玄烨即位时，还是一个刚懂事的孩子，没有能力处理国家政务。以索尼为首的四辅臣，实际掌握着国家的最高权力。诸如各项大政方针，皆出自他们四人之手，不过都是以皇帝的名义加以贯彻。一句话，他们是皇帝的代理人，真正是代行皇帝的职务。
以索尼为首的四大臣，都是功勋卓著的朝廷元老重臣，索尼，姓赫舍里氏，满洲正黄旗人。早在努尔哈赤时期，随其父归后金。父硕色、叔希福皆入文馆，为清开国元勋。到皇太极时，他已成为心腹之臣，办理蒙古事务，日值内院，深得信任。皇太极去世，诸王争嗣位，索尼坚持立皇子，有力地阻止了多尔衮欲谋帝位的企图。清入关后，多尔衮擅政，索尼遇事不附和，还据理力争，为多尔衮所忌恨，最终把他赶出朝廷，发充到盛京（沈阳），看护皇太极的陵寝。直到多尔衮死后，福临亲政，才把他召回京，恢复原爵位，擢升为内大臣，兼议政大臣，总管内务府。苏克萨哈，姓纳喇氏，满洲正白旗人，也是在努尔哈赤初创业时来归，其父苏纳被招为额驸。他原属多尔衮部下，很受重用。但多尔衮一去世，他首先揭发其谋逆罪，被擢升为领侍卫内大臣，加太子太保。
鳌拜，姓瓜尔佳氏，满洲镶黄旗人。他从皇太极时起，就是一员骁将，积军功最多，赐号“巴图鲁”。清定鼎北京，南下川、贵，他皆摧锋陷阵，屡建功勋，受赏独厚。因主立肃亲王豪格而受到多尔衮的排挤。福临亲政，授议政大臣，领侍卫内大臣。遏必隆，姓钮祜禄氏，与鳌拜同属一旗。父额亦都是努尔哈赤的五大臣之一，被招为额驸，其母为和硕公主。他出生在战争年代，以军功升至议政大臣、领侍卫内大臣，累加少傅兼太子太保。
索尼等四人都是历三朝或四朝的元老，而且同属皇帝自将的上三旗，他们在朝廷中的地位是无可争辩的。自然，福临遗命以他们为辅政大臣确是很合适的人选。但更深的原因是，福临特别是身居幕后的孝庄太后有鉴于同姓王贝勒如多尔衮等人独擅朝政，以及由此而产生的诸王争权，严重威胁着皇帝的权威，所以，宁肯遴选皇室以外的异姓大臣来辅佐幼主，有利于抑制诸王权势的增长。其次，索尼等四人在政治上都坚决地站在世祖及孝庄皇太后一边，同多尔衮进行过斗争，博得了他们的信任。当多尔衮一死，索尼四人的权位扶摇直上，位至辅臣。
索尼四人受命之时，宣读如下誓词：
兹者先皇帝不以索尼、苏克萨哈、遏必隆、鳌拜等为庸劣，遗诏寄托，保翊幼主。索尼等誓协忠诚，共生死，辅佐政务。不私亲戚，不计怨仇，不听旁人及兄弟子侄教唆之言，不求无义之富贵，不私往来诸王贝勒等府受其馈遗，不结党羽，不受贿赂，惟以忠心仰报先皇帝大恩。若复各为身谋，有讳斯誓，上天亟罚，夺算凶诛。
誓词反映了他们忠君报国的共同心愿。自此，他们开始了八年的执政。在执政的最初二三年里，他们遵循誓言，颇能和衷共济，对清政权的巩固发挥了积极作用。在军事上，继续扫荡南明残余势力和农民军余部的抗清斗争，完成对全国的完全统一。随着战争的结束，形势日趋稳定，这就为恢复和发展生产创造了必要的条件。四辅臣决策，通令各地安插流民，提倡垦荒，开奖励条例，显见成效，耕地面积稳步增长。还实行赈济蠲免，以纾民力。四辅臣采取一系列恢复发展农业生产的措施，很快使残破的农业出现新的局面。朝鲜做了这样的评论：“府库充溢，年谷屡登，人物繁盛。”四辅臣在政治上的建树，一是遵照顺治帝遗嘱，裁撤十三衙门，以重建内务府而代之，从而便消除了阉宦乱政的可能性。二是整顿吏治，定考核，严奖罚，加强对各级官吏的监督。这对于扫除前明贪风的影响，提高办事效率，是一个良好的开端。
所有这些进展，都是在他们通力合作的情况下取得的。它为将来康熙帝亲政奠定了基础。
