萨满教（Shamanism）是原始巫教的通称。此名最早的汉译见于南宋徐梦莘所著《三朝北盟会编》卷三，据载兀室“奸猾而有才，自制女真法律文字”，“变通如神”，其国人称之为珊蛮，“珊蛮者，女真语巫妪也”。清代通译为“萨满”。《新唐书·黠戛斯传》载黠戛斯人“呼巫为甘”（甘，唐音Kam），此即麻合木·可失合里《突厥语辞典》著录之qam（意为萨满）。《元朝秘史》所记蒙古巫师之号为“孛额”（bo’e），译为“师公”、“师巫”，即男性萨满。他们被认为具有能通神灵的超自然力，经过一番装神弄鬼的宗教仪式，显示神灵附身，宣布神灵对所求问之事的回答。卢勃鲁克根据其在和林的亲身见闻记述了蒙古巫师的请神情况：“他们在夜间把想求问魔鬼（神灵）的人集合在他们的帐幕里，并把煮熟的肉摆在帐幕当中。做[请神]祈祷的那个巫师（cham-kam）开始反复念咒，并用手里拿着的鼓猛烈地敲打地面（即跳神动作）。终于他进入发狂状态，并把自己绑起来（显示神灵附身），于是魔鬼（神灵）就在黑暗中降临了；给他供上肉食，他就给予各种回答（传神言）。”

萨满教的基本信仰观念是万物有灵。据载，古代蒙古人对日月、水火、山川土地等一律崇敬，在进食以前（特别是早晨），把食物和饮料首先供献给它们。正是出于萨满教的这种自然崇拜观念，在他们的心目中，宇宙万物至高无上的主宰是头顶上的“长生天” （Mongke Tenggeri）。“其俗最敬天地，每事必称天；闻雷声则恐惧，不敢行师，曰：天叫也。”“正月一日必拜天，重午亦然”。“其常谈必曰：托着长生天底气力，皇帝底福荫。彼所欲为之事，则曰：天教恁地；人所已为之事，则曰：天知着。无一事不归之天，自鞑主至其民无不然。”人们是如何知道天意的呢？一是由能与天神通言的萨满（孛额）传示，一是通过占卜。志费尼记载说，他“从可靠的蒙古人那里听到”，当铁木真收服诸部、事业鼎盛时，出了一个人，此人常在严寒中赤身露体走进荒野和深山，回来宣称：天神跟我谈过话，他说：“我已把整个地面赐给铁木真及其子孙，名他为成吉思汗。”蒙古人把此人叫做“帖卜·腾吉里”。《史集》记载，此人就是晃豁坛部族长蒙力克（铁木真的继父）之子阔阔出，人称帖卜·腾格理，据说他习惯于在隆冬时节到最寒冷的地方（在斡难——怯绿连之地），裸坐冰上，凝冰被他的体温融化，升起一些蒸气，蒙古人就说他骑着白马上天去。他曾屡次对铁木真说：“最高的主（即‘长生天’）让你统治大地”；1206年铁木真在斡难河源大会诸王群臣时，他又宣示天意说：“最高的主命你采用成吉思汗的称号。”据多数学者解释，帖卜·腾格理（Teb-Tenggeri）有“真正天上的”、“极神圣的”之意，以Teb（突厥语Tev）加于“天”字之上，表示“尤其”、“特别”的强调意义，大概相当于汉籍中的“天人”、“神人”。《元史·宪宗本纪》载，宪宗初生时（1209年初），“有黄忽答部（按即晃豁坛部）知天象者，言帝后必大贵，故以蒙哥为名。蒙哥，华言长生也”。此人应即阔阔出，“知天象者”疑即Teb-Tenggeri的汉译。阔阔出无疑是当时蒙古萨满的首领。卢勃鲁克《东行记》中就记载有蒙古巫师能知天象，预言日蚀、月蚀的时间，宣布行事吉、凶的日子，为新生儿预言将来的命运等等。从《元朝秘史》（第244—246节）的记载看来，成吉思汗建国之初，阔阔出权势甚大，他竟纠集其七个兄弟吊打成吉思汗之弟合撒儿，又向成吉思汗进谗说：“长生天的圣旨有关于汗位的神告：一次铁木真掌国，一次合撒儿掌国。如果不掩袭合撒儿（把他预先除掉），事未可知。”挑起了成吉思汗兄弟的激烈冲突。后来，“九种言语的百姓”都聚到阔阔出处，连成吉思汗御马所人员和斡赤斤的百姓也有许多投向阔阔出，斡赤斤派人索讨，反遭殴打，斡赤斤本人也被迫向他下跪认错。这样，成吉思汗才决心除掉他，暗示别里古台在角力时把他弄死了。这个事件说明，萨满在当时的蒙古社会中有很大的影响力，萨满首领竟敢与皇室相抗衡。经过这次打击，他们的势力显然被削弱了，但在蒙古人中他们仍居于受敬畏的地位，并且继续以其宗教方式在军政事务中发挥作用，从大汗到一般民众，对由萨满之口所宣示的天意都不敢不遵。汉文、蒙文、波斯文史料都记载，1232年窝阔台从中原北还途中患病甚重，命萨满们（bo’es）占卜，他们声称这是金国的山川之神因蒙古军掳掠人民、毁坏城池而作祟，一定要用亲人做替身才能免祸，结果拖雷代兄承难，喝下萨满念过咒的水而死。拖雷之死事颇蹊跷，很可能是窝阔台利用萨满编造山川之神作祟的鬼话，逼他服了毒水，除掉这个掌握着大多数蒙古军队、威望极高因而危及他的汗位的亲弟。在蒙古历史上，用这种手法害死政敌的事例并不少见。

