中国的封建文化以儒学为主体，儒学则以经学为核心。经学是包括哲学、史学和社会政治学说的综合的学术，主要是依据对儒家经典的疏解和发挥。汉代以来的经学，至唐孔颖达撰《五经正义》作了总结。唐以前的经学，统称为“汉学”。宋儒吸收佛、道思想，使经学哲学化，以义理论证伦常，以适应宋王朝巩固集权统治的需要，形成与汉学不同的宋学。宋学的主体，是程（程颐、程颢）朱（朱熹）的理学。
明代理学和哲学的发展，大体经历了三个阶段：（一）明初诸帝，继续提倡理学，作为官方学术和王朝的统治思想。（二）明弘治、正德年间，王阳明远承宋儒陆九渊的心学，倡导“心外无理”的心学，又称“王学”，一度广为流行。从广义上说，心学也是理学。（三）明万历以后，商品经济发展，朱学和王学都不再能控制社会人心。反理学的各种学说陆续兴起。明朝亡国，士人痛诋理学或心学的空疏误国，另辟治学的新径，独立探求哲理，一时诸说并立，名家辈出，思想界再次形成“百家争鸣”。
清代理学与经学的发展，也大体经历了三个阶段：（一）清朝代明，建立起幅员广阔的统一的大国。清初至康熙、雍正诸帝再次提倡程朱理学，作为巩固集权统治的思想武器。在学术领域，程朱理学也再次作为官方学术而占居统治地位，但理学家陈陈相因，殊少新创。（二）乾隆时期，古文经学派的汉学，风靡一时。汉学中的吴派以辨伪辑佚等方法，整理考订经文，不谈义理。皖派以音韵文字训诂之学，疏解经义，至戴震从义理上反驳程朱而达到了高峰。（三）嘉庆时期，沉没千余年的今文经学再次兴起。春秋公羊学代替濒临绝境的汉学蔚为新兴的学术，也为改制变法思想的形成开辟了道路。
（一）理学的演变与反理学思想的兴起
一、明初对理学的提倡
朱元璋在起义过程中，即信用浙东儒生，参与谋议。在称帝的前一年，于宫室两庑书写宋儒真德秀的《大学衍义》，以备“朝夕观览”（《明史纪事本末》卷十四）。去曲阜祭孔庙，赞扬“仲尼之道，广大悠久，与天地相并”，并表示他的行政，即在于“明教化，以行先圣之道”（《明太祖实录》卷二十六）。于洪武十七年（一三八五年）规定，乡会试四书义以朱熹集注，经义以程颐、朱熹等注解为准，程朱之学由是成为官方学术。
明成祖锐意提倡程朱理学，命胡广等采摘宋儒一百二十家著作，编成《性理大全》，阐扬理学观点。又命纂辑《四书大全》、《五经大全》，为士人应科举者必读之书。《明史·儒林传序》说：“明初诸儒，皆朱子门人之支流余裔，师承有自，矩矱秩然。”开国文臣宋濂师承理学，国初文事，多由他策划。理学家为巩固明朝的统治，力倡个人修养，躬行实践。宋濂弟子方孝孺在靖难之变中追随建文帝，明成祖以灭十族相威胁，他终不改节。曹端（一三七六——一四三四年），专心性理，以静存为要，父母丧，五味不入口，庐墓六年。历任霍州、蒲州学正，清廉自矢，死后贫不能归葬。仿《太极图说》著作《川月交映图》，又为宋儒《太极图说》、《通书》、《两铭》作释文，但学术上并无创见。薛瑄（一三九九——一四六四年），终生研读性理诸书，撰《读书录》，认为理学已很完备，在识见上已不能有发见，只是照着要求去做就可以了。擅权的宦官王振，与他同乡，提升他为大理寺少卿，他拒不拜谢。王振侄王山陷人以罪，薛氏为受害者改正，自身险遭杀身之祸。当时人尊称为“薛夫子”。隆庆六年（一五七二年）被奉入孔庙从祀。
吴与弼（一三九一——一四六九年），江西崇仁人，青年时代读洛闽诸书，几年不下楼，中年家贫，亲自种田，“非其义，一介不取”（《明史》卷二八二）。英宗复辟以用贤征召，至京，坚不出仕。著作《日录》，“至于学之之道，大要在涵养性情，而以克己安贫为实地”（黄宗羲《明儒学案·师说》）。但他为天顺初年当权的石亨家谱作跋，自称为“门下士”，不免趋附权势之讥，后人多有非议，是自然的。
胡居仁（一四三四——一四八四年），撰著《居业录》，学业上主张以忠信为先，行为上持敬，所以读书处取名“敬斋”。他认为学习是为了提高自己，不是为取功名求闻达。“与人语，终日不及利禄”（《明史》卷二八二）。他与陈献章都是吴与弼的弟子，但认为陈的学术观点近于禅悟，将危害学术。他的学生余祐，著作《性论》三卷，教人学程朱，一定从诚敬入手，学者只有去掉不诚不敬，才能成为完人。
陈献章（一四二八——一五二○年），广东新会人，乡居白沙里，人称白沙先生。万历初从祀太庙，追谥文恭。青年时代发愤读书，觉得无所得，于是舍博求约，静坐深思，从而懂得自然、人事的道理，处理事物，随心所欲，对圣贤之学，理出头绪。此后，他把静坐的功夫教给学生。有人批评他是佛学的参禅悟道，他辩解说，这是形似，而实质不同。但究竟不同于何处，并没有说出来。他受了佛家禅定的影响，学术上强调“此心此理”，认为人兽的区别就在于此。他说人们终身追求的就是理，这理“干涉至大，无内外，无终始，无一处不到，无一息不运会。”一但懂得理，“则天地我立，万化我出，而宇宙在我矣”（《明儒学案·白沙学案》）。他笃信理学的“存天理，灭人欲”之说，认为大道不行，是“七情交织，人欲横流”造成的，如果不明道理，即使能普济群生，一匡天下，也是凭一己私意而行，不能成正果，归根结蒂是要存天理，灭情欲。陈献章的“万化我出”，“宇宙在我”等说法，表明他不同于朱熹的客观唯心论，而接近于主观唯心论。他在《道学传序》中讲：“学者不但求之书，而求之吾心”（同上）。程朱理学基本上是属于客观唯心论，明初理学家也是如此。陈献章从主观唯心论立说，别开新径。所以黄宗羲说：“有明之学，至白沙始入精微”（同上）。他的学说经由弟子张诩、林光、湛若水等得到传扬。
娄谅（一四二二——一四九一年），也曾从吴与弼受学，著《日录》、《三礼订讹》各四十卷。他讲理学的“敬”，“以收放心为居敬之门，以何思何虑，勿忘勿助为居敬要旨”（《明儒学案·崇仁学案二》）。
陈献章弟子张诩（一四五五——一五一四年），为其师辑成《白沙先生遗言纂要》。他信奉濂洛家言，认为“足以羽翼乎经书，而启万世之蒙”（《白沙先生遗言纂要序》）。成化时中进士，辞不出仕。他的学术特点是“以自然为宗，以忘己为大，以亡欲为至”（《明儒学案·白沙学案二》）。李承箕（一四五二——一五○五年）考中举人，不仕。从陈献章学，献章对他所谈甚广，惟不及治学之道，要他自己悟出方法。他的学术观点崇尚自然，以忘己为大端，以无欲为至高境界。湛若水（一四六六——一五六○年），号甘泉，历官翰林院编修、南京国子监祭酒、南京吏礼兵三部尚书，著有《心性图说》、《格物通》。认为认识天理，有个由敬获得涵养，进而懂得天理的过程，要自始至终主敬，为人存敬，就会戒慎恐惧，欲望变少，使得心性不被蔽塞，这就萌发了天理。如果对任何事情都达到这样功夫，即有了涵养，就懂得存天理了。他说的天理，具体化就是仁义礼智。他认为在“上下四方之宇，古往今来之宙”的宇宙间，人的心性原是一个事物，因为敬的诱发，恻隐羞恶辞让是非之情产生了，于是有了仁、义、礼、智，发展而为天地间的万事万物。
明初思想界为朱学所控制，人们对于朱熹亦步亦趋，“非朱氏之言不学”（何乔远《名山藏·儒林记》），吴与弼以后形成崇仁学派，影响较大，后又分出陈献章的白沙学派。明代共有四个儒者被奉入孔庙，其中有崇仁门徒胡居敬、陈献章二人，占了一半。当此派兴盛之际，王阳明创为心学，风靡一时。
二、王阳明的心学及其流派
