空印案。按照规定，每年各布政使司和各府、州、县都要派遣官吏到户部报告地方财务情况，户部审核清楚才算了结。户部的审核很严格，钱谷数字如稍有不合就得重新造册填报。重新造册不算困难，主要是账册上要有地方衙门的印信才行，而从中央到地方重新盖印往返要很长时间，因此地方官员习惯带些备用的空白文册，一旦遇到驳回的情况，只须重新填写而不必往返了。这种做法已经成为一种惯例，户部也很清楚，照例默认，没有人去追究。再说，这种文册盖的是骑缝印，也不能用作他图，没有什么危害。洪武十五年（1382），朱元璋发现这种情况，非常震怒，认为是故意欺骗他，下令将各地衙门长官主印的一律处死，佐贰官杖一百充军边地。很多人蒙冤受死，其中就包括方孝孺的父亲方克勤，他是当时人公认的好官。
郭桓案。洪武十八年（1385），御史余敏等人告发户部侍郎郭桓等人串通舞弊，吞盗官粮。朱元璋十分重视，将他们全部逮捕。礼部尚书赵瑁、刑部尚书王惠迪、兵部侍郎王志等人亦牵连在内。最后追赃粮700万石，郭桓等数百人被处死，各地布政使官员入狱被杀者又有数洪武刻本《御制大诰》万人。追赃牵连到全国各地的地主，因此破产者不计其数。
不难发现，朱元璋所处置的大多数都是官吏，而对小民则很信任，甚至亲自接见粮长，被赏识的马上授予官职。这又体现出了朱元璋自身的小农情结。
从洪武十八年（1385）开始，朱元璋亲自制定、颁布《大诰》、《大诰续编》、《大诰三编》和《大诰武臣》，其内容主要是惩治贪官污吏、地方豪强以及侵扰百姓等问题。四编大诰共236条，其中惩治贪官污吏的竟达150条之多，而且极其严厉，共罗列有凌迟、枭首太祖谥册、夷族等惩罚，其严酷程度超过了历史上任何一个封建王朝。由于朱元璋采取的一系列惩贪倡廉的有力措施，明初的吏治改变了元末"赂遗权要"、"蠹政厉民"的腐败风气，日趋清明。他实行"以猛治国"的政策，虽然杀戮过重，但确实整饬了吏治，同时强化了中央集权，从而为明朝前期的繁荣铺平了道路。