经过两年的作战，战争形势发生了根本变化。中国人民解放军发展到280 万人，其中正规军149万人，军政素质和战术技术大为提高。已经有了相当强大的炮兵和工兵，并且掌握了攻坚战术；已经组成了西北、华北、中原、华东、东北 5支强大的野战部队。在两年作战中，蒋军被歼260余万人，总兵力下降到365万人，其中正规军198万人。蒋军虽然精锐尚存，仍有相当大的实力，但在战略上已被解放军分割为6个孤立的集团，即东北、华北、徐州、华中、西北、山西这几个军事集团。这种力量对比和军事态势表明，解放军同蒋军进行战略决战是可能的。中共中央和毛泽东综观战争全局，正确地判断形势，果断地作出了进行战略决战的决定。
由于战局的发展日益不利，蒋介石集团也在谋求军事上的出路。1948年初，蒋军内部议论过东北撤守问题，但悬而未决。八月初国民政府在南京军事会议上决定实行“重点防御”，对东北决定“原则上不放弃沈阳，同时亦做撤退准备”。正在蒋介石集团举棋不定的时候，辽沈战役已经打响了。
1948年9月12日至11月2日，林彪、罗荣桓所部东北野战军70万人进行了辽沈战役。1948年11月6日至1949年1月10日，陈毅、粟裕、谭震林率领的华东野战军和刘伯承、邓小平率领的中原野战军及军区部队60余万人进行了淮海战役。1948年11月29日至1949年1月31日，东北野战军80万人和华北的杨得志、杨成武两个兵团，共同进行了平津战役。总计辽沈、淮海、平津三大战役，历时4个月零19天，共歼敌154万余人。整个东北完全解放，华北地区除太原、大同等几个孤立据点以外，都解放了。国民党反动集团被彻底打败的日子已经不远了。
和国民党在军事上遭到致命打击、在政治上走到绝路同时，国统区的财政经济也陷入总崩溃的境地。自抗战后期以来国统区经济的衰败就日益加紧，发动全面内战以后，大量的军费开支已使国民政府的财政到了不堪负担的程度。1948 年财政赤字达到900亿元。以这年6月为例，收入仅为支出的5％。为了弥补赤字，只有大量发行纸币。法币发行额至1948年8月已达6636900余亿元，比1937年6月增发了47万多倍。法币与美元的比价，1月为178000元比1元，8月为11088000元比1元。法币购买力急剧下降，物价飞涨，以米价为例，上海每市担白米，1月为150万元，8月为6500万元。法币的价值已下降到不抵自身的纸张和印刷费用了。由于恶性通货膨胀、美货倾销、官僚资本吞并和繁重的捐税，民族工商业纷纷停产或倒闭。1948年上海3000多家大工厂开工率只有20％。正常的工业生产和商业经营都无法维持。国民政府为了挽救财政经济的崩溃，1948年8月19日颁布《财政经济紧急处分令》及四项挽救办法。办法的要点是：（1）发行总额为20亿元的金元券作为本位币，限期以法币300万元折合金元券1元的比价收兑法币。（2）限期收兑人民所有的黄金白银及外国币券，过期任何人不得持有，不在限期内兑换或存储者，一律没收。（3）限期登记管理本国人存放在国外的外汇资产，违者予以制裁。（4）全国各地各种物品及劳务价格，应照1948年8月9日各该地各种物品货价依兑换率折合金元券出售，由当地主管官署严格监督执行；所有按生活指数发给薪资办法一律废止；禁止工厂罢工怠工。这就是所谓“币制改革”和限价政策。国民政府在全国设上海、广州、天津等管理区，派蒋经国、宋子文、张厉生为上述三地的经济管制督导员或副督导员。为了推行“币制改革”和限价政策，反动政府派出大批特务、警察，设立特种刑事法庭，采取逮捕和枪毙等野蛮手段，压迫人民就范。这实际上是对各阶层人民进行大掠夺、大洗劫。在物资极端匮乏的情况下，依靠暴力劫持工商业者所造成的“平价”局面，是维持不住的。从10月初开始，抢购风潮很快普及到国统区各大城市。“币制改革”和限价政策再也推行不下去了。11 月国民政府宣布取消“限价”，宣布金元券大量贬值，撤销金元券发行20亿元的限额。此后金元券大量印发，飞快地贬值，1949年4月15日一天之内贬值 40％。金元券也成了废纸。物价的狂涨更加惊人，以1948年8月物价总指数为准，11月上涨25倍，12月上涨35倍，1949年1月上涨128倍。国民政府用金元券挽救经济危机的办法完全破产。经济的总崩溃促进了国民政府的灭亡。但国民党掠夺了大量金银外币运往台湾。