王阳明名守仁（一四七二——一五二八年），浙江余姚人，读书于绍兴会稽山阳明洞，世人称“阳明先生”。弘治时进士，历官南赣巡抚、南京兵部尚书、左都御史，镇压江西南部农民起义，推行保甲制，平定宁王宸濠的叛乱，受封为新建伯，谥文成，从祀孔庙。王氏从政之余，读书不辍，曾师事娄谅，泛览儒、释、道三家。他面对社会的动荡不安，深感消灭盗贼易，清除人民反抗思想则很困难。他以为当时读书人沉溺于理学，只作为饵名钓誉之阶，无补于实用。他力求建立有效的统治学说，提出与朱熹理学相对立的主观唯心论的理论，著成《传习录》、《大学问》（均载《王文成公全书》）。继承和发挥陆九渊的“宇宙便是吾心，吾心即是宇宙” 的观点，说“心外无物，心外无事，心外无理，心外无义，心外无善”（《王文成公全书》卷四）。他认为一切事物都产生于人心，是人心发生的意念活动的结果，没有心就没有客观事物，所以心是宇宙的本体，是第一位的，从而形成他的主观唯心主义的宇宙观。一次，王阳明与友人在南安山游玩，友人针对他的心外无物说，问他：你说天下无心外之物，这山中的花自开自谢，于我的心有什么相干呢？他辩解说：“你未看此花时，此花与汝心同归于寂；你来看此花时，则此花颜色一时明白起来，便知此花不在你的心外。”（《全书》卷四）这就是说，人没有看花时，花没有表现，待到人看它时，花的颜色才显现出来。可见花不在人的心外，而在心里。王阳明的认识论与唯物论的反映论正好相反，是主观唯心论的先验论。他自谓“圣人之学”是“心学”，因而人们称他的学说为阳明心学。
王阳明由他的主观唯心论的世界观出发，提出“致良知”、“格物致知”的社会政治观和伦理观。他说“心外无理”，又说“吾心之处事物纯乎理”，这“理”也就是宋儒所说的“天理”，不过王阳明通常使用孟子的“良知”这一概念。他说“所谓致知格物者，致吾心之良知于事事物物也；吾心之良知，即所谓天理也，致吾心之良知之天理于事事物物，则事事物物皆得其理矣；致吾心之良知者致知也，事事物物皆得其理者格物也。”（《全书》卷二）这就是说端正意识（即格物），恢复到良知的境界。他所说的良知是人人皆有的，它的内容则是孝悌忠信。他说，良知、天理，“发之事父便是孝，发之事君便是忠，发之交友、治民便是信与仁”（《全书》卷一）。良知是人人具备的，但往往受私欲蔽障，不能实现，致良知，就是要“克其私，去其蔽，以复其心体之同”（《全书》卷二）。他有时也用理学家的语言，说致良知是“去人欲存天理上用功”（《全书》卷一）。实际上，他的“良知”抹煞人间的贫富、贵贱的差异与对立，他的“致良知”是提倡实行三纲五常的封建道德，使人民放弃物质上和精神上的合理要求，忍受黑暗的封建统治。从“去人欲，存天理”的政治观点来看，王阳明心学与朱熹理学是一致的，但是他们达到这个目标的方法却大不相同。王阳明不赞成朱熹把心与理视为两种事物的观点，认为那样使人误入歧途——“启学者心、理为二之弊”（《全书》卷一）。朱熹把天理看作是外在的，人心所没有的，去人欲存天理是要人们去接受天理，王阳明则是要人恢复天理，恢复比接受更为便当，因而更容易被人接受。在“述朱”的时代，王阳明反对朱熹，表现了他的独立探讨精神和敢于向传统观念挑战的勇气，但是朱学毕竟影响太大，他吃不住朱派学者的攻诘，遂在形式上作些让步，作《朱子晚年定论》，以朱熹学说中与己相同的地方，说明他们之间是一致的，以掩饰他们的分歧。不过王学一出，“门徒遍天下，流传逾百年”，自此以后，“笃信程朱，不迁异说者，无复几人矣”（《明史》卷二八二）。王阳明五十七岁去世，学术观点未及进一步阐述，王学门徒说解不一，形成不同流派。
浙中学派 这一派是浙江、江南籍的阳明门生。他们受业较早，是王阳明的嫡传。徐爱（一四八七——一五一七年），能体会王阳明的思想，为之整理《传习录》上卷。他认为人性本善，邪恶是受外界感染的，非本性，受感染在于一念，一念也可以去之。钱德洪（一四九六——一五七九年），周游四方，讲致良知之学，认为灵窍是人的良知，戒惧也就是良知，有了戒惧，就是致良知的开始。王畿（一四九八——一五八三年），是王阳明大弟子，在南北二京、吴楚闽越各处讲学，批评时人学风，开口闭口谈性命，而不懂得深入到日用饮食声色财货的具体而微的实际生活中研究学问，力斥朱学，发挥王学。他认为良知是知觉的流行，不要限制它，否则有碍虚无之体，所以他的思想渐进入禅学。他讲学掺杂禅机，并不避讳，不像别的学者以入佛为耻。
江右学派 王阳明在江西的一批门徒，悉遵王说。黄宗羲在《明儒学案·江右王门学案》中说，“阳明之道，赖以不坠”。邹守益（一四九一——一五六二年），为学主张自我修养，“慎独”、“戒性”为致良知的方法，对“或惧实功，全不著力”的学者，表示不满。（《明儒学案·江右学案一》）聂豹（一四八七——一五六三年），认为《传习录》前篇所讲的致良知是王阳明学说的真谛，被后人忽略了，因而所作解释都不得要领。
南中学派 在南直隶（今江苏、安徽）的王阳明弟子，所在开坛讲学。著名学者有戚贤、薛应旗等人。戚贤认为“圣人之学”，不外于心，成见、嗜欲令人失却本心，一念转回，即可复本心。他还批评王畿出入禅学。
泰州学派 泰州学派创始人王艮（一四八三——一五四○年），号心斋，南直隶泰州人，灶籍出身，做过小商贩，布衣终身，著有《王心斋先生全集》。王艮读书理解力很强，闻听王阳明的学问，认为是“倡明绝学”，遂拜为师。王艮从师前就有主观唯心论的观点，他说：“以天地万物依于己，不以己依于天地万物”；“吾身犹矩，天下国家犹方。天下国家不方，还是吾身不方” （《王心斋先生全集·遗集》卷一）。他以主观的“心”去衡量客观世界，使万物符合于心的意念，是精神第一物质第二的唯心论观点。他从王阳明那里接受致良知说，认为人们处世，首先要“端本”，端本就是要“诚其心”，诚心即要摒弃“不善之功”，“不妄动”，不妄动就是致良知，恢复人的初性。王艮认为“百姓日用”就是圣人之道，他说：“百姓日用条理处，即是圣人之条理处。圣人知，便不失；百姓不知，便会失。”（《王心斋先生全集·遗集》卷一）从百姓日用观察圣人之道，对百姓日常生活的规律是否理解，还是检验圣人之道的一种标准。王艮强调“百姓日用”，注意民间生活，启发他的门人对理学禁欲主义的质难。王艮由致良知，提出他的明哲保身论，认为“明哲”就是“良知”，“明哲保身”就是“良知良能”，知道保身的人，必然因爱己而爱人，因敬己而敬人，因爱人而不恶人，己身也不遭人恶，从而可以保身、保家、保国、保天下，这便是“仁”。这是强调以个人修养实现致良知，使个人生活的美满与社会的安定达到统一。王艮这种反求诸己的说教，实质上是使人们安分守己，服从统治。颜均字小山，江西吉安人，受业于王艮门人徐樾，主张“纯任自然，便谓入道”（《明儒学案·泰州学案序》）。他说“性”像明珠，没有尘埃，有什么样的见闻，才有什么样的警戒。平时应当是率性所行，任其自然，只有性情放逸，才需要戒慎恐惧，以恢复明珠般的本性。按自然本**的主张，是对理学禁欲主义的挑战。他的弟子何心隐（原名梁汝元），也对禁欲主义不满，认为孔孟讲的无欲，与宋儒所说的不一样，孔孟讲鱼与熊掌取其一，不是不要欲，而是寡欲；求生求义都是欲，舍生取义是寡欲；要仁是欲，得仁而不贪是寡欲。理学家把人欲视为罪恶，不合孔孟寡欲的原意。他以复孔孟真谛，为人欲立说。颜钧、何心隐主张欲望的合理性，不但与程朱理学对立，也突破了王学的藩篱，为统治者所不容。颜钧被囚戍，何心隐被害死于狱中。泰州学派中有不少社会下层劳动群众，林春是童工，朱恕是樵夫，皆拜王艮为师；韩贞是陶匠，为王艮次子王襞的入室弟子；夏廷美是农夫，为耿定向门人。他们研究学问，没有书卷气，不搞寻章摘句，不搬弄陈言，用时代的语言反映他们的认识，易为群众所接受。农工商贾和韩贞交游的不下千人，他在冬闲时聚徒讲学，一村讲毕，转到另一村再讲，有问有答，非常活跃。他们讲百姓日用之道，为群众欢迎，所以黄宗羲指出：“谓百姓日用即道，虽僮仆往来动作处，指其不假安排者以示之，闻者爽然”（《明儒学案·泰州学案一》）。
