明朝自洪武时起便存在着来自北方蒙古诸部的威胁。蒙古贵族的侵扰，几乎与明朝相始终。明初，主要是对北元的征讨，明中期以后，由于国力衰退，军备废弛，明朝廷处于全面防御态势。与此同时，在北方，明廷还建立了一整套防御体系，并以封王、通贡、互市等手段，牵制蒙古诸部。
北征蒙古
建文三年（1401），鬼力赤杀坤帖木儿自称可汗，废北元国号，称鞑靼，蒙古分裂为三部分。永乐初，蒙古三部不断发生战争，尤以鞑靼为盛。永乐元年（1403），阿鲁台杀鬼力赤，与本雅失里称雄鞑靼。永乐六年、七年成祖连续派人去鞑靼，但本雅失里无意通好，并杀了使臣郭骥。七年七月，成祖命淇国公丘福为大将军，率精骑十万北征鞑靼。由于丘福孤军轻进，明军在胪朐河（今克鲁伦河）遭到鞑靼骑兵的包围袭击，丘福及诸将被执遇害，“一军皆没”。永乐八年二月，成祖亲率五十万众出塞北征。明军大败本雅失里于斡难河（今鄂嫩河）上，“本雅失里弃辎重孳畜，以七骑遁”。明军旋回师东击阿鲁台部于飞云壑（今内蒙古锡林郭勒盟东部），阿鲁台部大败，于是年冬遣使贡马，表示内附。之后，成祖又于永乐十四年（1416）、二十年、二十一年、二十二年进行了四次亲征，除十四年是打击瓦刺势力以外，其余皆是征讨鞑靼部。
明朝前期对蒙古的北征，虽然未能达到统一漠北的目的，但对巩固明朝统治、稳定北部边疆有一定积极意义。明兵攻下大都后，各地还有割据势力的存在。面对这种割据势力，朱元璋建国后的首要任务，就是要完成全国的统一事业。洪武年间延续二十年之久对蒙古的征伐，可以说正是朱元璋为了消除北元对明朝统治的威胁，实现这一事业的重要内容。到永乐年间，形势已有很大变化。由于明军的一再打击，由于明朝政府的怀柔政策，对来降的蒙古贵族、官员和头领，分别封以官职；对其首领封王，如永乐七年（1409），成祖封瓦刺部的三个首领马哈木为顺宁王、太平为贤义王、把秃孛罗为安乐王。永乐十一年（1413）又封鞑靼部首领阿鲁台为和宁王。与此同时，由于蒙古内部的分裂、纷争，其力量已大大下降，对明朝所造成的威胁程度也已大大降低。但成祖为了实现他做“天下共主”的雄心，多次大规模亲征，其目的就是使蒙古臣服。这种大规模用兵，固然有其利益所在，却又不可避免地带来一些问题，战争不仅割裂了蒙古与内地的联系，影响了双方经济的发展，而且由于连年征战，征需频繁，民力凋敝，也使明朝的财力因之“大窘”。这从某种程度上而言，成祖的北征，不免失策。
北疆的防御
明朝边防的重点是对付北方蒙古势力的威胁。从洪武初年开始，太祖就着力经营北方，派重臣加以镇守，以致“重兵之镇，惟在北边”。但当时明朝的国都在南京，太祖对远离京师的北方，又放心不下，于是就“酌周、汉，启诸王之封”，实行分封诸王的宗藩制度。从洪武三年（1370）开始，太祖陆续将他的二十四个儿子和一个从孙分封在全国各地。洪武三年四月，首封秦、晋、燕、吴、楚等十王。十一年（1378）秦王就藩西安，晋王就藩太原。十三年燕王“之国北平”。以后随着诸王年龄的增长，纷纷就藩各地，分列在各个军事重地。
