都城的建置
朱元璋即位后，有一事令他颇费斟酌，而且在他脑际萦绕二十多年，仍放心不下，这就是都城的确立问题。
朱元璋略地定远后，根据儒士冯国用的建议，至正十六年（1356）进据了古都金陵，之后他从金陵挥师四向，统一南北，然而对定都于此却并不满意。洪武元年（1368）八月，朱元璋决定仿古代两京之制，以金陵为南京，汴梁（开封）为北京。在攻下元大都当月，他还巡视了汴梁，只因中原的凋敝给了他深刻的印象，故没有营建北京宫阙之命。
洪武二年九月，建都问题再次提了出来。当时朝中大臣，有的主张定都关中，有的建议设在洛阳，有的提出以汴梁为都，有人认为就元大都的宫殿之便建都为好。朱元璋出于当时经济的考虑，认为长安、洛阳、汴梁都不宜建为都城。大都是元代都城，但作为新皇朝的首都，宫殿还需要重新修建，也不容易。反复思量，朱元璋乃以其家乡临濠前江后淮，有险可依，又有漕运之便为由定为中都，随后开始了宫阙城池的营建。到洪武八年（1375）四月，正当中都规模已具时，朱元璋亲自巡幸了中都，可由于种种原因，又下诏停止了。洪武十一年（1378）正月，朱元璋终于下诏改南京为京师，正式确定为国家的首都。然而南京作为京师的地位并不稳固，洪武二十四年（1391），朱元璋派太子朱标巡视了西安、洛阳，有迁都之意，可所有的一切都因太子不久病死，朱元璋又已年迈而搁置下来。
用兵漠北
朱元璋一再徘徊，考虑迁都，究其原因是出于巩固统治的需要。元顺帝北走大漠后，仍保有强大的军事势力，随时有重卷中原之举，这正是朱元璋最为忧虑的事。为了进一步统一蒙古地区，他也多次对蒙古用兵。洪武三年（1370）正月，朱元璋命令大将军徐达从潼关出西安，捣定西，以取王保保，左副将军李文忠出居庸，入沙漠追击元主。这一次用兵，取得了较大胜利，迫使北元再次北撤，而明朝的北部防御也得到稳定。之后在洪武五年、二十年、二十一年、二十三年又进一步用兵，其中二十一年，大将蓝玉追击到捕鱼儿海，元主脱古思帖木儿仅以身免，逃往和林。此役使蒙古受到震撼，北元再也无力与明朝对抗了。
朱元璋在对蒙古用兵的同时，竭力争取蒙古各部的归附，对蒙古上层人物根据不同情况授以官职，对一般留居中原或因避乱南迁的蒙古人，也鼓励他们和当地汉人及其他各族人民，和睦相处。洪武二十年（1387）纳哈出以二十万之众投降明朝，不能不说与朱元璋采取的民族政策有一定的关系。
分封诸王
朱元璋远在南京，仍屡屡挂念北部边防。北部边防的重要使他觉着仅靠他本人往来巡狩，或派出征大将仍是不够，倘若元勋重臣坐镇北方，他更放心不下，必须派可靠的人去镇守，于是朱元璋决定采用分封诸王的制度。洪武三年四月，朱元璋把他二子到十子封为亲王，十一年（1378）和二十四年（1391）又两次分封，把他的二十四个儿子和一个从孙分封在全国各军事重地，想要他们来“夹辅王室”。
洪武十一年（1378），秦王就藩西安，晋王就藩太原。十三年以后，随着诸王年龄的增长，纷纷就藩各地。从当时全国形势来看，有权力的诸王仍镇戍在北方沿长城一线的重镇。如西安的秦王、太原的晋王、大同的代王、宣府的谷王、大宁的宁王等。诸王在其封地建立王府，设置官属。亲王的冕服车旗仅下皇帝一等，公侯大臣见亲王都要俯首拜谒，不得钧礼。虽说各亲王“惟列爵而不临民，分藩而不锡土”，但他们的地位极高极贵。诸王有统兵和指授军事的权力，每王府设亲王护卫指挥使司，有三护卫，护卫甲士少者三千人，多的到一万九千人，遇有突发事件，封地里的卫所镇兵，在接到盖有皇帝御宝文书的同时，还必须有藩王的令旨，才能调动。赋予亲王如此大的权力，虽然起到屏藩王室、翼卫朝廷的作用，但也为后来的藩王作乱，埋伏了危机。