三、反理学的新思潮
王学与朱学之争，一般可以看作是主观唯心论与客观唯心论的争论，基本上都还是属于唯心主义的理学范围。嘉靖以后，与心学和理学论辩的新思潮兴起。思想家的代表人物有罗钦顺、王廷相和李贽。
罗钦顺（一四六五——一五四七年），号整庵，江西泰和人，官至南京吏部尚书，著有《困知记》、《整庵存稿》。罗氏在《困知记》中写道：“通天地，亘古今，无非一气而已。气本一也，而一动一静，一往一来，一阖一辟，一升一降，……千条万绪，纷纭胶轕，而率不可乱，有莫知其所以然而然，是即所谓理也。”表明他认为“气”是世界的本源，“理”是由“气”的运动而产生的规律，“理”不能离开“气”而独立存在。这实质上是主张精神来源物质，是朴素的唯物论的观点。罗氏进一步指出人心是思维器官，精神与存在是两回事，批评王阳明的“心外无物”，说：“盈天地之间者惟万物，人固万物中一物尔”。“然形质既具，则其分不能不殊”。“若谓天地人物之变化皆吾心之变化，而以发育万物归之吾心，是不知有分之殊矣。”但在涉及到人的社会性时，罗氏基本上继承了理学家的伦常观点，提倡纲常伦理，认为“人之道”，是由君臣父子夫妇长幼朋友与喜怒哀乐组成，两者协调，仁义礼智就在其中了。促成这两者协调的就是王道。他希望百姓遵循三纲五常，使帝王实现“德业”。他又认为人欲有善有恶，关键在于对它要节制，与理学的灭人欲观点不尽一致。
王廷相（一四七四——一五四四年），河南仪封人，官至左都御史、兵部尚书，博学，通天文历算、舆地、音乐和经学，著有《雅述》、《慎言》、《内台集》等。王廷相继承张载的唯物论观点，认为“理根于气”，“气外无性”。他说：“天地之原，元气而已矣，元气之上无物，故元气为道之本。”（《雅述》）元气是基本物质，由它产生天地，道（规律）也是从它那里生出来的。他进一步说：“有太虚之气而后有天地，有天地而后有气化，有气化而后有牝牡，有牝牡而后有夫妇，有夫妇而后有父子，有父子而后有君臣，有君臣而后名教立焉。”（《慎言》卷一）这就不仅简单地讲“气”生“道”，而是把物质产生精神的过程作了描述：气——天地——气化——阴阳——夫妇——父子——君臣——名教。王氏的元气本体论，批驳了程朱理学“理在事先”的唯心论观点。王氏也反对理学的“性”立于“气”的观点，认为人有形气而产生性，生气不存，人性也就不存在。他同时指出性的形成，在于人的习惯，人的知觉活动，即有了人，才有人心，才产生儒家所说的以仁义礼智为内容的性。王氏把理随气生的论点运用到社会历史上，认为人类历史是发展的，上古礼制疏散，后世严密，以后世要求上古，是不知时代之别。时代变了，制度也变，所谓“法久必弊，弊必变，变所以救弊也”（《慎言》）。不断地纠正弊端，社会就随之进步。
李贽（一五二七——一六○二年），号卓吾，福建晋江人，曾受学于王艮之子王襞。官至姚安知府，万历八年（一五八○年）辞官，先后在湖北黄安和麻城龙潭湖讲学著书。批评儒学、理学，“鼓倡狂禅，学者靡然从风”（《明儒学案·泰州学案四》）。万历二十九年（一六○二年）以“惑世诬民”的罪名被捕入狱，在狱中自杀。主要著作有《焚书》、《续焚书》、《藏书》、《续藏书》。李氏受王阳明心学影响，提出童心说，说童心是童子的初心，是真心，是最初一念的本心，也即天真纯朴的先天存在的精神，这是唯心主义的先天人性论。李氏在思想史上的贡献，是批评儒学、理学。孔子及儒学的权威，历来被人们崇奉无疑，统治者还以人们对儒学的态度作为衡量人的思想的准则。李氏对此极为不满，说：“夫天生一人自有一人之用，不待取给于孔子而后足也；若必待取足于孔子，则千古以前无孔子，终不得为人？”（《焚书》卷一）反对对孔子的迷信，不以孔子的是非为是非，为此要求别人不要拿孔子的标准来衡量他的著作。在这里，李氏并没有直接反对孔子，反对的是拿孔子吓唬人的人，但同时也表现出对孔子的不敬，他说的孔子以前已有人的活动难道还要等待孔子来指导的话表露了这个意思。李氏在《焚书》卷五讲到 “陈恒弑君”时说，这是齐国的事，与鲁国无关，同居家不与政的孔子也没有关系，而孔子要干涉陈恒（田恒）是不对的。这是直接批评孔子了。李氏对假道学深恶痛绝，辛辣地揭露他们的虚伪欺诈：“自朝至暮，自有知识以至今日，均之耕田而求食，买地而求种，架屋而求安，居官而求尊显，博求风水以求福荫子孙，种种日用，皆为自己身家计虑，无一厘为人谋者。及乎开口谈学，便说尔为自己，我为他人，尔为自私，我为利他。”（《焚书》卷一）理学家追逐功名田宅，却大谈仁义，绝口不提功利。李贽认为应当注意功利，讲究民生之道，人有私心才有见地，农夫才知道力田，工匠的器具才会是良好的，读书人才勤于学业，因此主张有私欲。从此出发，主张谋利和承认谋取物质利益的道德观念，所以说：“穿衣吃饭即是人伦物理，除却穿衣吃饭，无伦物矣。”（同上）李贽还批评了理学家责难寡妇再嫁的观点，赞扬卓文君再嫁于司马相如，是佳偶匹配。在理学伦常说教中，女子处于卑下地位，遭到轻视和压抑。李氏对此极为不满，说见识高低不因男女的性别而有差异，世间不是“男子之见尽长，女子之见尽短”（《焚书》卷二）。这是对理学男尊女卑说和夫妇伦常观的批判。李贽的学说在当时的思想界独树一帜，引起了震动。
四、经学研究的新动向
王学流于空疏，不仅引起思想家的非难，也在经学研究中受到抵制。明代经学研究的新动向是，逐渐抛弃宋学的空谈心性，而转向宗法汉代古文经学家的考订注疏，表示了弃宋复汉的倾向，是清代汉学的先声。
明代经学研究中卓有成绩的是梅鷟著《尚书考异》。旌德人梅鷟，曾任南京国子监助教。宋儒对古文尚书的真伪曾表示过怀疑。梅鷟历举证据，确证古文尚书是伪书。在当时学术界引起巨大的动荡。梅鷟怀疑伪造者是皇甫谧，虽未必可信，但指证古文尚书系后人伪造，则是重大的功绩。
梅鷟也研究《易经》，著有《古易考原》一书。但明人治《易经》，影响较大的还是朱谋玮的《周易象通》。古人讲《易经》，历来有“象”、“数”之别。因卦爻以观象，寻象以观意。数即“天一地二，天三地四，……”和“太极生两仪，两仪生四象，四象生八卦”，依据数字推衍和互乘，以说明万物的演变。宋代理学家着重讲数，并依据伪造的“河图”、“洛书”，造出“先天图”、“太极图”等，以推衍哲理。朱谋玮用解象来解说《易经》，是有意与讲数的理学对立。朱谋玮又指斥宋儒的“河图”、“洛书”为伪作，破除了历来对“河图”、“洛书”的迷信。但他自称曾在明内府见到过伏羲制作的真“河图”，则是为辨伪而有意作伪，是不足取的。
《诗经》的研究中，陈步的《毛诗古今考》独辟蹊径，创出新局。理学家解诗，往往不免傅会于伦常和心性之说。宋儒不知古音与宋音的不同，甚至任意据今音改古籍，造成许多错乱。陈步严格考察古今音韵的演变，力正前人的疏失，使《诗经》恢复了古音，从而也得到了本义。陈步的工作建立在严格审音的基础上，也使音韵学研究进入了一个新阶段。
明代经学中，音韵训诂和辨伪之学的兴起，为清代汉学的发展开拓了道路。
五、明清之际思想界的争鸣
明清之际的社会，陷于激烈动荡之中。思想家经历了明王朝的衰败与灭亡，从亡国之痛中重新评价儒学和理学，提出不少新论说。学术界一时呈现诸家争鸣的活跃局面。
