公元685 年，拜占廷帝国强有力的君主君士坦丁四世英年早逝，他的长子查士丁尼年仅16 岁就继承了这份庞大的家业，称为查士丁尼二世。
这个年轻人生性残忍、任性，权力欲很强，处处想模仿他的祖先查士丁尼一世，渴望继续开创大业。他有野心、有魄力，在他的统治下，帝国曾一度辉煌。但是，他的专横和任性最终却使他失去了民心，葬送了他祖先开创的延续了100 年之久的伊拉克略王朝。
查士丁尼二世继位之初，东方边境的形势很好，阿拉伯表示愿意交纳贡品，与拜占廷和平相处。这样，查士丁尼二世就可以把精力放在巴尔干半岛上。公元 688 年，他下令对斯拉夫人居住的地区发动大规模进攻，夺回了被斯拉夫人占领的萨洛尼卡，还迫使他们向拜占廷俯首称臣。然后，他又把斯拉夫人大批地向东边移民，让他们到小亚细亚一些被战争破坏的地区，恢复那里的生产，发展经济，巩固国防。
查士丁尼的移民政策不仅强加于斯拉夫人，同时也强加于居住在叙利亚边境的马尔代特人。
马尔代特人世代居住在大山里，对各处山隘险要了如指掌，作战勇敢，经常帮助拜占廷抵御入侵的阿拉伯人。当阿拉伯与拜占廷议和之后，查士丁尼二世便自作主张地将这些山民迁往内地和沿海，他还把一大批塞浦路斯居民迁到基齐库斯附近，建立新城。他将新城命名为查士丁尼城。这样一来，使得许多塞浦路斯城镇荒废，岛上的大批居民不愿离开故土家园，在迁徙中纷纷逃亡。
查士丁尼的移民政策虽然是出于国家利益的考虑，却给这些地区的人民造成巨大的灾难，这使他丧失了民心。当公元691 年与阿拉伯又发生战争时，尽管皇帝御驾亲征，仍一败涂地。斯拉夫军人集体叛变，投奔到阿拉伯方面，成为阿拉伯军队的重要力量。查士丁尼侥幸得以逃脱。
在宗教方面，他也采取了与罗马教皇对抗的政策，甚至下令派人到罗马城去拘捕教皇到君士但丁堡来受审。这一做法激怒了东方民族，罗马的民兵和拉温那的民众积极行动起来保护教皇。查士丁尼二世的特使无处藏身，跑到教皇宫中乞求饶命。