从当时全国的军事形势来看，边防的重点是蒙古势力，因此太祖沿长城内外，择其险要地区分封了九王：北平的燕王、大宁的宁王、广宁的辽王、宣府的谷王、大同的代王、太原的晋王、宁夏的庆王、西安的秦王、甘州的肃王。“此九王者，皆塞王也，莫不傅险?、控要害，佐以元侯宿将，权崇制命，势匹抚军，肃清沙漠，垒帐相望”，在长城沿线形成一道严密的军事边墙。而在各王的辖区，即成为明军北上的重要基地。以诸王守边，有利于加强北部边防，捍御蒙古的南下，同时，“建藩屏，上卫国家，下安生民”，也有利于明朝的久安长治。然而，到永乐时，这种诸王守边的局面因为成祖的削藩而遭到破坏。永乐年间，成祖还有足够的能力和才智数征漠北，但仁、宣以后诸帝，从各方面而言，都逊于太祖和成祖，因此除了宣德三年（1428）宣宗曾虚张声势巡边一次外，都不敢轻易巡边。尤其是中期以后，随着明朝国力的衰微，北部边防更是陷于全面防御和退缩。尽管如此。明朝对北部边防并不敢掉以轻心。
成祖以藩王即帝位后，首先把拥兵镇抚北方边境的藩王内迁。建文四年（1402）把驻宣府的谷王徙往湖广长沙。永乐元年（1403），徙宁王于江西南昌。另外，又削弱代王、辽王等藩王的军事力量，减其护卫。这样，从总体上看，削藩有利于皇权的巩固。但另一方面，却造成北部边防的空虚。如洪武时，曾在长城以北设大宁卫、开平卫和东胜卫（今内蒙古托克托）等，使辽东和宣府、大同互相沟通。永乐元年后，由于藩王及卫所内徙，“自是，辽东与宣、大声援阻绝，又以东胜孤远难守，调左卫于永平，右卫于遵化，而墟其地”。与此同时，出于对蒙古用兵的需要，成祖又将靖难有功的将领派往边塞要地，直接统率节制军队。因此《明史》亦言：“帝（成祖）于边备甚谨。自宣府迤西迄山西，缘边皆峻垣深濠，烽堠相接。”到弘治时，在东起鸭绿江，西抵嘉峪关，绵亘万里的长城沿线，逐渐形成了九个军事重镇；辽东、宣府、大同、延绥、宁夏、甘肃、蓟州、太原、固原，号称“九边”。并且每镇设巡抚都御史一人，总兵官一人，根据需要下设副总兵、参将、游击、守备等，分守辖区诸要地。
除此之外，从洪武时起，明朝还在边地设置都司和行都司，如万全都司、辽东都司、陕西都司、陕西行都司、山西行都司等，隶属于五军都督府，下设卫所。这些都司和行都司与内地其他都司不同，它们除了具有军事性质外，还兼理民政，负责屯田、征收赋税等事宜，以加强对边地的管辖。另在蒙古的兀良哈部，洪武二十二年（1389）设立朵颜、福余、泰宁三卫。在西北地区，也设置哈密卫、安定卫、沙州卫等。这些卫所皆为羁縻卫所，使在东北与西北构成两道屏障，以扞蔽蒙古的进犯和骚扰。
总之，永乐迁都以后，“明朝以北京为中心，以九镇为重要军防点，以卫所等为网络，以长城为屏障和阵地，形成北部的严密防线”。
瓦剌的兴起