吕坤（一五三六——一六一八年），著有《呻吟语》、《去伪斋文集》，提出气一元论，认为天地万物只是气的聚散，气凝结为形，形的表现是运动。他注意社会问题，意图拯治万历后期的腐败政治，反对君主的祸害百姓，说：“天之生民，非为君也；天之立君，以为民也；奈何以我病百姓，……（天）岂其一人肆民上而剥天下以自奉哉？”（《呻吟语》卷五）。
顾宪成（一五五○——一六一二年），无锡人，幼从张原洛读书，原洛讲四书，不拘朱注，阐发自己的独立见解，宪成由此受到启发。官吏部郎中，曾主持东林书院，是东林党的重要人物。他在哲学上宗法程朱，但主张经世致用，认为地方官不为百姓兴利，读书人不研究世道，即使有其他美德，也是君子所不齿的。宪成弟允成（一五五四——一六七○年），官礼部主事，深恶乡愿道学，说他们名利兼收，便宜受用，从而揭示理学家的虚伪。他也主张经世致用，反对空谈，感叹“今之讲学者，恁是天崩地陷，他也不管，只管讲学耳。”（《明儒学案·东林学案三》）。
刘宗周（一五七八——一六四五年），绍兴人，官顺天府尹、左都御史。反对王畿一派流于禅学，主张慎独之学，但不同于一般学者所说的慎独，而是要融合王学与朱学，恪守伦常，力倡忠君。
刘宗周弟子黄宗羲（一六一○——一六九五年），字太冲，号梨洲，浙江余姚人。明天启时，父黄尊素官御史，被阉党陷害。黄宗羲入京诉冤，请诛阉竖。明亡后，曾在浙东随军抗清。清初，拒不应召，在家乡著述讲学，成为浙东学派的一代宗师。他力反王学末流的空疏，主张“学者必先穷经”。他的经学思想的主要特征是：（一）“经术所以经世”；（二）治经必兼读史。这同时也成为他所创始的浙东学派的学风。
黄宗羲亲历明朝亡国之祸，痛感宋儒把“君臣之义”视为天理的伦常观，助成君主专制，误国害民。他著《明夷待访录》，在《原君》、《原臣》等篇，依托“民贵君轻”的经义，对君权作了犀利的剖析。他说：“古者以天下为主，君为客”；“今也以君为主，天下为客”。一个君主为了争夺皇位不惜“屠毒天下之肝脑，离散天下之子女”；得位之后，又“敲剥天下之骨髓”，以图自己享乐。所以“天下之人，怨恶其君，视之如寇仇，名之为独夫”。黄宗羲这些思想的形成，显然受到明末农民战争的深刻的启示，不过，他还并不主张废除君权，而主张通过学校士人的议政和提高相权，来限制君权。尽管如此，他对君权的抨击之论，仍足以震动于当时，并推动了后世民主启蒙思想的兴起。
黄宗羲治经学兼通经史，并研治天文历算、音律，著述有《易学象数论》、《春秋日食历》、《大统法辨》、《律吕新义》等多种。又以史学方法评述明代儒学，成《明儒学案》六十二卷。后又续成《宋儒学案》、《元儒学案》，三书合为宋以来儒学发展史的巨编。
顾炎武（一六一三——一六八二年），原名绛，字宁人，人称亭林先生，江南昆山人。少时参加复社，依从南明进行抗清斗争，改名炎武。失败后，游历山、陕、鲁、豫，从事著述，是学识渊博、涉猎极广的一代大师。
顾炎武认为：经学即理学，离开经学的所谓“理学”，实是禅学，“言心言性而茫乎不得其解”。他所反对的不是程朱，而是王阳明的心学。他指出性与天道，是孔子所不讲的。儒家的治学经世之道，主要是“博学于文”，“行己有耻”。所谓“学”，“自一身，以致于天下国家，皆学之事也”（《亭林文集》卷三）；所谓 “文”，“凡文之不关于六经之旨、当世之务者，一切不为”（《亭林文集》卷四），“文之不可绝于天地间者，曰：明道也，纪政事也，察民隐也，道人之善也” （《日知录》卷七）；所谓“耻”，“自于臣弟友以至出入、往来、辞受、取与之间，皆有耻之事也”（《亭林文集》卷三）。可见他的基本思想是：治学应当博览广识，目的则在经世修身。明末士风败坏，清初多降顺求荣。顾炎武揭出“行己有耻”，当是有所为而发。
顾炎武在学术上力倡实学。明末，撰《天下郡国利病书》，明亡后成书，前后历二十年，凡一百二十卷。继承陈第研治经书古韵，成《诗本音》十卷，《易音》三卷，又撰《唐韵正》、《古音表》、《韵补正》，合为《音学五书》，是清代音韵学的开山巨著。他的主要著作《日知录》三十二卷，是三十余年治学札记的汇编，包括经义、政事、礼制以及历史、地理、天象等广泛的内容，考覈精详，以古筹今，对清代学术的发展有深远的影响。顾炎武弟子相传，号为浙西学派，与黄宗羲的浙东学派同负盛名。
王夫之（一六一九——一六九二年），字而农，号薑斋，衡阳人。张献忠军至其乡，他自伤不应征，仕南明永历朝为行人。晚年在石船山隐居，学者称他为船山先生。著述一百多种，四万多卷，八百多万字，主要有《张子正蒙注》、《周易外传》、《尚书引义》、《思问录》、《读通鉴论》、《噩梦》。后人编为《船山遗书》、《船山全书》。
王夫之广泛研究经学和史学，在哲学上发展张载、王廷相的“气一元论”，反对程朱的“理一元论”和陆王的“心一元论”。在“道”和“器”的关系上，认为“道者器之通，器者不可谓之道之器也”（《周易外传》卷五）。“据器而道生，离器而道毁”（《周易外传》卷二）。“道”是“器”中产生的，是“器”的规律，这表明他在哲学上反对“理在气先”的唯心论观点，而接近于唯物主义。
王夫之还注意到事物的发展和运动，说：“静者静动，非不动也”。“静即含动，动不含静”（《思问录》）。即认为运动是绝对的，静止是相对的。说气“聚散变化，而其本体不为之损益”，“聚而成形，散而归于太虚，气犹是气也”（《张子正蒙注·太和篇》）。即认为物质形态有变化，而物质没有消灭，运动是有“常” 的，如水是一种物质，遇寒结为冰，遇热化为汤（汽），从“（水）于冰、汤之异，足知水之常体”（《张子正蒙注·太和篇》）。
王夫之以发展观来对待历史，对传统的史观，如“五德终始说”、“正统论”、“三代圣世论”（“复古论”）多所批评，认为人类社会由上古的野蛮变为后世的文明，是历史的趋势，也是历史的规律。他说，三皇五帝之世，“是非无恒，取舍无据，所谓饥则呴呴，饱则弃余者，亦植立之兽而已矣”（《思问录·外篇》）。于历史上制度的变革，如秦始皇废封建立郡县，他认为郡县制比封建制进步，因为郡县制的官僚“残民”，可以“黜陟”，不象封建制下不能变更，所以比较起来郡县制下“生民之祸亦轻矣”。王氏进而认为：“郡县之制，垂二千年而弗能改矣，合古今上下皆安之，势之所趋，岂非理而能然哉？”历史发展是基于客观的“势” （趋势）和理（规律）。王氏拘守传统的夷夏之防观，始终不与清朝合作，但承认“异族”进化，统治汉族，也是合理的。
唐甄（一六三○——一七○四年），原名大陶，四川达州人。一度任山西长子县令，后客居苏州，著有《潜书》、《春秋述传》。唐氏对儒学采取辨识而不迷信的态度，说：“圣人之言，因时而变，所以救其失也；不模古而行，所以致其真也。”（《潜书·辨儒》）圣人之言也不是绝对正确，随着时代的变化，有的就不适宜了，不补正就不行。他反对理学，认为它无济于事。唐氏有平均、平等的思想，说：“天地之道故平，平则万物各得其所”。可是现实社会中，王公家一餐之费，是上农一岁之获，还说没有好吃的。受苦人家吃上掺有稻杆粉的粥，就认为已经很好了。因此，唐氏愤愤不平地说：“人之生也，无不同也，今若此，不平甚矣” （《潜书·大命》）。唐氏最激烈的思想是对帝王的指责，在《潜书》中抒发了“抑君”的观点：首先，皇帝是人，不应是神的地位，故说：“天子之尊，非天帝大神也，皆人也”（《抑尊篇》）；其次，皇帝不能滥施威福，要畏惧百姓，所谓“位在天下之上者，如处天下之下”；再次，唐氏也和黄宗羲一样，要求提高臣下的地位，以降低皇帝地位，说：“古者君拜臣；臣拜，君答拜；师保之尊，自称小子；德位不相掩也。”（《内伦篇》）皇帝地位虽崇，但有道之君应当懂得尊敬臣下。唐氏大胆地把秦朝以来的帝王指斥为盗贼，说：“自秦以来，凡为帝王者，皆贼也。”（《室语篇》）为什么这样说呢？因为杀一个人，抢一匹布、一斗粟就是盗贼，杀天下而据有天下财宝的帝王当然是贼了！他与黄宗羲一样不满于君主的霸占社会财富，对君主专制制度加以抨击。
