元代前期，印度北部处于德里算端国（1206年建立）突厥-穆斯林诸王朝统治之下，南部则并存着若干大小不等的印度教王国。到十四世纪初叶，南印诸王国先后被德里算端国征服，成为其直辖省份或附属国。
1222年初，成吉思汗遣军追击逃入印度的花剌子模算端札兰丁及其部属，攻掠了印度西北部一些地区。太宗、宪宗时期，先后派遣蒙格秃、斡忽秃儿、答亦儿、撒里等率军征印度和怯失迷儿，多次侵入木尔坦、拉合尔和怯失迷儿等地。其后，察合台汗国和伊利汗国都与德里算端国屡有接触，从1279年至1329年，有八次蒙古军侵入印度北部的记录，而元朝则主要通过海路与印度半岛南端的马八儿、俱蓝交往。马八儿（Ma’abar），阿拉伯语意为“渡口”，指由印度渡到斯里兰卡岛之处，即半岛南端东侧的海岸地带，为潘底亚王国（Pandya，都城马杜赖）之境。十三世纪初，潘底亚复兴，摆脱了注辇王国的统治，至中叶，兼并了注辇国大部地区，领土扩展到佩内尔河，成为南印度强国之一。俱蓝（又译俱喃、阁蓝、故蓝，今奎隆）位于印度半岛南端西侧马拉巴海岸，为喀拉拉王国（Kerala，十三世纪初从注辇王国统治下独立）的中心，唐以来一直是东西海路交通的重要海港。《元史·马八儿传》说：“海外诸蕃国，唯马八儿与俱蓝足以纲领诸国。”应是指其在海路交通上的重要地位而言。下面将元朝与马八儿（潘底亚王国）、俱蓝以及僧伽剌国（又译新合剌的音，今斯里兰卡）使节往来的有关记载，列一年表（未注出处者皆见《元史》）：
至元十六年（1279）——马八儿遣使来献珍物。遣广东招讨司达鲁花赤杨庭璧招俱蓝。
十七年——庭璧至俱蓝，其国主令其弟书回回字表文交庭璧转进，表示明年将遣使入贡。马八儿遣使上表，贡宝物、犀、象。以哈撒儿海牙为俱蓝国宣慰使，与庭璧同往其国，“诏谕俱蓝国，使来归附”。
十八年——哈撒儿海牙、杨庭璧于正月由泉州出航，三月至僧伽剌，因阻风改航至马八儿登岸，欲借道由陆路达俱蓝，马八儿以路不通为辞（据其宰相不阿里私下向元使报告，其时马八儿正准备与俱蓝交战），遂还。遣俺都剌出使马八儿，杨庭璧再使俱蓝。
十九年——庭璧至俱蓝，国主迎受诏书，遣其臣祝阿里沙忙里八的奉表入贡；寓居其国的也里可温首领兀咱儿撒里马、木速蛮首领马合麻亦遣使奉表同来进贡；因事适在俱蓝的苏木达国宰相那里八合剌摊赤代其主打古儿遣使进表和贡品。马八儿国遣使以金叶书及土物来贡。
二十年——以杨庭璧为宣慰使，出使俱蓝等国；以金符赐俱蓝王瓦你。马八儿遣僧撮及班入朝。
二十一年——亦黑迷失出使僧伽剌国，观佛钵舍利。马八儿遣使贡珍珠等。
二十二年——遣马速忽、阿里往马八儿求奇宝。
二十三年——马八儿、须门那（苏木达）、僧急里（僧伽剌）等国各遣子弟来朝贡。
二十四年——马八儿遣使进方物，有奇兽一。俱蓝遣使不六温乃等来朝。亦黑迷失出使马八儿取佛钵舍利。次年至，得
其良医善药，马八儿亦遣使来朝。
二十六年——马八儿进花驴二。
二十七年——遣桑吉剌失等往马八儿访求方伎士。
二十八年——马八儿遣使进花牛等。俱蓝遣马不剌罕丁进金书、宝塔、番布、药物等。遣礼部尚书阿里伯、侍郎别帖木儿、亦列失金出使马八儿，其宰相不阿里率百人随元使入朝，愿归附，遂寓居泉州不返，后成宗特授中书左丞商议福建行省事①。遣礼部尚书铁里、侍郎阿老瓦丁、不剌出使俱蓝。遣左吉出使僧伽剌。
二十九年——僧伽剌遣使入觐。
三十年——遣兵部侍郎忽鲁秃花等使俱蓝、僧伽剌、可儿纳答三国，赐僧伽剌酋长三珠虎符。
三十一年——遣秃古铁木儿等使俱蓝。卜阿里使马八儿还。
元贞二年（1296）——遣岳乐也奴等使马八儿。
大德元年（1297）——赐马八儿国塔喜二珠虎符。
延祐元年（1314）——马八儿国主昔剌木丁遣其臣爱思丁来贡方物。
马八儿于1311 年被德里算端国兼并，置为一省，任命穆斯林长官治理，延祐元年遣使“来贡”的昔剌木丁应是德里算端所任命的马八儿省长，而非“国主”。十四世纪初叶，德里算端国通过多次军事征服，将南印度完全置于统治之下；到中叶，其国衰乱，马八儿以及其他地区的穆斯林长官或印度王公纷纷叛乱自立。印度半岛的战乱和政局变化大概是大德元年以后元朝与这个地区使节往来骤减的一个原因，但数十年中见于《元史》记载者只是延祐元年一次，与以前连年不断的频繁交往相对照，殊为可疑，很可能是史籍有所缺略。《伊本·拔图塔行记》就记载了一次不见于汉文史料的重要通使：1341年，中国皇帝（元顺帝）派了一个使团到印度，向德里算端（Muhammad Tughluq）赠送奴婢100名，锦缎500 匹，以及麝香、珠袍、宝剑等物，遣使目的是要求重建Samhal地方（今谟拉达巴德西南桑巴尔）一座以前中国人常往朝拜，后被算端军队破坏的佛寺。