对周边地区和国家的政策
朱元璋对周边其他地区，也采取了不同方式加以管理。在西北设置诸卫所，在东北派驻官员去招谕，在西藏通过宗教关系，在西南仍承袭元代的土司制度，对这些地区采用朝贡、赏赐、茶马市贸易的方式，加强与这些地区的交流，收效十分明显。
然而，当朱元璋宣布明朝建立后，与民族问题并行的一个既现实而又传统的问题，也同样出现在朱元璋面前。长期受儒学思想的影响，中国历代皇帝都把做天下共主当作自己的最高理想，而“四夷宾服，万国来朝”也往往被作为真命天子的标志。
洪武初年，对于朱元璋来说，尤其渴望争取万国来朝以树立其真命天子的形象。新朝鼎建，毕竟还有人不肯接受改朝换代的事实，尤其是一些文人，这怎能不让他忧虑？或许真命天子的威望能让这些人改变不与他合作的想法。因此，在他初登大宝之初，就开始了他的外交攻势。
但朱元璋鉴于元朝的失败教训，一反使用武力、对外扩张的做法。洪武四年（1371）九月，朱元璋曾跟他的大臣们说：“海外蛮夷之国，有为患于中国者，不可不讨；不为中国患者，不可辄自兴兵。”以后他在《皇明祖训》中又向他的子孙提出告诫说：“四方诸夷，皆限山隔海，僻在一隅，得其地不足以供给，得其民不足以使令。”他认为武力征伐，伤财劳民，得不偿失。所以他将朝鲜、日本、安南、真腊、暹罗、占城、苏门答腊、爪哇、湓亨、白花、三佛齐、渤泥等国列为不征之国，与这些国家保持友好关系。双方的来往多是通过朝贡的形式，朱元璋厚往薄来，目的是让这些国家看到天朝大国的富有，体察到天子的博大胸怀，以图“四夷怀服”。
这种外交政策，却并非都行得通，在日本问题上，他就遇到了麻烦。洪武二年（1369），朱元璋派行人杨载出使日本。次年又派莱州府同知赵秩去日本，进一步解释明朝的对外政策，表示愿意继承历史上的友好传统，消除日本国王的疑虑。赵秩圆满完成了使命，日本即派使者来中国。然而双方的友好交往却由于倭寇的问题受到影响。明初，在绵长的海岸线上时有倭寇的骚扰，见于史籍记载的也很多。如洪武二年正月，“倭寇山东滨海郡县，掠民男女而去”；四月“倭寇苏州、崇明等地”；八月“倭入寇淮安”；三年六月“倭入寇山东，转掠温州、台州、明州等地，又寇福建沿海郡县”。以后倭寇仍频频入侵。这种情形使朱元璋的以解决倭寇为中心的对日外交开始陷入困境，明朝和日本的关系有所疏远。洪武四年（1371）朱元璋宣布：“禁濒海民不得私出海”，采用了禁海政策。洪武十四年（1381）胡惟庸“通倭”罪名确立后，朱元璋“怒日本特甚，决意绝之，专以防海为务”。又正式宣布：“禁濒海民私通海外诸国”。二十七年（1394）又进一步申令“禁民间用番香、番货。……敢有私下诸番互市者，必寘之重法”。到三十年（1397）还再次申明“人民无得擅出海与外国互市”。完全采取禁海政策，这一封闭政策对明初体制、经济都影响不小。洪武年间，朱元璋迟迟没有作出迁都之举，其中一个重要原因也是考虑到东南的海防。由于倭寇在东南沿海的侵扰，朱元璋以后几代皇帝也沿袭这一政策，直到明朝中后期，随着倭寇问题的解决，才逐渐打破这一封闭政策。
洪武年间，朱元璋试图做天下共主的目的，或许并没有完全达到，但在一定程度上却赢得了良好的周边环境，使他有充裕的精力投入到恢复经济、发展生产的事业中去。