傅山（一六○七——一六八四年），字青主，山西阳曲（太原）人。明末秀才，入清隐居行医，拒绝博学鸿儒征聘，以诗文、书法、经学、医学著称于世，著有《霜红龛集》、《荀子评注》、《傅青主女科》、《傅青主男科》等书。
傅氏对君主的看法，与黄、唐有接近处。他把皇帝看作“常人”（《霜红龛集》卷三十六），赞扬对皇帝表现出傲骨的人；反对愚忠，主张社稷重于君主，为国家的安危可以更换帝王；认为社稷比帝王更重要，说：“天下者，非一人之天下，天下之天下也”（《霜红龛集》卷三十二）。傅氏的这些观点，是对理学君臣伦常观的根本否定，反映着人们从明朝亡国之痛中得到的启示，是当时士大夫中流行的一种思潮。
陈确（一六○四——一六七七年），浙江海宁人，著《大学辨》、《葬书》、《性解》。陈氏在《葬书》中，阐述了唯物主义自然观和无神论思想，反对世俗迷信，说人的祸福要靠自身的努力，与天无涉，与地无关，世上没有龙脉之地，人死腐化，不会因葬地祸福子孙。陈氏认为天理和人欲是一致的，没有人欲，就没有天理，而且人欲中显示出天理，说：“盖天理皆从人欲中见，人欲正当处，即是理，无欲又何理乎？”（《陈确集·与刘伯绳书》）由此批评了理学家“存天理，灭人欲”的基本论点。
方以智（一六一一——一六七一年），安徽桐城人，明翰林院检讨，入清后出家为僧，研究天文、物理、医学、生物及文史地理，著《物理小识》、《东西均》、《通雅》、《浮山文集》。他认为“气”充满世界，所谓“一切物皆气为也，空皆气所实也”，“盈天地间皆物也”（《物理小识》），以这种唯物观点反对理学唯心论。他充分利用自然科学的知识，主张通过科学实验认识世界。他还提出“合二而一”的命题，对后世有较大的影响。
六、心学与理学的调和
王阳明的心学上承南宋与程朱对立的陆九渊学派，一度作为新创的学说，广为流行。王学流于空疏，渐为明末学人所不满。明朝的亡国之痛，更使一些爱国志士对空谈心性，力加责斥。明清之际另一些思想家，则力图将本来对立的陆王与程朱之学，调和融合，实际上是显示了重尊程朱的趋向。最为著名的人物，是河北孙奇逢与陕西李颙（避嘉庆帝讳，或作李容）。孙、李与江南的黄宗羲齐名，号为“三大儒”。他们的学说，一时产生了广泛的影响。
孙奇逢（一五八四——一六七五年）与李颙（一六二七——一七○五年）生于明季，在清康熙时，先后去世。清朝建立后，他们都拒绝征召，不肯出仕。孙奇逢原籍河北容城，明天启时，曾参与营救东林党人左光斗，又曾在家乡守城抗清。后与家人避居易州五峰山。顺治七年以后，长期在河南辉县夏峰讲学著述，被尊称为夏峰先生。李颙原籍陕西周至，在家筑土室著述，自署二曲土室，学者称二曲先生。曾应邀去无锡、江阴、靖江、宜兴等地讲学，晚年又曾寓富平。
孙奇逢早年研治当时流行的陆王之学，“以慎独为宗，而于人伦日用间体认天理”（《国朝先正事略》卷二十七）。其后探研宋儒周敦颐、二程、张载、朱熹之学，以朱学解释王学，融二者于一体。著《周易大旨》四卷，又著《四书近指》二十卷，合朱王之说，论证异同，“以体认天理为要，以日用伦常为实际”。晚年撰著《理学宗传》二十四卷，自周程朱陆至王阳明、顾宪成为理学道统传承。孙奇逢隐居讲学，上自公卿大夫，下至平民，都接待传授，程朱理学伦常之说，因而广为传播。
李颙早年丧父，随母治学，曾以昌明宋代的关学为己任。但他的学术，仍然宗法陆王，研讨心性。尔后转治程朱之学，提倡实践伦常，主张对程朱和陆王的异同，应各取所长。晚年力倡“自新之功”，“但就日用常行，纲常伦理极浅近处做起”。著有《易说》、《象数蠡测》、《十三经注疏纠谬》等。所撰文章及论说，由门人王心敬编为《二曲集》传世。
（二）程朱理学的再提倡
一、清初诸帝对理学的提倡
清太宗皇太极建号大清，采纳汉族政治制度立国，倚用文臣，尊崇汉文化。顺治帝与多尔衮占驻北京，即派遣官员祭祀孔子。元朝加封孔子为“大成至圣文宣王”。顺治帝因清朝制度王（亲王、郡王）是皇室贵族的封爵，改封孔子为“大成至圣文宣先师”，多尔衮亲赴孔庙致祭奉上封号，以示尊崇。国子监满汉生员习读儒学经书，以程朱为准则。康熙帝幼习汉文化，亲政后，以理学家熊赐履为国史院学士，参议朝政，程朱理学更加得到提倡。康熙帝亲自阅读宋代理学诸儒著述，命大学士李光地修改明成祖时编修的《性理大全》，别成《性理精义》一书。又编集朱熹的论著，纂为《朱子大全》。康熙帝为此书作序，说朱熹是“绪千百年绝传之学，开愚蒙而立亿万世一定之规”。又说“朕读其书，察其理，非此不能知天人相与之奥，非此不能治万邦于衽席，非此不能仁心仁政施于天下，非此不能内外为一家。” 康熙帝提倡程朱，用意显然不在于探讨心性，而在于宏扬理学的伦常观和社会政治学说，以巩固清朝的统治秩序。
程朱理学在学术界经历了曲折的道路后，由于清初皇帝的提倡，重又成为风靡一时的官方学术。科举考试，仍沿明制，以儒家的四书五经为考试内容，以程朱等理学家之疏解为标准。士子兢相阅读程朱之书，成为应试的必由之径。康熙帝进而把理学家的社会政治学说付诸实践并普及于社会。一六七○年（康熙九年）十月，康熙帝以“尚德缓刑，化民成俗”为宗旨，列举十六事，诏谕礼部，通行晓谕八旗及直隶省府州县，以至乡村人等遵行，被称为“圣谕十六条”。十六条贯串着理学家的社会政治观点，明确规定“黜异端以崇正学（理学）”，并且包含着“敦孝弟以重人伦”，“笃宗族以昭雍睦”等伦常观。雍正帝又据此补充发挥，号为“圣谕广训”，“意取显明，语多质朴”（雍正帝序）。全国各地乡村，定期宣讲，力求普及于“群黎百姓”，家喻户晓，以维持封建的统治秩序。以“君臣、父子、夫妇” 为核心的伦常观，逐渐成为普及全民的意识形态。清初诸帝大力提倡理学，影响是深远的。
二、独尊程朱的理学家
清初至雍正年间，先后出现一些独尊程朱的理学家。他们反对王学，力倡朱学，特别是伦理纲常，以适应清朝统治的需要，受到清朝皇帝的赏识。其中一些人并且身居高位，为朝中大员，但在学术上多是祖述朱熹，很少创新。
陆陇其（一六三○——一六九○年），字稼书，浙江平湖人，官御史，著《四书大全》、《松阳讲义》、《三鱼堂文集》。强烈主张尊崇理学，认为做学问只有一条路，就是追随朱子，说“宗朱子为正学，不宗朱子即非正学”（《国朝学案小识》卷一），不尊朱子，即不许仕进。力斥阳明心学，说它实际是禅学，托身儒学，为害甚大。学术上致力于“居敬穷理”，认为穷理而不居敬，会玩物丧志；居敬而不穷理，则会堕入佛老或心学。清人认为，薛瑄、胡居仁之后，即由陆氏继承程朱道统，遂得从祀孔庙。
张履祥（一六一一——一六七四年），号杨园，浙江桐乡人，著《张杨园先生全集》。曾就学于刘宗周，但笃信程朱，恪守居敬穷理之道，以仁为本，以修己为务，而归结于中庸。他批评心学只讲求心，陷入禅学陷井，被认定为是纯正理学家，奉入孔庙从祀。张氏又研究农学，著有《补农书》。