正统年间，北方蒙古族的瓦剌部崛起。宣宗时，蒙古诸部战争频仍。宣德九年（1434），顺宁王马哈木之子脱欢袭杀鞑靼部的阿鲁台，“悉收其部”。正统初，脱欢又杀瓦剌部的“贤义、安乐两王，尽有其众”。于是蒙古的瓦剌、鞑靼各部皆归脱欢统率。脱欢“欲自称可汗，众不可，乃共立脱脱不花”，脱欢自为丞相。正统四年（1439）脱欢死，子也先嗣位，称太师淮王，瓦剌军政大权均由也先执掌，不听脱脱不花号令，脱脱不花与也先各自遣使来明朝贡，明朝也都予以接纳，分别赏赐。也先在遣使向明朝贡的同时，逐渐扩张其势力。正统十年（1445）也先进攻哈密卫，次年攻入兀良哈三卫，瓦剌的势力自哈密向辽东发展，日益形成对明朝的威胁。当时许多官吏都认识到这一问题，力主警惕戒备，但当时王振擅权，也先阴与王振结纳，王振对北部边防不作任何战备措施，甚至还不断指使其亲信大同镇守太监郭敬“递年多造钢铁箭头，用瓮盛之以遗瓦剌使臣也，也先每岁以良马等物赂振及敬以报之”。
正统十四年（1449）十月，也先借口贡马减其值而分兵四路大举进犯，其主力由知院阿剌和也先率领，分攻宣府、大同，“塞上诸城堡多陷没”。大同参将吴浩战死。
大同败报传到北京，英宗在王振的鼓惑和挟持下，决意亲征。命太监金英辅佐弟弟郕王朱祁钰留守北京，兵部侍郎于谦留京代理部务。英国公张辅、成国公朱勇、兵部尚书邝埜、户部尚书王佐、内阁学士曹鼐和张益等扈驾从征。随征的文武臣僚虽有数百人，但却不让他们参预军政事务，一切行动皆由王振专断。如此大规模的军事行动，既没有认真的战前准备，又没有周密的军事部署，诏下两日，英宗统率的五十万大军便匆匆出发了。大军“未至大同，兵士已乏粮，僵尸满路。寇亦佯避，诱师深入”。王振不管实际情况，盲目催促进军。
八月初一日，明军进到大同，王振又欲进兵北行，兵部尚书邝埜、户部尚书王佐见形势不利，力请回师，王振不听，仍坚持北进。会前军败报踵至，“西宁侯朱瑛、武进伯朱冕出御，全军皆覆没”，同时郭敬也密告王振，如果继续北进，“正中虏计，振始惧”。八月三日，匆匆下令班师。初十日，明军退至宣府，瓦刺大军追袭而来。十三日英宗率军到达离怀来城仅二十里的土木堡（今怀来县西南）。随从的文武官员主张“入保怀来”，而王振却以“辎重千余辆尚在后未至”，主张留待。瓦刺大军紧紧围困土木堡，明军无法移动。十五日，瓦刺军四面围攻，“兵士争先奔逸，势不能止，铁骑蹂阵而入，奋长刀以砍大军”，明军全线大溃。混战中，英宗被俘，英国公张辅、兵部尚书邝埜、户部尚书王佐、内阁学士曹鼐和张益等“数百人皆死”，王振则被护卫将军樊忠以棰捶死。明朝五十万大军，死伤过半。土木堡之战，明军仓促出师，京军精锐毁于一旦，勇将重臣多人战死。明朝“遭遇到建国以来所未曾有的严重危机”。
土木堡丧师，英宗被俘，朝廷震动，一片混乱。皇太后命郕王朱祁钰监国，召集群臣商议战守之策，“群臣聚哭于朝”，不知所为。翰林侍讲徐珵（后改名徐有贞）主张南迁逃跑，遭到兵部侍郎于谦的反对，主张坚决抗御。朱祁钰以太后命升于谦为兵部尚书，刷新内政，加强战备。
是年九月，郕王正式登皇帝位（景泰帝），明朝更显稳定。同时，于谦又选派得力将领，增补关隘，加派援军，下令调集河南、山东、南京等地军队入卫，部署京城九门守军及城外防务等。十月初，瓦剌军又大举进犯。也先率主力骑兵三万掠大同，直冲紫荆关，知院阿剌率二万骑突入古北口。十月九日，也先破紫荆关，阿剌等军从赤城南下，两路向北京合围。于谦“身先士卒，躬擐甲胄”，出德胜门亲自督战，特令“临阵，将不顾军先退者，斩其将。军不顾将先退者，后队斩前队”，于是“人人感奋，勇气百倍”。