时局发展到1948 年下半年，蒋介石南京政府彻底失败的命运已无可挽救。这时，美国迫使蒋介石辞职、支持李宗仁出面进行和谈的暗中策划便公开化了。在美国和桂系的压迫下，蒋于1949年元旦，发表了一个表示要“和谈”与“引退”的文告。他声称愿意同共产党“商讨停止战事恢复和平的具体方法”，但必须以保存法统宪法和军队为条件。如果和平实现，他可以“引退”。这个和谈建议遭到共产党的严厉拒绝。1月21日，蒋介石以“因故不能视事”做借口，前往奉化溪口，把总统职务交给副总统李宗仁代理。
李宗仁代理总统以后，即电邀李济深等共同策动和平运动，并接受共产党提出的和平条件作为谈判的基础。但蒋介石仍以国民党总裁名义“以党控政”，并指挥着军队与特务系统。国民党中宣部曾发指示反对和谈。3 月8日孙科提出辞去行政院长职务，李宗仁以何应钦为行政院长。3月24日由张治中、邵力子、黄绍竑、章士钊、李蒸（后又加派刘斐）组成南京政府和谈代表团。代表团与中共谈判的最低限度的要求，是力求“就地停战”和与中共以同等名额组成政治协商会议和联合政府，实现“划江而治”和“体面的和平”。中共没有同意和谈条件。3月26日，中共派周恩来、林伯渠、林彪、叶剑英、李维汉（后又加派聂荣臻）为和谈代表。4月1日双方开始谈判。经过反复协商终于达成了《国内和平协定》（最后修正案）。协定对战犯问题、国民党军队官兵、政府工作人员，都做了宽大处理。对其他问题也做了适当的解决。上述协定，中共代表宣布以4月20日为最后签字日期。但是李、何拒绝在协定上签字。4月21日凌晨，人民解放军开始渡江。
1949年春是中国人民革命在全国胜利的前夕，为了解决面临的一系列重大问题，中国共产党于1949年3月5日至13日，在河北平山西柏坡召开七届二中全会。毛泽东、刘少奇、周恩来、朱德、任弼时等出席了会议。毛泽东在会上作了报告。会议讨论了最后摧毁国民党统治争取全国胜利的战略安排、党的工作重心的转移、革命胜利后国家的政治经济基本政策、胜利后党的思想建设等重大问题。全会指出，过去党的工作重心在乡村，从现在起，开始了由城市到乡村并由城市领导乡村的时期，工作重心必须放在城市，必须学会管理城市和建设城市。当然城乡必须兼顾。毛泽东在报告中指出了全国胜利后中国社会的基本矛盾和由新民主主义发展到社会主义的总任务。会议考虑到今后阶级斗争形式和共产党地位的变化，及时提醒全党警惕骄傲自满以功臣自居情绪的滋长和资产阶级“糖衣炮弹”的袭击。会议的一个突出内容是对国家经济形态的分析和经济政策原则的议定。在此以前中共已经进行了广泛的经济工作。中共中央东北局常委张闻天对经济问题作了认真的调查研究，在1948年9月写成《关于东北经济构成及经济建设基本方针的提纲》。这个文件受到中共中央的高度重视。它成为这次会议分析中国经济构成和制定基本经济政策的基础。毛泽东在报告中指出，中国的工业和农业手工业在国民经济中所占比重的悬殊，即工业生产的极端落后，是中国一切问题的基本出发点。“从这一点出发，产生了我党一系列的战略上、策略上和政策上的问题。”报告说：国家经济成分包括国营经济、合作社经济、私人资本主义经济、个体经济和国家资本主义经济。这些不同性质的经济成分及其相互关系“就构成了新民主主义的经济形态”。对于私人资本主义经济，一方面要容许它存在和发展，一方面要加以限制。“限制和反限制，将是新民主主义国家内部阶级斗争的主要形式。”这些都是随后制定政治协商会议共同纲领的指导思想。会后中共中央由西柏坡迁到北平，加紧进行新中国的筹建工作。
在李宗仁拒绝接受《国内和平协定》的第二天，即4月21日，中国人民革命军事委员会主席毛泽东、中国人民解放军总司令朱德发布向全国进军的命令，命令人民解放军“奋勇前进，坚决、彻底、干净、全部地歼灭中国境内一切敢于抵抗的国民党反动派，解放全国人民，保卫中国领土主权的独立和完整”。
1949年4月，解放军开始渡江和向全国未解放地区进军的大规模作战。从4月21日起，解放军在西起湖口东至江阴长达500余公里的战线上，强渡长江，国民党军的千里江防全线崩溃。
解放军大军渡江成功后，南京的国民党大员纷纷向外地逃跑。4月23日解放军进入南京，在蒋介石的总统府插上了解放的红旗。国民党统治中心南京的解放，宣告了国民党南京政权的灭亡。