熊赐履（一六三五——一七○九年），湖北孝感人，官至翰林院掌院学士、内阁大学士，著《学统闲道录》、《程朱学要》，为经筵讲官，宣讲周程张朱之学，说朱熹是三代以后绝无仅有之人，孔孟之道，没有朱子就不能彰著。他同程朱理学家一样，极力主张存天理，灭人欲。
李光地（一六四二——一七一八年），号榕村，福建安溪人，官至大学士。崇信程朱，深受康熙帝知遇，秉命编纂《朱子大全》等书，并撰有《周易通论》、《榕村语录》、《榕村全集》。认为性就是诚，而圣贤之学就在于诚，但要达到诚，必须惩怨窒欲，迁善改过。
张伯行（一六五一——一七二五年），字孝先，河南仪封人，历官福建巡抚、礼部尚书。撰著《困学录》、《正谊堂文集》，辑《伊洛渊源录》，学术宗旨是“主敬以端其体，穷理以致其礼，躬行以践其实”（《国朝学案小识》卷二），自身并要求他人按照理学的道理去实践，避免“溺于”词章的杂学，强烈反对阳明心学。
朱用纯（一六一七——一六八八年），号柏庐，昆山人，拒绝博学鸿词科征聘，终身教村学，著《愧讷集》、《治家格言》、《大学中庸讲义》。教育学生“学问在性命，事业在忠孝”（《国朝先正事略》卷二十九），主张按程朱宣扬的知、行并进。他每天早晨拜家庙，接着读《孝经》，教人孝弟友爱。其《治家格言》，在社会上影响很大。
方苞（一六六八——一七四九年），号望溪，安徽桐城人，曾因戴名世案获罪。康熙时入直南书房，雍正时为内阁学士，主持编纂《一统志》等书。乾隆帝即位，奉命选定《明制义》及《国朝制义》，颁于学宫。应试的制义（八股文），多以方苞为宗。方苞本人也撰八股文，以宣传理学思想。著《礼记析疑》、《春秋通论》，主张一切依照天理行事，要象程朱那样，一刻也不背离天理准则。友人王源批评程朱迂阔，没有经世致用之才。方氏力为朱熹辨说，是理学的积极维护者。有《方望溪先生全集》行世。
三、独树一帜的颜、李学派
在程朱理学再次被提倡而风靡于士林之际，河北地区出现了力斥程朱的颜、李学派。他们的学说仍尊孔孟，但力倡实用，与理学处于对立的地位。
颜元（一六三五——一七○四年），字易直，号习斋，河北博野人，终生教学、行医，著《四存编》、《四书正误》、《朱子语类评》、《习斋记余》。
颜元早年信重程朱，中年之后一改初衷，以尊孔学反理学为使命，宣称“今抑程朱而明孔道，倘所学不力，何以辞程朱之鬼责哉”（李塨《习斋先生年谱》）。作《朱子语类评》，指责朱熹之失误，“自欺欺世”，“把人引上迷途”。痛斥周敦颐的主静之说：空谈性命诚静，不讲事功。他说，如果“杨墨道行，无君无父”，那么 “程朱道行，无臣无子”（同上），因为信仰理学的人不能致君主于安全，致国家于富强。
颜元力倡经世致用之学，强调实践，因号“习斋”。他主张“实文、实行、实体、实用，率为天下造实绩”（《四存编·存学编》卷一）。他的社会政治理论是“七字富天下”，垦荒、均田、兴水利；“六字强天下”，人皆兵、官皆将；“九字安天下”，举人才、正大经、兴礼乐。他认为行政的第一件大事就是均田，否则，“教养诸政俱无措施处”（《颜习斋先生言行录》卷七）。均田，富民不乐意，颜氏认为不应顾卹富民，因为“天地间田，宜天地间人共享之。应顺彼富民之心，尽万人之产给一人所不厌也，王道之顺人情固如是乎？”（《四存编·存学编》）颜氏具体提出均田的方案，设某甲有田一千亩，分给十九家农夫，各五十亩，这十九家向甲交租，甲死而止，若某甲之子贤而仕，仍收地租。这当然只是一种难以实现的空想，但反映了他已模糊地看到土地占有关系和地主与佃农的剥削关系是当时社会的症结。
颜元的学生李塨（一六五九——一七三三年），字刚主，号恕谷，河北蠡县人，著有《周易传注》、《大学辨业》、《恕谷后集》。师承颜元的观点，反对理学、心学，重视实用，讥刺理学家：“高者谈性天，撰语录，卑者疲精死神于举业，不惟圣道礼乐兵农不务，即当世之刑名钱谷，亦懵然罔识，而搦管呻吟，自矜有学。” （《恕谷后集·书明刘户部墓表后》）还批驳朱熹“理在事先”之说，指出“离事物何所为理”，反映了朴素的唯物思想。
（三）汉学的昌盛
程朱理学由于清初诸帝的提倡而成为官方哲学，在政治思想领域，理学的伦常观成为全社会的统治思想。但在学术研究领域，与宋学对立的汉学，却得到前所未有的发展，蔚为显学。汉代的经学，原有古今文之分。清人所谓汉学，主要是指以考订辨释经书本义为指归的古文经学。广义的汉学，则包括了历史、音韵、文字、训诂、金石等等领域中的考据之学。汉学注重实证，因而又被称为朴学。本节所述，主要是经学中的汉学，其他学术，将在另节论述。
清人阮元编辑《皇清经解》，收集清初至嘉庆时的经学家著述，凡一百五十七人。其中绝大多数是乾隆、嘉庆时人。经学中的汉学在乾嘉时臻于极盛，并不是偶然的。这是因为：（一）清初倡导程朱理学，宣扬伦常以巩固统治。但程朱性理之学已经走到了绝路。顺康时代诸儒，只能祖述旧说，陈陈相因。如从性理上与程朱立异，在政治上为清廷所不容，在学术上也难于再有所创新。康熙帝也说：“读书人少读性理者”（《圣祖实录》卷二九一）。性理之学已然日暮途穷，令人生厌。经学要求得发展，势须另辟新径。（二）明末以来，一些学者“弃宋复汉”的倾向，为汉学的复兴开拓了新路。明清之际，顾炎武、黄宗羲等人都已开始从事实证之学。事实越来越表明，以考据辨伪的方法对经书重加订证，据音韵文字学的研究对经义重加解说，是一条足以纵横驰骋的广阔的新途。（三）清初不断兴起文字狱，雍正时对文士的镇压，愈益严厉。学者为避免文字之祸而不敢多谈时政。考据经义的汉学正好适应了学者避世治学的需要。汉学在这样的社会政治背景下，得到了发展。
一、清初汉学
清初顺康之际，独尊程朱，但仍有一些学人继承梅鷟、陈步、黄宗羲等人的辨伪考异之学，成为乾嘉时期汉学的先驱。著名的学者有万斯大、阎若璩、胡渭等人。
万斯大（一六三三——一六八三年），浙江鄞县人，字充宗，学者称褐夫先生。与弟万斯同受学于黄宗羲。万斯同传史学，万斯大传经学。黄学主张穷经必先明礼。万斯大精研三礼，著《周官辨非》、《仪礼商》，指出《周礼》、《仪礼》多有疑问，怀疑是后人伪托。黄宗羲称赞他治学“非通诸经，不能通一经；非悟传注之失，则不能通经”（《万充宗墓志铭》）。万斯大博通诸经，订正了历来传注中的许多失误。他的治学方法对汉学的发展，很有影响。
阎若璩（一六三六——一七○四年），字百诗，山西太原人，出身于盐商之家。自幼研习经史。一六七九年（康熙十八年），曾应博学鸿儒科试，不第。自二十岁时读《尚书》，即怀疑古文尚书的真伪。积三十年之力，著成《古文尚书疏证》八卷。从古文尚书的篇数、篇名、字数、书法、文例等方面，证明东晋梅鷟所献是后人伪造。列举书中矛盾错俟一百二十八条，均确凿有据。古文尚书是宋代理学家信奉的经典。阎若璩继梅鷟之后，推翻了古文尚书，也就推倒了理学家据以著论的根基。阎若璩曾参与撰修《一统志》，并撰《四书释地》，对四书中的地理名物典制，多有考释。顾炎武曾以所撰《日知录》求正于阎氏，阎氏改定数条，又成《日知录补正》一书。平日所撰考论文字，有《潜邱札记》六卷传世。
