由于查上丁尼刚愎自用、暴躁易怒的性格，做了许多危害贵族和人民利益的事，使他自己四面树敌。而他身边的两位近臣斯蒂芬和塞奥多布斯更是为虎作伥、残忍贪婪，对于心怀不满的人一概采取无情的镇压态度，监牢里关满了各类“人犯”，其中也确有企图策划谋反的政治犯。曾经在征服亚美利亚战争中立下赫赫战功的莱昂提图斯也因“图谋不轨”的罪名，在狱中苦熬3 年。他对查士丁尼恨之入骨，发誓要寻机报复。
后来由于军事上的需要，查士丁尼二世释放了莱昂提图斯，并重新起用他。这对莱昂提图斯来说是复仇的好机会。公元695 年，他在希腊军区起兵，打出造反的大旗，民众纷纷响应，大军攻下君士坦丁堡，迫使查士丁尼二世宣布退位。
菜昂提图斯下令把倒台的皇帝押到竞技场，当着千千万万民众的面，割掉了他的鼻子。在公元7 世纪，施鼻刑是拜占廷常用刑罚，查士丁尼的父亲君士坦丁四世就曾割掉他两位企图夺权的弟弟的鼻子。在权力斗争中，被割掉鼻子是象征失败者的屈辱。然后，查士丁尼被发配到黑海北岸的克里米亚半岛上，关押在克尔松城。
但是，莱昂提图斯治理国家也不在行，他当了3 年皇帝之后就被军人推翻，而且同样被割掉了鼻子，打入修道院。这次登上王位的是提庇留二世。
流放在克尔松的查士丁尼由此又看见了希望。3 年来，他从没有承认自己的失败，内心充满复仇的火焰。他凶狠、残忍，同时也是个顽强的人，他开始策划逃离克尔松。
克尔松当局察觉到查士丁尼的骚动不安，决定把他送回君士坦丁堡关押，以防不测。可是他们行动晚了一步。查士丁尼在他们行动之前一天逃脱了。
他逃到卡扎尔汗的辖地，受到热情的接待。卡扎尔汗还将自己的妹妹许配给他。这位公主接受基督教洗礼后，查士丁尼仿效他的祖先查士丁尼一世，也将他的妻子改名为提奥多拉。
查士丁尼二世的出逃，引起提庇留二世的恐慌和忧虑，他派了特使去见卡扎尔汗，要求把查士丁尼押送回君士坦丁堡。