十三世纪的东西方史料对蒙古人的占卜都有详细记载。《黑鞑事略》载：“其占筮则灼羊之枚子骨，验其文理之逆顺而辨其吉凶，天弃天予，一决于此，信之甚笃，谓之烧琵琶。事无纤粟不占，占不再四不止。”据《蒙鞑备录》，其方法是用铁椎烧红钻羊骨扇，视其裂纹以定吉凶，和汉人龟卜相似。《元朝秘史》（第272节）“占卜”作 abitlaqu（动词），伯希和谓此字来自于“肋扇”（《秘史》第12，57节：qabirha[r]，《至元译语》：合不合儿），即烧钻肋骨为卜； “烧琵琶”即烧钻琵琶骨为卜（肩胛骨，《至元译语》作“答娄”，即蒙语dalu，故占卜者称daluchi）；《秘史》（第201、272节）中“占卜” 又称为tolge（名词，动词作tolgelegu），是指卜卦用的签子，如小树枝、小棍子之类，故占卜者称tolgechin。耶律楚材所以受到成吉思汗的器重，主要是因为他知天文、善占卜。有一次他准确地测算了月蚀的时间，成吉思汗大为惊异，说：“汝于天上事尚无不知，况人间事乎。”于是每次出征，必令他预卜吉凶，自己也烧羊骨以符之。可见蒙古人对占卜的重视。

古代阿尔泰各族都把地和天并奉为最崇拜的神祇。《蒙鞑备录》说蒙古人“最敬天地”，《元朝秘史》中就常见到天地并提。早年铁木真在王罕、札木合协助下攻打蔑里乞人获胜，感谢他们道：“因罕父和札木合安答的协力伴同，因天（Tenggeri）地（Qajar）添气力，有威势的天神指示着，母亲地神（Eke etugen）导引着”，才灭绝了仇敌蔑里乞人（《秘史》第113节。又，第255节作otogen eke）。卡尔平尼记载说，蒙古人称其神为Itoga。马可波罗说，蒙古人有神名为Natigay （Nacigay），是保佑其子女牲畜的地神，甚受崇敬；他们各供奉一神于家中，用毡布制作神像及神妻神子之像，食时取肥肉涂神及神妻子之口。卡尔平尼的Itoqa和马可波罗的Natigay，当即上引《秘史》之EkeEtugen（一作Itugen，1362年之《忻都公碑》蒙文作utugen）的讹读或讹写。此字和 Tenggeri（天、天神）似乎同为古阿尔泰语，相应含有“地神”的意义，古突厥人的圣地于都斤山（突厥文碑作otuken或utugen）亦即此意。蒙古人加上eke（母，这里是加于神祇的尊称），称为“地母神”。蒙古语的udaghan（女萨满）可能就是由此演变来的。