胡渭（一六三三——一七一四年），浙江德清人。他继朱谋玮之后，著《易图明辨》，试图揭示“河图”、“洛书”的真象。朱熹作《周易本义》，采取宋初道士陈抟之说，列出“河图”、“洛书”，认为龙马、神龟驮出“河图”（《周易》）、“洛书”（《尚书·洪范》），宋儒所讲的理、气、数、命、心、性，都由此衍化而来。胡氏说：“河图之象，自古无传，何从拟议”（江藩《国朝汉学师承记》卷一）。他认为《诗经》、《尚书》、《礼记》、《春秋》不可以没有图，而《周易》本身就有六十四卦、二体、六驳之画，这就是图，那里还再要什么图。他经过考证，指出宋代的“河图”、“洛书”之说与唐代以前的记载全不相合，是陈抟、邵雍所编造，从而否定了程朱理学家关于《周易》的理论基础。胡渭又著《洪范正论》，驳斥五行灾异之说。著《禹贡锥指》，经过详密的考订，画出四十七幅地图，使水道山脉分明。又因汉唐以来河道不断变化，与《禹贡》所载大不相同，曾考察历代黄河冲决改流的历史，并提出治黄的设想。可见，他也留意经世致用，并非全然埋头考据。
二、吴派汉学
乾隆时期，经学研究正式形成以“复汉弃宋”为宗旨的汉学。学者辈出，著述繁富。由于治学方法有异有同，又形成为以江苏元和人惠栋为首的吴派和以安徽休宁人戴震为首的皖派两大流派。
惠栋（一六七七——一七五八年），字定宇，祖父惠周惕、父惠士奇（一六七一——一七四一年），都是经学名家。惠栋研究《易经》三十年，撰著《易汉学》、《易例》、《周易述》及《九经古义》等书。惠氏认为，汉朝人对经书的理解接近原义，魏晋以降，诸家的解释都不免背离经义，明确主张恢复汉学。《周易述》是汇集汉儒虞翻、荀爽、孟喜、郑玄诸说，以反对晋人王弼、邹湛的说解。又撰《明堂大道录》和《禘说》，认为汉人卢植《礼记注》明堂即是太庙，与灵台、辟雍在一起，是对的，晋人袁准的说解，是根本不懂古制。惠氏继胡渭之后，在所著《古文尚书考》中，再次指出东晋梅赜的《古文尚书》为伪作，应相信汉人的《尚书》。惠氏在所撰《左传补注》一书中认为，汉人郑玄关于《周礼》、韦宏嗣关于《国语》的著作，是采取了先儒旧说，并有自身的见解，而晋人杜预《春秋集解》的一些说法，与前儒相去甚远。
惠栋的著述多是收集汉儒旧说，经过考订以论证其可信，不在哲学义理方面抒发己见。这种学风，逐渐成为吴派不同于皖派的最显著的特点。吴派传人有惠栋弟子江声、余萧客以及名儒钱大昕、王鸣盛等人。
江声（一七二一——一七九九年），号艮庭，元和人。广泛搜集汉儒关于《尚书》的解说，为《古文尚书》二十九篇作注，撰成《尚书集注音疏》，“利正经文，疏明古注”（《国朝先正事略》卷三十六），成为阎若璩、惠栋以后，《尚书》研究的集大成之作。江声也致力于古文字之学，辑录汉儒佚说，以图恢复古义。
余萧客（一七二九——一七七七年），长洲人。与江声同时受学于惠栋。经惠栋指点，自诸家经解及史传类书中广泛辑录唐以前解释经书的古说，虽片语单词，均加收录，成《古经解钩沈》三十卷，使吴派学风得到进一步发扬。
王鸣盛（一七二二——一七八八年），嘉定人，字凤喈，号西庄。早年从惠栋习经学。一甲二名进士。历任翰林院编修、侍讲学士，充日讲起居注官，晚年家居著述。著有《尚书后案》三十卷，力图恢复汉儒郑玄注古义，以马融等注文补充，自谓有存古之功。研治《周礼》，也尊郑玄。又以汉学家考经的方法考订史籍，成《十七史商榷》一百卷，是一代史学名著。
钱大昕（一七三八——一八○四年），字竹汀，也为嘉定人，与王鸣盛同乡，并是同年进士。曾任翰林院侍讲学士，后入直南书房，官至詹事府少詹事。晚年在家讲学著书。钱氏是乾嘉时期最称博学的名儒，研治经学但不限于经学，承袭吴派并不拘于吴派。戴震自诩经学第一，称钱氏为当代第二人。江藩著《汉学师承记》称钱氏 “不专治一经而无经不通，不专攻一艺而无艺不精”。经学以外，历史学、地理学、音韵、文字、金石，以至天文历算，均有较深的造诣，著述宏富。他曾从数学家梅文鼎研习历算及西方弧三角之学，用以校正汉三统历，撰《三统术衍》、《四史朔闰考》等书，在考订中包含着科学的成分，为流辈所不及。又据金石文字校订经文，著《唐石经考异》、《经典文字考异》等，在经学研究中别树一帜。他也把吴派汉学治经的方法援以治史，撰著大量史学著作。在史学方面的成就超过了经学（参见下节）。吴派汉学由经入史，至钱大昕而达到了高峰。
钱大昕曾传学于江苏阳湖人孙星衍（一七五三——一八一八年）。孙星衍沿袭吴派汉学的学风治《尚书》，成《尚书古今文注疏》三十九卷，综合汉魏古注，不采宋儒的解说而吸收王鸣盛、段玉裁诸人的考订，于今古文源流详加辨析，是吴派汉学关于《尚书》研究的集大成之作。与孙星衍齐名的阳湖人洪亮吉（一七四六——一八 ○九年），也治经学，曾与皖派戴震等人交游。但受孙星衍影响，治经仍遵吴派的学风。撰成《春秋左传诂》二十卷，训诂以东汉贾逵、许慎、郑玄、服虔等人为主，并参据汉唐石经校误字，是春秋左传学的重要著述。
三、皖派汉学
吴派汉学家以考据学辨伪辑佚的方法，恢复汉代经解，避而不谈义理。因而一些学者渐入于史学。以戴震为代表的皖派则注重审订经书的音韵训诂，在此基础上申明己见，反驳宋学的性理。梁启超著《清代学术概论》以为只有吴派才是“纯粹的汉学”。但在经学研究中作为与宋学对立的清代汉学，却是由于皖派的阐发，才在完整的意义上正式形成。
戴震（一七二三——一七七七年），字东原，早年就学于安徽婺源的学者江永（一六八一——一七六二年）。江永研治三礼，精于典章制度，并兼通音韵文字之学和天文历算。戴震全面继承了江永的学术。以历算之学考释古历，纠正了汉以来的许多误解。以音韵文字之学，研治经书的训诂，开辟了一条由训诂治经义的新路。他曾说讲义理必须求之于古经，求古经必先求之古训，“古训明则古经明，古经明则圣人、贤人之义理明”。他认为治学有三难：淹博难、识断难、精审难。皖派学人或讥吴派只是淹博而无识见。戴震本人则在淹博的基础上，着力于识断和精审，代表作是《孟子字义疏证》三卷。他痛斥“宋以来儒者，以己之见，硬坐为古圣贤立言之意，而语言文字，实未之知。”（《戴东原集》卷九，《与某书》）《疏证》一书从审订字义入手，从哲理上批驳理学。“灭人欲，存天理”是程朱理学的中心思想。《疏证》指出：“人生而后有欲、有情、有知，三者血气心知之自然也。”人的欲、情、知，都是自然现象。“凡事物皆有于欲，无欲则无为矣，有欲而后有为。”儒家所谓仁，就是顺乎人们的情欲。“古圣贤所谓仁义礼智，不求于所谓欲之外”。孔子所说“克己复礼为仁”，克己是克私，宋儒解释为“克欲”，完全背离了本意。孟子说人无不善，程子说人无不恶，是“离人而空论乎理”。他指责程朱否定人欲是象佛教一样否定人生，又提出与人欲不并立的“理”，所谓“理欲之辨”，成了杀人害人的工具。《疏证》中说：“尊者以理责卑，长者以理责幼，贵者以理责贱。虽失，谓之顺。卑者、幼者、贱者以理争之，虽得，谓之逆。于是下之人不能以天下之同情，天下之同欲达之于上。上以理责其下，而在下之罪人，不胜指数。人死于法，犹有怜之者；死于理，其谁怜之！”《疏证》中的这段名言，不仅从哲学上对理学家的“理”加以批驳，并且揭露了伦常尊卑统治的残酷无理，触及了理学家的要害。戴震从哲学上反驳理学的论说，还见于《原善》等其他著作，涉及认识论、历史观和自然观等许多方面。吴派汉学以考据学纠正理学的空疏，不谈义理，从另一方面说，则是把哲学阵地让给了程朱。戴震在训诂的基础上深究义理，力辟程朱，从哲学上战胜理学，使汉学达到了高峰。
戴震著述甚多，对《诗》、《书》、《礼》、《春秋》诸经均有专书考绎，尤精于典章制度源流。又著《水经注》四十卷，于古地理研究，贡献甚大。皖派汉学自成体系，“实事求是，不主一家”，成为学术界最有影响的学派。戴震的弟子段玉裁、王念孙等人于语言文字学和训诂学，卓有成就，为一代名家（见下节）。皖派经学的传人，有以下诸人。