次年春，算端遣伊本·拔图塔率使团（随同中国使臣）回访，以男奴、印度歌舞女各100名，精布（bairam）、丝料（juz）各100匹，盛饰高马100匹回赠中国皇帝。使臣船只在古里（今喀拉拉邦科泽科德）港口准备出航时突遭暴风浪，礼品尽没，随员失散，中国使臣改从俱蓝搭乘本国商船回国，而拔图塔不敢回德里报告，辗转去了许多地方，三年后才从朋加剌（孟加拉）乘商船经苏木都剌来到泉州，幸遇前中国使臣为他证明身份，地方官奏报朝廷，获准赴大都朝见，不久仍由海路西还。
元代中国与印度、僧伽剌的贸易十分繁盛。忽必烈时期连年不断的使节往来，有不少名义上是政治关系（如所谓“入贡”、“献方物”之类），实际上是贸易活动。此外还有史册未载的官、私贸易往来。马八儿宰相马因的曾对元使杨庭璧等说：“本国船到泉州时，官司亦尝慰劳。”（《元史·马八儿传》）《马可波罗行记》载，“蛮子”（中国南方）地方的商船常载货物至俱蓝、下里（今喀拉拉邦坎纳诺尔西北）等地，可获巨利；马八儿地区出产的精货香料，也大半运往“蛮子”地方销售。《元史·食货志》载，元贞二年“禁海商以细货于马八儿、俱南（俱蓝）、梵答剌亦纳（在科译科德北）三蕃国交易”，可见这三个地方是当时中国商人常往之处。元中叶以后中印间通使渐稀，而贸易往来则仍很活跃。据《岛夷志略》和《伊本·拔图塔行记》所载元代后期情况，俱蓝、古里、下里、梵答剌亦纳、马八儿、沙里八丹（今泰米尔纳德邦讷加帕塔姆）、大八丹（即伊本·拔图塔所记Dahfatan，今喀拉拉邦特利切里附近）、朋加剌等地，都有中国商船前往贸易，1342年伊本·拔图塔在古里时就见到港中停泊的中国船只多达13艘。
通使和贸易关系是元代中印文化交流的主要渠道。元朝还遣使赴印度“访求方伎士”，亦黑迷失出使马八儿“得良医善药”，元成宗下诏给派去专为“取药物者”授会同馆使、副职衔（《元史·成宗本纪》），可见对引进印度医药十分重视。曾在中印文化交流史上起过最重要作用的中印佛教关系，唐以后随着佛教在印度的逐渐消亡而日趋沉寂，但并没有断绝，特别是西藏地区与被称为 “印度佛教最后据点”的波罗王朝（八至十二世纪。统有比哈尔和孟加拉地区）的佛教关系非常密切。到元代，仍有一些印度僧人来到中国，其中事迹较详者为那摩与指空。那摩，北印度迦湿弥罗（怯失迷儿）人，弃家隐居大雪山下修头陀行十三年，善持咒，大约在1235年与兄斡脱赤同被召至和林，受到大汗及其宗族、大臣的礼敬。那摩曾劝大汗颁行宽宥诏书，挽救了很多人的生命。蒙哥即位后，封他为国师，命掌全国佛教， 1253 年奉旨南来中原，驻燕京，修复了多处残毁佛寺。当时中原佛、道争执，那摩与主管中原佛教的少林寺禅僧福裕共同奏告道士刊造伪经诋毁佛教和侵占佛寺诸事，并以佛教首席代表身份参加了1255年在和林、1258年在开平举行的佛道大辩论。忽必烈与蒙哥不和，那摩劝导忽必烈“宜加敬慎”，在调解大汗兄弟矛盾中起了作用。指空（苏那的沙野），据称是“中印土王舍城刹底里孙”（指出身刹帝利种姓），如果他活到128岁的说法可信，应生于1236年。八岁入那兰陀寺为僧，十九岁南往楞伽国（即僧伽剌）吉祥山研究般若奥旨，并游历南印度各地多年。后至吐蕃，遇北印度僧人摩诃班特达，同来大都；居未久，西游安西王府，辗转入蜀坐禅三年。继走罗罗斯地界，至云南昆明，尝坐夏龙泉寺，书梵字般若经。又游湖广，贵州元帅府官皆受戒，苗、徭、僮、葛佬等诸洞蛮俱来请受戒，但不容于湖广行省参政，遂前往进谒皇帝，经庐山至扬州，守臣以舟送于大都。泰定元年（1324）至上都见帝，旋即东游高丽，参礼金刚山，高丽王及众官劝请稍留，乃出《文殊师利菩萨无生戒经》三卷传授其僧俗人众。奉旨还大都，天历元年（1328），文宗命与众僧讲法内庭，受到众僧的窘辱排挤，后众僧犯罪或诛或斥，指空声名遂大显。元顺帝对他眷遇有加，皇后、太子迎入延华阁问法。至元二十三年（1363）示寂。指空久留大都，“相传能前知，号为300岁，人敬之如神”。在印度本国佛教殆已灭绝的元代，上述两位印僧先后在中国竟大受尊礼，不能不说是中印文化交流史上的盛事。元代还有一位中国僧人赴印游历：忽必烈时期，蜀僧元一游“西天”（印度）回，以西天琢成玉石佛、贝多叶经及佛如来铁钵献帝，诏安置玉石佛于万寿山供养，以七宝函贮贝叶经“严加信仰”，以佛钵“镇库藏”。