十一日，瓦剌军列阵西直门外，也先的本营设在土城。当夜，明军进击瓦剌军先锋于彰义门，杀敌数百人。次日，明军在各门外略有斩获。十三日，瓦剌军与明军战于德胜门外。于谦令大将石亨“设伏空舍，遣数骑诱敌。敌以万骑来薄，副总兵范广发火器，伏起齐击之，也先弟孛罗、平章卯那孩中炮死”，明军奋勇砍杀，“亨挺刀单马进，独杀数十人”，瓦剌军大败，只好退兵营守。相持五日，瓦剌军“战又不利”，又怕四方勤王兵至，断其后路，遂挟持英宗北撤，退出紫荆关，京师解严。景泰元年（1450）八月，也先送还英宗，恢复与明朝的互市贸易，依旧例派遣贡使。
鞑靼的复兴
土木之变后不久，蒙古瓦剌部内部发生矛盾。景泰二年（1453）春，也先追杀脱脱不花，四年自立为可汗。六年（1455），也先又被阿剌知院杀死，致使内部分裂，瓦剌部势力逐渐衰落。鞑靼部却从此强盛起来。当时鞑靼各部以孛来最强。成化元年（1465），孛来与小王子、毛里孩等先后进入河套地区，驻扎下来。成化六年（1470），癿加思兰、孛罗忽、满都鲁等部也入据河套，河套成为其骚扰内地的一个主要基地，当时被称之为“套寇”。明廷虽派兵对其进行打击，但“去辄复来，迄成化末无宁岁”。弘治年间，鞑靼部的达延汗（明朝称之为小王子）统一了蒙古各部，势力大增，“渐往来河套，出没为寇”。正德末年，达延汗死后，蒙古各部又一度分崩离析，但到嘉靖中期达延汗的孙子俺答汗时，势力又兴盛起来，不断率其部众骚扰延绥诸边。嘉靖二十五年（1546），三边总督曾铣上疏请复河套，加强北方防务，这个建议得到首辅夏言的支持，但严嵩为了扳倒夏言，他把计划收复河套的曾铣说成是“以好大喜功之心，而为穷兵黩武之举”，借此杀了曾铣和夏言。从此，明朝廷内再无一人敢言收复河套事，俺答入犯的次数越来越频繁，规模也越来越大。
嘉靖二十九年（1550）六月，俺答再次举兵大举南下，攻掠大同，明军一触即溃，总兵张达和副总兵林椿皆战死。八月，俺答移兵东去，由蓟镇从间道攻古北口入犯，长驱直入，掠怀柔，围顺义，到通州，直抵北京城下，“大掠村落居民，焚烧庐舍，火日夜不绝”，京师大震。兵部尚书丁汝夔急忙部署防守京城事宜，然而当点阅京军册籍时，发现“是时册籍皆虚数，禁军仅四五万，老弱半之，又半役内外提督大臣家不归伍，在伍者亦涕泣不敢前”，于是只得急调宣府、大同、辽阳、蓟州诸镇兵入辕，“大同总兵咸宁侯仇鸾、巡抚保定都御史杨守谦等，各以勤王兵至”。当时明朝集合了五万援军，但却未及储备粮秣，以致军粮缺乏，当援军会集京畿时，“制下犒师，牛酒诸费皆不知所出。户部文移往复越二三日，军士始得数饼”。仇鸾虽率大同兵二万入京，世宗又以他为平虏大将军，统率各地援军，但却不敢出战。兵部尚书丁汝夔也“恇扰不知所为”，束手无策，只好闭门坚守，城外任俺答部焚掠。当政的严嵩认为俺答是抢食贼，不足患，“饱将自去”，暗示将官“惟坚壁为上策”，世宗也准备以“皮币珠玉”去向俺答求和。这样，明廷任凭俺答的军队在城外肆意掳掠达八日之久，最后俺答仍由古北口故道退去。因为这年是庚戌年，故史称“庚戌之变”，明朝又经过一场惊恐，度过一次危机。