但是，四辅臣联合辅政的局面并未维持很久，他们之间的矛盾和斗争日益公开而激烈起来。按照顺治帝遗命，四朝元老索尼位列辅臣之首，本应发挥首脑的作用，但其年老多病，力不从心，无意揽权，管不了多少事。在四人中，逐渐专擅实权的是鳌拜。他平时已表现出居功自傲，盛气凌人，但受“顾命”之初，尚能谨慎从事，履行誓词。然而，不出三年，他就暴露出骄横和专权的野心。他位在最末，不甘人后，处处越位抓权。首先便跟苏克萨哈不相容。苏资望比其他三人为浅，但以额驸之子入侍禁庭，受到皇帝的特别恩宠，班行仅亚于索尼。他与鳌拜本是儿女亲家，却对其专横不服，“论事辄龃龉，寖以成隙”。在镶黄旗与正白旗圈换土地这个问题上，两人的矛盾势同水火。清兵入关后，一度争相圈占土地。本应按原定八旗方位进行分配，但摄政王多尔衮有意抬高他所属的正白旗地位，擅将蓟州、遵化、迁安等处应给镶黄旗之地拨给了正白旗，另把雄县、新安、河间、容城等处分给镶黄旗。尽管这一分配有违旗制，但事已过二十年， “旗民相安久”，如果重新调换，势必引起旗与旗、旗与民之间的纷争，不利于大局的稳定。鳌拜属镶黄旗，有意压正白旗，便旧事重提，呈请户部，坚持两旗土地对换，正白旗土地不足，另拨民地补充。朝廷内外“皆言不便”。属正白旗的大学士兼户部尚书苏纳海说：“地土分拨已久，且康熙三年奉有民间地土不许再圈之旨，不便更换，请将八旗移文驳回。”直隶总督朱昌祚、巡抚王登联也持反对意见。鳌拜大怒，即以此事，谋兴大狱，下刑部议罪，必欲置之于死地。年已十三岁的康熙帝召四辅臣询问。属两黄旗的索尼、遏必隆对鳌拜“坚奏苏纳海等应置重典”一事不表示反对，而属正白旗的苏克萨哈沉默不语。康熙帝看出辅臣意见分歧，没有批准。专横的鳌拜根本不考虑康熙帝的意旨，还是假借皇帝的名义，把苏纳海、朱昌祚、王登联三人处死。
更换旗地一事，鳌拜与苏克萨哈结怨更深。索尼对苏早有厌恶之感，而对鳌拜专权亦有不满，毕竟同属两黄旗，根本利益一致。遏必隆与鳌拜同旗，结为一党，凡事附和。这就给他专权、排挤打击苏克萨哈开了方便之门。
康熙六年（1667）六月，索尼因病去世。这年，康熙帝已十四岁，于七月，举行亲政大典。鳌拜却不愿归政皇帝，企图继续把待朝政，这就使他从同辅臣之间的矛盾逐渐发展到同康熙帝的矛盾和冲突。索尼一死，鳌拜更无所顾忌，竟以首辅大臣自居，“班行章奏，鳌拜皆列首”。苏克萨哈处处予以抵制，主张政务已归皇帝，辅臣无权总揽一切。鳌拜专权受阻，怀恨在心，对苏克萨哈动了杀机。
苏克萨哈感到难与鳌拜共事，惟怕遭其暗算，遂产生引退之念，向康熙帝乞请辞职，允许他去守护先帝陵寝。鳌拜乘机诬陷，以其心怀不满，不愿归政皇上为大逆论，罗织罪状二十四款，拟处苏克萨哈及其长子内大臣查克旦磔刑，余子六人、孙一人、兄弟之子两人处斩，家产籍没，还拟处死其族人。康熙帝以为处分太过，“坚执不允所请”。鳌拜无臣礼，“攘臂上前，强奏累日”。帝无奈，仅将苏克萨哈改判绞刑，余均从所议。刚刚亲政，而鳌拜即将苏克萨哈灭族，其蛮横专权已到了肆无忌惮的地步！
四辅臣已去其二，剩下遏必隆唯命是听，鳌拜则为所欲为。他在朝廷内外广树党羽，安插亲信，如内秘书院、兵部、吏部、户部、工部等首脑，都是他的人，其弟、侄都占据要职，“文武各官尽出伊门下，内外用伊奸党”，从而完全控制了国家中枢机关。这一局面，连出入宫廷的法国传教士白晋也看得十分清楚，他写道：在康熙帝十五、六岁时，“四位摄政王中最有势力的宰相（指鳌拜）把持了议政大臣会议和六部实权，任意行使康熙皇帝的权威。因此，任何人都没有勇气对他提出疑议”。凡朝中大事，鳌拜召集亲信，“在家中议定，然后施行”。即使康熙帝不同意，他也强行贯彻。如，他颁布“圈地令”，掀起了继多尔衮之后第二次圈地**，“圈地议起，旗民失业者数十万人”。他对逃人的处罚更严于前，规定种种严刑苛法，“株连穷治，天下嚣然”。鳌拜自行其是，即便在康熙帝面前，也“施威震众，高声喝问”。鳌拜如此擅权，已威胁到皇帝的绝对权威，因而引起了年轻的康熙帝和隐居宫闱的孝庄太后的警惕。
