧，救济他们大量的牲畜、茶、布，又派人劝告准噶尔头目噶尔丹返回阿尔泰山地区，退还喀尔喀的故地。噶尔丹自认为兵力强盛，不但不把康熙皇帝的命令放在眼里，还率领十万大兵深入到漠南蒙古乌珠穆沁草原，想和康熙皇帝较量一下。
康熙皇帝见噶尔丹这样猖狂，已经威胁到内地的安全了，就在康熙二十九年（公元一六九○年）秋高气爽、草肥马壮的时候下令征讨。他亲自率兵驻扎在长城口外，任命他的哥哥裕亲王为大将军，在离北京只有七百里的乌兰布通和准噶尔兵决战。