俺答退兵后，于这年十二月遣使到宣府、大同，请求通贡，次年三月又遣使至宣府求通贡市。世宗准许先在大同开设马市，后宣府、延绥、宁夏诸镇也准许开市，每年两次。但一年之后，嘉靖三十一年（1552）初，俺答部又在大同边境骚扰，于是世宗下诏停罢马市，以致边境战事又起，明朝京师多次戒严。如嘉靖三十三年秋天，俺答部“攻蓟镇墙，百道并进，警报日数十至，京师戒严”。四十二年冬，大掠顺义、三河，京师戒严。
直到隆庆初年，形势才有所好转。随着明朝改革活动的展开，对九边的建设日益重视，边防因之得到加强。另一方面，蒙古贵族的入犯明朝，又往往遇到坚决抵抗，损伤颇多，再加上蒙古草原在经济上对内地的依赖关系增强，农牧业生产的发展和蒙汉人生活的需要，都更加迫切要求互市贸易，以换取布帛粮米和生产工具。在这种情况下，遂出现了“俺答封贡”。
隆庆四年（1570），鞑靼内部再次发生矛盾，俺答汗与其孙把汉那吉因争夺“三娘子”为妻而翻脸。三娘子原为把汉那吉之妻，俺答见其貌美，夺为己妻。把汉那吉恚恨，遂于是年十月率妻子等十余人降明。大同巡抚方逢时接受其投降，并报告宣大总督王崇古。他们共同上疏极力主张乘此机会优待把汉那吉，“因与互市”，采取安抚政策。王崇古的建议在明朝大臣中意见很不一致，“朝议纷纷”，但是得到了内阁大学士高拱和张居正的支持，王崇古的主张遂获批准，诏授把汉那吉为指挥使，赐绯衣一袭。时俺答势孤，又看到把那汉吉受到明朝的优待，于是遣使向明朝请开互市。
隆庆五年（1571）二月，王崇古上《确议封贡事宜疏》，提出了具体处理封贡、互市事宜的八条建议。“封贡互市”主张提出后，“朝议复哗”，张居正毫不犹豫，仍全力支持王崇古的主张，明确指出封贡通市有互利，在他的坚持下，封贡互市的主张“才获通过”。于是，明朝封俺答汗为顺义王，其余蒙古诸首领也被封为都督同知、指挥同知、千户、百户等职。又根据王崇古的建议，恢复贡市，蒙古与内地经济交往得以正常往来。从此，四五十年以来不断南犯的俺答，“事朝廷唯谨。部下卒有掠夺边氓者，必罚治之”。
万历十年（1582）俺答死，由其子黄台吉袭封顺义王。万历十四年黄台吉死，其子撦力克袭封。俺答妻三娘子，在俺答祖孙三世中，“主兵柄，为中国守边保塞，众畏服之”，明朝政府封他为“忠顺夫人”。在“俺答封贡”到三娘子掌权的数十年间，明朝与蒙古一直保持着和平友好关系。
明朝从建国以来，就不断受到蒙古的骚扰，延续了二百余年。明政府虽把对付蒙古势力作为边防的重点，采取了种种措施，但无论是进取，还是防御，却都一直未能消除明朝北方的祸患。然而，俺答封贡后，北部边疆各民族却友好相处，“边境休息，东起延、永，西抵嘉峪七镇，数千里军民乐业，不用兵革，岁省费什七”。明朝北方形势的安定和这种和平友好关系的建立，有利于社会经济的发展。清人魏源曾对此作过较为公允的评论：“高拱、张居正、王崇古，张弛驾驭，因势推移，不独明塞息五十年之烽燧，且为本朝开二百年之太平。仁人利溥，民到今受其赐”，论述极为深刻。