任大椿（一六三八——一七八九年），原籍江苏兴化，祖父陈晋为徽州府教授，流寓徽州，因与戴震同应乡试。师事戴震，专治《礼经》，著《弁服释例》、《深衣释例》，传皖派典章制度之学。任氏也研治音韵文字之学，著有《字林考逸》、《小学钩沈》传世。
孔广森（一七五二——一七八六年），山东曲阜人，孔子后裔，是戴震的及门弟子。乾隆三十六年，年二十岁中进士，入为翰林院庶吉士。年三十五岁即病逝。孔广森原从戴震治《礼记》，有《大戴礼记补注》、《礼学卮言》等著述，也研治音韵与算学。其后专力研究《春秋公羊传》，认为《左传》详于事，《公羊传》长于义。以考据方法阐明“公羊”本义，纠正东汉何休《春秋公羊解诂》的传统凡例。三礼是古文经学的基本经典，《春秋公羊传》则是今文经学的基本经典。孔广森以戴震治《孟子》的方法治“公羊”，表示了不拘门限，开拓领域的趋向。
凌廷堪（一七五七——一八○九年），字次仲，安徽歙县人。继述安徽同乡江永、戴震之学，专研三礼，著《礼经释例》，又有《校礼堂文集》，说“圣人不求诸理而求诸礼”（《校礼堂文集》卷四）。他认为圣人令人复性的办法是学习，而学习的内容就是礼。礼仪繁多，凌氏把它区分为八类，即通例、饮食、宾客、射、变、祭、器服、杂例。告诉人们把握这个纲要，就不难明瞭礼仪。
焦循（一七六三——一八二○年），字里堂，江苏甘泉人。自曾祖以来，家传《易》学。著《易通释》二十卷，于《易经》多有发明。继承戴震关于《孟子》的研究，推崇戴震《孟子字义疏证》，尤其是指斥理学“以理杀人”的观点（《读书三十三赞》）。据汉赵岐《孟子正义》，广征清代汉学家的考证训诂，详加注疏，自成《孟子正义》三十卷，是研究《孟子》的集大成之作。
阮元（一七六四——一八四九年），号芸台，江苏仪征人，乾隆五十四年进士，擢少詹事，入直南书房。嘉庆时，历任南方诸省巡抚、总督，官至大学士，是汉学家中官位最高的一人。学术上与焦循、凌廷堪等皖派学人相切磋，自称治经“雅明古训，实事求是”（《揅经室集·自序》），“文字训诂，其门径也”（《揅经室一集》卷二），基本上是戴震治学的路径。阮元曾驳论理学家的性命之说，说：“‘性’字从心，即血气心知也”；“味色香臭喜怒哀乐，皆本于性，发于情者也”； “欲生于情，在性之内”（《揅经室一集》卷十）。味色香臭的辨别和喜怒哀乐的感受是人的本性，人的欲望，表现出来就是情，所谓“血气心知皆天所命，人所受也”，《孟子》讲“食色性也”。要对情欲加以节制，而不是要灭绝它。阮元对“克己复礼为仁”作出新解，论证《论语》中“仁”字是讲“人”，是表示“此一人与彼一人相人偶”（《揅经室一集》卷八）。此人与彼人之间，相互尊重、对等，而不是一方强制另一方。因而，帝王要做到“仁”，就不能有损于民，而要有益于民。阮元曾重刻宋本《十三经注疏》，并为诸经分别撰写校勘记，成为通用的善本。又主持编纂《经籍籑诂》一书，广泛收集汉代以来解释经文的古训，依韵编字，分别辑释，是一部详备的经籍字典。又汇刊清代学者经学著述一百八十余种，成《皇清经解》一书，凡一千四百卷。这三部综合性的经学巨著，可以说是为清代汉学做了总结。
（四）今文经学的复苏
今文经学在汉代曾盛极一时，魏晋以后，即已衰绝。今文经多已散佚，只有何休《春秋公羊解诂》等书流传。魏晋至清乾嘉，千余年间，今文经学湮没无闻，久成绝响。乾隆时又开始受到学者的注意，至嘉庆时竟然蔚为新兴的学派，对思想界产生了深远的影响。今文经学在新的历史条件下复苏，并不是偶然的。这是因为：
（一）作为古文经学流派的汉学，经过它的昌盛时期，到戴震时已经发展到了高峰。皖派擅长的音韵文字之学，名家辈出，但惭脱离经学，而以《说文解字》为中心，作为独立的学术继续发展。吴派的辨伪辑佚和考订注疏之学，虽仍有崔述《考信录》、刘文淇《左传旧注疏证》等名著相继问世，但总的来说，领域已日渐狭窄，没有多少发展前途。考据之学日益流于琐细，义理之学也难以超越戴震而另辟新途。汉学在登上高峰后，随之临近于绝境。
（二）程朱理学在汉学昌盛的乾嘉之际，仍然作为官方学术，在社会政治领域占居统治地位。理学的伦常学说依然是清王朝的统治思想。科举取士考试经书，也仍以宋儒为依据。程朱之书成为士人入仕的必读课本，但在学术思想领域却不再有所新创。以文章名世的古文家姚鼐（一七三一——一八一五年），在学术上独尊程朱，力诋戴震。《戴东原集》有《与姚姬传书》驳辩。姚鼐弟子方东澍（一七七二——一八五一年）继撰《汉学商兑》，全面攻击汉学，指汉学的考据是“屠沽记帐”。汉学的流弊，的确是在发展。但陈腐的程朱理学却也不再有可能在学术上代替汉学而重振旗鼓。
（三）乾隆末年以来，清王朝的统治渐趋衰落，人民反抗运动兴起。社会上的诸矛盾日益暴露在人们的面前。乾隆初年，士人为逃避文字狱而避谈世事的学风为之一变。有志之士，日益关心国家民族的命运，研究社会政治问题，要求抒发自己的政见。但在儒学占居绝对统治地位的年代，人们还只能在儒学范围内为抒发己见寻求依据。疏阔的宋学与烦琐的汉学显然都不能提供这种依据而需要另觅新途。
（四）今文经学作为汉代的官学，也曾流入烦琐的歧途。但今文公羊学的“张三世”“托古改制”诸说，又是附会经文、议论朝政的依托。嘉庆时期，经学古文派的汉学渐趋衰落，议政更新之风日渐兴起，今文公羊学既可以在经学领域开辟学术研究的新境，又可以在政治生活中成为托古议政的工具。沉寂千年的今文经学于是又受到人们的重视而得以复苏。
戴震弟子孔广森已开始注意“公羊”，但今文经学作为一个新兴的学派，它的创始人是乾隆时的江苏常州府武进县人庄存与。存与字方耕，乾隆七年进士，入为翰林院编修，后升任侍讲，入直南书房，迁少詹事，官至内阁学士、礼部侍郎。庄存与身居高位，治学不缀，领域甚广，曾研治《周礼》、《毛诗》，又治《春秋公羊传》。事实上是兼通今、古文经学，而并未树起今文旗帜，反对古文。但他的代表作《春秋正辞》，宗法《公羊传》，专究经文的微言大义，与皖派汉学之探究名物训诂，在治学方法上迥然不同。侄庄述祖，述祖外甥刘逢禄、宋翔凤等传存与之学，一时称为常州学派。
今文经学自成一派，刘逢禄（一七七六——一八二九年）是主要的传人。刘逢禄，嘉庆十九年进士，后为礼部主事，在礼部供职十二年。经学著述，涉及《易》、《书》、《诗》、《礼》诸经，而以《春秋》经的研究，成一家言。庄存与兼治经今、古文，至刘逢禄才公然排斥古文，力倡今文。《春秋左氏传》是古文派的基本经典，刘逢禄著《左氏春秋考证》二卷，指斥世传《左传》多夹入汉刘歆伪造的论断，并非左氏本真。又著《春秋公羊经传何氏释例》三十篇，《春秋论》上、下二篇，宏扬何体公羊学的“非常异议可怪之论”（何休语）。如“张三世”（据乱世、小康世、大同世）、通三统（夏、商、周）及孔子“受命改制”诸说。立论不在章句训诂，而在“微言大义”，阐发《春秋》公羊主旨：夏商周以来，历史是在不断变革中前进，而并非如古文家所说的近不如古。刘逢禄治今文公羊学，使山穷水尽的经学重又柳暗花明，令人耳目一新，也适应了士人中经世议政的社会思潮，一时产生了很大的反响。宋翔凤（一七七九——一八六○年），嘉庆五年举人，湖南新宁知县。曾撰《拟汉博士答刘歆书》，与刘逢禄协力攻击古文经学。又以为孔子的“微言”在于《论语》，因以公羊之义说解《论语》，著《论语说义》十卷。
刘逢禄的公羊学传给弟子龚自珍（一七九二——一八四一年）、魏源（一七九四——一八五七年），道光时，并称龚魏，名噪一时。今文公羊学经由龚自珍、魏源而成为经世致用之学，提出“变功令”、“更法”等主张。传至清末，形成变法维新运动，影响是巨大的。