天上的日、月，地上的山、川诸物，都是萨满教崇敬的对象。《秘史》中有Eke naran 一词，即“太阳母亲”（日神）；当人们向天祈祷时，要面朝着太阳。卡尔平尼记载说：“当天空出现新月，或月圆时，他们便着手去做他们愿意做的任何新事，因此他们称月亮为大皇帝（按：其实是神的意义，卡尔平尼此处有误解），并向它下跪祈祷。”这和《蒙鞑备录》所载“其择日行事则视月盈亏以为进止，月出之前、下弦之后皆其所忌，见新月必拜”，是完全吻合的。这种信仰在古代阿尔泰诸族中似很普遍，如匈奴人“举事而候星月，月盛壮则攻战，月亏则退兵”，突厥人“候月将满，辄为寇抄”；回鹘可汗徽号之“爱登里”（Ai Tengri），即“月神”之意。如同突厥人以于都斤山（今杭爱山）为圣地一样，蒙古人也尊崇其祖先始兴之地三河（鄂嫩河、克鲁伦河和土拉河）之源的不儿罕山（Burqan qaldun）。《元朝秘史》（第103节）记载，铁木真早年遭到三姓蔑里乞人袭击，躲进不儿罕山得以脱难。下山后他捶胸告天，感念不儿罕山救了他的性命，许愿要每早祭祀、每日祷告，让子子孙孙都要遵行，说着将腰带挂在项上，帽子挂在手上，捶着胸，向着太阳，下跪九遍，洒奠祷祝了。他和他的子孙无疑都遵守着这个誓言。据《元史》记载，宪宗二年（1252），始用中原礼乐祀天于日月山，由学士魏祥卿、徐世隆和燕京行尚书省郎中姚枢等率领东平路征召、训练的礼乐人五十多名赴漠北行宫，祭毕遣还；四年，宪宗又“会诸王于颗颗脑儿之西，乃祭天于日月山”；七年秋“驻跸于军脑儿，洒马乳祭天”。所举行的祭天仪式，当是“合祭昊天后土”，并以祖宗配享（见《元史·祭礼志·郊祀》）。“日月山”应是漠北时代大汗“郊祀”的地方，忽必烈迁都漠南后，就改在桓州西北望祭了。“日月山”显然是汉人给起的名称，今地何在颇难索考。从上引资料看，似应在颗颗脑儿之西或军脑儿附近。颗颗脑儿疑即《秘史》第89节 “不儿罕山前的古连勒古山内的桑沽儿小河的合剌只鲁之阔阔纳兀儿”。桑沽儿河即克鲁伦河上游支流僧格尔河；古连勒古山（《亲征录》作曲邻居山）即蒙元诸帝葬地起辇谷，也就是鄂嫩河和克鲁伦河之源不儿罕山（肯特山）之南派；军脑儿（Gunnaur，深湖）为克鲁伦河上游西著名的“撒里川”（Sa’ari Ke’er）中一湖，明人金幼孜《后北征录》载撒里川之地有元宫殿及祭坛遗址。据此则所谓“日月山”似即不儿罕山或其一部分（郊祀处）。无疑，不儿罕山是蒙古人萨满教信仰中极尊崇的神祇（地神？）。

火，在萨满教信仰中占有很重要地位。据卡尔平尼记述，蒙古人禁忌用刀子接触火，或在火旁用斧子砍东西，认为这样会使火遭到杀害；他们相信火能净化万事万物，因此使者或王公们到他们那里时，都被强迫携着带来的礼物从两堆火之间通过，以便加以净化（卢勃鲁克也有类似记载，并谓所有死者之物也都要用火来净化）。凡“遭雷与火者，尽弃其资畜而逃，必期年而后返”，以为神灵示儆。火还有表示家灶、家产的意义。成吉思汗给家族成员分封民户时，因其叔答里台斡赤斤曾追随王罕反对过自己，准备不给他分份子，博尔术、木华黎和失吉忽秃忽谏道：“这就像熄灭掉自家的炉火（O’er-un qal iyan），坏了自己的帐房一般。”

此外，阿尔泰民族中还有其他一些习俗和萨满教信仰有关，如婚姻、生育、疾病、丧葬、服色等。元朝统治者采用了中原的仪礼制度，但还保留了许多“国俗旧礼”，祭告用蒙古巫觋（萨满）。虽然一部分蒙古人（主要是社会上层）接受了佛教或景教，多数人民仍保持着原始的萨满教信仰和习俗。东北边远各族（女真、水达达、兀者、吉里迷等），也都信奉萨满教。