康熙帝虽年少，但颇有心计，时刻关注朝政，认真学习处理朝政的方法。他每天按例与辅政大臣一起听政，提出自己的见解。后来他回忆说：“昔听政时，每令读本，朕与辅政大臣共听之，或因一时言论，往往忽略，朕谓伊等：此内关系民命者，尤不可不慎，伊等皆经行间效力，不以杀人为意，朕必慎焉。”他对鳌拜的错误进行了力所能及的抵制和反驳。
康熙帝自亲政之日起，便有意逐步摆脱鳌拜的控制，天天亲临乾清门听政理事，遇事直接召见满汉大臣商讨，使鳌拜的权势有所下降。这时，康熙帝开始考虑如何除掉鳌拜集团。
康熙帝忧虑鳌拜势大难制，不敢贸然行事，否则，将会激变成乱。于是，他以弈棋为名，召见他的亲信侍卫索尼次子索额图进宫秘密策划。计议后，康熙帝下令简选侍卫、拜唐阿（执事人）身体强健的少年进宫作“布库之戏” （即扑击、摔跤），陪他娱乐。鳌拜对此不为备，而康熙帝却在等待时机成熟，就捉拿他。
康熙八年（1669）五月二十六日，康熙帝召集众少年，问道：“汝等皆朕股肱耆旧，然则畏朕欤，抑畏（鳌）拜也？”众少年同声回答：“独畏皇上！”康熙帝便公布鳌拜罪恶，授计捉拿。当宣召鳌拜进宫时，他毫无思想防范，康熙帝指挥众少年“立命擒之”。这一场面，形同儿戏，但毕竟把鳌拜捉住了！
康熙帝以“擒贼先擒王”的谋略，乘其无备，迅速将鳌拜逮捕，以鳌拜为首的政治集团顷刻瓦解，骨干分子纷纷束手就擒。和硕康亲王杰书等奉康熙帝之命，审查鳌拜及其党羽所犯事实，列出大罪三十条，判处其死刑，籍没其家，其子纳穆福也被处死。康熙帝又亲自审问一次，核实犯罪事实。他指出：
鳌拜等以勋旧大臣，受国恩，奉皇考遗诏，辅佐政务，理宜精白乃心，尽忠图报。不意鳌拜结党专权，紊乱国政，纷更成宪，罔上行私，凡用人行政，鳌拜欺藐朕躬，姿意妄为，文武官员令尽出其门，内外要路，俱用伊之奸党。班布尔善、穆里玛、马尔赛、塞本得、阿思哈、噶褚哈、济世、讷莫、泰壁图等结为党羽，凡事先于私家商定乃行；与伊交好者，多方引用；不合者即行排陷。种种奸恶，难以枚举。
康熙帝谕旨，对鳌拜及其党羽的三十大罪做了高度概括。鳌拜乞请再见皇上一面。康熙帝赐恩准见，“他请皇上看了搭救清太宗御驾时，在自己身上留下的伤疤”。康熙帝动了恻隐之心，念及他自皇太极以来一直为国家建树的功勋，不忍加诛，改死刑为革职拘禁，其家产籍没，子免死，同父一起终身禁锢。不久，鳌拜死于囚所，康熙帝将其子释放。其他要犯也逐一作出处理：遏必隆被列罪十二条，从宽处罚，将死刑改为革职夺爵。一年后，命以公爵宿卫内廷。康熙帝上面谕旨中提到的骨干人物如班布尔善等人及鳌拜弟、侄数人均处死。同时，给苏克萨哈平反昭雪，恢复原官职及世爵。
康熙帝同鳌拜集团的矛盾，是统治阶级上层集团内部的斗争。鳌拜在辅政中作了许多有益于国家统一和安定的事情。但是，由于他个人专权不仅为康熙帝所不容，也与加强中央集权所不许。尤其是他独掌朝政时推行某些过时的政策，又阻碍着社会的发展，威胁清政权的巩固。因此，鳌拜的覆灭是必然的。康熙帝为维护皇权的集中统一，欲实行开明政治，施展自己的政治抱负，就必须铲除鳌拜集团，把国家的最高权力重新夺回到自己手中。这是值得肯定的。康熙帝解决同鳌拜集团的矛盾，所采取的方针、策略是稳妥而明智的，因而取得了完全的成功。鳌拜等人看轻了康熙帝，低估了他的才能，也是造成他失败的一个因素。从这一事件中，已经使年轻的康熙帝崭露头角，显示了一个政治家的风度和胸怀。